基因總覽
CLK4 是人類的蛋白質編碼基因，產物為 CDC like kinase 4。此蛋白質具有雙重專一性激酶活性，可作用於含絲胺酸、蘇胺酸或酪胺酸的受質。其相關功能包括磷酸化剪接體中的富含絲胺酸與精胺酸（SR）蛋白質，並參與 RNA 剪接調控。這些特性使 CLK4 成為連結蛋白質磷酸化與 RNA 剪接調節的激酶之一。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000316308 ★ | 178,602,664–178,627,050 | 13 |
| ENST00000867301 | 178,602,664–178,627,082 | 13 |
| ENST00000867302 | 178,602,664–178,627,082 | 12 |
| ENST00000921422 | 178,602,664–178,626,535 | 13 |
| ENST00001132263 | 178,602,664–178,627,082 | 13 |
| ENST00000520957 | 178,621,812–178,627,082 | 2 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CLK4 是雙重專一性激酶，能以 ATP 作為磷酸基供體，催化蛋白質受質上的絲胺酸、蘇胺酸或酪胺酸殘基磷酸化，並產生 ADP。它可磷酸化剪接體中的富含絲胺酸與精胺酸（SR）蛋白質，包括 SRSF1 和 SRSF3。
SR 蛋白質參與 RNA 剪接調控；CLK4 對這些蛋白質的磷酸化，可能是使 SR 蛋白質得以控制 RNA 剪接的一系列調節機制之一。來源將此定位為可能構成調控網絡的一部分，未表示 CLK4 是唯一調節因子。
CLK4 也被指出是 MAPT/TAU 選擇性剪接調控所必需的因子。此外，在內皮細胞中，CLK4 會調節組織因子（F3）前驅 mRNA 的選擇性剪接。這些作用顯示 CLK4 的磷酸化活性與特定 RNA 轉錄本的剪接調控相關，但來源未進一步說明其下游剪接結果或調控方向。
Promoter 與基因調控
>CLK4 ENST00000316308 GRCh38 chr5:178626950-178628050 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAGCGAATCCCCGTCAGAATACAGAAGCCAACCCCCACCCCGCCCGCCGTCCCCCCCCACGATCTTCAGT CTCACCTAAACCCTTTCCCTCACTTACGCCCTTCCTTGCTTTGACACCCTATTCTTGGTTCTCCTCCTCT GCTGATCATTCCTTCTCAGGCCCCTTTCCCTCTGGCCCTTGAGTGTTCCCCACAGGGCTCCGACTTTGAC CCTAATATTTCTCATGTTACATACTTACACGGGGGAACTGCCTGAGGGTCCTCAGAACTGCAGAATACCT TATTTGAGGTAAGCAAGCCCCATAACGGACTATCACTAGCTCAGAGACATTTTTCAGCCTTGAATAAAAT CAGCCCGCAGGGACAAAAAAAAATGGGGAAAACTTCGTTAGGGAAACTTCCAGCGACCTTAACTGCTCAG GAGGTAGGGATCCTAACAGGAAAACCTTGTCAGGAGTCTCCATTGAAACCTCCGGGTTTTTGTTTTGTTC TGAATAGGAGCACGTGCCTTGAAAAGATTAGCACCCCTTGAGCTTGTTTTCTGAGACAGCCTCTTTGTCC GAATCCACCTTAGACTGGAAGCGCCAAGTGGGCAGGACAAGCACCCAGTCCAGGGAACAGCCCAGGGACC AGCCAAGGCCCGCCCTAGGCGGTTTTGGGGCCGTTGTCGGGTGCCGGCTGCGGGAGTTGAGGTCCCGGGG GAGGGGGCAGACACGCGGTACACACTGAGGGCGGGACACGGGCGTTCCTTCCCGGTTCCACCCGAGCCCG TAGAGAACGTAAACACCCTCCCGGCCTAGAGGCCCCGGGACCGGGTGGGCGGGGGGGGGGGGGTGGAAAT GCTTGGGCCGCGCAGCCGCAGTGTGGAGGCTCGAGCCCCGCTCTTACGTCACGTGGAGCCCCGCCCTTAG GTGGAGCGGCGGGAGCGCGCAAGGTTCTGTCACGCAGGCGCGTTCGCGCGGCGTAGGTGGTGCTAGAGGC GACTCGGGGGATTCTAGGGCGACGGCGCTGCCGCCATTTTGTGGGGTGTTTGTCGCAGCGGCCGAGGAGG GAAGACGGCAGTTTGGCGACATTTCTCGGCCGAAGGGCCATTTGCTTTTGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CLK4_1 ↗ | 5:178,627,030 | 負股 | 178,627,020–178,627,079 |
| CLK4_3 ↗ | 5:178,630,616 | 負股 | 178,630,606–178,630,665 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_DBT9P · enhancer · 178624660–178627019 · regulatory
ENSR5_B3BG63 · promoter · 178627020–178627540 · regulatory
ENSR5_B3BG6K · enhancer · 178630438–178631183 · regulatory
· motif · 178626312–178626329 · motif
· motif · 178626416–178626425 · motif
· motif · 178626749–178626761 · motif
· motif · 178627032–178627042 · motif
· motif · 178627099–178627110 · motif
· motif · 178627099–178627110 · motif
· motif · 178627154–178627163 · motif
· motif · 178627154–178627163 · motif
· motif · 178627191–178627202 · motif
· motif · 178627191–178627202 · motif
· motif · 178627347–178627360 · motif
· motif · 178627347–178627360 · motif
· motif · 178627356–178627373 · motif
· motif · 178627543–178627552 · motif
· motif · 178627543–178627552 · motif
· motif · 178630573–178630584 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：481 aa
CLK4 蛋白長 481 個胺基酸，屬於 protein kinase 超家族中的 CMGC Ser/Thr protein kinase 家族及 Lammer 次家族。其 protein kinase 結構域位於第 159 至 475 個胺基酸；第 1 至 46 與第 102 至 143 個胺基酸區段則註解為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- KPNA1P52294 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-6P60371 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SRRM4A7MD48 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
CLK4 與 UBL5 有交互作用；來源未進一步說明這項交互作用是否涉及特定複合體或功能結果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CLK4 是雙重專一性激酶，可磷酸化絲胺酸、蘇胺酸及酪胺酸受質。它會磷酸化剪接體中的 SR 蛋白質，包括 SRSF1 和 SRSF3；這可能屬於協助 SR 蛋白質調控 RNA 剪接的機制網絡。CLK4 是 MAPT/TAU 選擇性剪接調控所必需，並在內皮細胞中調節 F3 前驅 mRNA 的選擇性剪接。 | 含實驗來源 | 證據與來源Dual specificity kinase acting on both serine/threonine and tyrosine-containing substrates. Phosphorylates serine- and arginine-rich (SR) proteins of the spliceosomal complex and may be a constituent of a network of regulatory mechanisms that enable SR proteins to control RNA splicing. Phosphorylates SRSF1 and SRSF3. Required for the regulation of alternative splicing of MAPT/TAU. Regulates the alternative splicing of tissue factor (F3) pre-mRNA in endothelial cells PMID 11170754 ↗ · PMID 19168442 ↗ |
| 分子活性 | L-seryl-[protein] + ATP = O-phospho-L-seryl-[protein] + ADP + H(+) | 資料庫紀錄 | |
| 分子活性 | L-threonyl-[protein] + ATP = O-phospho-L-threonyl-[protein] + ADP + H(+) | 資料庫紀錄 | |
| 分子活性 | L-tyrosyl-[protein] + ATP = O-phospho-L-tyrosyl-[protein] + ADP + H(+) | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | CLK4 與 UBL5 交互作用；此敘述僅指出兩者有交互作用，未提供更具體的結合方式、複合體組成或功能影響。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | CLK4 位於細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GACGGCGCTGCCGCCATTTTGTGGGGTGTTTGTCGCAGCG40GCCGAGGAGGGAAGACGGCAGTTTGGCGACATTTCTCGGC80CGAAGGGCCATTTGCTTTTGCGGAGATGCGGCATTCCAAA120AGAACTCACTGTCCTGATTGGGATAGCAGAGAAAGCTGGG160GACATGAAAGCTATCGTGGAAGTCACAAGCGGAAGAGGAG200ATCTCATAGTAGCACACAAGAGAACAGGCATTGTAAACCA240CATCACCAGTTTAAAGAATCTGATTGTCATTATTTAGAAG280CAAGGTCCTTGAATGAGCGAGATTATCGGGACCGGAGATA320CGTTGACGAATACAGGAATGACTACTGTGAAGGATATGTT360CCTAGACATTATCACAGAGACATTGAAAGCGGGTATCGAA400TCCACTGCAGTAAATCTTCAGTCCGCAGCAGGAGAAGCAG440TCCTAAAAGGAAGCGCAATAGACACTGTTCAAGTCATCAG480TCACGTTCGAAGAGCCACCGAAGGAAAAGATCCAGGAGTA520TAGAGGATGATGAGGAGGGTCACCTGATCTGTCAAAGTGG560AGACGTTCTAAGAGCAAGATATGAAATCGTGGACACTTTG600GGTGAAGGAGCCTTTGGCAAAGTTGTAGAGTGCATTGATC640ATGGCATGGATGGCATGCATGTAGCAGTGAAAATCGTAAA680AAATGTAGGCCGTTACCGTGAAGCAGCTCGTTCAGAAATC720CAAGTATTAGAGCACTTAAATAGTACTGATCCCAATAGTG760TCTTCCGATGTGTCCAGATGCTAGAATGGTTTGATCATCA800TGGTCATGTTTGTATTGTGTTTGAACTACTGGGACTTAGT840ACTTACGATTTCATTAAAGAAAACAGCTTTCTGCCATTTC880AAATTGACCACATCAGGCAGATGGCGTATCAGATCTGCCA920GTCAATAAATTTTTTACATCATAATAAATTAACCCATACA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。