基因總覽
CLIP1（CAP-Gly domain containing linker protein 1）是蛋白質編碼基因，其產物為細胞骨架相關的連結蛋白。蛋白質長 1,438 個胺基酸，含有兩個 CAP-Gly 結構域，另在 C 端具有 CCHC 型鋅指。其結構特色與多種細胞骨架及微管相關分子的互作相呼應，使 CLIP1 能參與微管與細胞質囊泡之間的連結。來源所述的主要角色涵蓋微管細胞骨架調節及細胞內囊泡運輸；具體分子作用與相關細胞過程見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000620786 ★ | 122,271,469–122,422,669 | 26 |
| ENST00000361654 | 122,271,432–122,422,778 | 24 |
| ENST00000302528 | 122,271,432–122,380,560 | 24 |
| ENST00000358808 | 122,271,432–122,422,778 | 25 |
| ENST00000537178 | 122,271,432–122,422,778 | 24 |
| ENST00000859888 | 122,271,432–122,422,778 | 25 |
| ENST00000859889 | 122,271,432–122,422,778 | 25 |
| ENST00000859890 | 122,271,432–122,422,778 | 23 |
| ENST00000859891 | 122,271,432–122,422,778 | 26 |
| ENST00000859892 | 122,271,432–122,382,987 | 24 |
| ENST00000971569 | 122,271,432–122,422,778 | 26 |
| ENST00000971570 | 122,271,432–122,422,778 | 25 |
顯示 12/32 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CLIP1結合微管的正端，並調節微管細胞骨架的動態。它促進微管生長，也促進微管束形成，因此與微管的延伸及排列狀態相關。這些作用使微管不只是細胞內的結構成分，也能作為細胞內運輸所依循的路徑。
CLIP1還能連結細胞質囊泡與微管，因而參與細胞內囊泡運輸。這項連結將微管細胞骨架的動態調節，與囊泡在細胞內的移動相聯繫；來源指出，CLIP1在囊泡運輸中具有重要作用，但未進一步限定其作用於哪些囊泡貨物或運輸步驟。
來源也指出CLIP1參與巨胞飲作用及胞內體運輸。這些細胞過程涉及囊泡相關活動，與CLIP1連結囊泡和微管的角色相符；不過現有資料未明確說明CLIP1在兩個過程中的具體作用階段。因此，較穩妥的理解是，CLIP1兼具微管動態調節與囊泡運輸相關功能，並參與上述細胞過程，而不將其延伸解讀為已知的特定機制。
Promoter 與基因調控
>CLIP1 ENST00000620786 GRCh38 chr12:122422569-122423669 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGGTCCAGGCAGCACGGTGCTTTGAATAAAGGTCAGCTAGAGGGGTCACCCGCCGATTATTCTCTTCTA CTGGCAAGGAGGAGGAAGCCCCTGCCCCCTTATCCACCACAAAATCCTGGGCTTCCCCGACAGCTGCAAA TTCCTCCCTGGAGATGTAAGGCTTCTGGGGTTGCCATGGTCCATGGGAGTGAAATGCTGGCCGCCCTCTG CTACCCCAGCCCCGAGCAGGCTGTTGCAGCCTTCCCTCCTGTCCCTTTCAAAAGCTTTTAAAGGAAATCC CAGGGGGGAAGGAGGATGGGACACTAACCAGGGCTTCCGTCCAAGCAGCCAGGGCGAATAAAAGGGGCTT TTCTCAAACGAACGGAGCAAACCCTGGGATCGTTTCAAAGGATTTTTAACCCGCGGTCGTTCCCGGAGGG AAGTGGGGAGCAGATACAGTTCTTCCCAAGCTTAACCTGCTCTACAGTTCCTTTCAGCATTTTCTCCAGG GACGCCTCATCCAGGGTCTTTCCCTGGAGGGAGGCGAGGGCAGAGATGATCCTTCCCAATCCCCAACTTA ACCTGCTTCGGAAGCGCCTTGCAGCCTGTTTCAAAGGATTTCTCACCCTTGTCTGGCGGGAAGGGGAGGG CAAACAAATGAATCAGCCCCAAAGAGCGGGCTGAGGTCGAGGCTGAATGGGGCTCTTGGGTGTGACTTGC AAATTCTGGGAACACTTTGCAGAAATGACGAGAAGCCCCTCGGAGCAGGCCTGTGGGTTTTCCCTCGCAC CTTGCTCCCCAAGCCGGGGCTCGGGAGGGTTCGAGGGCGGAGCGGCGGGCGCGCCGGGGCCAGGGTCCTC CCGGGGCCGCGGTGGGCGCAGACAAAGAGGCGGCGGGGCGGCGCGGGGCCGGGCGCGGGCCGCAGGGCCG GTGCGGACTCGAGGGGCCGGGCCGGCCGGGCCGGCCGGGCGGGCGCGGCGGCGGAGCGCTGGGAGGAGCC GCGCGGCGTCTTCTCCTGGCAGCGCGCGCCCGCCCGGCCCCGCGGCGGCGGCGGCGCGTCACGCTCTCCC CCGCCCCGAGCCGACGAGCCGGGAGGCGGGAGGCGGCGGCCGCGGCGGCTG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CLIP1_1 ↗ | 12:122,422,612 | 負股 | 122,422,602–122,422,661 |
| CLIP1_3 ↗ | 12:122,422,951 | 負股 | 122,422,941–122,423,000 |
| CLIP1_2 ↗ | 12:122,423,687 | 負股 | 122,423,677–122,423,736 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_CG5ZQ · enhancer · 122420980–122422558 · regulatory
ENSR12_533RGGL · CTCF_binding_site · 122422228–122422249 · regulatory
ENSR12_BW9ZM · promoter · 122422559–122423159 · regulatory
ENSR12_533RGJM · CTCF_binding_site · 122422667–122422688 · regulatory
ENSR12_93RKZK · promoter · 122423668–122424162 · regulatory
· motif · 122419295–122419308 · motif
· motif · 122420072–122420084 · motif
· motif · 122420131–122420143 · motif
· motif · 122420666–122420678 · motif
· motif · 122421505–122421518 · motif
· motif · 122422097–122422112 · motif
· motif · 122422230–122422246 · motif
· motif · 122422419–122422432 · motif
· motif · 122422669–122422685 · motif
· motif · 122423047–122423069 · motif
· motif · 122423047–122423069 · motif
· motif · 122423176–122423189 · motif
· motif · 122423176–122423189 · motif
· motif · 122423381–122423394 · motif
· motif · 122423381–122423394 · motif
· motif · 122423617–122423629 · motif
· motif · 122423620–122423627 · motif
· motif · 122423630–122423642 · motif
· motif · 122423807–122423819 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1438 aa
CLIP1蛋白質長1,438個胺基酸，含兩個CAP-Gly結構域，分別位於第78至120及第232至274個胺基酸；第97至101個胺基酸區域對tubulin結合重要。C端第1417至1434個胺基酸包含CCHC型鋅指。另有多段區域被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CLIP1位於細胞質及細胞骨架，也出現在微管正端；依相似性資料，它較偏向定位於酪胺酸化微管的末端。 它亦可累積於質膜皺褶與突起區域，並與中間階段巨胞飲囊泡的膜相關。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, ruffle。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- MAPRE1Q15691 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 3 筆來源紀錄
- RELQ04864-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TUBA4AP68366 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DCTN1Q14203 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- TUBA1AQ71U36 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
CLIP1透過CAP-Gly結構域與tubulin互作，並與TUBA1B、MAPRE1、MAPRE3及SLAIN2互作；其鋅指則參與與DCTN1的互作。CLIP1與MTOR互作，MTOR會磷酸化並調節CLIP1。依相似性資料，CLIP1偏好結合酪胺酸化微管，與去酪胺酸化微管的結合則較有限。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CLIP1結合微管正端並調節微管細胞骨架的動態，可促進微管生長與成束；它也連結細胞質囊泡和微管，參與細胞內囊泡運輸，並涉及巨胞飲作用及胞內體運輸。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds to the plus end of microtubules and regulates the dynamics of the microtubule cytoskeleton. Promotes microtubule growth and microtubule bundling. Links cytoplasmic vesicles to microtubules and thereby plays an important role in intracellular vesicle trafficking. Plays a role macropinocytosis and endosome trafficking PMID 12433698 ↗ · PMID 17563362 ↗ · PMID 17889670 ↗ |
| 交互作用 | CLIP1與MTOR互作，而MTOR會磷酸化並調節CLIP1；CLIP1透過CAP-Gly結構域與tubulin互作，亦與SLAIN2、TUBA1B、MAPRE1及MAPRE3互作，並透過鋅指與DCTN1互作。依相似性資料，CLIP1偏好結合酪胺酸化微管，對去酪胺酸化微管僅有有限結合。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with MTOR; phosphorylates and regulates CLIP1. Interacts (via CAP-Gly domains) with tubulin. Interacts with SLAIN2. Interacts (via zinc finger) with DCTN1. Interacts with TUBA1B, MAPRE1 and MAPRE3. Binds preferentially to tyrosinated microtubules, and only marginally to detyrosinated microtubules (By similarity) PMID 12231510 ↗ · PMID 17563362 ↗ · PMID 17828275 ↗ · PMID 17828277 ↗ · PMID 17889670 ↗ · PMID 20679239 ↗ · PMID 21646404 ↗ |
| 細胞定位 | CLIP1位於細胞質、細胞骨架及細胞質囊泡膜的細胞質側，也出現在細胞突起的皺褶區及微管正端。依相似性資料，它較偏向定位於酪胺酸化微管末端；此外會累積於質膜皺褶與突起區，並與中間階段巨胞飲囊泡的膜相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Cytoplasm, cytoskeleton; Cytoplasmic vesicle membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Cell projection, ruffle; Localizes to microtubule plus ends. Localizes preferentially to the ends of tyrosinated microtubules (By similarity). Accumulates in plasma membrane regions with ruffling and protrusions. Associates with the membranes of intermediate macropinocytic vesicles PMID 17889670 ↗ · PMID 21646404 ↗ · PMID 12433698 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGCGCGCGCCCGCCCGGCCCCGCGGCGGCGGCGGCGCGTC40ACGCTCTCCCCCGCCCCGAGCCGACGAGCCGGGAGGCGGG80AGGCGGCGGCCGCGGCGGCTGCTGCTGCTGCAGTGGGACA120GGTGGCGGCGACCGGCGGCGTCCGAGGAGATTTAATCCAG160AGACTGACTTCACTATAGAACCCACAGTTGTATCAATGGT200TGGGGAAAGATAGTGGCAACAGGCAAAGGAGAAACAGCTC240TGACATACAAAGAAAATGAGTATGCTAAAGCCAAGTGGGC280TTAAGGCCCCCACCAAGATCCTGAAGCCTGGAAGCACAGC320TCTGAAGACACCTACGGCTGTTGTAGCTCCAGTAGAAAAA360ACCATATCCAGTGAAAAAGCATCAAGCACTCCATCATCTG400AGACTCAGGAGGAATTTGTGGATGACTTTCGAGTTGGGGA440GCGAGTTTGGGTGAATGGAAATAAGCCTGGATTTATCCAG480TTTCTTGGAGAAACCCAGTTTGCACCAGGCCAGTGGGCTG520GAATTGTTTTAGATGAACCCATAGGCAAGAACGATGGTTC560GGTGGCAGGAGTTCGGTATTTCCAGTGTGAACCTTTAAAG600GGCATATTTACCCGACCTTCAAAGTTAACAAGGAAGGTGC640AAGCAGAAGATGAAGCTAATGGCCTGCAGACAACGCCCGC680CTCCCGAGCTACTTCACCGCTGTGCACTTCTACGGCCAGC720ATGGTGTCTTCCTCCCCCTCCACCCCTTCAAACATCCCTC760AGAAACCATCACAGCCAGCAGCAAAGGAACCTTCAGCTAC800GCCTCCGATCAGCAACCTTACAAAAACTGCCAGTGAATCT840ATCTCCAACCTTTCAGAGGCTGGCTCAATCAAGAAAGGAG880AAAGAGAGCTCAAAATCGGAGACAGAGTATTGGTTGGTGG920CACTAAGGCTGGTGTAGTCCGGTTTCTTGGGGAGACCGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。