基因總覽
CLIC5（CLIC family member 5）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 chloride channel CLIC family。蛋白質長 410 個胺基酸，具有 GST C-terminal 區域，並可呈現可溶性或膜相關形式；膜插入後預測具有單次穿膜的螺旋區。來源指出，CLIC5 的作用涵蓋氧化還原反應、膜離子通道特性，以及內耳、腎小球和眼睛晶狀體的正常結構或發育。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000339561 ★ | 45,898,456–46,015,860 | 6 |
| ENST00000644878 | 45,880,827–46,015,607 | 6 |
| ENST00000644324 | 45,880,827–46,015,611 | 7 |
| ENST00001044258 | 45,880,829–46,015,860 | 8 |
| ENST00001100707 | 45,891,957–46,015,857 | 7 |
| ENST00000185206 | 45,898,456–46,080,348 | 6 |
| ENST00001044261 | 45,901,417–46,015,860 | 7 |
| ENST00001007756 | 45,901,768–46,015,860 | 5 |
| ENST00001007757 | 45,911,622–46,015,913 | 7 |
| ENST00000544153 | 45,911,623–46,015,828 | 6 |
| ENST00001044262 | 45,911,624–46,015,860 | 7 |
| ENST00001007758 | 45,911,626–46,015,860 | 5 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CLIC5 的作用形式會隨其狀態而異。在可溶狀態下，它可催化類似 glutaredoxin 的硫醇－二硫鍵交換反應，並以還原型 glutathione 作為電子供體；此功能註記為相似性推論。CLIC5 也能插入膜中形成非選擇性離子通道，對 Na(+)、K(+) 與 Cl(-) 的通透性大致相近。這些離子通量的方向性描述為進出膜兩側相等，來源未將其描述為偏向特定離子的選擇性通道。
在內耳，CLIC5 對正常聽覺具有必要性；來源亦指出，它是形成 stereocilia 及器官柯蒂正常發育所必需，但這兩項陳述依相似性資料。這些結構相關功能與聽覺表現相連，而非僅限於離子通道特性。來源另提出，CLIC5 可能參與跨上皮離子吸收與分泌的調節，但以「可能」表述，並未將此角色說成已確立的作用機制。
在腎小球，CLIC5 對腎小球內皮細胞與足細胞正常架構的形成及／或維持是必要的。眼睛方面，它參與晶狀體縫合線的形成；該結構與晶狀體正常光學性質相關。上述資料顯示，CLIC5 涉及不同組織的細胞結構與生理功能；來源沒有提供足以將這些組織效應歸結為單一分子機制的說明。
Promoter 與基因調控
>CLIC5 ENST00000339561 GRCh38 chr6:46015760-46016860 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTAATGAGCGAAAGAAGCCAGACACCAACATTCCAGGCAAAAAGATCCTATGCTGCTACAAGCCAGAATA ATGGTTACCCTGGGACAGTGGAGACGGGAGAAAAGATGTGGAGAGGAGAGAGCAGGAGGAGCTTCTAGGG CTGTGGCTAACATTTTATTCTTCATCTGGCGCTCGTTACATGGGTGGGTTGGATTGTGAAAATTCATTGA GGCATACACCTAAGATATGTGCATCTTTTCTGTGTTTGCATCCTACTTCACTAAAACAACCAGAAGAGAA CGGGAATGAAGTAAGATCAGAAAATAAAGGAAGAAATAGAAAGAAAATGAAAGAAGGGAGAAGAAAAATA AACAAACCCAGAAGGCTGAAAGGCATGGAAGCCGCACCTGACCGGGTTGACTCACCCCTCTGCCCCAGGA GCCACCCCTGCCCTGCCCTGCCCGTCCCCAGCACCCTACTCTCCTTTTGCTTAGCCCAAGGATGGCAAAT GCCCCTTTTGGTGGGGGTTCTGAGCATCACTAAGACAGGAAGGGCTTTCCAAGTGGGTAAGGCTGGTAGT GGAGTAACTCGGAGGAGCTGACGCTTTATTAAAGAAACAGAAGACTTGAGAGCCATCTCCTCTCTTCCTT CCCCTTCCCCTTTCCCCTTCCTCTTCCCCTTCCCCTTTCCCCTTCCTCTTCCCCTTCCCCTTTCCCCTTC CTCTTCCCCTTCCCCTTTCCCCTTCCTCTTCCCCTTCCCCTTTCCCCTTCCTCTTCCCCTTCCCCTTCTC CTCGACTCTTTCTGCCTTCGCCTCATTATCCGCCCCCAGGACATCCTCTTGGCCTTGGTGGCTTTGCCAG GACCAGCTCTGTCTCCGCCTCCTGCCCTGCGGGGTCTTGGGGCGGGGGGCCGTGGCCCGGCCCAGGCCCG AGCTGCCGGGGTGTCCCCGCCGCGTCCCCGCCCGGCTGACCCCGCCCTGCAGCCGCCGGCTATTTTGGGC GCGTTGGCGGCGGCGGGATCGCTGACAGTCGCGGATCCTGTGACACCTCCGGGCAGCCCGGCACTTGTTG CTCCCACGACCTGTTGTCATTCCCTTAACCCGGCTTTCCCCGTGGCCCCCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CLIC5_3 ↗ | 6:46,015,705 | 負股 | 46,015,695–46,015,754 |
| CLIC5_1 ↗ | 6:46,015,860 | 負股 | 46,015,850–46,015,909 |
| CLIC5_4 ↗ | 6:46,080,321 | 負股 | 46,080,311–46,080,370 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_C6K9D · enhancer · 46010874–46012006 · regulatory
ENSR6_C6K9L · enhancer · 46014167–46015596 · regulatory
ENSR6_9N95Q · promoter · 46015597–46016090 · regulatory
ENSR6_5DS87W · CTCF_binding_site · 46015744–46015765 · regulatory
· motif · 46011641–46011656 · motif
· motif · 46011714–46011723 · motif
· motif · 46011784–46011792 · motif
· motif · 46011784–46011801 · motif
· motif · 46011829–46011842 · motif
· motif · 46012151–46012171 · motif
· motif · 46015746–46015762 · motif
· motif · 46015908–46015915 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：410 aa
CLIC5 蛋白質長 410 個胺基酸，屬於 chloride channel CLIC family。其註解包含位於第 260–400 位胺基酸的 GST C-terminal 區域，以及第 191–194 位的 G-site motif。第 193–213 位為螺旋型穿膜區，註記指出此區在蛋白質插入膜後形成。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Isoform 1 可為可溶性細胞質蛋白，也可成為膜蛋白；其膜形式可能具有單一穿膜區。 它與皮質肌動蛋白細胞骨架相關，並位於耳蝸毛細胞頂端、毛束基部；在腎小球則與 podocalyxin 共定位於頂端細胞膜。 Isoform 2 與 AKAP9 在 Golgi apparatus 共定位，較少見於 centrosome。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Membrane；Cell projection, stereocilium。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- SRCP00523 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TPRNQ4KMQ1-2 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
CLIC5 是包含 actin、ezrin、alpha-actinin、gelsolin 與 IQGAP1 等細胞骨架蛋白的多聚複合體成員，並與 AKAP9 及 TPRN 有互作。TPRN、CLIC5 與 PTPQR 在 stereocilia 基部形成同心環，可能組成複合體。CLIC5 也與 EZR、MYO6 和 RDX 互作；來源提出這些蛋白可能協同形成複合體，以穩定 stereocilia 基部的質膜與其下方 actin 細胞骨架連結。
疾病與遺傳關聯
CLIC5 基因變異與常染色體隱性遺傳性耳聾 103（DFNB103）相關。此感音神經性耳聾通常在幼年起病，聽力損失可由輕度進展至重度甚至極重度，並在第二個十年之前出現；疾病亦伴有前庭反射消失。來源將疾病描述為由影響 CLIC5 的基因變異所致。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 8 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CLIC5 在可溶狀態下可進行類似 glutaredoxin 的硫醇－二硫鍵交換反應，電子供體為還原型 glutathione；此功能依相似性推論。它也可插入膜中，形成對 Na(+)、K(+) 與 Cl(-) 通透性大致相近的非選擇性離子通道。CLIC5 對正常聽覺、內耳 stereocilia 形成及器官柯蒂發育有關，亦可能參與跨上皮離子吸收與分泌調節，並涉及腎小球細胞架構及晶狀體縫合線形成。 | 含實驗來源 | 證據與來源In the soluble state, catalyzes glutaredoxin-like thiol disulfide exchange reactions with reduced glutathione as electron donor (By similarity). Can insert into membranes and form non-selective ion channels almost equally permeable to Na(+), K(+) and Cl(-). Required for normal hearing. It is necessary for the formation of stereocilia in the inner ear and normal development of the organ of Corti (By similarity). May play a role in the regulation of transepithelial ion absorption and secretion. Is required for the development and/or maintenance of the proper glomerular endothelial cell and podocyte architecture. Plays a role in formation of the lens suture in the eye, which is important for normal optical properties of the lens (By similarity) PMID 15184393 ↗ · PMID 18028448 ↗ · PMID 20335315 ↗ · PMID 24781754 ↗ |
| 分子活性 | chloride(in) = chloride(out) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | Na(+)(in) = Na(+)(out) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | K(+)(in) = K(+)(out) | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | CLIC5 是含 actin、ezrin、alpha-actinin、gelsolin 與 IQGAP1 等細胞骨架蛋白的多聚複合體成員，並與 AKAP9、TPRN、EZR、MYO6 及 RDX 互作。TPRN、CLIC5 與 PTPQR 在 stereocilia 基部形成同心環，可能構成複合體；EZR、MYO6、RDX 與 CLIC5 也可能協同穩定該處質膜與下方 actin 細胞骨架的連結。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of a multimeric complex consisting of several cytoskeletal proteins, including actin, ezrin, alpha-actinin, gelsolin, and IQGAP1. Interacts with AKAP9. Interacts with TPRN. TPRN, CLIC5 and PTPQR form concentric rings at the base of stereocilia and may form a complex (By similarity). Interacts with EZR, MYO6 and RDX; the proteins may work together as a complex to stabilize linkages between the plasma membrane and subjacent actin cytoskeleton at the stereocilium base (By similarity) PMID 12163479 ↗ · PMID 18028448 ↗ · PMID 24285636 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 1 可存在於細胞質或膜中，後者可能具有單一穿膜區，並與皮質 actin 細胞骨架相關。在耳蝸毛細胞中，它位於頂端、富含 actin 的毛束基部；在腎小球頂端細胞膜與 podocalyxin 共定位。它也可能位於晶狀體上皮細胞的 centrosome，並被註記於 stereocilium、粒線體等位置。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 1; Cytoplasm, cytoskeleton; Cytoplasm, cell cortex; Membrane / Single-pass membrane protein; Apical cell membrane / Single-pass membrane protein; Cytoplasm; Mitochondrion; Cell projection, stereocilium; Associates with the cortical actin cytoskeleton. Localizes to the apical region of cochlear hair cells, at the base of the actin-rich hair bundle (By similarity). Colocalizes with podocalyxin at the apical cell membrane in renal glomeruli. May localize to the centrosome in lens epithelial cells (By similarity). Exists both as soluble cytoplasmic protein and as membrane protein with probably a single transmembrane domain (By similarity) PMID 10793131 ↗ · PMID 15184393 ↗ · PMID 18028448 ↗ · PMID 20335315 ↗ · PMID 24285636 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 2 位於 Golgi apparatus，以及細胞骨架中的微管組織中心與 centrosome。它與 AKAP9 在 Golgi apparatus 共定位，在 centrosome 也有較低程度的共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 2; Golgi apparatus; Cytoplasm, cytoskeleton, microtubule organizing center, centrosome; Colocalizes with AKAP9 at the Golgi apparatus as well as, to a lesser extent, the centrosome PMID 12163479 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 CLIC5 的基因變異會造成常染色體隱性遺傳性耳聾 103（DFNB103）。此感音神經性耳聾在幼年起病，聽力障礙會由輕度進展至重度或極重度，並於第二個十年之前發生；患者亦伴有前庭反射消失。 | 含實驗來源 | 證據與來源Deafness, autosomal recessive, 103 DFNB103 A form of sensorineural deafness with onset in early childhood. Hearing impairment progresses from mild to severe or even profound before the second decade, and is accompanied by vestibular areflexia. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 616042 PMID 24781754 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCTGACAGTCGCGGATCCTGTGACACCTCCGGGCAGCCCG40GCACTTGTTGCTCCCACGACCTGTTGTCATTCCCTTAACC80CGGCTTTCCCCGTGGCCCCCCGCCTCCTCCCGGCTTCGCT120CCTTTTCATGTGAGCATCTGGGACACTGATCTCTCAGACC160CCGCTGCTCGGGCTGGAGAATAGATGGTTTTGTGAAAAAT200TAAACACCGCCCTGAAGAGGAGCCCCGCTGGGCAGCGGCA240GGAGCGCAGAGTGCTGGCCCAGGTGCTGCAGAGGTGGCGC280CTCCCCGGCCCGGGACGGTAGCCCCGGGCGCCAACGGCAT320GACAGACTCGGCGACAGCTAACGGGGACGACAGGGACCCC360GAGATCGAGCTCTTTGTGAAGGCTGGAATCGATGGAGAAA400GCATCGGCAACTGTCCTTTCTCTCAGCGCCTCTTCATGAT440CCTCTGGCTGAAAGGAGTCGTGTTCAATGTCACCACTGTG480GATCTGAAAAGAAAGCCAGCTGACCTGCACAACCTAGCCC520CCGGCACGCACCCGCCCTTCCTGACCTTCAACGGGGACGT560GAAGACAGACGTCAATAAGATCGAGGAGTTCCTGGAGGAG600ACCTTGACCCCTGAAAAGTACCCCAAACTGGCTGCAAAAC640ACCGGGAATCCAACACAGCGGGCATCGACATCTTTTCCAA680GTTTTCTGCCTACATCAAAAATACCAAGCAGCAGAACAAT720GCTGCTCTTGAAAGAGGCCTAACCAAGGCTCTAAAGAAAT760TGGATGACTACCTGAACACCCCTCTACCAGAGGAGATTGA800CGCCAACACTTGTGGGGAAGACAAGGGGTCCCGGCGCAAG840TTCCTGGATGGGGATGAGCTGACCCTGGCTGACTGCAATC880TGTTGCCCAAGCTCCATGTGGTCAAGATTGTGGCCAAGAA920ATACCGCAACTATGATATCCCGGCTGAGATGACAGGCCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。