基因總覽
CLIC4（CLIC family member 4）是蛋白質編碼基因，產物為 Chloride intracellular channel protein 4，屬於 chloride channel CLIC family。此蛋白質具有可溶性形式，也可插入膜中，並具有可能的單次跨膜區段；來源描述的膜插入與氧化還原狀態有關。其序列註解包含 GST C-terminal domain、G-site motif，以及與膜插入相關的區域。這些特徵構成 CLIC4 在細胞內不同狀態下執行功能的基本背景。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000374379 ★ | 24,745,447–24,844,321 | 6 |
| ENST00000951855 | 24,745,342–24,844,321 | 6 |
| ENST00000889870 | 24,745,351–24,844,321 | 5 |
| ENST00001092624 | 24,745,351–24,844,321 | 6 |
| ENST00001126696 | 24,745,351–24,840,473 | 5 |
| ENST00001126697 | 24,745,351–24,798,396 | 3 |
| ENST00001145687 | 24,745,351–24,844,321 | 6 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CLIC4 的功能會隨其所處狀態而異。在可溶性狀態下，它催化類似 glutaredoxin 的硫醇－二硫鍵交換反應，並以還原型 glutathione 作為電子供體。這項酵素活性描述的是 CLIC4 作為可溶性蛋白質時的作用；來源並未將此反應限定於特定細胞過程。
CLIC4 也能插入膜中並形成具電壓依賴性的多離子傳導通道。膜插入似乎受到氧化還原狀態調控，且可能只在氧化條件下發生；此條件性描述具有推論性，不宜視為所有情境下都會發生的固定狀態。相關功能註記列出 chloride 的跨膜傳輸，另外以相似性為依據，列出 thiocyanate、nitrate、iodide、bromide、fluoride 與 choline 的傳輸方向性。這些項目的證據層級不同，後述底物的功能描述依據相似性資料。
除了氧化還原反應與膜通道相關作用，CLIC4 也被描述具有其他細胞功能。它可能參與血管新生，並可能在有絲分裂與細胞質分裂期間維持頂端－基底側膜極性；來源以可能性描述這些角色。此外，CLIC4 可促進內皮細胞增殖並調節內皮形態發生，包括管狀結構形成（tubulogenesis）。這些觀察將其功能延伸至內皮細胞生長與形態塑造，但來源未提供更細的作用機制。
CLIC4 亦可促進 HRH3 在細胞表面的表現。這項功能與其膜相關性相符，但資料未進一步說明促進表面表現的分子步驟。總體而言，來源支持 CLIC4 具有可溶性氧化還原酵素作用、條件性膜通道功能，以及若干與細胞極性、內皮細胞行為和 HRH3 表面表現相關的角色；各項功能的條件與證據性質並不相同。
Promoter 與基因調控
>CLIC4 ENST00000374379 GRCh38 chr1:24744447-24745547 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGACTAACACGGTGAAACC CCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGCGGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGA GGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGGCAGAGTTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTC CAGCCTAGGCGATAGAGCCAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATAT ATTTGTGAATATGCTGGCTGCCAAGATCGAAACGATCAGGAGCGTCAAAGGGAAAAACGAAGTCAGAGGC AGAAGAAAAAGGTGTTCCCCAGGCGATGAAAACTTTCCAGTAAGTTGTCTTGGAAAAGGCAACTCCGCGT AATAGAGGGACTTGGGGAGGTAGCCGCTGCGGGAAAGGGCGATGAGTCCTGGGGTGCTGCAGCGGGGGAG TGGGTAGGAGGCGCCTCCTAGCTTCCCCAGGGCGGCCGAGGCATGAGGTCACCTGGCACAGCAACAGCAG CAGCTGCGGAGGACGCGCAGGCGCTGCGGCGGGAGGCAGTGTCAGGCTCGGGCCCCTGGGGAATTCCTCC CCTCCTTTCCCCCCCGCACCAGTCCCCTAGAGAGGCGTACCCGGGTCCCGCCCGCCAGAGCCTGAGCTTT GTACCGCCCACCAAGGCCACGCCCCCTACCAGCTGTGGGGCGCCGCAGAGGTCCTTTCTTCGGCTCCGGA GCGGTCCCTCCGCCTTCCCCGCTCGAGGCCACGCCCCCGTGCTCCTGCCGCCTTATTTTCCCCGGAGAGT CCCGAGGCGCCGCGCCTTGGCCCTGCCTACAGCCCGAGGCCCCGCCCCCGGCGCCCCTCCCAGCCGTTTG AAGCGGCTCGGGCTGCGGCTGGCTCAGAGTGGCGCGGGGGGCGTGGGGCGGTGCTGAGGAGCTGAAGCCG TGGCCAGCTCGACGCCGGACAGTCCAGCGAGCAGCACGGCGGGAACCGGCAGCCGGAGCAGTCCCGGAGC AGAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCCTCGCCGTTCGCGGAGCGCAGCCGAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CLIC4_1 ↗ | 1:24,745,447 | 正股 | 24,745,398–24,745,457 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_8PM9Z · enhancer · 24741335–24741557 · regulatory
ENSR1_B6WKM · enhancer · 24742116–24742892 · regulatory
ENSR1_C4G9W · enhancer · 24743222–24744411 · regulatory
ENSR1_57S5XZ · CTCF_binding_site · 24744944–24744965 · regulatory
ENSR1_9CS73 · promoter · 24744957–24745457 · regulatory
ENSR1_57S5ZZ · CTCF_binding_site · 24745162–24745183 · regulatory
ENSR1_C4GB4 · enhancer · 24745458–24747291 · regulatory
ENSR1_57S64H · CTCF_binding_site · 24745708–24745729 · regulatory
ENSR1_57S69K · CTCF_binding_site · 24746800–24746821 · regulatory
ENSR1_9CS7R · enhancer · 24747545–24747856 · regulatory
ENSR1_C4GB9 · enhancer · 24748114–24749725 · regulatory
· motif · 24741670–24741679 · motif
· motif · 24742150–24742161 · motif
· motif · 24742225–24742236 · motif
· motif · 24742423–24742438 · motif
· motif · 24742530–24742543 · motif
· motif · 24742612–24742624 · motif
· motif · 24743668–24743677 · motif
· motif · 24743668–24743677 · motif
· motif · 24743703–24743725 · motif
· motif · 24743703–24743725 · motif
· motif · 24744143–24744156 · motif
· motif · 24744525–24744536 · motif
· motif · 24744930–24744940 · motif
· motif · 24744946–24744962 · motif
· motif · 24745020–24745031 · motif
· motif · 24745020–24745031 · motif
· motif · 24745057–24745070 · motif
· motif · 24745057–24745070 · motif
· motif · 24745138–24745152 · motif
· motif · 24745159–24745172 · motif
· motif · 24745162–24745172 · motif
· motif · 24745164–24745180 · motif
· motif · 24745241–24745254 · motif
· motif · 24745244–24745254 · motif
· motif · 24745273–24745286 · motif
· motif · 24745273–24745286 · motif
· motif · 24745325–24745335 · motif
· motif · 24745393–24745403 · motif
· motif · 24745710–24745726 · motif
· motif · 24746802–24746818 · motif
· motif · 24746809–24746819 · motif
· motif · 24748887–24748900 · motif
· motif · 24748941–24748950 · motif
· motif · 24748945–24748960 · motif
在分化中的角質形成細胞裡，鈣離子會使 CLIC4 表現上調；在肌成纖維細胞中，CLIC4 也呈上調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：253 aa
CLIC4 蛋白長 253 個胺基酸，屬於 chloride channel CLIC family。序列註解標示 GST C-terminal domain 位於第 81–244 個胺基酸，G-site motif 位於第 35–38 個胺基酸。第 37–57 個胺基酸區段被註記為螺旋型跨膜區，但此註解限定於插入膜後的狀態；第 2–101 個胺基酸區域則與膜插入有關。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CLIC4 存在可溶性細胞質形式，也可能以含單次跨膜區段的膜蛋白形式存在。 它與 AKAP9 共定位於中心體及中體；另有資料指出其位於可能代表 trans-Golgi network 囊泡的胞內囊泡區室。 心臟細胞中可能沒有核內 CLIC4。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell junction。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- TPRNQ4KMQ1-2 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
CLIC4 是包含 actin、ezrin、alpha-actinin、gelsolin、IQGAP1 與 CLIC5A 等細胞骨架蛋白的多聚複合體成分。它也能直接結合 brain dynamin I；此結合發生於包含 actin、tubulin 與 14-3-3 isoforms 的複合體中。另有資料記載 CLIC4 與 HRH3、AKAP9 互作，但未進一步界定互作形式。來源亦將 CLIC4 描述為單體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 11 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 可溶性 CLIC4 以還原型 glutathione 作為電子供體，催化類似 glutaredoxin 的硫醇－二硫鍵交換反應。它也能插入膜中形成電壓依賴性多離子傳導通道；膜插入似乎受氧化還原狀態調控，且可能僅在氧化條件下發生。另有可能參與血管新生、維持細胞分裂期間的膜極性、促進內皮細胞增殖與形態發生，並促進 HRH3 表面表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源In the soluble state, catalyzes glutaredoxin-like thiol disulfide exchange reactions with reduced glutathione as electron donor. Can insert into membranes and form voltage-dependent multi-ion conductive channels. Membrane insertion seems to be redox-regulated and may occur only under oxidizing conditions (By similarity). Has alternate cellular functions like a potential role in angiogenesis or in maintaining apical-basolateral membrane polarity during mitosis and cytokinesis. Could also promote endothelial cell proliferation and regulate endothelial morphogenesis (tubulogenesis). Promotes cell-surface expression of HRH3 PMID 12163372 ↗ · PMID 14569596 ↗ · PMID 16176272 ↗ · PMID 16239224 ↗ · PMID 18302930 ↗ · PMID 19247789 ↗ · PMID 25581026 ↗ · PMID 37759794 ↗ |
| 分子活性 | chloride(in) = chloride(out) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | thiocyanate(in) = thiocyanate(out) | 推論支持 | |
| 分子活性 | nitrate(in) = nitrate(out) | 推論支持 | |
| 分子活性 | iodide(out) = iodide(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | bromide(in) = bromide(out) | 推論支持 | |
| 分子活性 | fluoride(in) = fluoride(out) | 推論支持 | |
| 分子活性 | choline(out) = choline(in) | 推論支持 | |
| 交互作用 | CLIC4 是含有 actin、ezrin、alpha-actinin、gelsolin、IQGAP1 與 CLIC5A 等細胞骨架蛋白的多聚複合體成分。它直接結合 brain dynamin I，且該複合體包含 actin、tubulin 與 14-3-3 isoforms。資料也記載 CLIC4 為單體，並與 HRH3 及 AKAP9 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of a multimeric complex consisting of several cytoskeletal proteins, including actin, ezrin, alpha-actinin, gelsolin, IQGAP1 and CLIC5A. Binds directly to brain dynamin I in a complex containing actin, tubulin and 14-3-3 isoforms. Monomer. Interacts with HRH3. Interacts with AKAP9 PMID 10793131 ↗ · PMID 12163479 ↗ · PMID 16176272 ↗ · PMID 18302930 ↗ |
| 細胞定位 | CLIC4 存在於多種細胞區室，並有可溶性細胞質形式及可能具有單次跨膜區段的膜蛋白形式。它與 AKAP9 在中心體和中體共定位，也出現在可能代表 trans-Golgi network 囊泡的胞內囊泡區室；心臟細胞中可能沒有核內 CLIC4。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm, cytoskeleton, microtubule organizing center, centrosome; Cytoplasmic vesicle membrane / Single-pass membrane protein; Nucleus; Cell membrane / Single-pass membrane protein; Mitochondrion; Cell junction; Endoplasmic reticulum membrane / Single-pass membrane protein; Colocalized with AKAP9 at the centrosome and midbody. Exists both as soluble cytoplasmic protein and as membrane protein with probably a single transmembrane domain. Present in an intracellular vesicular compartment that likely represent trans-Golgi network vesicles. Might not be present in the nucleus of cardiac cells PMID 14569596 ↗ · PMID 17636002 ↗ · PMID 18302930 ↗ |
| 調控 | CLIC4 在分化中的角質形成細胞中會受到鈣離子調控而上調；在肌成纖維細胞中，其表現也呈上調。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated by calcium ions in differentiating keratinocytes. Up-regulated in myofibroblasts PMID 12163372 ↗ · PMID 17636002 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTCCAGCGAGCAGCACGGCGGGAACCGGCAGCCGGAGCA40GTCCCGGAGCAGAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCCTCGC80CGTTCGCGGAGCGCAGCCGAGCCGGCCATGGCGTTGTCGA120TGCCGCTGAATGGGCTGAAGGAGGAGGACAAAGAGCCCCT160CATCGAGCTCTTCGTCAAGGCTGGCAGTGATGGTGAAAGC200ATAGGAAACTGCCCCTTTTCCCAGAGGCTCTTCATGATTC240TTTGGCTCAAAGGAGTTGTATTTAGTGTGACGACTGTTGA280CCTGAAAAGGAAGCCAGCAGACCTGCAGAACTTGGCTCCC320GGGACCCACCCACCATTTATAACTTTCAACAGTGAAGTCA360AAACGGATGTAAATAAGATTGAGGAATTTCTTGAAGAAGT400CTTATGCCCTCCCAAGTACTTAAAGCTTTCACCAAAACAC440CCAGAATCAAATACTGCTGGAATGGACATCTTTGCCAAAT480TCTCTGCATATATCAAGAATTCAAGGCCAGAGGCTAATGA520AGCACTGGAGAGGGGTCTCCTGAAAACCCTGCAGAAACTG560GATGAATATCTGAATTCTCCTCTCCCTGATGAAATTGATG600AAAATAGTATGGAGGACATAAAGTTTTCTACACGTAAATT640TCTGGATGGCAATGAAATGACATTAGCTGATTGCAACCTG680CTGCCCAAACTGCATATTGTCAAGGTGGTGGCCAAAAAAT720ATCGCAACTTTGATATTCCAAAAGAAATGACTGGCATCTG760GAGATACCTAACTAATGCATACAGTAGGGACGAGTTCACC800AATACCTGTCCCAGTGATAAGGAGGTTGAAATAGCATATA840GTGATGTAGCCAAAAGACTCACCAAGTAAAATCGCGTTTG880TAAAAGAGATGTCTTCATGTCTTCCCCTAAGAATACGCTT920TTCCTAACAGGCTACTCCTTCCTGTAGAGCAGAAATTGTA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。