基因總覽
CLEC4E 是蛋白質編碼基因，產物正式名稱為 C-type lectin domain family 4 member E，屬於 C-type lectin 家族。此蛋白是單次跨膜的第二型膜蛋白，包含短的細胞質區段、跨膜區段，以及較大的細胞外區域；細胞外部分具有 C-type lectin 結構域。其基本角色是先天免疫中的模式識別受體，能辨認異常自身與微生物相關的分子訊號。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000299663 ★ | 8,533,305–8,540,905 | 6 |
| ENST00000545274 | 8,533,305–8,540,905 | 5 |
| ENST00001022847 | 8,533,305–8,540,905 | 4 |
| ENST00000446457 | 8,534,484–8,540,905 | 4 |
| ENST00000537698 | 8,534,581–8,539,255 | 3 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CLEC4E 是依賴鈣離子的模式識別受體，可感知異常自身的損傷相關分子模式（DAMP），以及細菌與真菌的病原體相關分子模式（PAMP）。其中一種已指出的微生物配體，是分枝桿菌細胞壁糖脂 trehalose 6,6'-dimycolate（TDM）；此脂質亦具有強烈的佐劑與免疫調節功能。
在髓系細胞中，CLEC4E 與訊號接頭 Fc receptor gamma chain（FCER1G）形成具功能的受體複合體。依相似性推定，TDM 與此複合體結合後，會促使 FCER1G 的免疫受體酪胺酸活化基序（ITAM）磷酸化，進而啟動 SYK、CARD9 與 NF-kappa-B。這些訊號與抗原呈現細胞成熟相關，並影響抗原特異性 T 細胞的啟動，使其偏向效應型 T-helper 1 與 T-helper 17 細胞亞型。
CLEC4E 也可辨認 Malassezia 屬致病真菌上的 alpha-mannose 殘基，並介導巨噬細胞活化；此功能描述依相似性推定。此外，細胞未以維持穩態的方式死亡時釋出的 DAMP，可由 CLEC4E 感知，使免疫系統辨識受損的自身組織，並促進發炎細胞浸潤至受損組織。
Promoter 與基因調控
>CLEC4E ENST00000299663 GRCh38 chr12:8540805-8541905 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGCCTGCTGGGTCTCTGAGACTTCAGAAGCTGCGTTATGTTGTGAAAAACTAAGCTGAGTTTCAAAGTGG TCTAATCACATGAGGCTGTCCTGCTGAGGGGGACTCTAGTAGTCAGCCTAGTAGTAGCAGCCTAGTAGTC AGCATAAGATAAGAGGGACATAAATCCACAACATTAGAATATTCAAGAGCTGCAAATGAAGAAGAAAGAA AAACCATAAAAGATGAAAAAGAGGACGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCTCAGGACTTTGGGAGGCT GAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAAATTGAAACCATCCTGACGACCACAGTGAAACCCCGTCTCTGCT AAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGAGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCA GGAGAATGGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCGGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGG ACGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGAAAAAATTCAGGTTGCCATGTC CTAAATACATACACTATATGCCCAGCTTTGTGCTATGTTGTCTAAGTCTTCTTTTCAGTTACCAAATGTG TGGATGGTACAGATCCAAAGTGAAATTCAGAGTGCAGAGGTGAGCTCCATATTGTCAAGGAAAAACTGGG GGATGAGTTATGCCTTGAAGAAACTAGAGACATTTGGTCCAACGAAACGAAACAACATTTAAAAAAAAAA CTCTCCTGTTTCCCCATGGCTAGCCTATTTGTGTTGATGCTTACCATTTCATAATTTCCTCATTTTGTTG TTACATGGAGTGAAGAGAACTGACATGCTGTCCAATAAACTTCCTTGTCCTCCTTATGCAAGAAAGGAAA TCCTGACTTAATGCGTAGCCACAGAACAAGTTAATATTCTACATCTATCGGAGCTGAACTTCCTAAAAGA CAAAGTGTTTATCTTTCAAGATTCATTCTCCCTGAATCTTACCAACAAAACACTCCTGAGGAGAAAGAAA GAGAGGGAGGGAGAGAAAAAGAGAGAGAGAGAAACAAAAAACCAAAGAGAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CLEC4E_1 ↗ | 12:8,540,901 | 負股 | 8,540,891–8,540,950 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_95DHH · enhancer · 8537888–8538237 · regulatory
ENSR12_5428HF · CTCF_binding_site · 8540941–8540962 · regulatory
ENSR12_54292P · CTCF_binding_site · 8544025–8544046 · regulatory
ENSR12_95DKC · enhancer · 8544249–8544718 · regulatory
ENSR12_54294H · CTCF_binding_site · 8544408–8544429 · regulatory
· motif · 8540943–8540959 · motif
· motif · 8544027–8544043 · motif
· motif · 8544410–8544426 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：219 aa
C-type lectin domain family 4 member E 長 219 個胺基酸。其第 1–19 位為細胞質區段，第 20–40 位是作為第二型膜蛋白訊號錨的螺旋跨膜區，第 41–219 位位於細胞外。C-type lectin 結構域位於第 87–206 位；第 169–171 位的基序則與辨識葡萄糖／甘露糖類醣類的專一性有關。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CLEC4E 是單次跨膜的第二型膜蛋白，位於細胞膜，也見於吞噬杯所在的細胞突起。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, phagocytic cup。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- CXCL9Q07325 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM3CQ92520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NKG7Q16617 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
CLEC4E 可呈單體或同源二聚體。它能直接結合訊號接頭 FCER1G，形成具功能的複合體；另一種組合是 CLEC4E 與 CLEC4D 形成異源二聚體，再與 FCER1G 組成複合體，此時 CLEC4E 可作為 CLEC4D 與 FCER1G 互動的橋接者。CLEC4E 也直接結合由壞死細胞釋出的核蛋白 SAP130。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CLEC4E 是依賴鈣離子的先天免疫模式識別受體，可辨認細菌、真菌的病原體相關分子模式，以及異常自身的損傷相關分子模式。其配體包括分枝桿菌細胞壁糖脂 TDM；依相似性推定，受體複合體訊號可促使抗原呈現細胞成熟、影響 T 細胞偏向特定效應亞型，也可介導巨噬細胞活化及受損組織的發炎細胞浸潤。 | 含實驗來源 | 證據與來源Calcium-dependent lectin that acts as a pattern recognition receptor (PRR) of the innate immune system: recognizes damage-associated molecular patterns (DAMPs) of abnormal self and pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) of bacteria and fungi. The PAMPs notably include mycobacterial trehalose 6,6'-dimycolate (TDM), a cell wall glycolipid with potent adjuvant immunomodulatory functions. Interacts with signaling adapter Fc receptor gamma chain/FCER1G to form a functional complex in myeloid cells (By similarity). Binding of mycobacterial trehalose 6,6'-dimycolate (TDM) to this receptor complex leads to phosphorylation of the immunoreceptor tyrosine-based activation motif (ITAM) of FCER1G, triggering activation of SYK, CARD9 and NF-kappa-B, consequently driving maturation of antigen-presenting cells and shaping antigen-specific priming of T-cells toward effector T-helper 1 and T-helper 17 cell subtypes (By similarity). Also recognizes alpha-mannose residues on pathogenic fungi of the genus Malassezia and mediates macrophage activation (By similarity). Through recognition of DAMPs released upon nonhomeostatic cell death, enables immune sensing of damaged self and promotes inflammatory cell infiltration into the damaged tissue (By similarity) PMID 18509109 ↗ · PMID 23602766 ↗ · PMID 24101491 ↗ |
| 交互作用 | CLEC4E 可形成單體或同源二聚體，並直接結合 FCER1G 形成具功能的複合體；依相似性推定，它也可橋接 CLEC4D 與 FCER1G，或與 CLEC4D 組成異源二聚體後再和 FCER1G 結合。此外，CLEC4E 直接結合由壞死細胞釋出的核蛋白 SAP130。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer and homodimer. Interacts with signaling adapter Fc receptor gamma chain/FCER1G to form a functional complex; the interaction is direct (By similarity). Alternatively, acts as a bridge for interaction between CLEC4D and FCER1G. A heterodimer of CLEC4E and CLEC4D associates with FCER1G to form a functional complex (By similarity). Interacts with SAP130 nuclear protein that is released from necrotic cells; the interaction is direct (By similarity) PMID 18509109 ↗ |
| 細胞定位 | CLEC4E 位於細胞膜，是單次跨膜的第二型膜蛋白；其定位資訊也包括吞噬杯所在的細胞突起。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type II membrane protein; Cell projection, phagocytic cup PMID 18490740 ↗ · PMID 24101491 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATTCATTCTCCCTGAATCTTACCAACAAAACACTCCTGAG40GAGAAAGAAAGAGAGGGAGGGAGAGAAAAAGAGAGAGAGA80GAAACAAAAAACCAAAGAGAGAGAAAAAATGAATTCATCT120AAATCATCTGAAACACAATGCACAGAGAGAGGATGCTTCT160CTTCCCAAATGTTCTTATGGACTGTTGCTGGGATCCCCAT200CCTATTTCTCAGTGCCTGTTTCATCACCAGATGTGTTGTG240ACATTTCGCATCTTTCAAACCTGTGATGAGAAAAAGTTTC280AGCTACCTGAGAATTTCACAGAGCTCTCCTGCTACAATTA320TGGATCAGGTTCAGTCAAGAATTGTTGTCCATTGAACTGG360GAATATTTTCAATCCAGCTGCTACTTCTTTTCTACTGACA400CCATTTCCTGGGCGTTAAGTTTAAAGAACTGCTCAGCCAT440GGGGGCTCACCTGGTGGTTATCAACTCACAGGAGGAGCAG480GAATTCCTTTCCTACAAGAAACCTAAAATGAGAGAGTTTT520TTATTGGACTGTCAGACCAGGTTGTCGAGGGTCAGTGGCA560ATGGGTGGACGGCACACCTTTGACAAAGTCTCTGAGCTTC600TGGGATGTAGGGGAGCCCAACAACATAGCTACCCTGGAGG640ACTGTGCCACCATGAGAGACTCTTCAAACCCAAGGCAAAA680TTGGAATGATGTAACCTGTTTCCTCAATTATTTTCGGATT720TGTGAAATGGTAGGAATAAATCCTTTGAACAAAGGAAAAT760CTCTTTAAGAACAGAAGGCACAACTCAAATGTGTAAAGAA800GGAAGAGCAAGAACATGGCCACACCCACCGCCCCACACGA840GAAATTTGTGCGCTGAACTTCAAAGGACTTCATAAGTATT880TGTTACTCTGATATAAATAAAAATAAGTAGTTTTAAATGT920TATAATTCATGTTACTGGCTGAAGTGCATTTTCTCTCTAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。