基因總覽
CLEC4D（C-type lectin domain family 4 member D）是蛋白質編碼基因，產生鈣離子依賴型 lectin，屬於 C-type lectin 家族。其蛋白質為單次跨膜的第二型膜蛋白，具有細胞質端、跨膜區段及位於細胞外的區域；細胞外區域包含 C-type lectin 結構域。CLEC4D 的主要角色是作為先天免疫中的模式識別受體，辨識細菌與真菌相關分子。它也可作為內吞受體，參與感染部位的抗原攝取。這些特性使 CLEC4D 能連結微生物分子辨識與後續免疫反應。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000299665 ★ | 8,513,503–8,522,366 | 6 |
| ENST00000382064 | 8,509,475–8,520,273 | 6 |
| ENST00000959647 | 8,513,503–8,522,641 | 6 |
| ENST00001141309 | 8,513,503–8,522,641 | 6 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CLEC4D 是先天免疫系統的模式識別受體，可辨識細菌與真菌的病原體相關分子模式（PAMPs）。已列出的辨識對象包括 Candida albicans 菌絲上的 α-mannan，以及分枝桿菌的 trehalose 6,6'-dimycolate（TDM）。CLEC4D 的這項辨識能力與鈣離子依賴型 lectin 特性相符。
在髓系細胞中，CLEC4D 可與訊號接頭 FCER1G 形成具功能的複合體；此複合體可能透過 CLEC4E 建立，這項關係標註為依相似性推定。當複合體結合分枝桿菌 TDM 或 C. albicans α-mannan 時，FCER1G 上的免疫受體酪胺酸活化基序（ITAM）會被磷酸化，接著引發 SYK、CARD9 與 NF-kappa-B 活化。
這條訊號路徑可促進抗原呈現細胞成熟，並影響抗原特異性 T 細胞的啟動，使其偏向效應型 T-helper 1 與 T-helper 17 細胞亞型。另有研究指出，CLEC4D 與 CLEC6A 形成的異源二聚體具有對抗真菌感染的活性。
CLEC4D 也具有內吞受體功能。在感染部位，它可能參與抗原攝取；攝入的抗原可能被清除，或經處理後呈現給 T 細胞。來源將此抗原攝取作用描述為可能參與，並未限定其後續去向必然是哪一種。
Promoter 與基因調控
>CLEC4D ENST00000299665 GRCh38 chr12:8512503-8513603 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGTTGGAGACCCAGCTGTCCTCTGGACTCATCATCGCAATGATTCCATCAAAGGAGGAGCTGGTGCAGCC ATATAGCATCTCTCAGTTACCCTTCATCTGTAGATATGCATCTCAATAGTCACAACCATCATATTCAAAC TGGTCTATAGTACCTTGACCAGTGAACACAGCAAACAGGCCCACAGATGCCACAGGTCCTTCAGCACCGT CTCCAGGGCCATCTTCTCCAATGAGAAGAGCAACAGCAAGGAAGATGGCCACAGCCTGAGCACCCGCAGG AAGTAAACAGCTCGTTAGCCGGGTCTCTTCTTATAATTCCATCATGAGGACCCCATTCTCATGACCTCAT ATTAAACCTAATTACCTCCCAAACTTTTGACCTCCAAATGCCATTACGTTGGAGGGTAGTGCTTCCACCA ATGAATTTTGAGGAGATACAGACATTCACTCCCTAACAGTGCTATAAATGAAGTCAGGGACCCTGATGGT GTCTTTATCACAGAATCTTACATTTTCTTTGTCTTTGCCTTAACACAACTCTTTTTGCTCACCTAGAAAG TTCTTGGGATTTAATTAACTGCTCTATCATCTCTTCCTCAACTCGAAAACAAAGGTTGCTGTGTCTTCAC ATGCCATGTACACACAAGGTATACTTTAAAAGTTTTTGTTCATTGTTCACATTGTCTTTTGCTCTCTTAG ACTCAACTTTTTATTCAGTCCAGAGAACTTTTTAGTATAGAACTCACCCCAAGAATATAACTGCCTTTGA AAATATAATATTCACAAAAAGAATTTAAAAAGAGGGGACATTTACTAAATTTTTATTGGGCATAACAATT ATTTCTTTTAGGGCGTTGCTAAATTTTTTGTCTAAATGAAAAAAAAAACAAATTGAGAAATTCCACATTT CACACTGATCTAGTGATCTCAACATACTTGTGGGTTTCTACTAACTGTTGTTTGGTATTGCTTTCTCAAT TTCCTTTTTTTTTTTTTTTCGCCTCATCTCCCGGAATGTATCAAAGGAAACCCCTGTCTTTGAAAAAGAC TTCTTTTGAGCTAACTTTCTTATACTGGTACCTTTCTAATCTCACTACAAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CLEC4D_1 ↗ | 12:8,513,538 | 正股 | 8,513,489–8,513,548 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
· motif · 8509643–8509656 · motif
· motif · 8509643–8509656 · motif
CLEC4D 的調控資訊指出，自分泌性發炎刺激與其調控相關；來源未進一步說明刺激的種類或調控方向。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：215 aa
CLEC4D 蛋白質長 215 個胺基酸。其第 1–17 位為細胞質區，第 18–38 位為螺旋狀跨膜區，並作為第二型膜蛋白的訊號錨定區；第 39–215 位位於細胞外。C-type lectin 結構域位於第 91–208 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CLEC4D 位於細胞膜，是單次跨膜的第二型膜蛋白。 來源未提供定位隨條件改變或不同異構型之間差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- ACTN2P35609 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD46Q86W74-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JAGN1Q8N5M9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZDHHC22Q8N966 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
CLEC4D 與 CLEC4E 形成以二硫鍵連結的異源二聚體；此關係標註為依相似性推定。CLEC4E 被描述為 CLEC4D 與 FCER1G 形成具功能複合體時的橋接者，這也屬依相似性推定。另有研究指出，CLEC4D 與 CLEC6A 形成的異源二聚體可構成對抗真菌感染的模式識別受體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CLEC4D 是鈣離子依賴型先天免疫模式識別受體，可辨識細菌與真菌的 PAMPs，包括 C. albicans 菌絲上的 α-mannan 及分枝桿菌 TDM。它可能透過 CLEC4E 與 FCER1G 組成髓系細胞功能複合體；受體複合體結合上述分子後，可引發 FCER1G 的 ITAM 磷酸化及 SYK、CARD9、NF-kappa-B 活化，促進抗原呈現細胞成熟，並使抗原特異性 T 細胞偏向效應型 T-helper 1 與 T-helper 17。CLEC4D-CLEC6A 異源二聚體具有抗真菌感染活性；CLEC4D 亦為內吞受體，可能參與感染部位的抗原攝取與清除，或處理後呈現給 T 細胞。 | 含實驗來源 | 證據與來源Calcium-dependent lectin that acts as a pattern recognition receptor (PRR) of the innate immune system: recognizes damage-associated molecular patterns (DAMPs) of pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) of bacteria and fungi. The PAMPs include alpha-mannans on C.albicans hypheas and mycobacterial trehalose 6,6'-dimycolate (TDM). Interacts with signaling adapter Fc receptor gamma chain/FCER1G, likely via CLEC4E, to form a functional complex in myeloid cells (By similarity). Binding of mycobacterial TDM or C.albicans alpha-mannans to this receptor complex leads to phosphorylation of the immunoreceptor tyrosine-based activation motif (ITAM) of FCER1G, triggering activation of SYK, CARD9 and NF-kappa-B, consequently driving maturation of antigen-presenting cells and shaping antigen-specific priming of T-cells toward effector T-helper 1 and T-helper 17 cell subtypes. The heterodimer formed with CLEC6A is active against fungal infection. Functions as an endocytic receptor. May be involved in antigen uptake at the site of infection, either for clearance of the antigen, or for processing and further presentation to T-cells PMID 14971047 ↗ · PMID 23602766 ↗ · PMID 23911656 ↗ |
| 交互作用 | CLEC4D 與 CLEC4E 形成二硫鍵連結的異源二聚體；CLEC4E 被描述為連接 CLEC4D 與 FCER1G、促成具功能複合體的橋接者，這些關係為依相似性推定。CLEC4D 也與 CLEC6A 形成異源二聚體，該二聚體可作為對抗真菌感染的模式識別受體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterodimer with CLEC4E; disulfide-linked (By similarity). CLEC4E acts as a bridge for interaction between CLEC4D and FCER1G to form a functional complex (By similarity). Heterodimer with CLEC6A; this heterodimer forms a pattern recognition receptor (PRR) against fungal infection PMID 23911656 ↗ |
| 細胞定位 | CLEC4D 位於細胞膜，屬於單次跨膜的第二型膜蛋白。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | CLEC4D 的調控與自分泌性發炎刺激有關；來源未提供進一步的刺激條件或調控方向。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCCTCATCTCCCGGAATGTATCAAAGGAAACCCCTGTCTT40TGAAAAAGACTTCTTTTGAGCTAACTTTCTTATACTGGTA80CCTTTCTAATCTCACTACAATATGTAACATTGGTGTTCGA120TCTCAAGTATTTCTGAATATATTCCCCTATCCACAGAAAT160ATACTCTGGGGGAAAAAAAATAGAACAAATTCTTGCCGTC200CTGACCATTGAACAAGAGACTAATTAGACAATGGGGCTAG240AAAAACCTCAAAGTAAACTGGAAGGAGGCATGCATCCCCA280GCTGATACCTTCGGTTATTGCTGTAGTTTTCATCTTACTT320CTCAGTGTCTGTTTTATTGCAAGTTGTTTGGTGACTCATC360ACAACTTTTCACGCTGTAAGAGAGGCACAGGAGTGCACAA400GTTAGAGCACCATGCAAAGCTCAAATGCATCAAAGAGAAA440TCAGAACTGAAAAGTGCTGAAGGGAGCACCTGGAACTGTT480GTCCTATTGACTGGAGAGCCTTCCAGTCCAACTGCTATTT520TCCTCTTACTGACAACAAGACGTGGGCTGAGAGTGAAAGG560AACTGTTCAGGGATGGGGGCCCATCTGATGACCATCAGCA600CGGAAGCTGAGCAGAACTTTATTATTCAGTTTCTGGATAG640ACGGCTTTCCTATTTCCTTGGACTTAGAGATGAGAATGCC680AAAGGTCAGTGGCGTTGGGTGGACCAGACGCCATTTAACC720CACGCAGAGTATTCTGGCATAAGAATGAACCCGACAACTC760TCAGGGAGAAAACTGTGTTGTTCTTGTTTATAACCAAGAT800AAATGGGCCTGGAATGATGTTCCTTGTAACTTTGAAGCAA840GTAGGATTTGTAAAATACCTGGAACAACATTGAACTAGAA880ACTCAGAAAGTGGTCCTTGTGATGGAAAGAGAAAAGAAAA920ACCAATTAGAATAAGGCAGAATGTACGTGCGTCATTGGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。