基因總覽
CLEC4A 的正式名稱為 C-type lectin domain family 4 member A，屬於蛋白質編碼基因，產物是 C-type lectin receptor。此蛋白質為單次穿膜的第二型膜蛋白：一端位於細胞質，另一端位於細胞外，並含有 C-type lectin 結構域。其細胞外部分可辨識醣類，細胞質端則帶有 ITIM motif。這些結構特徵使 CLEC4A 具備細胞表面受體的基本架構，並與免疫反應調節及抗原處理相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000229332 ★ | 8,123,617–8,138,607 | 6 |
| ENST00000345999 | 8,123,617–8,138,607 | 4 |
| ENST00001099749 | 8,123,617–8,138,607 | 5 |
| ENST00001099751 | 8,123,617–8,138,607 | 5 |
| ENST00001124469 | 8,123,617–8,138,603 | 6 |
| ENST00000352620 | 8,123,879–8,138,287 | 5 |
| ENST00000360500 | 8,123,879–8,138,287 | 5 |
| ENST00000641376 | 8,123,912–8,138,206 | 4 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CLEC4A 可在 Ca(2+) 依賴的條件下結合 mannose 與 fucose，也能較弱地與 N-acetylglucosamine（GlcNAc）作用。來源將它描述為參與免疫反應調節的受體；其功能包含抗原處理，也涉及對免疫訊號的抑制性調節。
抗原觸發 CLEC4A 後，受體會經由 clathrin-dependent endocytosis 內化，並將所攜帶的抗原送入抗原呈現路徑，促進 CD8(+) T 細胞的交叉啟動。TLR7 或 TLR8 致效劑可增強交叉呈現與交叉啟動，並伴隨 CD8(+) T 細胞擴增增加、IFNG 與 TNF 產量提高，以及 IL4、IL5 和 IL13 水準降低。
在 plasmacytoid dendritic cells 中，CLEC4A 會抑制由 TLR9 介導的 IFNA 與 TNF 產生。此外，來源指出它可能透過 ITIM motif 參與抑制 B-cell receptor 所介導的 calcium mobilization 與 protein tyrosine phosphorylation；此作用的表述仍屬可能性。
在微生物感染情境下，CLEC4A 參與 HIV-1 與 dendritic cells 的交互作用，並增強 HIV-1 的結合、進入及感染。此效應需要與 ITIM motif 相關的訊號傳遞路徑，涉及 phosphatases PTPN6、PTPN11，以及 SYK、Src kinases 和 MAP kinases。
Promoter 與基因調控
>CLEC4A ENST00000229332 GRCh38 chr12:8122617-8123717 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGGAGATTGATCAAATAAGGAATAAGTGAAAGACAATGAAAGCAGGTTTCTTAGTGTCACAGAAAGGAGT TAGGAATGTGGGAAGGGAGAAAACTAGAATGAAACTTGTGGTGTTAGATTGGAATTAGAGGAATTAGTGT GAACTCATGGTGTTCAATATATTTAGATATAGAAATAATATAGAAATATAGACGTGTGTGTTTGTGTGTG TGTGCATGCATGTATGCATGTGTGTTATGCAGGAGAAGGAATCAGCTGGGGGAGATTAAAAGGAGGATCA TTTGCGGAGAGTTGAGGGCAGAGAATCCAGGTGTGAGCTGGGAGCATGTCTATGGAGAGATTCCACATGA AGGATTTAATATTTGGAGTGTTTTCTTCTAGGCCTTTGGAAAAAGTCATATTTAGTACTTTGTTTAAGTT TATCCCCTTCTATACTGTGATTCTATATAATTCTCCTAACTGTTAAAAAATAGTCATATATATTGGAGGT GATGTGGCGATTAAAAGGTTAGGGAAGCATGGAATAAAGGCTGGCCTTCCCTCTCCTCCAACATCCAGTA AAGGGAGCTGCTTTCTGGAGATTCTAGCAAGATGAATGCAGACTTTTGATAGAGTTAGTTACCAACAAGG AAACACAGAGAGCATGGAGGAACAGCTTCAGAAGACATGGGGTTTAAACTTTGCCATCCCCACCATGCTA CAGGAAACTAATTCGTGAAGGTGGGGAGGCTGATATGTGAGTTTTGTGTCAATGATACTCTTAGAATGTG GTACTAACAAGTTGCCTGATCAGTCAAAATTGATGAGATGAATGCAACATAAGTCTATGTTCAGGATGTT TGGTCAAAAGTAATTACATTTGTGTGTGGAAGCACAGAAATTGTATTTTTTACTGGTGAAAAACGCAGTT CTCCAGAAAGACTCTAAGTGCTTGGTTCTTCTTTTATTTTTCTTCCTCTTTCCGCAACCCTTTGAGTTCC CACTTTTATTGCATTTGCTTGCATTTGTTTCAAGGCTGTGATTCTCACTATACTGGTCCTGAGGAAAGGG CTTCTGTGAACTGCGGTTTTTAGTTTTTATTGTGGTTCTTAGTTCTCATGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CLEC4A_1 ↗ | 12:8,123,617 | 正股 | 8,123,568–8,123,627 |
| CLEC4A_2 ↗ | 12:8,123,868 | 正股 | 8,123,819–8,123,878 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_9583L · promoter · 8123491–8123889 · regulatory
ENSR12_9584M · enhancer · 8127131–8127435 · regulatory
· motif · 8123670–8123685 · motif
· motif · 8123677–8123685 · motif
· motif · 8123677–8123692 · motif
TNF alpha、IL-1 alpha 與 LPS 會降低嗜中性球表面 CLEC4A 蛋白質量；誘導 dendritic cells 成熟的訊號，包括 CD40 ligand、TLR9 ligands、LPS 與 TNF alpha，也會降低其表現。另一方面，嗜中性球的 CSF2/GM-CSF、IL3、IL4 與 IL13 致效劑會提高 Isoform 2 的 mRNA 表現。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：237 aa
CLEC4A 蛋白質長 237 個胺基酸。其細胞質區域位於第 1–48 位，跨膜螺旋位於第 49–69 位，細胞外區域則從第 70 位延伸至第 237 位。細胞外的 C-type lectin 結構域位於第 113–231 位；ITIM motif 位於細胞質端第 5–10 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CLEC4A 是位於細胞膜的單次穿膜第二型膜蛋白，其細胞外區域朝向細胞外側。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
CLEC4A 可能透過自身的 ITIM motif 與 PTPN6 互作；來源將此關係描述為可能互作，未進一步指定複合體或實體結合的其他細節。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CLEC4A 是 C-type lectin receptor，可在 Ca(2+) 依賴條件下結合 mannose 與 fucose，並較弱地作用於 N-acetylglucosamine。它參與免疫反應調節；抗原觸發後會經 clathrin-dependent endocytosis 內化並將抗原送入呈現路徑，促進 CD8(+) T 細胞交叉啟動。TLR7、TLR8 致效劑可增強此作用；在 plasmacytoid dendritic cells 中，它抑制 TLR9 介導的 IFNA、TNF 產生，且可能透過 ITIM motif 抑制 B-cell receptor 相關反應。 | 含實驗來源 | 證據與來源C-type lectin receptor that binds carbohydrates mannose and fucose but also weakly interacts with N-acetylglucosamine (GlcNAc) in a Ca(2+)-dependent manner. Involved in regulating immune reactivity. Once triggered by antigen, it is internalized by clathrin-dependent endocytosis and delivers its antigenic cargo into the antigen presentation pathway resulting in cross-priming of CD8(+) T cells. This cross-presentation and cross-priming are enhanced by TLR7 and TLR8 agonists with increased expansion of the CD8(+) T cells, high production of IFNG and TNF with reduced levels of IL4, IL5 and IL13. In plasmacytoid dendritic cells, inhibits TLR9-mediated IFNA and TNF production. May be involved via its ITIM motif (immunoreceptor tyrosine-based inhibitory motifs) in the inhibition of B-cell-receptor-mediated calcium mobilization and protein tyrosine phosphorylation PMID 10438934 ↗ · PMID 18258799 ↗ · PMID 20530286 ↗ · PMID 27015765 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染情境中，CLEC4A 參與 HIV-1 與 dendritic cells 的交互作用，可增強病毒結合、進入及感染。此作用需要 ITIM motif 相關訊號傳遞路徑，涉及 phosphatases PTPN6、PTPN11、SYK、Src kinases 與 MAP kinases。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Involved in the interaction between HIV-1 virus and dendritic cells. Enhances HIV-1 binding/entry and virus infection. Requires ITIM motif-associated signal transduction pathway involving phosphatases PTPN6 and PTPN11, SYK, Src kinases and MAP kinases PMID 21536857 ↗ |
| 交互作用 | CLEC4A 可能透過其 ITIM motif 與 PTPN6 互作；來源以可能性描述此關係，未提供更多結合或複合體細節。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | CLEC4A 位於細胞膜，屬單次穿膜第二型膜蛋白，其細胞外側區域朝向細胞外。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | TNF alpha、IL-1 alpha 與 LPS 會降低嗜中性球表面的 CLEC4A 蛋白質量；誘導 dendritic cells 成熟的 CD40 ligand、TLR9 ligands、LPS 與 TNF alpha 也會降低其表現。相對地，CSF2/GM-CSF、IL3、IL4 與 IL13 致效劑會提高嗜中性球 Isoform 2 的 mRNA 表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源TNF alpha, IL-1 alpha, and LPS, down-regulated expression at the surface of neutrophils (at protein level). Expression is decreased in dendritic cells by signals inducing their maturation (e.g. CD40 ligand, TLR9 ligands, LPS, and TNF alpha). Isoform 2: mRNA expression is up-regulated by agonists of neutrophils CSF2/GM-CSF, IL3/interleukin-3, IL4/interleukin-4 and IL13/interleukin-13 PMID 10438934 ↗ · PMID 11994513 ↗ · PMID 18258799 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCATTTGTTTCAAGGCTGTGATTCTCACTATACTGGTCCT40GAGGAAAGGGCTTCTGTGAACTGCGGTTTTTAGTTTTTAT80TGTGGTTCTTAGTTCTCATGAGACCCCTCTTGAGGATATG120TGCCTATCTGGTGCCTCTGCTCTCCACTAGTTGAGTGAAA160GGAAGGAGGTAATTTACCACCATGTTTGGTTCCTGTTTAT200AAGATGTTTTAAGAAAGATCTGAAACAGATTTTCTGAAGA240AAGCAGAAGCTCTCTTCCCATTATGACTTCGGAAATCACT280TATGCTGAAGTGAGGTTCAAAAATGAATTCAAGTCCTCAG320GCATCAACACAGCCTCTTCTGCAGCTTCCAAGGAGAGGAC360TGCCCCTCACAAAAGTAATACCGGATTCCCCAAGCTGCTT400TGTGCCTCACTGTTGATATTTTTCCTGCTATTGGCAATCT440CATTCTTTATTGCTTTTGTCATTTTCTTTCAAAAATATTC480TCAGCTTCTTGAAAAAAAGACTACAAAAGAGCTGGTTCAT520ACAACATTGGAGTGTGTGAAAAAAAATATGCCCGTGGAAG560AGACAGCCTGGAGCTGTTGCCCAAAGAATTGGAAGTCATT600TAGTTCCAACTGCTACTTTATTTCTACTGAATCAGCATCT640TGGCAAGACAGTGAGAAGGACTGTGCTAGAATGGAGGCTC680ACCTGCTGGTGATAAACACTCAAGAAGAGCAGGATTTCAT720CTTCCAGAATCTGCAAGAAGAATCTGCTTATTTTGTGGGG760CTCTCAGATCCAGAAGGTCAGCGACATTGGCAATGGGTTG800ATCAGACACCATACAATGAAAGTTCCACATTCTGGCATCC840ACGTGAGCCCAGTGATCCCAATGAGCGCTGCGTTGTGCTA880AATTTTCGTAAATCACCCAAAAGATGGGGCTGGAATGATG920TTAATTGTCTTGGTCCTCAAAGGTCAGTTTGTGAGATGAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。