演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

CKLFUCK-1

chemokine like factor

CKLF(chemokine like factor)屬於 chemokine-like factor 家族,可能參與發炎與骨骼肌再生,並可引發多種免疫細胞的趨化反應。

Homo sapiens16q21UniProt Q9UBR5
OFFICIAL SYMBOL
CKLF
CHROMOSOME
16
UNIPROT
Q9UBR5
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

CKLF 是蛋白質編碼基因,其產物屬於 chemokine-like factor 家族。蛋白質全長 152 個胺基酸,具有 MARVEL 結構域及多段跨膜區域;不同異構型的定位並不相同,來源資料記載 Isoform 1 為分泌型,而 Isoform 2 與 Isoform 4 為多重跨膜膜蛋白。CKLF 與發炎、骨骼肌再生及免疫細胞趨化相關。

Official symbol
CKLF
Gene name
chemokine like factor
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13253
UniProt
Q9UBR5
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
UCK-1CKLF3CKLF4HSPC224C32CKLF1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1616q21
chr16 · 90,338,345 bp · GRCh38chr16p13.3 · 1–7800000 · gnegchr16p13.2 · 7800001–10400000 · gpos50chr16p13.13 · 10400001–12500000 · gnegchr16p13.12 · 12500001–14700000 · gpos50chr16p13.11 · 14700001–16700000 · gnegchr16p12.3 · 16700001–21200000 · gpos50chr16p12.2 · 21200001–24200000 · gnegchr16p12.1 · 24200001–28500000 · gpos50chr16p11.2 · 28500001–35300000 · gnegchr16p11.1 · 35300001–36800000 · acenchr16q11.1 · 36800001–38400000 · acenchr16q11.2 · 38400001–47000000 · gvarchr16q12.1 · 47000001–52600000 · gnegchr16q12.2 · 52600001–56000000 · gpos50chr16q13 · 56000001–57300000 · gnegchr16q21 · 57300001–66600000 · gpos100chr16q22.1 · 66600001–70800000 · gnegchr16q22.2 · 70800001–72800000 · gpos50chr16q22.3 · 72800001–74100000 · gnegchr16q23.1 · 74100001–79200000 · gpos75chr16q23.2 · 79200001–81600000 · gnegchr16q23.3 · 81600001–84100000 · gpos50chr16q24.1 · 84100001–87000000 · gnegchr16q24.2 · 87000001–88700000 · gpos25chr16q24.3 · 88700001–90338345 · gnegCKLFpq1 bp90,338,345 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr16:66,552,563–66,566,251
Gene span
13,689 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000264001 ★66,552,576–66,566,0684
ENST0000034543666,552,569–66,566,0723
ENST0000035113766,552,569–66,566,0723
ENST0000036209366,552,569–66,566,0722
ENST0000041703066,552,569–66,566,2434
ENST0000103723966,552,569–66,566,0673
ENST0000107236466,552,569–66,566,0684
ENST0000109116366,552,569–66,566,0703
ENST0000109116466,552,569–66,566,0704
ENST0000113856666,552,569–66,566,0684

顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

CKLF 可能在發炎反應與骨骼肌再生中扮演重要角色。來源將這些作用描述為可能性,並未提供其分子機制或相關條件,因此不宜進一步推定其如何調節這些過程。

CKLF 對單核球、嗜中性球及淋巴球具有趨化反應相關作用,表示它與這些免疫細胞的定向移動有關。現有資料未詳述趨化反應發生的條件或各類細胞反應的差異。

CKLF 也會結合 CCR4。此結合資訊與其免疫細胞趨化作用相互補充,但來源並未說明 CCR4 結合如何造成或調節趨化反應,故不能據此補述更具體的訊息傳遞機制。

此外,CKLF 被描述為胚胎發育所必需;這項說法標註為 By similarity,屬於相似性推論,應與前述直接列出的功能分開看待,不能視為已在此來源中直接證實。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 66552576 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>CKLF ENST00000264001 GRCh38 chr16:66551576-66552676 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AGGCAGGGAGAAGGAAGTCATTTGCCTCTAGATCTGCTGCCTCATCTTGTGCTTCCTGTATATCTGCCAC
ACACCTAGCAAGTGTGCTCTCCGTAAATAAACTTCAGGATTAAGGCCATTTTTGTGAGTGATTTGTGATG
AAGCTGTTGGAGGTAACTGTCGATCAGATTTAAAAGAATGAAATGGACTGAAGCTGAGATGGGCAGGATC
CAAACAGATCTGAATGAACTACGGTGATGGCCAAATTATCCAAGATAGAATGTAAATCACATAAAAGGAG
CGACATATACTTCCCATCCCTAAAAAGGAATGCCCCAAGACGGTGGAGATCTGGCTTCATGGCAGCACTT
GAGAAAAAACATTAAGTATCTGAAGGGACTCAGGCTGTTCCACGGAAGAACTAGTACCAGTGGGAGGCAA
AAGTAAAAATATGCAGAACAAGTCCCGAGTGTGATGCCCTGGGGGCTTGGATAGGACCTGAGGCTGCACA
CTTTCTGCACCAACTATGTGCCAGAACCTGGGCCCTGCAGGGAGAGAAGCAGACCAGTCCCTGCTTTTGT
GGAATTTGTATTTTTCTGATATATATCAGCTAGCAATAAACGCTCAGAAGTTATGGTGGCTGCTCTAGAC
GGGATGACCAAAGGAGATCCCCTTTAAGGAGGTGATATTCACAATGCCCAAGTTGTTGGGAGATGGGGCC
GCCATTTCTACAGCCCCCTCCCTCTCCTCTGCTCCCAACCCTGGGAGGATTTCCCGACAGGAAGACTCCT
CAGGAGAGCTGGAGTGCTGCCGTCATTAACGCCAGGCCAGAACACGGCGGGCTAACAGGGCGCTGGCCTG
CGTGCCCACCTCTAGGTCCGCTAATATGTGCCCAGCTCTAGGTCCGCTAATGTGCTACGCGATAACTGAA
AGACAGCACAAGCCAGAGCGGACGGCCGCGGGATCCCGTTGGGGCGCATGCGCGAGAGCGAACGCGGCGC
CGTGCGCATGCGCGCAAGAGAGCGGGAAGCCGAGCTGGGCGAGAAGTAGGGGAGGGCGGTGCTCCGCCGC
GGTGGCGGTTGCTATCGCTTCGCAGAACCTACTCAGGCAGCCAGCTGAGAA
CKLF 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
CKLF_1 ↗16:66,552,582正股66,552,533–66,552,592

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:152 aa

1 aa152 aa結構域跨膜區
依 Q9UBR5 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

CKLF 蛋白長 152 個胺基酸,屬於 chemokine-like factor 家族。序列註解包含位於第 13–133 個胺基酸的 MARVEL 結構域,以及三段螺旋跨膜區域,分別位於第 45–65、第 81–101 與第 108–128 個胺基酸。

跨膜區Helical45–65 aa
跨膜區Helical81–101 aa
跨膜區Helical108–128 aa
結構域MARVEL13–133 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9UBR5…

AlphaFold · Q9UBR5

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted;Membrane

CKLF 的定位依異構型而異:Isoform 1 為分泌型;Isoform 2 與 Isoform 4 則註記為多重跨膜膜蛋白。 來源未提供這些異構型定位差異的條件或動態變化。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
UCK-1CKLFLRP6
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

5 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 5 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能CKLF 可能在發炎及骨骼肌再生中具有重要作用;另有胚胎發育所必需的描述,但該發育相關說法是依相似性推論,應保留其推論性質。含實驗來源
證據與來源

May play an important role in inflammation and regeneration of skeletal muscle. Essential for embryonic development (By similarity)

PMID 11415443 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

功能CKLF 與單核球、嗜中性球及淋巴球的趨化反應有關,並可結合 CCR4;來源未進一步說明這些細胞反應的條件或受體結合所涉及的機制。含實驗來源
證據與來源

Has chemotactic response in monocytes, neutrophils and lymphocytes. Binds CCR4

PMID 11415443 ↗ · PMID 16137713 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Isoform 1; Secreted含實驗來源
證據與來源

Isoform 1; Secreted

PMID 11415443 ↗ · PMID 16137713 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位CKLF 的 Isoform 2 被註記為位於膜上的多重跨膜蛋白;資料未提供其定位改變的條件或動態。推論支持
證據與來源

Isoform 2; Membrane / Multi-pass membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位CKLF 的 Isoform 4 被註記為位於膜上的多重跨膜蛋白;資料未提供其定位改變的條件或動態。推論支持
證據與來源

Isoform 4; Membrane / Multi-pass membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 5 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000264001 · 656 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGCGGGAAGCCGAGCTGGGCGAGAAGTAGGGGAGGGCGGT40
41GCTCCGCCGCGGTGGCGGTTGCTATCGCTTCGCAGAACCT80
81ACTCAGGCAGCCAGCTGAGAAGAGTTGAGGGAAAGTGCTG120
121CTGCTGGGTCTGCAGACGCGATGGATAACGTGCAGCCGAA160
161AATAAAACATCGCCCCTTCTGCTTCAGTGTGAAAGGCCAC200
201GTGAAGATGCTGCGGCTGGCACTAACTGTGACATCTATGA240
241CCTTTTTTATCATCGCACAAGCCCCTGAACCATATATTGT280
281TATCACTGGATTTGAAGTCACCGTTATCTTATTTTTCATA320
321CTTTTATATGTACTCAGACTTGATCGATTAATGAAGTGGT360
361TATTTTGGCCTTTGCTTGATATTATCAACTCACTGGTAAC400
401AACAGTATTCATGCTCATCGTATCTGTGTTGGCACTGATA440
441CCAGAAACCACAACATTGACAGTTGGTGGAGGGGTGTTTG480
481CACTTGTGACAGCAGTATGCTGTCTTGCCGACGGGGCCCT520
521TATTTACCGGAAGCTTCTGTTCAATCCCAGCGGTCCTTAC560
561CAGAAAAAGCCTGTGCATGAAAAAAAAGAAGTTTTGTAAT600
601TTTATATTACTTTTTAGTTTGATACTAAGTATTAAACATA640
641TTTCTGTATTCTTCCA656

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。