基因總覽
CKLF 是蛋白質編碼基因,其產物屬於 chemokine-like factor 家族。蛋白質全長 152 個胺基酸,具有 MARVEL 結構域及多段跨膜區域;不同異構型的定位並不相同,來源資料記載 Isoform 1 為分泌型,而 Isoform 2 與 Isoform 4 為多重跨膜膜蛋白。CKLF 與發炎、骨骼肌再生及免疫細胞趨化相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000264001 ★ | 66,552,576–66,566,068 | 4 |
| ENST00000345436 | 66,552,569–66,566,072 | 3 |
| ENST00000351137 | 66,552,569–66,566,072 | 3 |
| ENST00000362093 | 66,552,569–66,566,072 | 2 |
| ENST00000417030 | 66,552,569–66,566,243 | 4 |
| ENST00001037239 | 66,552,569–66,566,067 | 3 |
| ENST00001072364 | 66,552,569–66,566,068 | 4 |
| ENST00001091163 | 66,552,569–66,566,070 | 3 |
| ENST00001091164 | 66,552,569–66,566,070 | 4 |
| ENST00001138566 | 66,552,569–66,566,068 | 4 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CKLF 可能在發炎反應與骨骼肌再生中扮演重要角色。來源將這些作用描述為可能性,並未提供其分子機制或相關條件,因此不宜進一步推定其如何調節這些過程。
CKLF 對單核球、嗜中性球及淋巴球具有趨化反應相關作用,表示它與這些免疫細胞的定向移動有關。現有資料未詳述趨化反應發生的條件或各類細胞反應的差異。
CKLF 也會結合 CCR4。此結合資訊與其免疫細胞趨化作用相互補充,但來源並未說明 CCR4 結合如何造成或調節趨化反應,故不能據此補述更具體的訊息傳遞機制。
此外,CKLF 被描述為胚胎發育所必需;這項說法標註為 By similarity,屬於相似性推論,應與前述直接列出的功能分開看待,不能視為已在此來源中直接證實。
Promoter 與基因調控
>CKLF ENST00000264001 GRCh38 chr16:66551576-66552676 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGGCAGGGAGAAGGAAGTCATTTGCCTCTAGATCTGCTGCCTCATCTTGTGCTTCCTGTATATCTGCCAC ACACCTAGCAAGTGTGCTCTCCGTAAATAAACTTCAGGATTAAGGCCATTTTTGTGAGTGATTTGTGATG AAGCTGTTGGAGGTAACTGTCGATCAGATTTAAAAGAATGAAATGGACTGAAGCTGAGATGGGCAGGATC CAAACAGATCTGAATGAACTACGGTGATGGCCAAATTATCCAAGATAGAATGTAAATCACATAAAAGGAG CGACATATACTTCCCATCCCTAAAAAGGAATGCCCCAAGACGGTGGAGATCTGGCTTCATGGCAGCACTT GAGAAAAAACATTAAGTATCTGAAGGGACTCAGGCTGTTCCACGGAAGAACTAGTACCAGTGGGAGGCAA AAGTAAAAATATGCAGAACAAGTCCCGAGTGTGATGCCCTGGGGGCTTGGATAGGACCTGAGGCTGCACA CTTTCTGCACCAACTATGTGCCAGAACCTGGGCCCTGCAGGGAGAGAAGCAGACCAGTCCCTGCTTTTGT GGAATTTGTATTTTTCTGATATATATCAGCTAGCAATAAACGCTCAGAAGTTATGGTGGCTGCTCTAGAC GGGATGACCAAAGGAGATCCCCTTTAAGGAGGTGATATTCACAATGCCCAAGTTGTTGGGAGATGGGGCC GCCATTTCTACAGCCCCCTCCCTCTCCTCTGCTCCCAACCCTGGGAGGATTTCCCGACAGGAAGACTCCT CAGGAGAGCTGGAGTGCTGCCGTCATTAACGCCAGGCCAGAACACGGCGGGCTAACAGGGCGCTGGCCTG CGTGCCCACCTCTAGGTCCGCTAATATGTGCCCAGCTCTAGGTCCGCTAATGTGCTACGCGATAACTGAA AGACAGCACAAGCCAGAGCGGACGGCCGCGGGATCCCGTTGGGGCGCATGCGCGAGAGCGAACGCGGCGC CGTGCGCATGCGCGCAAGAGAGCGGGAAGCCGAGCTGGGCGAGAAGTAGGGGAGGGCGGTGCTCCGCCGC GGTGGCGGTTGCTATCGCTTCGCAGAACCTACTCAGGCAGCCAGCTGAGAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CKLF_1 ↗ | 16:66,552,582 | 正股 | 66,552,533–66,552,592 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:152 aa
CKLF 蛋白長 152 個胺基酸,屬於 chemokine-like factor 家族。序列註解包含位於第 13–133 個胺基酸的 MARVEL 結構域,以及三段螺旋跨膜區域,分別位於第 45–65、第 81–101 與第 108–128 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CKLF 的定位依異構型而異:Isoform 1 為分泌型;Isoform 2 與 Isoform 4 則註記為多重跨膜膜蛋白。 來源未提供這些異構型定位差異的條件或動態變化。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- LRP6O75581 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CKLF 可能在發炎及骨骼肌再生中具有重要作用;另有胚胎發育所必需的描述,但該發育相關說法是依相似性推論,應保留其推論性質。 | 含實驗來源 | 證據與來源May play an important role in inflammation and regeneration of skeletal muscle. Essential for embryonic development (By similarity) PMID 11415443 ↗ |
| 功能 | CKLF 與單核球、嗜中性球及淋巴球的趨化反應有關,並可結合 CCR4;來源未進一步說明這些細胞反應的條件或受體結合所涉及的機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Has chemotactic response in monocytes, neutrophils and lymphocytes. Binds CCR4 PMID 11415443 ↗ · PMID 16137713 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 1; Secreted | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | CKLF 的 Isoform 2 被註記為位於膜上的多重跨膜蛋白;資料未提供其定位改變的條件或動態。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | CKLF 的 Isoform 4 被註記為位於膜上的多重跨膜蛋白;資料未提供其定位改變的條件或動態。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGCGGGAAGCCGAGCTGGGCGAGAAGTAGGGGAGGGCGGT40GCTCCGCCGCGGTGGCGGTTGCTATCGCTTCGCAGAACCT80ACTCAGGCAGCCAGCTGAGAAGAGTTGAGGGAAAGTGCTG120CTGCTGGGTCTGCAGACGCGATGGATAACGTGCAGCCGAA160AATAAAACATCGCCCCTTCTGCTTCAGTGTGAAAGGCCAC200GTGAAGATGCTGCGGCTGGCACTAACTGTGACATCTATGA240CCTTTTTTATCATCGCACAAGCCCCTGAACCATATATTGT280TATCACTGGATTTGAAGTCACCGTTATCTTATTTTTCATA320CTTTTATATGTACTCAGACTTGATCGATTAATGAAGTGGT360TATTTTGGCCTTTGCTTGATATTATCAACTCACTGGTAAC400AACAGTATTCATGCTCATCGTATCTGTGTTGGCACTGATA440CCAGAAACCACAACATTGACAGTTGGTGGAGGGGTGTTTG480CACTTGTGACAGCAGTATGCTGTCTTGCCGACGGGGCCCT520TATTTACCGGAAGCTTCTGTTCAATCCCAGCGGTCCTTAC560CAGAAAAAGCCTGTGCATGAAAAAAAAGAAGTTTTGTAAT600TTTATATTACTTTTTAGTTTGATACTAAGTATTAAACATA640TTTCTGTATTCTTCCA656cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。