基因總覽
CFLAR-AS1 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 CFLAR antisense RNA 1。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 2q33.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000415011 ★ | 201,140,289–201,157,823 | 7 |
| ENST00000631217 | 201,140,278–201,151,160 | 6 |
| ENST00000630898 | 201,140,282–201,151,160 | 6 |
| ENST00000474886 | 201,140,284–201,144,196 | 2 |
| ENST00000626311 | 201,140,284–201,151,160 | 7 |
| ENST00000628897 | 201,140,284–201,151,160 | 6 |
| ENST00000629722 | 201,140,284–201,151,160 | 5 |
| ENST00000625360 | 201,140,287–201,151,160 | 7 |
| ENST00000631232 | 201,140,289–201,149,671 | 3 |
| ENST00000629993 | 201,140,290–201,149,671 | 3 |
| ENST00000628648 | 201,140,291–201,151,160 | 5 |
| ENST00000598453 | 201,140,296–201,151,160 | 6 |
顯示 12/23 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>CFLAR-AS1 ENST00000415011 GRCh38 chr2:201157723-201158823 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGGGTAGCTGTTATCAGGACTGTAATTTTGCACAGCCTTTTTGAAGAGCAATTTGGGAGTATCATTAAAT TTTAAATGTGTATACCCTTTATAAAAAAAAGAAAACTCTGTGTGGTAGAAGAGGCCTGGACGCACTGTCC CCTAGCCATCTCCTCTGAGGGTGCAGGCTTGTTTCGATACCCAGTGCTGAATCCAGGCTGAACAAGGAGA GAACCTGGACTAGGACTCCAGTTCCATCACTGCTATTCTATTCCAAAGGACTCACACGTCTCTAATCATG GAGTATTTGCTCCTCCAGGGGGCAGAAGCAAACAGGGAAACACCAGACTCAAAGCTCTTTTGTGTACTTA TCTCAAGATTGGTTCACTTCCCTCAAAACCTCTCTTCACTGATAAATGTCCTTCCTTATCAAACAAAGTC CTTGAAAGAAAACTTCACCACATTCTCCCTGCCCATGCTGATATGTAAGGCTTGGACAGAACAAATGCTG TACTGTGCCTTCCAGCTCTTTCCTTTATTTGTGCTCCCTGGAGGTTCTGGCTGGGGAAGCCCCTGTCACA TGACTGTGAGCAGACAGCTGTGTGGTGCAGGGCAAAAGAGGAACCAGCCTTGGAATCACAAGATGTGGGT TTAAGTCCTAGTTCCTCCATCTCCTCCTACTAGGGTCTGAATCTTGCATGGTCTTGGAAGAGACTGAGCT ATAACAGCAGAGAAGCTAGGAAGGAAATGGGAATCTGAGGTCTGGGGCAGAAAATCCTTACCTAAAAGAA CAGAAGAAAAATGGCTAAAGCTGGAGGTGAAGCCAAAAACCATGCAGGTCCCAAGTGCCAATAAGAATAG CAGGTCTGAGCCTCAGACAAGACACAGCATTGCTTAAATATCCTGTGGCAAGGGAGTCACTCCACAGGCC CAGCCTGAAGACATTACCGCTGACATTTCCCATTAACGTCACAATTTTCCTCTATGAGGTGGTGAGGTGG AGTGGGAAGGGCTGTTAGCTGGCACTTGCAACTTTATTGCGCCAGCAAGAACATGCATACAGCCCAGTCT AACGTACAGGATCAAAAAGGTAATGACAGTGTGACTTTGAGTCAGTTTGAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CFLAR-AS1_1 ↗ | 2:201,151,200 | 負股 | 201,151,190–201,151,249 |
| CFLAR-AS1_2 ↗ | 2:201,157,823 | 負股 | 201,157,813–201,157,872 |
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_87WNHP · enhancer · 201157638–201157812 · regulatory
ENSR2_94XSQG · promoter · 201157813–201158313 · regulatory
ENSR2_53QBH7G · CTCF_binding_site · 201158516–201158537 · regulatory
· motif · 201153117–201153130 · motif
· motif · 201153117–201153130 · motif
· motif · 201157651–201157663 · motif
· motif · 201157888–201157901 · motif
· motif · 201158218–201158231 · motif
· motif · 201158288–201158301 · motif
· motif · 201158288–201158301 · motif
· motif · 201158471–201158477 · motif
· motif · 201158518–201158534 · motif
· motif · 201160258–201160266 · motif
RNA 轉錄本與序列
CFLAR-AS1 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000415011 ★ | lncRNA | 1,072 nt | 7 |
| ENST00000631217 | lncRNA | 665 nt | 6 |
| ENST00000630898 | lncRNA | 670 nt | 6 |
| ENST00000474886 | lncRNA | 223 nt | 2 |
| ENST00000626311 | lncRNA | 832 nt | 7 |
| ENST00000628897 | lncRNA | 597 nt | 6 |
| ENST00000629722 | lncRNA | 637 nt | 5 |
| ENST00000625360 | lncRNA | 823 nt | 7 |
| ENST00000631232 | lncRNA | 251 nt | 3 |
| ENST00000629993 | lncRNA | 659 nt | 3 |
| ENST00000628648 | lncRNA | 586 nt | 5 |
| ENST00000598453 | lncRNA | 701 nt | 6 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
GGCACTTGCAACTTTATTGCGCCAGCAAGAACATGCATAC40AGCCCAGTCTAACGTACAGGATCAAAAAGAGACCTTATTT80CGGCTGGCAATTACCTTACCCGCTTGTTCATTATCTGACT120CCTGCACTCCTCCCAAGTGTTCAATGTTAACCAGATGGCA160AAGTTAACCAGACAGAGGAAATCCACATAATTACTCTAGA200TGAAGCCCCCTAACTGCGGATTAGAAGGAAAAGAGATGAA240GGGTGCTGCACTAATAATAACAACCATTTTCAACCAAGGC280AGGATTCTGGGCCTAGAATCTTCAGTGACAAATTACCAGG320AGAGGAGGAGGGAAATGAAGAGCTGGAGGCCTAGGGAGAT360GGTGTGAGGAGAGGAGACTGTGCCTTTCCACTTCTTAATA400ATTAATGTTCTCCTGCTGCTCTGAGTCTGCATCACCAGTG440ATTCAGTTTGAGTCAGACATCCAACAACAACTGAGCAAAA480GAATCATCTCAGATCCAAGCAATGGTGACGCGCAGATAGA520AGAGACTGAGGCCAACGACCAAAGCAAAGGACAGCAGAAC560TGACTGACACAGCTCAGAAAATATCCAAAGCTCTGTATGC600TCTGGAAAGGAAGACAAGAAATGCTAAAGACTCTGGATAT640TGCTCTGTTTCTATAAGGTCCCACCCATATACCATCTCTT680CTTTTGGATTTCCTTTGGCAGGGTTCCCTTGTATGGAAGT720TCTCAGGAGAACAACACTCTCAGAGTCCCACTGTCTCAAA760GAATTCTTAATGGACAGCTATACTTGGCCCCAAGGTTTCA800ACCTCACACTGAAGAAAGTGACATAAGAAAACACAAGTCC840CAGTGCTATCAGGGGCTATCTGGAAAAGCTGCTTAAACAG880CAAGTGAAAGAAGGCTCTCCCCTACCCCGTTCTAGACTCA920CCCTGAAGTTATTTGAAGGATCCTTGAGACTCTTTTGGAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。