基因總覽
CELF4 的正式名稱為 CUGBP Elav-like family member 4，屬於蛋白質編碼基因，其產物屬於 CELF/BRUNOL 家族。這是一種 RNA 結合蛋白，具有多個 RNA recognition motif（RRM）結構域；蛋白質特徵註解指出，N 端至第 298 個胺基酸的區域足以支持 RNA 結合及依賴肌肉特異性剪接增強子（MSE）的剪接活性。這些結構特色與其參與 RNA 處理的角色相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000420428 ★ | 37,243,040–37,565,798 | 13 |
| ENST00000931906 | 37,243,040–37,565,994 | 11 |
| ENST00001009546 | 37,243,040–37,565,994 | 14 |
| ENST00001009548 | 37,243,040–37,565,994 | 14 |
| ENST00001009549 | 37,243,040–37,565,994 | 14 |
| ENST00001131485 | 37,243,040–37,565,994 | 13 |
| ENST00000586009 | 37,243,047–37,270,920 | 4 |
| ENST00000588591 | 37,243,047–37,273,043 | 6 |
| ENST00000334919 | 37,243,047–37,565,641 | 12 |
| ENST00000591287 | 37,243,047–37,565,994 | 13 |
| ENST00000970536 | 37,243,047–37,565,994 | 13 |
| ENST00000970537 | 37,243,047–37,565,994 | 12 |
顯示 12/46 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CELF4 參與前體 mRNA（pre-mRNA）選擇性剪接調控。選擇性剪接可使特定外顯子依不同條件納入或排除；CELF4 所調節的轉錄本包括具有組織特異性及發育階段調控特徵的剪接形式。其作用方向依目標 RNA 而異，並非一律促進外顯子納入或一律促進排除。
在心臟肌鈣蛋白 T 基因 TNNT2 的前體 mRNA 上，CELF4 可促進心臟異構型納入外顯子 5；此作用與心臟由幼年期轉入成年期的重塑過程相關。CELF4 會結合位於 TNNT2 前體 mRNA 可變外顯子 5 兩側內含子中的肌肉特異性剪接增強子（MSE）位點，來源指出此結合與外顯子納入調控有關。蛋白質特徵資料亦標示一段對 TNNT2 外顯子 5 納入為必要的區域，但未進一步界定其分子作用細節。
CELF4 對其他剪接目標可呈現不同調控方向：在 actinin 前體 mRNA 中，它促進平滑肌（SM）及非肌肉（NM）外顯子的排除；在 MAPT/Tau 轉錄本中，則促進外顯子 10 的剪接。這些例子顯示，CELF4 參與多種 RNA 的剪接選擇，其結果取決於所調控的轉錄本與外顯子。來源並未指出這些作用在所有組織或發育條件下均相同，因此不宜將個別目標上的調控方向概括為普遍規則。
Promoter 與基因調控
>CELF4 ENST00000420428 GRCh38 chr18:37565698-37566798 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAAGATGTGGGGCTGCTCTGGCAGGTTGGGGGTGCGAGGAGGAAAAAAAAACAGAGAAAGACACACACAG AGAGACAGGGAGAGAGCGCGCGCGAGAGAGCTCTTGTCTATAGATTTATCCACATAATATATATTTATGT AGCTTTTTTTCTCTCGACACTGATGAATGCGCGCTCGGATCCCCGGGCGGACTCCCTCCAAGCCGGCTCG CTTTTCTAGTCTAAATAAATAAATAAAGCCAGATGGAAGAAAAAAGCGCCCATTCCACCTCCGCCGCCGC CCCGCCCGCCATCCCTGCCTTTGCTTCGCCCGCCTGGCGCCCTAATAGAGCATAGCTTGGTGGATAAAGC CCCCCTACATACCCACACGAAAATAAAAATCACTATTTTTAAAATACAAAAAGTTGCACCTGCTGCTATT ACAAAAAGAACCCCCAAAAGGCAAAGAGAGGAGGCCGGCTGCCCGGCTCCTCACGGACACCCGCTCCCCG CGGCCGCCGGGCCCGGAATCTCAGCGCCTCCCGAAGAGCCATGCGCCTGGCGCTATTTATAGCCGGGGGC CGTCTCGGACTGTACCATCGCCACGGCGCGGGGCCGCCGACGGGGGAGGCGCGGTGGCCGCCGCCCCACG CCGCCCTGCCCCCGGCCGCCGCCCGCCGTGGCGCGGGCCCCCACAGCGCGCCCATTCCCGGCCCCCCGCG CCCTCCTCCGCGCGCGCACACTCGCCACCCCCACCCCTGGTCTGGCTGGGAACTTGAACCGGTCCAGCCT GTTTAAACGGAAAGGACAGAGATCCTGTCTGTTCAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAA AAAGAAAAAAAAAATCAGATCAGACCGAGAGAGAGAGGAGAGAGGGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGGG AGAGAGAGAGGAGAGGGAGGGAGGGAGAGAGAGAGGGGGGAGAGCAGAGAGAGAGCGCGAGCGCGAGCGA GCGAGAGAAGAGGAGAAAGAGAGAGAGCAGAGAGCGAGCGGAGAGCGAGGTGTAGAGAAACCGAGGGGGA GAGAACCCGAGTGTGTGTATGCGTGTGCGTGTGTGAGCGCGAGCGAGCGAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CELF4_3 ↗ | 18:37,565,637 | 負股 | 37,565,627–37,565,686 |
| CELF4_1 ↗ | 18:37,565,790 | 負股 | 37,565,780–37,565,839 |
| CELF4_2 ↗ | 18:37,566,043 | 負股 | 37,566,033–37,566,092 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR18_9JWKJ · promoter · 37564835–37565291 · regulatory
ENSR18_B9G9W · promoter · 37565631–37566287 · regulatory
ENSR18_B9G9Z · enhancer · 37566288–37566829 · regulatory
ENSR18_5BSL5Q · CTCF_binding_site · 37570549–37570570 · regulatory
· motif · 37570551–37570567 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：486 aa
CELF4 蛋白長 486 個胺基酸，屬於 CELF/BRUNOL 家族，具有三個 RNA recognition motif（RRM）：RRM 1 位於第 54–135 個胺基酸、RRM 2 位於第 152–232 個胺基酸，RRM 3 位於第 404–479 個胺基酸。第 1–298 個胺基酸的區域足以支持 RNA 結合及依賴 MSE 的剪接活性；第 239–258 個胺基酸則是 TNNT2 外顯子 5 納入所必需。另有兩段區域被註解為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CELF4 被記錄位於細胞核與細胞質；來源未提供不同條件或異構型之間的定位差異，也未描述定位變化的動態。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- PCBP3P57721-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRR20DP86480 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RBPMS2Q6ZRY4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TIAL1Q01085-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CELF4 是參與前體 mRNA 選擇性剪接調控的 RNA 結合蛋白，可在具有組織特異性或發育階段調控的剪接過程中促進外顯子納入或排除。它在心臟由幼年期轉入成年期的重塑期間促進 TNNT2 心臟異構型納入外顯子 5，並促進 actinin 前體 mRNA 的平滑肌及非肌肉外顯子排除，也促進 MAPT/Tau 外顯子 10 剪接；此外會結合 TNNT2 可變外顯子 5 兩側內含子中的 MSE 位點。 | 含實驗來源 | 證據與來源RNA-binding protein implicated in the regulation of pre-mRNA alternative splicing. Mediates exon inclusion and/or exclusion in pre-mRNA that are subject to tissue-specific and developmentally regulated alternative splicing. Specifically activates exon 5 inclusion of cardiac isoforms of TNNT2 during heart remodeling at the juvenile to adult transition. Promotes exclusion of both the smooth muscle (SM) and non-muscle (NM) exons in actinin pre-mRNAs. Activates the splicing of MAPT/Tau exon 10. Binds to muscle-specific splicing enhancer (MSE) intronic sites flanking the alternative exon 5 of TNNT2 pre-mRNA PMID 11158314 ↗ · PMID 12649496 ↗ · PMID 14973222 ↗ · PMID 15009664 ↗ · PMID 15894795 ↗ |
| 細胞定位 | CELF4 被記錄位於細胞核與細胞質。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAGAGAGCAGAGAGCGAGCGGAGAGCGAGGTGTAGAGAAA40CCGAGGGGGAGAGAACCCGAGTGTGTGTATGCGTGTGCGT80GTGTGAGCGCGAGCGAGCGAGAGAGAGGAGCGAGAGAGTG120TGAGCGAGAAAGAATAAAAGGAAAGAAGATTTTCTCTATG160TATATAAAGATGGCCACGTTAGCAAACGGACAGGCTGACA200ACGCAAGCCTCAGTACCAACGGGCTCGGCAGCAGCCCGGG240CAGTGCCGGGCACATGAACGGATTAAGCCACAGCCCGGGG280AACCCGTCGACCATTCCCATGAAGGACCACGATGCCATCA320AGCTGTTCATTGGGCAGATCCCCCGCAACCTGGATGAGAA360GGACCTCAAGCCCCTCTTCGAGGAGTTTGGCAAAATCTAC400GAGCTTACGGTTCTGAAGGACAGGTTCACAGGCATGCACA440AAGGCTGCGCCTTCCTCACCTACTGCGAGCGTGAGTCAGC480GCTGAAGGCCCAGAGCGCGCTGCACGAGCAGAAGACTCTG520CCCGGGATGAACCGGCCGATCCAGGTGAAGCCTGCGGACA560GCGAGAGCCGAGGAGGTAGTAGCTGCCTGCGCCAGCCCCC600TTCACAAGATAGAAAACTCTTCGTGGGCATGCTCAACAAG640CAACAGTCCGAGGACGACGTGCGCCGCCTTTTCGAGGCCT680TTGGGAACATCGAGGAGTGCACCATCCTGCGCGGGCCCGA720CGGCAACAGCAAGGGGTGCGCCTTTGTGAAGTACTCCTCC760CACGCCGAGGCGCAGGCCGCCATCAACGCGCTACACGGCA800GCCAGACCATGCCGGGAGCCTCGTCCAGTCTGGTGGTCAA840GTTCGCCGACACCGACAAGGAGCGCACGATGCGGCGAATG880CAGCAGATGGCTGGCCAGATGGGCATGTTCAACCCCATGG920CCATCCCTTTCGGGGCCTACGGCGCCTACGCTCAGGCACT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。