基因總覽
CDH24 是蛋白質編碼基因,產物為 cadherin 24。它屬於 cadherin 家族,這類蛋白質具有鈣離子依賴型細胞黏附特性。cadherin 24 的蛋白質結構包含多個 Cadherin 結構域,並具有跨膜區段。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000487137 ★ | 23,047,067–23,057,520 | 13 |
| ENST00000397359 | 23,047,062–23,057,649 | 14 |
| ENST00001074664 | 23,047,062–23,057,649 | 13 |
| ENST00001074665 | 23,047,062–23,057,649 | 12 |
| ENST00001074667 | 23,047,062–23,057,649 | 12 |
| ENST00001074668 | 23,047,062–23,057,649 | 11 |
| ENST00001137029 | 23,047,067–23,057,649 | 13 |
| ENST00000267383 | 23,047,660–23,055,826 | 12 |
| ENST00000554034 | 23,047,660–23,055,826 | 11 |
| ENST00001107721 | 23,050,898–23,057,649 | 9 |
| ENST00001107722 | 23,051,545–23,057,649 | 9 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Cadherin 24 介導強烈的細胞間黏附。作為 cadherin 家族成員,它具有鈣離子依賴型細胞黏附的特性。
Cadherin 通常優先與相鄰細胞上的同類分子進行同源性互動,因而可促成細胞彼此連接。這類選擇性互動也可能參與異質細胞類型的分選;不過,來源將此作用描述為可能的貢獻,並未指出其在 cadherin 24 中的具體分選情境。
Promoter 與基因調控
>CDH24 ENST00000487137 GRCh38 chr14:23057420-23058520 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GATATCTGAGCGTGGACATCTGAGGATATCTGGAGTAGGAGTTGCTCTCATTCCATGTGTTCCTTTAGGC TGACTGCTTCCTGCTTATTGAACTTCCCACGTCTTTTATCCCCTGCCTTGGCCCTGACCAACCCAAAGCT GTGGACCTTCCTCATTCGGGAAGGCATGGAGCAACCTGTGTCCGTGGCGGCACCCCAGCAGGGCTAGGAG GGTGGGTCCTCTTCTGGTTCCTGGTCCTGTGCACGGTTAAATTAGGGGTTTGGTCACCTGCCTGCCACCT TGGTGCCTCCCACAACTACCACCAGGGGGCGGCAGCTCCTCGCTCTGTTGGCCCCTGTAACCGAGCTTCC CAAGAAGGGTTCCACTGCCCGCCTCCGACCTCCCGCCGATGTCGTGCCTCTGTTCCCGACCCGCTCCCTG GGCCCGGGCCTCGGACTCTCTGGACCCTTCTGCCGTCCTTAAGTGTCCCCCAGCTGACCTGCTACCGTGC TTTGCATGGGCTCTCAAAACGCCGCCGCCTTGCAGCTGGGATTCCATCCACACCAGTCCCAAAAGCCAGC CGGGAACCGGGAGCCCGGAGCCGGGTCTCTCCGCAGTGGGCTCCGAATTCCCCACCTCACCGCGCGCTCG CCCGTTTTCCGCTGCGGGCGGGGACTGGCAGCTTCGCGCTCCCGGGTGCACCCGCCCCGCCAGCTCTTCG GAAATGGCCTGGCGCCGTGGCCTGGACGTCCTCCCGCCCGAGTGCCCTGCCGGGCGCTGCGGGCCCGGTC CGGGAGGGGCGCCGCATCTGTATGCGCCCCGCAGCCCAGGAGCGCCGAGGGGGCGGACGCGCGGCGCCGC CTCCGCCCCCGCCCCCGCCGCGCGGGCCCGGCTGGCCGGGGAGGGTCGGAGGCTGGGCTCTCCTCTCCCG CGCGGCGCGGAGCCGCCTCGCTCCTCCGCAGGCGGAGTCTTCTTCCCCCGCCCCCTCCGTCTCGCTCCCT TGTTCTCGCCGGGGCCGCTCAGACCTGCAGCGGAGCCGCGGCGCCCGCTCCAATCGGCTCGGGGCTGTGC CCCCGGGACCCGGCGACGGGGGCGGGCGGGGGCGCTTCCCGCCGGCCTGGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CDH24_1 ↗ | 14:23,057,520 | 負股 | 23,057,510–23,057,569 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR14_9C64B · promoter · 23055816–23056316 · regulatory
ENSR14_57FFF8 · CTCF_binding_site · 23056316–23056337 · regulatory
ENSR14_8NB7F · enhancer · 23057317–23057509 · regulatory
ENSR14_8NB7J · promoter · 23057510–23057703 · regulatory
ENSR14_57FFQ2 · CTCF_binding_site · 23058206–23058227 · regulatory
ENSR14_57FG23 · CTCF_binding_site · 23059732–23059753 · regulatory
ENSR14_57FGFP · CTCF_binding_site · 23062253–23062274 · regulatory
· motif · 23055357–23055369 · motif
· motif · 23055359–23055366 · motif
· motif · 23055519–23055526 · motif
· motif · 23055813–23055826 · motif
· motif · 23056318–23056334 · motif
· motif · 23057551–23057564 · motif
· motif · 23057660–23057673 · motif
· motif · 23057666–23057679 · motif
· motif · 23057672–23057685 · motif
· motif · 23057694–23057707 · motif
· motif · 23057946–23057960 · motif
· motif · 23058131–23058142 · motif
· motif · 23058208–23058224 · motif
· motif · 23058217–23058234 · motif
· motif · 23058282–23058296 · motif
· motif · 23058288–23058302 · motif
· motif · 23058435–23058446 · motif
· motif · 23058747–23058761 · motif
· motif · 23058747–23058761 · motif
· motif · 23058985–23058996 · motif
· motif · 23058986–23058997 · motif
· motif · 23059734–23059750 · motif
· motif · 23062255–23062271 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:819 aa
cadherin 24 長 819 個胺基酸。其 N 端訊號區位於第 1–19 位,胞外區為第 45–641 位,包含五個 Cadherin 結構域;第 642–662 位為螺旋型跨膜區,胞質區延伸至第 819 位。第 768–800 位另標註為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
cadherin 24 位於細胞膜,是單次跨膜的 I 型膜蛋白。 來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型之間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
cadherin 24 與 alpha-, beta- 和 delta-catenins 有關聯。來源僅描述這些關聯,未進一步界定是否為直接結合或共同組成特定複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | Cadherin 家族蛋白質依賴鈣離子介導細胞黏附,並傾向與相連細胞上的同類分子進行同源性互動,因此可能參與異質細胞類型的分選。Cadherin-24 則可介導強烈的細胞間黏附。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cadherins are calcium-dependent cell adhesion proteins. They preferentially interact with themselves in a homophilic manner in connecting cells; cadherins may thus contribute to the sorting of heterogeneous cell types. Cadherin-24 mediate strong cell-cell adhesion PMID 12734196 ↗ |
| 交互作用 | 來源指出此蛋白質與 alpha-, beta- 及 delta-catenins 有關聯,但沒有進一步說明這些關聯是否為直接結合,或是否代表共同組成特定複合體。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | 此蛋白質定位於細胞膜,屬於單次跨膜的 I 型膜蛋白;該定位描述未提供條件變化或不同異構型之間的差異。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGACCTGCAGCGGAGCCGCGGCGCCCGCTCCAATCGGCTC40GGGGCTGTGCCCCCGGGACCCGGCGACGGGGGCGGGCGGG80GGCGCTTCCCGCCGGCCTGGGCCCCTCGGCAGTGCCAGGT120GTGGATCCATGGGGTAGCCTCAACGCATCTGCCCCTCCAC160CCCAGCCAGCTCATGGGCCACGTGGCCTGGCCCAGCCTCA200GCACCCAGGGCCAGTGAACAGAGCCCTGGCTGGAGTCCAA240ACATGTGGGGCCTGGTGAGGCTCCTGCTGGCCTGGCTGGG280TGGCTGGGGCTGCATGGGGCGTCTGGCAGCCCCAGCCCGG320GCCTGGGCAGGGTCCCGGGAACACCCAGGGCCTGCTCTGC360TGCGGACTCGAAGGAGCTGGGTCTGGAACCAGTTCTTTGT400CATTGAGGAATATGCTGGTCCAGAGCCTGTTCTCATTGGC440AAGCTGCACTCGGATGTTGACCGGGGAGAGGGCCGCACCA480AGTACCTGTTGACCGGGGAGGGGGCAGGCACCGTATTTGT520GATTGATGAGGCCACAGGCAATATTCATGTTACCAAGAGC560CTTGACCGGGAGGAAAAGGCGCAATATGTGCTACTGGCCC600AAGCCGTGGACCGAGCCTCCAACCGGCCCCTGGAGCCCCC640ATCAGAGTTCATCATCAAAGTGCAAGACATCAACGACAAT680CCACCCATTTTTCCCCTTGGGCCCTACCATGCCACCGTGC720CCGAGATGTCCAATGTCGGGACATCAGTGATCCAGGTGAC760TGCTCACGATGCTGATGACCCCAGCTATGGGAACAGTGCC800AAGCTGGTGTACACTGTTCTGGATGGACTGCCTTTCTTCT840CTGTGGACCCCCAGACTGGAGTGGTGCGTACAGCCATCCC880CAACATGGACCGGGAGACACAGGAGGAGTTCTTGGTGGTG920ATCCAGGCCAAGGACATGGGCGGCCACATGGGGGGGCTGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。