基因總覽
CD40 molecule 是由蛋白質編碼基因 CD40 產生的受體，屬於腫瘤壞死因子受體相關家族成員。其主要蛋白異構型 Isoform I 為單次穿膜的第一型膜蛋白，具有細胞外區段、跨膜區段及細胞質區段；細胞外部分含有四個 TNFR-Cys 重複區。另有 Isoform II，定位資料將其標示為分泌型。這些特徵界定了 CD40 的受體性質與膜蛋白架構。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000372285 ★ | 46,118,314–46,129,858 | 9 |
| ENST00000372276 | 46,118,249–46,129,863 | 8 |
| ENST00000695671 | 46,118,249–46,128,358 | 8 |
| ENST00000890862 | 46,118,249–46,130,378 | 9 |
| ENST00000890863 | 46,118,249–46,130,378 | 7 |
| ENST00000890864 | 46,118,249–46,130,378 | 8 |
| ENST00000890865 | 46,118,249–46,130,378 | 9 |
| ENST00000890866 | 46,118,249–46,129,514 | 9 |
| ENST00000890867 | 46,118,249–46,130,378 | 9 |
| ENST00000890868 | 46,118,249–46,130,378 | 9 |
| ENST00000936297 | 46,118,249–46,130,378 | 7 |
| ENST00000936298 | 46,118,249–46,130,378 | 8 |
顯示 12/21 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CD40 是 TNFSF5/CD40LG 的受體。受體接收相關訊號後，可傳遞由 TRAF6 與 MAP3K8 介導的訊號，並在巨噬細胞及 B 細胞中活化 ERK。資料將這條訊號與免疫球蛋白分泌的誘導相連結；此功能描述標示為相似性推定，因此不宜視為所有細胞情境中均已確立的作用。
在所述的細胞類型中，ERK 活化是連接受體訊號與免疫球蛋白分泌結果的關鍵環節。CD40 的功能因而涵蓋受體辨識、細胞內訊號傳遞及分泌反應，但來源未提供更細的下游步驟，也未指出這些反應在其他細胞或條件下是否相同。所述結果限於巨噬細胞與 B 細胞，不能據此推廣至其他細胞類型。
Promoter 與基因調控
>CD40 ENST00000372285 GRCh38 chr20:46117314-46118414 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCCCCCACCTTTATTTTTATTTTTATTTATTATTTATTTTTTTTTTTTTTGAGACTGAGTCTTGCTCTGC CTTCGAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCATTGCAATCTCTGCCTCTGCGGTTCAAGCGATTC TCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGAACGCCACTACATCCGGTTAATTTTTGTATTT TTAGTAGAGACGGAGTTTCACTATGTTGGCCAGGTTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCG CCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCCACTCTTAATAAATGCCT GTCTCCAGGTGCTGGGTGGGAGGTGGGATGGAATGGAATGAGGTGAGGACGCATGGATGCATGGATGAAT GGATGGGAAGTTGAGACGACGCGCCCACACGAGGGAATTTCCTTTGAAAGAGAGCGAAATTCTGAGTTGG GAAACTCTTCCTTGAAACGCCTCCCCATACCCCAGCTGTGGCCTTCCCGTTTTCTGCGTGGTGGTGTGGG GGGAACTTCCTCAGGCCTCTCCGCAGTGGAGCCTCTTTCGGTTCTGCCAGGATACCTAGAGGCAGCGGAG AGCGGGGCAGGGAGGGGAAAACCGTGAGGGTCCCTGTGGCAGGCCCCAGCACCCATGGGATCTCTCTCCG GTCGCAGGAAGCAGGCTAGCTCCTAGCCCGCCTCGGCTTGGCCTTTGTGGGACCTGGGGGCAAAGAAGAA GAGCTGTCTCTGGGACCATGCCTCCTCCCGTACACAGCAAGATGCGTCCCTAAACTCCCGGGGGAATTAG ACTTGTGGGAATGTTCTGGGGAAACTCCTGCGCGGTGAATTGCTGGGGGCTCCGCCCCCCCGATAGGTGG ACCGCGATTGGTCTTTGAAGACCCCGCCCCTTTCCTGGGCGGGGCCAAGGCTGGGGCAGGGGAGTCAGCA GAGGCCTCGCTCGGGCGCCCAGTGGTCCTGCCGCCTGGTCTCACCTCGCTATGGTTCGTCTGCCTCTGCA GTGCGTCCTCTGGGGCTGCTTGCTGACCGCTGTGAGTTGTTTTTGCCCCGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CD40_1 ↗ | 20:46,118,314 | 正股 | 46,118,265–46,118,324 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR20_BC656 · promoter · 46117824–46118338 · regulatory
ENSR20_C6KK6 · enhancer · 46118339–46119525 · regulatory
ENSR20_5DSTT3 · CTCF_binding_site · 46118593–46118614 · regulatory
· motif · 46117058–46117071 · motif
· motif · 46117517–46117528 · motif
· motif · 46117564–46117579 · motif
· motif · 46117569–46117581 · motif
· motif · 46117572–46117579 · motif
· motif · 46117844–46117857 · motif
· motif · 46117992–46118005 · motif
· motif · 46118137–46118150 · motif
· motif · 46118137–46118150 · motif
· motif · 46118202–46118212 · motif
· motif · 46118244–46118254 · motif
· motif · 46118258–46118268 · motif
· motif · 46118433–46118453 · motif
· motif · 46118439–46118459 · motif
· motif · 46118595–46118611 · motif
· motif · 46118883–46118894 · motif
· motif · 46118958–46118971 · motif
· motif · 46118958–46118971 · motif
· motif · 46119006–46119019 · motif
· motif · 46119006–46119019 · motif
· motif · 46119141–46119157 · motif
· motif · 46119212–46119225 · motif
· motif · 46119530–46119542 · motif
· motif · 46121799–46121808 · motif
· motif · 46121799–46121808 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：277 aa
CD40 蛋白長 277 個胺基酸。其 N 端含訊號胜肽，細胞外區域位於第 21–193 位，並包含四個 TNFR-Cys 重複區；第 194–215 位為螺旋型跨膜區，第 216–277 位為細胞質區域。細胞質區第 223–277 位另註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Isoform I 被標示為細胞膜上的單次穿膜第一型膜蛋白；Isoform II 則被標示為分泌型。 來源未提供兩種異構型之間定位轉換的條件或動態資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 22 個夥伴
- CMTM5Q96DZ9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CMTM6Q9NX76 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CYB561A3Q8NBI2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DEFB121Q5J5C9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBPQ15125 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- INSIG2Q9Y5U4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MALP21145 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MFSD5Q6N075 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MIPP30301 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLP1P60201-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC30A2Q9BRI3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC30A3Q99726 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC39A13Q96H72 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC7A1P30825 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TLCD1Q96CP7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM107Q6UX40 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM128Q5BJH2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM147Q9BVK8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF2Q12933 · UniProt INTERACTION · 20 experiments
- TRAF3Q13114 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF6Q9Y4K3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- Otud7bB2RUR8 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
CD40 可呈單體或同源二聚體。膀胱癌細胞株 Hu549 中發現的變異形式不形成同源二聚體。CD40 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5 及 TRAF6 有交互作用；另與 TRAF6、MAP3K8 的交互作用被報告為 ERK 活化所必需。
疾病與遺傳關聯
CD40 基因變異可造成高 IgM 免疫缺陷症 3（HIGM3）。此罕見免疫缺陷症的特徵為血清 IgM 正常或升高，同時缺乏 IgG、IgA 與 IgE，並對細菌感染有高度易感性。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CD40 是 TNFSF5/CD40LG 的受體，可透過 TRAF6 與 MAP3K8 介導的訊號，在巨噬細胞及 B 細胞中活化 ERK，並促進免疫球蛋白分泌；此功能註記為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Receptor for TNFSF5/CD40LG. Transduces TRAF6- and MAP3K8-mediated signals that activate ERK in macrophages and B cells, leading to induction of immunoglobulin secretion (By similarity) PMID 31331973 ↗ |
| 交互作用 | CD40 可呈單體或同源二聚體；膀胱癌細胞株 Hu549 中的變異形式不形成同源二聚體。CD40 與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5、TRAF6 互作，且與 TRAF6、MAP3K8 的互作是 ERK 活化所必需。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer and homodimer. The variant form found in the bladder carcinoma cell line Hu549 does not form homodimers. Interacts with TRAF1, TRAF2, TRAF3, TRAF5 and TRAF6. Interacts with TRAF6 and MAP3K8; the interaction is required for ERK activation PMID 10984535 ↗ · PMID 12005438 ↗ · PMID 2463309 ↗ · PMID 7530216 ↗ · PMID 7533327 ↗ · PMID 9432981 ↗ · PMID 9511754 ↗ · PMID 9718306 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform I 位於細胞膜，屬於單次穿膜的第一型膜蛋白。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | Isoform II; Secreted | 資料庫紀錄 | |
| 疾病關聯 | CD40 基因變異會造成高 IgM 免疫缺陷症 3（HIGM3）。此罕見症候群患者血清 IgM 正常或升高，缺乏 IgG、IgA 與 IgE，並高度易受細菌感染。 | 含實驗來源 | 證據與來源Immunodeficiency with hyper-IgM 3 HIGM3 A rare immunodeficiency syndrome characterized by normal or elevated serum IgM levels with absence of IgG, IgA, and IgE. It results in a profound susceptibility to bacterial infections. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 606843 PMID 11675497 ↗ · PMID 26545377 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTGGTCCTGCCGCCTGGTCTCACCTCGCTATGGTTCGTC40TGCCTCTGCAGTGCGTCCTCTGGGGCTGCTTGCTGACCGC80TGTCCATCCAGAACCACCCACTGCATGCAGAGAAAAACAG120TACCTAATAAACAGTCAGTGCTGTTCTTTGTGCCAGCCAG160GACAGAAACTGGTGAGTGACTGCACAGAGTTCACTGAAAC200GGAATGCCTTCCTTGCGGTGAAAGCGAATTCCTAGACACC240TGGAACAGAGAGACACACTGCCACCAGCACAAATACTGCG280ACCCCAACCTAGGGCTTCGGGTCCAGCAGAAGGGCACCTC320AGAAACAGACACCATCTGCACCTGTGAAGAAGGCTGGCAC360TGTACGAGTGAGGCCTGTGAGAGCTGTGTCCTGCACCGCT400CATGCTCGCCCGGCTTTGGGGTCAAGCAGATTGCTACAGG440GGTTTCTGATACCATCTGCGAGCCCTGCCCAGTCGGCTTC480TTCTCCAATGTGTCATCTGCTTTCGAAAAATGTCACCCTT520GGACAAGCTGTGAGACCAAAGACCTGGTTGTGCAACAGGC560AGGCACAAACAAGACTGATGTTGTCTGTGGTCCCCAGGAT600CGGCTGAGAGCCCTGGTGGTGATCCCCATCATCTTCGGGA640TCCTGTTTGCCATCCTCTTGGTGCTGGTCTTTATCAAAAA680GGTGGCCAAGAAGCCAACCAATAAGGCCCCCCACCCCAAG720CAGGAACCCCAGGAGATCAATTTTCCCGACGATCTTCCTG760GCTCCAACACTGCTGCTCCAGTGCAGGAGACTTTACATGG800ATGCCAACCGGTCACCCAGGAGGATGGCAAAGAGAGTCGC840ATCTCAGTGCAGGAGAGACAGTGAGGCTGCACCCACCCAG880GAGTGTGGCCACGTGGGCAAACAGGCAGTTGGCCAGAGAG920CCTGGTGCTGCTGCTGCTGTGGCGTGAGGGTGAGGGGCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。