基因總覽
CCL8 的正式名稱為 C-C motif chemokine ligand 8,屬於 protein-coding gene,其產物歸在 intercrine beta(chemokine CC)家族。這類分子具有趨化因子的性質,CCL8 可吸引單核球、淋巴球、嗜鹼性球與嗜酸性球。蛋白質序列長度為 99 個胺基酸,序列註解包含位於第 1 至 23 個胺基酸的訊號序列;來源並將其標示為分泌型蛋白質。CCL8 也可與 heparin 結合。這些資料勾勒出其家族歸屬、基本序列特徵與分泌性質;其趨化作用及加工形式的差異另於功能段落說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000394620 ★ | 34,319,435–34,321,402 | 3 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CCL8 是趨化因子,可吸引單核球、淋巴球、嗜鹼性球及嗜酸性球。這項作用指出它能引導多類免疫細胞,來源並提及 CCL8 可能參與腫瘤形成相關過程及發炎宿主反應;這些角色以「可能」描述,並非確定的功能結論。
CCL8 可與 heparin 結合。來源未進一步說明此結合在細胞或組織中的作用,因此不宜據此推論其對趨化活動或其他生物過程的具體影響。
CCL8 的加工形式 MCP-2(6-76) 與未指出為此加工形式的 CCL8 有不同描述:MCP-2(6-76) 不具有單核球趨化活性,但會抑制趨化作用;其抑制效果以 CCL7 最為明顯,也作用於 CCL2、CCL5 與 CCL8。這項差異顯示,加工形式會影響所述的趨化活性,且抑制作用涉及多種 chemokine。
Promoter 與基因調控
>CCL8 ENST00000394620 GRCh38 chr17:34318435-34319535 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGGCACGGAGAAACCTTAAATGCATATTGCTTAGTGAAAGAAGCCAGTCTGAAAAGGCTGCCTACTATAT GATTCCAACTATGCATATGATACTTGGGAAAAGACAAGCTCACAGAGATAGTAAAAAGATCAGTGGTAGC CAGAGATTTGTGGAGAGGAAAAAGGATGAATAGAAGAATACAGTGAATTCTTAGAGCAGGAAAACTTCTA TATGATATTGTAATGATGGATAGATCAGGCCTGCAGGGGGAGTAGATGAGGTCAGTCTTTTGCAAACCTG GTTCCTTCTTGCCACGCCCCGCCCACAGCCCCACTGTGTGTGAACCAAGAGAGTTGGAAGGCCTTCTGCA GACGGACCCATTCCACCTGAATCTCCATGACATATTGGACTTCTCCATATAATTTCATTTGGAAAGAAAC TTGAGCATCTAAATAAAATGTTTGGAAACCACCATGCTACAAGACCAGCATGTGCTGTCTAGTTCTTACC CTCTGCAACAGTAAGATTCTGGGGCATTAAGACTTAGTTCCAGGATTCTGTCATTCTGCCAACGTTCTGT GGCTGGGGTTCTAAAGGAGCTTGCCTGGCTTAGAACTGCAAGTGACTCTAGTGTGATGGAGAGCACCAGC AAAGCCTTAGGGCCCATCCCTGGCCTCCTGTTACCCACAGAGGGGTAGGCCCTTGGCTCTCTTCCACTAT GACGTCAGCTTCCATTCTTCCTTTCTTATAGACAATTTTCCATTTCAAGGAAATCAGAGCCCTTAATAGT TCAGTGAGGTCACTTTGCTGAGCACAATCCCATACCCTTCAGCCTCTGCTCCACAGAGCCTAAGCAAAAG ATAGAAACTCACAACTTCCTTGTTTTGTTATCTGGAAATTATCCCAGGATCTGGTGCTTACTCAGCATAT TCAAGGAAGGTCTTACTTCATTCTTCCTTGATTGTGACCATGCCCAGGCTCTCTGCTCCCTATAAAAGGC AGGCAGAGCCACCGAGGAGCAGAGAGGTTGAGAACAACCCAGAAACCTTCACCTCTCATGCTGAAGCTCA CACCCTTGCCCTCCAAGATGAAGGTTTCTGCAGCGCTTCTGTGCCTGCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CCL8_1 ↗ | 17:34,319,435 | 正股 | 34,319,386–34,319,445 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_9HLPZ · enhancer · 34314280–34314741 · regulatory
ENSR17_8328KC · enhancer · 34318609–34318816 · regulatory
ENSR17_5B3XJR · CTCF_binding_site · 34318670–34318691 · regulatory
ENSR17_9HLRB · promoter · 34318947–34319445 · regulatory
· motif · 34314509–34314518 · motif
· motif · 34314509–34314518 · motif
· motif · 34318295–34318304 · motif
· motif · 34318295–34318304 · motif
· motif · 34318672–34318688 · motif
· motif · 34319328–34319342 · motif
· motif · 34319328–34319342 · motif
· motif · 34319335–34319346 · motif
來源列出 IFNG(IFN-gamma)、mitogens 與 IL1(interleukin-1)為 CCL8 的調控因素;但未提供調控方向、作用條件或具體機制,因此無法進一步判定這些因素如何改變其表現。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:99 aa
CCL8 屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其蛋白質長度為 99 個胺基酸,序列第 1 至 23 個胺基酸被註記為訊號序列。來源未提供其他結構域或功能區域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CCL8 被標示為分泌型蛋白質。 來源未提供其在細胞內的定位、定位變化條件或不同異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- CCL2P13500 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
CCL8 可在單體與同源二聚體形式之間處於平衡。來源未指出其他結合夥伴或更大型複合體,因此此處僅描述其單體與同源二聚體形式。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CCL8 是可吸引單核球、淋巴球、嗜鹼性球與嗜酸性球的趨化因子,並可能參與腫瘤形成相關過程及發炎宿主反應。該蛋白可結合 heparin。加工形式 MCP-2(6-76) 不具單核球趨化活性,卻會抑制趨化作用,對 CCL7 的抑制最明顯,亦作用於 CCL2、CCL5 與 CCL8。 | 含實驗來源 | 證據與來源Chemotactic factor that attracts monocytes, lymphocytes, basophils and eosinophils. May play a role in neoplasia and inflammatory host responses. This protein can bind heparin. The processed form MCP-2(6-76) does not show monocyte chemotactic activity, but inhibits the chemotactic effect most predominantly of CCL7, and also of CCL2 and CCL5 and CCL8 PMID 9558113 ↗ |
| 交互作用 | CCL8 可呈單體或同源二聚體形式,兩種形式之間處於平衡;來源未進一步說明此平衡的條件或其功能影響。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 | |
| 調控 | 來源列出 IFNG(IFN-gamma)、mitogens 與 IL1(interleukin-1)為 CCL8 的調控因素,但沒有提供調控方向、作用條件或相關機制。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGAGAGGTTGAGAACAACCCAGAAACCTTCACCTCTCATG40CTGAAGCTCACACCCTTGCCCTCCAAGATGAAGGTTTCTG80CAGCGCTTCTGTGCCTGCTGCTCATGGCAGCCACTTTCAG120CCCTCAGGGACTTGCTCAGCCAGATTCAGTTTCCATTCCA160ATCACCTGCTGCTTTAACGTGATCAATAGGAAAATTCCTA200TCCAGAGGCTGGAGAGCTACACAAGAATCACCAACATCCA240ATGTCCCAAGGAAGCTGTGATCTTCAAGACCAAACGGGGC280AAGGAGGTCTGTGCTGACCCCAAGGAGAGATGGGTCAGGG320ATTCCATGAAGCATCTGGACCAAATATTTCAAAATCTGAA360GCCATGAGCCTTCATACATGGACTGAGAGTCAGAGCTTGA400AGAAAAGCTTATTTATTTTCCCCAACCTCCCCCAGGTGCA440GTGTGACATTATTTTATTATAACATCCACAAAGAGATTAT480TTTTAAATAATTTAAAGCATAATATTTCTTAAAAAGTATT520TAATTATATTTAAGTTGTTGATGTTTTAACTCTATCTGTC560ATACATCCTAGTGAATGTAAAATGCAAAATCCTGGTGATG600TGTTTTTTGTTTTTGTTTTCCTGTGAGCTCAACTAAGTTC640ACGGCAAAATGTCATTGTTCTCCCTCCTACCTGTCTGTAG680TGTTGTGGGGTCCTCCCATGGATCATCAAGGTGAAACACT720TTGGTATTCTTTGGCAATCAGTGCTCCTGTAAGTCAAATG760TGTGCTTTGTACTGCTGTTGTTGAAATTGATGTTACTGTA800TATAACTATGGAATTTTGAAAAAAAATTTCAAAAAGAAAA840AAATATATATAATTTAAAACTA862cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。