基因總覽
CCL4（C-C motif chemokine ligand 4）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 intercrine beta（chemokine CC）家族。這類分子具有發炎與促細胞移動特性；CCL4 蛋白質長 92 個胺基酸，序列註解包含位於第 1 至 23 個胺基酸的訊號序列。其名稱亦包括 Macrophage inflammatory protein 1-beta 與 MIP-1-beta(1-69)。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000615863 ★ | 36,103,827–36,105,614 | 3 |
| ENST00000621626 | 36,103,588–36,105,627 | 2 |
| ENST00001102275 | 36,103,588–36,105,627 | 3 |
| ENST00001102276 | 36,103,588–36,105,190 | 3 |
| ENST00001118363 | 36,103,588–36,105,627 | 3 |
| ENST00001142192 | 36,103,588–36,105,627 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CCL4 是具有發炎與促細胞移動特性的單核細胞激素，能與趨化因子受體 CCR5 結合。來源指出，CD8+ T 細胞產生的 CCL4 是主要的 HIV 抑制因子之一，顯示它除了具有免疫相關作用，也能影響病毒進入細胞的過程。
重組 MIP-1-beta 可依劑量抑制不同株的 HIV-1、HIV-2 與 simian immunodeficiency virus（SIV）。這項抑制作用涉及不同病毒種類的多個病毒株；來源所述結果為劑量依賴性，但未提供可據以延伸的劑量範圍或其他條件。
加工形式 MIP-1-beta(3-69) 保留調降細胞表面 CCR5 表現的能力，也能抑制 HIV-1 經由 CCR5 進入 T 細胞。由於 CCR5 是該加工形式可作用的受體，這些作用與 CCR5 介導的病毒進入途徑相關；來源並未將此結果概括為對所有病毒或細胞的普遍效果。
此外，MIP-1-beta(3-69) 也是 CCR1 與 CCR2 isoform B 的配體。因此，來源描述的受體關係會因加工形式而有所區別：一般所述 CCL4 可結合 CCR5，而 MIP-1-beta(3-69) 另被列為 CCR1 與 CCR2 isoform B 的配體。
Promoter 與基因調控
>CCL4 ENST00000615863 GRCh38 chr17:36102827-36103927 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTTAATTTGTCCTGTTCTTTTGCTGGTCCAAGAAAATATCCTGAAATCTTTATTTCTTCTCCGTTTCCTC CTTGTCCTAGGACAGACTAGCCCTATCCCCTTCCTGAATTAAGTCCGAATATAGTCAGTCTTTGAGTGTG GAATAGCTCCTAGCAGTCTATCAGTCAACGGGTTCTCTTTGTGGTCACATTCTATGTTTATTCAGGAGAC TACAGCATGGAAAGAAAATGGACTTTGGAGTCAGGTGAATCTTGATTCAAATCTTGGCAGTGCCATTCAT CAGCTCTGTGGCATTGAGCGCATCAGTGGACCACTCTCTGATCCCCAATTGCCTTGTCTGTAAAATGAGA TTAGACACCCCTGCTCAAGATTATGGTAGGATTATATATAATGTGTGTAACACAGCTTTTCCAGTGCCTG GTACAAGGTAAGTGTCCAATAAGAAGTTACAAATGTTCCTGAGCCACCCTACTGGGTCCCTCCTCACATC CAATGCTGGACTCTTCATGCCCAAGGAAACATATAAGGCACAAAAGTCAGTGGCACTCAGCTCAGCAGAA GAAGGCACAGGAAGGGGATGGGGGAGTCCTGGCTCCCACTTTGTTCTTGGGGTCAGGCTTGTGGCCAGCC TGGAAAGACTGACATGAACCCTCCAGCATCTGAGGGTGCCAACCACCAAGAGCAGCACAGTTCTTGTCTA CAAGCCACTTGTAGCAGGTGTGAACATTTCATCTTTTCCTCTGGGGTTTGCAACTCTCTCCCCAGTCTCG GTCACTGCCTTTGGCTGTACCACTTCCCTTTTCTTCTCGCCTGCACCTCCCTCATCTTTCCTCTATGATG ACATCGCCCTGGGGAAGAGAAGCTGAGAGGAACTCCTCACTCAGCTAGCTTCAGGAGCATGACGTCATCT CTACCATGGAAATTCCACTCACTCTCCTGTGCCCCCACATTTGTCCTAGGCCTCAGAGTCCCTATAAAGA GAGATTCCCAAGTCAGTATCAGCACAGGACACAGCTGGGTTCTGAAGCTTCTGAGTTCTGCAGCCTCACC TCTGAGAAAACCTCTTTTCCACCAATACCATGAAGCTCTGCGTGACTGTCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CCL4_2 ↗ | 17:36,103,590 | 正股 | 36,103,541–36,103,600 |
| CCL4_1 ↗ | 17:36,103,830 | 正股 | 36,103,781–36,103,840 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_9JBWM · promoter · 36103337–36103837 · regulatory
ENSR17_5BH9KB · CTCF_binding_site · 36103377–36103398 · regulatory
· motif · 36098887–36098895 · motif
· motif · 36098887–36098902 · motif
· motif · 36101350–36101361 · motif
· motif · 36103379–36103395 · motif
· motif · 36103435–36103442 · motif
· motif · 36103539–36103548 · motif
· motif · 36103541–36103553 · motif
· motif · 36103617–36103630 · motif
· motif · 36103723–36103736 · motif
· motif · 36103723–36103736 · motif
· motif · 36103891–36103902 · motif
· motif · 36105475–36105486 · motif
· motif · 36105791–36105803 · motif
· motif · 36106067–36106089 · motif
· motif · 36106067–36106089 · motif
· motif · 36106079–36106091 · motif
· motif · 36107744–36107756 · motif
· motif · 36108422–36108431 · motif
· motif · 36108422–36108431 · motif
來源指出，CCL4 受 mitogens 調控；未提供調控方向、具體刺激條件或作用機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：92 aa
CCL4 蛋白質長 92 個胺基酸，屬於 intercrine beta（chemokine CC）家族。序列註解標示第 1 至 23 個胺基酸為訊號序列。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CCL4 被註記為分泌型蛋白質；來源未提供其在不同條件下的定位變化。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 19 個夥伴
- ARL13BQ3SXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNR2P34972 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GJA8P48165 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPR152Q8TDT2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPRC5DQ9NZD1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MARCHF2Q9P0N8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MRM1Q6IN84 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC10A6Q3KNW5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC18A1P54219-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC30A2Q9BRI3 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- SLC30A8Q8IWU4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC7A1P30825 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TAS2R5Q9NYW4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TIMMDC1Q9NPL8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM14BQ9NUH8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM179BQ7Z7N9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM86BQ8N661 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UNC93AQ86WB7-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCR5P51681 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
來源記載 MIP-1-alpha(4-69) 與 MIP-1-beta(3-69) 可形成同源二聚體及異源二聚體；未進一步說明各二聚體的組成比例或功能差異。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CCL4 是具有發炎與促細胞移動特性的單核細胞激素，可結合 CCR5，也是 CD8+ T 細胞產生的主要 HIV 抑制因子之一。重組 MIP-1-beta 依劑量抑制不同株 HIV-1、HIV-2 與 SIV；加工形式 MIP-1-beta(3-69) 可調降表面 CCR5，抑制 HIV-1 經 CCR5 進入 T 細胞，並可作為 CCR1 與 CCR2 isoform B 的配體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monokine with inflammatory and chemokinetic properties. Binds to CCR5. One of the major HIV-suppressive factors produced by CD8+ T-cells. Recombinant MIP-1-beta induces a dose-dependent inhibition of different strains of HIV-1, HIV-2, and simian immunodeficiency virus (SIV). The processed form MIP-1-beta(3-69) retains the abilities to induce down-modulation of surface expression of the chemokine receptor CCR5 and to inhibit the CCR5-mediated entry of HIV-1 in T-cells. MIP-1-beta(3-69) is also a ligand for CCR1 and CCR2 isoform B PMID 10540332 ↗ · PMID 12070155 ↗ · PMID 8525373 ↗ |
| 交互作用 | MIP-1-alpha(4-69) 與 MIP-1-beta(3-69) 可形成同源二聚體，也可彼此形成異源二聚體；來源未提供二聚體的其他組成或功能細節。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 | |
| 調控 | CCL4 的調控資訊指出其與 mitogens 有關，但未說明調控方向、涉及的具體 mitogen、實驗條件或分子機制，因此無法進一步界定其表現變化。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGCACAGGACACAGCTGGGTTCTGAAGCTTCTGAGTTCTG40CAGCCTCACCTCTGAGAAAACCTCTTTTCCACCAATACCA80TGAAGCTCTGCGTGACTGTCCTGTCTCTCCTCATGCTAGT120AGCTGCCTTCTGCTCTCCAGCGCTCTCAGCACCAATGGGC160TCAGACCCTCCCACCGCCTGCTGCTTTTCTTACACCGCGA200GGAAGCTTCCTCGCAACTTTGTGGTAGATTACTATGAGAC240CAGCAGCCTCTGCTCCCAGCCAGCTGTGGTATTCCAAACC280AAAAGAAGCAAGCAAGTCTGTGCTGATCCCAGTGAATCCT320GGGTCCAGGAGTACGTGTATGACCTGGAACTGAACTGAGC360TGCTCAGAGACAGGAAGTCTTCAGGGAAGGTCACCTGAGC400CCGGATGCTTCTCCATGAGACACATCTCCTCCATACTCAG440GACTCCTCTCCGCAGTTCCTGTCCCTTCTCTTAATTTAAT480CTTTTTTATGTGCCGTGTTATTGTATTAGGTGTCATTTCC520ATTATTTATATTAGTTTAGCCAAAGGATAAGTGTCCCCTA560TGGGGATGGTCCACTGTCACTGTTTCTCTGCTGTTGCAAA600TACATGGATAACACATTTGATTCTGTGTGTTTTCATAATA640AAACTTTAAAATAAAATGCA660cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。