基因總覽
CCL23(C-C motif chemokine ligand 23)是由蛋白質編碼基因產生的趨化因子,屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其蛋白質長 120 個胺基酸,具有位於第 1 至 21 位的訊號胜肽,符合分泌型蛋白質的特徵。來源將 CCL23 描述為能作用於特定免疫細胞的趨化因子,並指出它可與 heparin 結合及結合 CCR1。其功能不只涉及細胞移動,也包括對髓系前驅細胞增殖的抑制;不同蛋白質片段的趨化效力亦有差異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000615050 ★ | 36,013,058–36,017,972 | 4 |
| ENST00000612516 | 36,013,056–36,017,979 | 4 |
| ENST00000978234 | 36,013,056–36,017,979 | 3 |
| ENST00001139374 | 36,013,056–36,017,979 | 4 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CCL23 具有趨化活性,可促使單核球、靜止型 T 淋巴球及嗜中性球移動;來源同時指出,這種活性不適用於活化型淋巴球。因此,CCL23 對細胞移動的作用會因細胞狀態而異,不能概括為對所有淋巴球都有相同效果。
除了影響免疫細胞移動,CCL23 也會抑制髓系前驅細胞的增殖。此作用是在集落形成分析中觀察到的,反映它除了具有趨化功能,也可能參與調節髓系前驅細胞的生長;來源並未進一步說明其作用途徑或體內情境。
分子互作方面,CCL23 可結合 CCR1,也能與 heparin 結合。來源未提供這些結合各自如何導致細胞反應的細節,因此不宜將其延伸解讀為特定訊號機制。不同長度的 CCL23 片段則呈現趨化效力差異:CCL23(19-99)、CCL23(22-99)、CCL23(27-99) 與 CCL23(30-99) 的趨化活性均高於未標示片段的 CCL23。這項比較顯示,蛋白質片段的範圍與其趨化效力相關,但來源未交代差異形成的分子原因。
Promoter 與基因調控
>CCL23 ENST00000615050 GRCh38 chr17:36017872-36018972 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATCTCATTGACCTGGCTGTTCCTGAGTTGTATGCTTTATAATATAACCCTGTAAGTAAACTGTTCTTCTG AGTTCTGAGAGCTACTTTAGTAATTATGGAATCTGAGGAGGGGGTCTTGGGAAATTCTGATGTGTAGCCA AGTCAAACAGAAGTTGTGGGTAACCTGGGGACCCACTATTTGAGATTGGCATCTGAAGTGTTGCCAGCCT CACGGGACCGAGCCCTTAACCTGTGTGGTCTATGCTAACACCAGGTAGTCTCAGAAGTGAAGCATTGAGA ATAGTAGTAGAGAATAAATGGGAGTTTTCTTTTGAAGGAATAATAAGATTCTGGCTATATTTTTGGAATT AGGGCCAAAAATACTTATTAATGAATTAGATATGGGGTATGAGATAAACAGAGGAGTCAAGGATATCTCC AGACACTGGACGAGGACTATTCCTTTCCCAGAGACTAAGCGCAGGGCTGAGAAGGAAGGCAGGCTACCCC AACAAGGCGACATTTTAGCTCCCATGTGCTCATCCTTGCCCTACACTCTCCCCATTATATTCTAGAGTAG CTCAGCTTATGCTAGACAATCATGCTGTGTGAGTACACATCATGGGCTGTACATTACGGGATGTCGTATG AGCTGTGTTTACCAGCAGAGATCACAGCTCTACAAGTTGAAGTGTTCTCTCTGGTGGTCCCCATGTGTAC AGGCTATTTGAGCATCTGAAGGTGGTTAGCTCCTGAGGAAAAAAAACTCCACTGTTTAGAGGATGAATGA ATCTCCCAGAGGGAAGTATCCATCATAAAGTATTTGCTCTCTCTGCCTGTACTTATTGGAACAACTCGGG AAGTCCACAAGGACAGTCCAAGTCATCTTTGTCGTCTACTTCCTATTGCATTCTCAGCCTTGTTTCCTTT TTAGAAAGAGCCTGTTAACTATCATAAGTCAAAAAACAGCATTCTGACCTCTGCCCTGTAACTTCCTCTT CTTCTTATAAATACAAGGGCAGAACTGGCATCCCGAGAAGCCAGGAAGCAGTGAGCCCAGGAGTCCTCGG CCAGCCCTGCCTGCCCACCAGGAGGATGAAGGTCTCCGTGGCTGCCCTCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CCL23_1 ↗ | 17:36,017,955 | 負股 | 36,017,945–36,018,004 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 36018005–36018018 · motif
· motif · 36018010–36018022 · motif
· motif · 36018012–36018019 · motif
· motif · 36019633–36019642 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:120 aa
CCL23 蛋白質長 120 個胺基酸,屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其第 1 至 21 位胺基酸被註記為訊號胜肽;來源未提供其他結構域或功能區域的序列註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CCL23 被註記為分泌型蛋白質。 來源未描述不同條件下的定位變化、異構型差異或細胞內定位動態。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- IDEP14735 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CCL23 可促使單核球、靜止型 T 淋巴球與嗜中性球產生趨化反應,但對活化型淋巴球沒有此作用;在集落形成分析中,它會抑制髓系前驅細胞增殖。CCL23 能結合 heparin 與 CCR1。此外,CCL23(19-99)、CCL23(22-99)、CCL23(27-99) 及 CCL23(30-99) 的趨化效力均高於未標示片段的 CCL23。 | 含實驗來源 | 證據與來源Shows chemotactic activity for monocytes, resting T-lymphocytes, and neutrophils, but not for activated lymphocytes. Inhibits proliferation of myeloid progenitor cells in colony formation assays. This protein can bind heparin. Binds CCR1. CCL23(19-99), CCL23(22-99), CCL23(27-99), CCL23(30-99) are more potent chemoattractants than CCL23 PMID 15905581 ↗ |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGAACTGGCATCCCGAGAAGCCAGGAAGCAGTGAGCCCAG40GAGTCCTCGGCCAGCCCTGCCTGCCCACCAGGAGGATGAA80GGTCTCCGTGGCTGCCCTCTCCTGCCTCATGCTTGTTACT120GCCCTTGGATCCCAGGCCCGGGTCACAAAAGATGCAGAGA160CAGAGTTCATGATGTCAAAGCTTCCATTGGAAAATCCAGT200ACTTCTGGACATGCTCTGGAGGAGAAAGATTGGTCCTCAG240ATGACCCTTTCTCATGCTGCAGGATTCCATGCTACTAGTG280CTGACTGCTGCATCTCCTACACCCCACGAAGCATCCCGTG320TTCACTCCTGGAGAGTTACTTTGAAACGAACAGCGAGTGC360TCCAAGCCGGGTGTCATCTTCCTCACCAAGAAGGGGCGAC400GTTTCTGTGCCAACCCCAGTGATAAGCAAGTTCAGGTTTG440CATGAGAATGCTGAAGCTGGACACACGGATCAAGACCAGG480AAGAATTGAACTTGTCAAGGTGAAGGGACACAAGTTGCCA520GCCACCAACTTTCTTGCCTCAACTACCTTCCTGAATTATT560TTTTTAAGAAGCATTTATTCTTGTGTTCTGGATTTAGAGC600AATTCATCTAATAAACAGTTTCTCACTT628cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。