演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

CCL23Ckb-8

C-C motif chemokine ligand 23

CCL23 是 C-C motif chemokine ligand 23,屬於 CC 趨化因子家族;來源描述其可吸引特定免疫細胞,並抑制髓系前驅細胞增殖。

Homo sapiens17q12UniProt P55773
OFFICIAL SYMBOL
CCL23
CHROMOSOME
17
UNIPROT
P55773
PDB / ALPHAFOLD
1G91
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

CCL23(C-C motif chemokine ligand 23)是由蛋白質編碼基因產生的趨化因子,屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其蛋白質長 120 個胺基酸,具有位於第 1 至 21 位的訊號胜肽,符合分泌型蛋白質的特徵。來源將 CCL23 描述為能作用於特定免疫細胞的趨化因子,並指出它可與 heparin 結合及結合 CCR1。其功能不只涉及細胞移動,也包括對髓系前驅細胞增殖的抑制;不同蛋白質片段的趨化效力亦有差異。

Official symbol
CCL23
Gene name
C-C motif chemokine ligand 23
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10622
UniProt
P55773
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
Ckb-8MPIF-1MIP-3CKb8SCYA23

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1717q12
chr17 · 83,257,441 bp · GRCh38chr17p13.3 · 1–3400000 · gnegchr17p13.2 · 3400001–6500000 · gpos50chr17p13.1 · 6500001–10800000 · gnegchr17p12 · 10800001–16100000 · gpos75chr17p11.2 · 16100001–22700000 · gnegchr17p11.1 · 22700001–25100000 · acenchr17q11.1 · 25100001–27400000 · acenchr17q11.2 · 27400001–33500000 · gnegchr17q12 · 33500001–39800000 · gpos50chr17q21.1 · 39800001–40200000 · gnegchr17q21.2 · 40200001–42800000 · gpos25chr17q21.31 · 42800001–46800000 · gnegchr17q21.32 · 46800001–49300000 · gpos25chr17q21.33 · 49300001–52100000 · gnegchr17q22 · 52100001–59500000 · gpos75chr17q23.1 · 59500001–60200000 · gnegchr17q23.2 · 60200001–63100000 · gpos75chr17q23.3 · 63100001–64600000 · gnegchr17q24.1 · 64600001–66200000 · gpos50chr17q24.2 · 66200001–69100000 · gnegchr17q24.3 · 69100001–72900000 · gpos75chr17q25.1 · 72900001–76800000 · gnegchr17q25.2 · 76800001–77200000 · gpos25chr17q25.3 · 77200001–83257441 · gnegCCL23pq1 bp83,257,441 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr17:36,013,056–36,017,979
Gene span
4,924 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000615050 ★36,013,058–36,017,9724
ENST0000061251636,013,056–36,017,9794
ENST0000097823436,013,056–36,017,9793
ENST0000113937436,013,056–36,017,9794

顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

CCL23 具有趨化活性,可促使單核球、靜止型 T 淋巴球及嗜中性球移動;來源同時指出,這種活性不適用於活化型淋巴球。因此,CCL23 對細胞移動的作用會因細胞狀態而異,不能概括為對所有淋巴球都有相同效果。

除了影響免疫細胞移動,CCL23 也會抑制髓系前驅細胞的增殖。此作用是在集落形成分析中觀察到的,反映它除了具有趨化功能,也可能參與調節髓系前驅細胞的生長;來源並未進一步說明其作用途徑或體內情境。

分子互作方面,CCL23 可結合 CCR1,也能與 heparin 結合。來源未提供這些結合各自如何導致細胞反應的細節,因此不宜將其延伸解讀為特定訊號機制。不同長度的 CCL23 片段則呈現趨化效力差異:CCL23(19-99)、CCL23(22-99)、CCL23(27-99) 與 CCL23(30-99) 的趨化活性均高於未標示片段的 CCL23。這項比較顯示,蛋白質片段的範圍與其趨化效力相關,但來源未交代差異形成的分子原因。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 36017972 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>CCL23 ENST00000615050 GRCh38 chr17:36017872-36018972 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ATCTCATTGACCTGGCTGTTCCTGAGTTGTATGCTTTATAATATAACCCTGTAAGTAAACTGTTCTTCTG
AGTTCTGAGAGCTACTTTAGTAATTATGGAATCTGAGGAGGGGGTCTTGGGAAATTCTGATGTGTAGCCA
AGTCAAACAGAAGTTGTGGGTAACCTGGGGACCCACTATTTGAGATTGGCATCTGAAGTGTTGCCAGCCT
CACGGGACCGAGCCCTTAACCTGTGTGGTCTATGCTAACACCAGGTAGTCTCAGAAGTGAAGCATTGAGA
ATAGTAGTAGAGAATAAATGGGAGTTTTCTTTTGAAGGAATAATAAGATTCTGGCTATATTTTTGGAATT
AGGGCCAAAAATACTTATTAATGAATTAGATATGGGGTATGAGATAAACAGAGGAGTCAAGGATATCTCC
AGACACTGGACGAGGACTATTCCTTTCCCAGAGACTAAGCGCAGGGCTGAGAAGGAAGGCAGGCTACCCC
AACAAGGCGACATTTTAGCTCCCATGTGCTCATCCTTGCCCTACACTCTCCCCATTATATTCTAGAGTAG
CTCAGCTTATGCTAGACAATCATGCTGTGTGAGTACACATCATGGGCTGTACATTACGGGATGTCGTATG
AGCTGTGTTTACCAGCAGAGATCACAGCTCTACAAGTTGAAGTGTTCTCTCTGGTGGTCCCCATGTGTAC
AGGCTATTTGAGCATCTGAAGGTGGTTAGCTCCTGAGGAAAAAAAACTCCACTGTTTAGAGGATGAATGA
ATCTCCCAGAGGGAAGTATCCATCATAAAGTATTTGCTCTCTCTGCCTGTACTTATTGGAACAACTCGGG
AAGTCCACAAGGACAGTCCAAGTCATCTTTGTCGTCTACTTCCTATTGCATTCTCAGCCTTGTTTCCTTT
TTAGAAAGAGCCTGTTAACTATCATAAGTCAAAAAACAGCATTCTGACCTCTGCCCTGTAACTTCCTCTT
CTTCTTATAAATACAAGGGCAGAACTGGCATCCCGAGAAGCCAGGAAGCAGTGAGCCCAGGAGTCCTCGG
CCAGCCCTGCCTGCCCACCAGGAGGATGAAGGTCTCCGTGGCTGCCCTCTC
CCL23 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
CCL23_1 ↗17:36,017,955負股36,017,945–36,018,004

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

· motif · 36018005–36018018 · motif

· motif · 36018010–36018022 · motif

· motif · 36018012–36018019 · motif

· motif · 36019633–36019642 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:120 aa

1 aa120 aa訊號胜肽
依 P55773 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

CCL23 蛋白質長 120 個胺基酸,屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其第 1 至 21 位胺基酸被註記為訊號胜肽;來源未提供其他結構域或功能區域的序列註解。

訊號胜肽1–21 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1G91…

PDB · 1G91

NMR · - · A=44-120

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted

CCL23 被註記為分泌型蛋白質。 來源未描述不同條件下的定位變化、異構型差異或細胞內定位動態。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
Ckb-8CCL23IDE
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能CCL23 可促使單核球、靜止型 T 淋巴球與嗜中性球產生趨化反應,但對活化型淋巴球沒有此作用;在集落形成分析中,它會抑制髓系前驅細胞增殖。CCL23 能結合 heparin 與 CCR1。此外,CCL23(19-99)、CCL23(22-99)、CCL23(27-99) 及 CCL23(30-99) 的趨化效力均高於未標示片段的 CCL23。含實驗來源
證據與來源

Shows chemotactic activity for monocytes, resting T-lymphocytes, and neutrophils, but not for activated lymphocytes. Inhibits proliferation of myeloid progenitor cells in colony formation assays. This protein can bind heparin. Binds CCR1. CCL23(19-99), CCL23(22-99), CCL23(27-99), CCL23(30-99) are more potent chemoattractants than CCL23

PMID 15905581 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Secreted資料庫紀錄
證據與來源

Secreted

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000615050 · 628 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1AGAACTGGCATCCCGAGAAGCCAGGAAGCAGTGAGCCCAG40
41GAGTCCTCGGCCAGCCCTGCCTGCCCACCAGGAGGATGAA80
81GGTCTCCGTGGCTGCCCTCTCCTGCCTCATGCTTGTTACT120
121GCCCTTGGATCCCAGGCCCGGGTCACAAAAGATGCAGAGA160
161CAGAGTTCATGATGTCAAAGCTTCCATTGGAAAATCCAGT200
201ACTTCTGGACATGCTCTGGAGGAGAAAGATTGGTCCTCAG240
241ATGACCCTTTCTCATGCTGCAGGATTCCATGCTACTAGTG280
281CTGACTGCTGCATCTCCTACACCCCACGAAGCATCCCGTG320
321TTCACTCCTGGAGAGTTACTTTGAAACGAACAGCGAGTGC360
361TCCAAGCCGGGTGTCATCTTCCTCACCAAGAAGGGGCGAC400
401GTTTCTGTGCCAACCCCAGTGATAAGCAAGTTCAGGTTTG440
441CATGAGAATGCTGAAGCTGGACACACGGATCAAGACCAGG480
481AAGAATTGAACTTGTCAAGGTGAAGGGACACAAGTTGCCA520
521GCCACCAACTTTCTTGCCTCAACTACCTTCCTGAATTATT560
561TTTTTAAGAAGCATTTATTCTTGTGTTCTGGATTTAGAGC600
601AATTCATCTAATAAACAGTTTCTCACTT628

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。