基因總覽
CCL21 的正式名稱為 C-C motif chemokine ligand 21，是由蛋白質編碼基因產生的趨化因子，屬於 intercrine beta（chemokine CC）家族。其蛋白質長 134 個胺基酸，具有 N 端訊號肽，並含有 C 端鹼性延伸區；C 端一段亦註解為無序區。這些序列特徵構成此蛋白質的基本結構描述。來源所列的功能包括受體結合與趨化活性，詳細作用對象及條件另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000259607 ★ | 34,709,005–34,710,136 | 4 |
| ENST00000714162 | 34,709,005–34,710,136 | 4 |
| ENST00000714163 | 34,709,005–34,710,167 | 4 |
| ENST00000885823 | 34,709,005–34,710,167 | 4 |
| ENST00000885824 | 34,709,005–34,710,167 | 3 |
| ENST00001135508 | 34,709,005–34,710,167 | 4 |
| ENST00000378792 | 34,709,275–34,710,167 | 3 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CCL21 可結合趨化因子受體 CCR7，也能結合非典型趨化因子受體 ACKR4，並促使 beta-arrestin（ARRB1/2）被招募至 ACKR4。來源另記載，CCL21 可結合 G 蛋白偶聯受體 GPR174；此項關係標示為依相似性推定。相對地，CCL21 不與趨化因子受體 CXCR3 結合，顯示來源所述的受體作用具有選擇性。
在功能上，CCL21 能刺激趨化，也會抑制造血作用。體外實驗中，它對胸腺細胞及活化 T 細胞具有趨化活性，但對 B 細胞、巨噬細胞及嗜中性球則未見此活性；在 T 細胞之中，其作用偏向初始 T 細胞。這些結果描述了不同免疫細胞對 CCL21 的反應差異，不能據此推定來源未提及的細胞或條件也有相同反應。
CCL21 可能參與淋巴球歸巢至次級淋巴器官的過程；來源以「可能」描述此角色，因此應視為尚未確定的功能指向，而非已確立的單一作用。其受體結合、細胞趨化選擇性及對造血的抑制，是來源所述的主要功能特徵。
Promoter 與基因調控
>CCL21 ENST00000259607 GRCh38 chr9:34710036-34711136 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TAAAGATGTAATCTGTGACAATAACAATATAAAGAAGGGACTAAAATGTATACGAGCAAAATGTTTATAT ACCATTGAAACTAAGTTGGTATTATTCAAACTAGGTTGTTATCAGTTTAGAATGTTAATTATAATCACCA AGGTATCCATTAGGAAAATAACTACAAAATATATAGAAAAGGAAAGCAAAGGGGAATCAAAATGGTTATG CTACAGACCAGGTGCAGTCGCTCATACCTATAATTCCAGCACTTTGGGTGGCCAAGGCAGGAGGATCGCT TGAGCCCAGGAGTTCAAGACCAGACTGGGCAACATAGCAAGACCTCATCTCTAGAAAAAATAAAAATGAA AAATGAAAACAGTAGCCGGACGTAGTGGCATGTGCCTGTGGTCCCAGCTCCTCAAGAGGCTGAGGCAGGC AGATCATTTGAGCCCAGGAGCTCAAGACTAGCCTGGGCTAGACATCGTGAAACCTCGTCTCTACAAAAAA AAAATAGAAAAATCAGCCAGGCGCAGTGGTGCTTGCCTGTAGTCCCAGCTCCTGGGGAGGTTGAGGTAGG AGGATCACTCGAGCCCAGGAGGCGGAGATTTCAGTGAGCCAAGATCAACCACTGCACTCCAGCCTGGGTG ACAGAGTTAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACTCTTACAATTTAATAATCAGATTTGC TGGAAGGAGGGGAAGGGTATGGATCCTGGAGCGTAGTGAGGAGACAGTCATGGTGTTCCAGGGGAGAGGC AGTGAGGCCTGCATGAAAGCAGTAGCTGGGAATAGAAGGAAGGCTCAGGCCCAGACATATTCAACTAATG AGGACATAAAATTTGGCAGCTGAGGACTGTCCACTTAGTTTGAGATAAGTGGGGCTGGGTGCCAGCAAAT CCAGCTTTCAGGAAGGAAAAGGAGTGGGGATAAGTTAAGGGAAGTGAAAGTGTCTAGCTACATAAATAGC AGGCCAATCCCAGCCCACGCACAGACCCCCAACTTGCAGCTGCCCACCTCACCCTCAGCTCTGGCCTCTT ACTCACCCTCTACCACAGACATGGCTCAGTCACTGGCTCTGAGCCTCCTTA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CCL21_1 ↗ | 9:34,710,136 | 負股 | 34,710,126–34,710,185 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR9_9HQZG · promoter · 34710059–34710389 · regulatory
· motif · 34707181–34707188 · motif
· motif · 34707274–34707286 · motif
· motif · 34707276–34707283 · motif
· motif · 34707364–34707376 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：134 aa
CCL21 蛋白質長 134 個胺基酸，屬於 intercrine beta（chemokine CC）家族。其第 1–23 位胺基酸為訊號肽；第 98–134 位為 C 端鹼性延伸區，而第 88–134 位則註解為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源將 CCL21 的定位標示為分泌型，未提供其他定位位置或不同條件下的定位變化資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 15 個夥伴
- CCL13Q99616 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CCL17Q92583 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CCL26Q9Y258 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CCL28Q9NRJ3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CCL5P13501 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CXCL10P02778 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CXCL12P48061 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CXCL14O95715 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CXCL9Q07325 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- JPH3Q8WXH2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- OTPQ5XKR4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PF4P02776 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PF4V1P10720 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TMEM107Q6UX40 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TTMPQ5BVD1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
CCL21 以單體形式記載。它與 PDPN 互作，並可使 PDPN 重新定位至基底外側膜；這是對互作後定位變化的描述。CCL21 亦透過 TNFAIP6 的 Link domain 與其互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CCL21 結合 ACKR4，並促使 beta-arrestin（ARRB1/2）招募至該受體；也結合 CCR7，但不結合 CXCR3。其與 GPR174 的結合依相似性推定。CCL21 可抑制造血並刺激趨化；體外對胸腺細胞及活化 T 細胞有趨化活性，對 B 細胞、巨噬細胞及嗜中性球則無此作用，且較偏向初始 T 細胞。它可能參與淋巴球歸巢至次級淋巴器官。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds to atypical chemokine receptor ACKR4 and mediates the recruitment of beta-arrestin (ARRB1/2) to ACKR4. Binds to chemokine receptor CCR7. Does not bind to chemokine receptor CXCR3. Binds to G protein-coupled receptor GPR174 (By similarity). Inhibits hemopoiesis and stimulates chemotaxis. Chemotactic in vitro for thymocytes and activated T-cells, but not for B-cells, macrophages, or neutrophils. Shows preferential activity towards naive T-cells. May play a role in mediating homing of lymphocytes to secondary lymphoid organs PMID 10201891 ↗ · PMID 23341447 ↗ · PMID 9507024 ↗ |
| 交互作用 | CCL21 以單體形式記載。它與 PDPN 互作，並使 PDPN 重新定位至基底外側膜；此外，CCL21 透過 TNFAIP6 的 Link domain 與 TNFAIP6 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer. Interacts with PDPN; relocalizes PDPN to the basolateral membrane. Interacts with TNFAIP6 (via Link domain) PMID 14978162 ↗ · PMID 22221265 ↗ · PMID 27044744 ↗ |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACAGACCCCCAACTTGCAGCTGCCCACCTCACCCTCAGCT40CTGGCCTCTTACTCACCCTCTACCACAGACATGGCTCAGT80CACTGGCTCTGAGCCTCCTTATCCTGGTTCTGGCCTTTGG120CATCCCCAGGACCCAAGGCAGTGATGGAGGGGCTCAGGAC160TGTTGCCTCAAGTACAGCCAAAGGAAGATTCCCGCCAAGG200TTGTCCGCAGCTACCGGAAGCAGGAACCAAGCTTAGGCTG240CTCCATCCCAGCTATCCTGTTCTTGCCCCGCAAGCGCTCT280CAGGCAGAGCTATGTGCAGACCCAAAGGAGCTCTGGGTGC320AGCAGCTGATGCAGCATCTGGACAAGACACCATCCCCACA360GAAACCAGCCCAGGGCTGCAGGAAGGACAGGGGGGCCTCC400AAGACTGGCAAGAAAGGAAAGGGCTCCAAAGGCTGCAAGA440GGACTGAGCGGTCACAGACCCCTAAAGGGCCATAGCCCAG480TGAGCAGCCTGGAGCCCTGGAGACCCCACCAGCCTCACCA520GCGCTTGAAGCCTGAACCCAAGATGCAAGAAGGAGGCTAT560GCTCAGGGGCCCTGGAGCAGCCACCCCATGCTGGCCTTGC600CACACTCTTTCTCCTGCTTTAACCACCCCATCTGCATTCC640CAGCTCTACCCTGCATGGCTGAGCTGCCCACAGCAGGCCA680GGTCCAGAGAGACCGAGGAGGGAGAGTCTCCCAGGGAGCA720TGAGAGGAGGCAGCAGGACTGTCCCCTTGAAGGAGAATCA760TCAGGACCCTGGACCTGATACGGCTCCCCAGTACACCCCA800CCTCTTCCTTGTAAATATGATTTATACCTAACTGAATAAA840AAGCTGTTCTGTCTTCCCACCCAA864cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。