基因總覽
CCL2 的正式名稱為 C-C motif chemokine ligand 2,是一種蛋白質編碼基因,產物屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其蛋白質長度為 99 個胺基酸,序列第 1 至 23 位被註記為訊號序列。這些資訊勾勒出 CCL2 作為 CC 趨化因子家族成員的基本特性;其與受體互動及對細胞移動的作用,詳見生物學功能段落。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000225831 ★ | 34,255,285–34,257,203 | 3 |
| ENST00000580907 | 34,255,274–34,257,208 | 2 |
| ENST00001137144 | 34,255,274–34,257,203 | 3 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CCL2 是 C-C chemokine receptor CCR2 的配體。與 CCR2 結合並使其活化後,CCL2 會引發強烈的趨化反應,並促使細胞內鈣離子動員。這些作用將受體辨識與細胞移動反應連結起來。
其趨化活性具有細胞類型差異:來源指出,CCL2 對單核球與嗜鹼性球具有趨化作用,但對嗜中性球及嗜酸性球沒有此作用。因此,不能將其描述為對所有白血球皆具有相同的吸引效果。
在動脈粥樣硬化的疾病過程中,CCL2 可能參與單核球募集至動脈壁;來源以「可能」描述此關聯,並未將 CCL2 說成造成該疾病或募集現象的唯一原因。整體而言,現有資料支持 CCL2 可透過 CCR2 傳遞訊號,並對特定細胞產生趨化作用;其在動脈粥樣硬化中的角色則保留為可能參與。
Promoter 與基因調控
>CCL2 ENST00000225831 GRCh38 chr17:34254285-34255385 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTCTTGTCCACTGCTGCCTGCTATGCTAGCAACAGCCTCCTAACTCATAATGACTTAGCCATGAGGAATG TTTCTAGATTCTCCTTTAGCTGTCTGCCCATTTGGAAGATGCTGAGGACAGAGAGAGGACCCAAGCAGGC AACTAGTTGGAGGACTTGTACACGTTTCCTTCCAGCAGTATGTCAGAGAGGTGGCAGCCCACTGGGGACA GGGCTGCCTGGGTTCTGTGCTCGAGGGGACCTTGAGCAGGCTATTTAACCCTTCTGTGCCTCAGTTGCCT GATCTATAACATGAAAATTAGCAATCCCTACTAGATAAAGTTGGGGAATTTACAGAGTTAATATTTGTAA AGGTCTGAGAATATTCCTGGCAGAGTAAGCACTCTGTGAGTATGACACTGGCATTTCTTCTGCAGCACTA CATGCTGTCTATGCCTTTGTCCAAGTCTGAAACCCTAGAACTCTTAGAATTCAGTTCAATGTTTACACAA TCCTACAGTTCTGCTAGGCTTCTATGATGCTACTATTCTGCATTTGAATGAGCAAATGGATTTAATGCAT TGTCAGGGAGCCGGCCAAAGCTTGAGAGCTCCTTCCTGGCTGGGAGGCCCCTTGGAATGTGGCCTGAAGG TAAGCTGGCAGCGAGCCTGACATGCTTTCATCTAGTTTCCTCGCTTCCTTCCTTTTCTGCAGTTTTCGCT TCAGAGAAAGCAGAATCCTTAAAAATAACCCTCTTAGTTCACATCTGTGGTCAGTCTGGGCTTAATGGCA CCCCATCCTCCCCATTTGCTCATTTGGTCTCAGCAGTGAATGGAAAAAGTGTCTCGTCCTGACCCCCTGC TTCCCTTTCCTACTTCCTGGAAATCCACAGGATGCTGCATTTGCTCAGCAGATTTAACAGCCCACTTATC ACTCATGGAAGATCCCTCCTCCTGCTTGACTCCGCCCTCTCTCCCTCTGCCCGCTTTCAATAAGAGGCAG AGACAGCAGCCAGAGGAACCGAGAGGCTGAGACTAACCCAGAAACATCCAATTCTCAAACTGAAGCTCGC ACTCTCGCCTCCAGCATGAAAGTCTCTGCCGCCCTTCTGTGCCTGCTGCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CCL2_1 ↗ | 17:34,255,285 | 正股 | 34,255,236–34,255,295 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_83274W · enhancer · 34250391–34250629 · regulatory
ENSR17_9HL3X · enhancer · 34252022–34252496 · regulatory
ENSR17_B8RJJ · promoter · 34252497–34253010 · regulatory
ENSR17_B8RJT · promoter · 34254784–34255295 · regulatory
ENSR17_9HL62 · enhancer · 34259158–34259503 · regulatory
· motif · 34252237–34252250 · motif
· motif · 34252252–34252265 · motif
· motif · 34252317–34252324 · motif
· motif · 34252442–34252449 · motif
· motif · 34252707–34252714 · motif
· motif · 34252737–34252759 · motif
· motif · 34252737–34252759 · motif
· motif · 34253106–34253117 · motif
· motif · 34254896–34254905 · motif
CCL2 在高張條件下表現上調。胰島中,IL1B 會刺激其分泌;在心臟纖維母細胞與內皮細胞中,凝血因子 Xa(F10)則以依賴 PAR-1(F2R)的方式促使其上調。另有資料指出,凝血酶(F2)會使內皮細胞中的 CCL2 上調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:99 aa
CCL2 蛋白質長 99 個胺基酸,屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其第 1 至 23 位胺基酸被註記為訊號序列。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CCL2 被註記為分泌型蛋白質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- CCL5P13501 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CCL8P80075 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PF4P02776 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RNF4P78317 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMX2Q9Y320 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Q2F862Q2F862 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- TNFAIP6P98066 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
CCL2 可在單體與同源二聚體狀態之間達成平衡。它也會透過蛋白聚醣的 glycosaminoglycan(GAG)側鏈繫留於內皮細胞;此外,CCL2 與 TNFAIP6 互作,涉及 TNFAIP6 的 Link domain。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CCL2 是 C-C chemokine receptor CCR2 的配體,結合並活化 CCR2 後會引發強烈趨化反應及細胞內鈣離子動員。它對單核球與嗜鹼性球有趨化作用,但對嗜中性球與嗜酸性球沒有此作用;在動脈粥樣硬化過程中可能參與單核球進入動脈壁。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acts as a ligand for C-C chemokine receptor CCR2. Signals through binding and activation of CCR2 and induces a strong chemotactic response and mobilization of intracellular calcium ions. Exhibits a chemotactic activity for monocytes and basophils but not neutrophils or eosinophils. May be involved in the recruitment of monocytes into the arterial wall during the disease process of atherosclerosis PMID 10529171 ↗ · PMID 10587439 ↗ · PMID 8107690 ↗ · PMID 8195247 ↗ · PMID 8627182 ↗ · PMID 9792674 ↗ · PMID 9837883 ↗ |
| 交互作用 | CCL2 可在單體與同源二聚體狀態之間達成平衡。它可透過蛋白聚醣的 glycosaminoglycan(GAG)側鏈繫留於內皮細胞,並與 TNFAIP6 互作;該互作涉及 TNFAIP6 的 Link domain。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer or homodimer; in equilibrium. Is tethered on endothelial cells by glycosaminoglycan (GAG) side chains of proteoglycans. Interacts with TNFAIP6 (via Link domain) PMID 15033992 ↗ · PMID 27044744 ↗ · PMID 8898111 ↗ · PMID 8989326 ↗ · PMID 9792674 ↗ · PMID 9837883 ↗ |
| 細胞定位 | Secreted | 含實驗來源 | |
| 調控 | 高張條件會使 CCL2 上調。胰島中,IL1B 刺激其分泌;心臟纖維母細胞與內皮細胞中,凝血因子 Xa(F10)以依賴 PAR-1(F2R)的方式促使其上調;凝血酶(F2)也會使內皮細胞中的 CCL2 上調。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated upon hypertonic conditions. In pancreatic islets, secretion is stimulated by IL1B. Up-regulated by coagulation factor Xa (F10) in PAR-1 (F2R)-dependent manner in cardiac fibroblasts and endothelial cells. Up-regulated by thrombin (F2) in endothelial cells PMID 23233732 ↗ · PMID 23955712 ↗ · PMID 30568593 ↗ · PMID 34831181 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGAGGCTGAGACTAACCCAGAAACATCCAATTCTCAAAC40TGAAGCTCGCACTCTCGCCTCCAGCATGAAAGTCTCTGCC80GCCCTTCTGTGCCTGCTGCTCATAGCAGCCACCTTCATTC120CCCAAGGGCTCGCTCAGCCAGATGCAATCAATGCCCCAGT160CACCTGCTGTTATAACTTCACCAATAGGAAGATCTCAGTG200CAGAGGCTCGCGAGCTATAGAAGAATCACCAGCAGCAAGT240GTCCCAAAGAAGCTGTGATCTTCAAGACCATTGTGGCCAA280GGAGATCTGTGCTGACCCCAAGCAGAAGTGGGTTCAGGAT320TCCATGGACCACCTGGACAAGCAAACCCAAACTCCGAAGA360CTTGAACACTCACTCCACAACCCAAGAATCTGCAGCTAAC400TTATTTTCCCCTAGCTTTCCCCAGACACCCTGTTTTATTT440TATTATAATGAATTTTGTTTGTTGATGTGAAACATTATGC480CTTAAGTAATGTTAATTCTTATTTAAGTTATTGATGTTTT520AAGTTTATCTTTCATGGTACTAGTGTTTTTTAGATACAGA560GACTTGGGGAAATTGCTTTTCCTCTTGAACCACAGTTCTA600CCCCTGGGATGTTTTGAGGGTCTTTGCAAGAATCATTAAT640ACAAAGAATTTTTTTTAACATTCCAATGCATTGCTAAAAT680ATTATTGTGGAAATGAATATTTTGTAACTATTACACCAAA720TAAATATATTTTTGTACAAAA741cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。