演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

CCL19ELC

C-C motif chemokine ligand 19

CCL19 是 C-C motif chemokine ligand 19,屬於 CC 趨化因子;其功能涉及淋巴球移動,也可能參與發炎與免疫反應。

Homo sapiens9p13.3UniProt Q99731
OFFICIAL SYMBOL
CCL19
CHROMOSOME
9
UNIPROT
Q99731
PDB / ALPHAFOLD
2MP1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

CCL19 的正式名稱為 C-C motif chemokine ligand 19,是蛋白質編碼基因,產物屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。作為一種趨化因子配體,CCL19 可與趨化因子受體作用;資料指出它能結合 CCR7,也能結合非典型趨化因子受體 ACKR4。這些性質將 CCL19 定位為參與免疫細胞移動的訊號分子。其在正常淋巴球循環與歸巢,以及發炎和免疫反應中的作用,來源以可能參與描述。

Official symbol
CCL19
Gene name
C-C motif chemokine ligand 19
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10617
UniProt
Q99731
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
ELCMIP-3bexodus-3CKb11SCYA19

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 99p13.3
chr9 · 138,394,717 bp · GRCh38chr9p24.3 · 1–2200000 · gnegchr9p24.2 · 2200001–4600000 · gpos25chr9p24.1 · 4600001–9000000 · gnegchr9p23 · 9000001–14200000 · gpos75chr9p22.3 · 14200001–16600000 · gnegchr9p22.2 · 16600001–18500000 · gpos25chr9p22.1 · 18500001–19900000 · gnegchr9p21.3 · 19900001–25600000 · gpos100chr9p21.2 · 25600001–28000000 · gnegchr9p21.1 · 28000001–33200000 · gpos100chr9p13.3 · 33200001–36300000 · gnegchr9p13.2 · 36300001–37900000 · gpos25chr9p13.1 · 37900001–39000000 · gnegchr9p12 · 39000001–40000000 · gpos50chr9p11.2 · 40000001–42200000 · gnegchr9p11.1 · 42200001–43000000 · acenchr9q11 · 43000001–45500000 · acenchr9q12 · 45500001–61500000 · gvarchr9q13 · 61500001–65000000 · gnegchr9q21.11 · 65000001–69300000 · gpos25chr9q21.12 · 69300001–71300000 · gnegchr9q21.13 · 71300001–76600000 · gpos50chr9q21.2 · 76600001–78500000 · gnegchr9q21.31 · 78500001–81500000 · gpos50chr9q21.32 · 81500001–84300000 · gnegchr9q21.33 · 84300001–87800000 · gpos50chr9q22.1 · 87800001–89200000 · gnegchr9q22.2 · 89200001–91200000 · gpos25chr9q22.31 · 91200001–93900000 · gnegchr9q22.32 · 93900001–96500000 · gpos25chr9q22.33 · 96500001–99800000 · gnegchr9q31.1 · 99800001–105400000 · gpos100chr9q31.2 · 105400001–108500000 · gnegchr9q31.3 · 108500001–112100000 · gpos25chr9q32 · 112100001–114900000 · gnegchr9q33.1 · 114900001–119800000 · gpos75chr9q33.2 · 119800001–123100000 · gnegchr9q33.3 · 123100001–127500000 · gpos25chr9q34.11 · 127500001–130600000 · gnegchr9q34.12 · 130600001–131100000 · gpos25chr9q34.13 · 131100001–133100000 · gnegchr9q34.2 · 133100001–134500000 · gpos25chr9q34.3 · 134500001–138394717 · gnegCCL19pq1 bp138,394,717 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr9:34,689,562–34,691,355
Gene span
1,794 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000311925 ★34,689,570–34,691,2764
ENST0000102235734,689,562–34,691,3554
ENST0000110378634,689,562–34,691,3554
ENST0000110378734,689,562–34,691,3553
ENST0000113375034,689,562–34,691,3554
ENST0000037880034,689,857–34,691,3553

顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

CCL19 可能參與發炎與免疫反應,也可能協助正常淋巴球循環及歸巢。這些功能並非來源所述的確定結論;資料以「可能」描述其角色,因此不宜解讀為已證實的作用。

在免疫細胞移動方面,CCL19 可能參與胸腺內 T 細胞的運輸,也可能參與 T 細胞與 B 細胞移往次級淋巴器官。它能結合趨化因子受體 CCR7,重組 CCL19 則對 T 細胞和 B 細胞具有強效趨化活性;相較之下,對粒細胞與單核細胞未見此趨化活性。這些結果顯示其趨化作用具有細胞類型差異。

CCL19 也會結合非典型趨化因子受體 ACKR4,並介導 beta-arrestin(ARRB1/2)募集至 ACKR4。來源未進一步說明這項募集所引發的下游結果,因此此處僅保留其受體結合與募集作用,不延伸推論其他機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 34691276 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>CCL19 ENST00000311925 GRCh38 chr9:34691176-34692276 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCAAAAATACCATTACTATTATTATGATTAATGAATGGAAAGAAGCTAAGTCAGAAATTTAAGAGGGAAA
TGTTCCCCCTCCCTCTCTCCATCCAAAAGAGGGTCTAGGGTTTGGGTGACGACGGGTGACTGGGCGTTTC
ACATTTAGTTTCTCTTTCAAGGCCTTCTCTTCTGACCTTTCTCATAAGGATGGGAAGTCACTTGTCCCCT
CCCCCATCGGCCGATTCCTTGAAATTTTAAGATTTGTCTGAATATGAGCTGGCCAGCCCCTCTCCTTAGA
AATCCCCTCTTGGTTCCCAGGACTGAGAAAAGGGGGAAAATGAAGGGGGCTATTCCAAGCCAGTCTCCCT
CCAGCTGTTCCTTTGACCCAGGTGTTGGACATAGGAAAACAGTAAATAGAGGAAGGGGAGGGTTTGCTGA
GCCCCAGAGGCCTGAGATGTGGGATGGGGGTCCTGGGCCTCCTCCCAAGGTACCTGGCCTTTCAGCTCTG
CTTGCCCCAAGGGAAGGACTGGTTCCCACATAGTGGGCAGGCACAGTGATGACCTTGGAGGCCACCCCAG
GATCTCATGGTTGTCCTGAGGGTGCCAGGGAGCCTTCTTCACCACCAGCCCAAGAAAGAAGCACCAGTGA
GGACAAGGGATAAACCTAAGGAAGGGAGCACAGTTCCTCACTGTGGGCCCCACCTTTGACCATCACTTCT
GAACCCCAGCTTCATGGTTGATGATGCAAATGCCATCAATGGGATGACAGGGCAATCCCTCTCTCTGGAG
AAACAGTGCACAGCCCCCTTTACTGGGCCAGACTGCAGACTTAAGTTCTCAGAGCAGGAGCCAAGGAAAG
CAGAAGGAAAGGGCAACCGCAGGGGGAAGAAGGGGGGCAGGGTGCGATTCTGCCAGAAAGAGGGGGGCAA
CAGGGGAATCACAGAATGGGACATGAAGGGGAATTTCAGGCAGAGAAAGTGAAGCTCTGGCCATAAATAG
GAGTCAGCTGCAGGGCTCACATTCCCAGCCTCACATCACTCACACCTTGCATTTCACCCCTGCATCCCAG
TCGCCCTGCAGCCTCACACAGATCCTGCACACACCCAGACAGCTGGCGCTC
CCL19 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
CCL19_1 ↗9:34,691,276負股34,691,266–34,691,325

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

· motif · 34688609–34688622 · motif

· motif · 34688678–34688693 · motif

· motif · 34689130–34689143 · motif

· motif · 34689146–34689156 · motif

· motif · 34689808–34689821 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:98 aa

1 aa98 aa訊號胜肽
依 Q99731 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

CCL19 蛋白質長 98 個胺基酸,屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。序列註解標示第 1 至 21 位胺基酸為訊號肽。

訊號胜肽1–21 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 2MP1…

PDB · 2MP1

NMR · - · A=22-98

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted

CCL19 被註記為分泌型蛋白質;來源未提供更細的細胞內定位或定位變化條件。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 2 個夥伴 · 最多顯示 50 個
ELCCCL19MEOX2TNFAIP6
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

CCL19 與 TNFAIP6 有交互作用,註記指出此作用涉及 TNFAIP6 的 Link domain。來源未將這項關係描述為複合體,也未提供進一步的功能結果。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能CCL19 可能參與發炎與免疫反應,也可能協助正常淋巴球循環及歸巢;它可能參與胸腺內 T 細胞運輸,以及 T 細胞和 B 細胞移往次級淋巴器官。CCL19 結合 CCR7;重組 CCL19 對 T 細胞與 B 細胞有強效趨化活性,但對粒細胞和單核細胞沒有。它也結合 ACKR4,並促使 beta-arrestin(ARRB1/2)募集至 ACKR4。含實驗來源
證據與來源

May play a role not only in inflammatory and immunological responses but also in normal lymphocyte recirculation and homing. May play an important role in trafficking of T-cells in thymus, and T-cell and B-cell migration to secondary lymphoid organs. Binds to chemokine receptor CCR7. Recombinant CCL19 shows potent chemotactic activity for T-cells and B-cells but not for granulocytes and monocytes. Binds to atypical chemokine receptor ACKR4 and mediates the recruitment of beta-arrestin (ARRB1/2) to ACKR4

PMID 9498785 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用CCL19 與 TNFAIP6 有交互作用;此作用涉及 TNFAIP6 的 Link domain。來源未提供其他互作條件或功能結果。含實驗來源
證據與來源

Interacts with TNFAIP6 (via Link domain)

PMID 27044744 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Secreted資料庫紀錄
證據與來源

Secreted

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000311925 · 683 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATTCCCAGCCTCACATCACTCACACCTTGCATTTCACCCC40
41TGCATCCCAGTCGCCCTGCAGCCTCACACAGATCCTGCAC80
81ACACCCAGACAGCTGGCGCTCACACATTCACCGTTGGCCT120
121GCCTCTGTTCACCCTCCATGGCCCTGCTACTGGCCCTCAG160
161CCTGCTGGTTCTCTGGACTTCCCCAGCCCCAACTCTGAGT200
201GGCACCAATGATGCTGAAGACTGCTGCCTGTCTGTGACCC240
241AGAAACCCATCCCTGGGTACATCGTGAGGAACTTCCACTA280
281CCTTCTCATCAAGGATGGCTGCAGGGTGCCTGCTGTAGTG320
321TTCACCACACTGAGGGGCCGCCAGCTCTGTGCACCCCCAG360
361ACCAGCCCTGGGTAGAACGCATCATCCAGAGACTGCAGAG400
401GACCTCAGCCAAGATGAAGCGCCGCAGCAGTTAACCTATG440
441ACCGTGCAGAGGGAGCCCGGAGTCCGAGTCAAGCATTGTG480
481AATTATTACCTAACCTGGGGAACCGAGGACCAGAAGGAAG520
521GACCAGGCTTCCAGCTCCTCTGCACCAGACCTGACCAGCC560
561AGGACAGGGCCTGGGGTGTGTGTGAGTGTGAGTGTGAGCG600
601AGAGGGTGAGTGTGGTCAGAGTAAAGCTGCTCCACCCCCA640
641GATTGCAATGCTACCAATAAAGCCGCCTGGTGTTTACAAC680
681TAA683

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。