基因總覽
CCL19 的正式名稱為 C-C motif chemokine ligand 19,是蛋白質編碼基因,產物屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。作為一種趨化因子配體,CCL19 可與趨化因子受體作用;資料指出它能結合 CCR7,也能結合非典型趨化因子受體 ACKR4。這些性質將 CCL19 定位為參與免疫細胞移動的訊號分子。其在正常淋巴球循環與歸巢,以及發炎和免疫反應中的作用,來源以可能參與描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000311925 ★ | 34,689,570–34,691,276 | 4 |
| ENST00001022357 | 34,689,562–34,691,355 | 4 |
| ENST00001103786 | 34,689,562–34,691,355 | 4 |
| ENST00001103787 | 34,689,562–34,691,355 | 3 |
| ENST00001133750 | 34,689,562–34,691,355 | 4 |
| ENST00000378800 | 34,689,857–34,691,355 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CCL19 可能參與發炎與免疫反應,也可能協助正常淋巴球循環及歸巢。這些功能並非來源所述的確定結論;資料以「可能」描述其角色,因此不宜解讀為已證實的作用。
在免疫細胞移動方面,CCL19 可能參與胸腺內 T 細胞的運輸,也可能參與 T 細胞與 B 細胞移往次級淋巴器官。它能結合趨化因子受體 CCR7,重組 CCL19 則對 T 細胞和 B 細胞具有強效趨化活性;相較之下,對粒細胞與單核細胞未見此趨化活性。這些結果顯示其趨化作用具有細胞類型差異。
CCL19 也會結合非典型趨化因子受體 ACKR4,並介導 beta-arrestin(ARRB1/2)募集至 ACKR4。來源未進一步說明這項募集所引發的下游結果,因此此處僅保留其受體結合與募集作用,不延伸推論其他機制。
Promoter 與基因調控
>CCL19 ENST00000311925 GRCh38 chr9:34691176-34692276 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCAAAAATACCATTACTATTATTATGATTAATGAATGGAAAGAAGCTAAGTCAGAAATTTAAGAGGGAAA TGTTCCCCCTCCCTCTCTCCATCCAAAAGAGGGTCTAGGGTTTGGGTGACGACGGGTGACTGGGCGTTTC ACATTTAGTTTCTCTTTCAAGGCCTTCTCTTCTGACCTTTCTCATAAGGATGGGAAGTCACTTGTCCCCT CCCCCATCGGCCGATTCCTTGAAATTTTAAGATTTGTCTGAATATGAGCTGGCCAGCCCCTCTCCTTAGA AATCCCCTCTTGGTTCCCAGGACTGAGAAAAGGGGGAAAATGAAGGGGGCTATTCCAAGCCAGTCTCCCT CCAGCTGTTCCTTTGACCCAGGTGTTGGACATAGGAAAACAGTAAATAGAGGAAGGGGAGGGTTTGCTGA GCCCCAGAGGCCTGAGATGTGGGATGGGGGTCCTGGGCCTCCTCCCAAGGTACCTGGCCTTTCAGCTCTG CTTGCCCCAAGGGAAGGACTGGTTCCCACATAGTGGGCAGGCACAGTGATGACCTTGGAGGCCACCCCAG GATCTCATGGTTGTCCTGAGGGTGCCAGGGAGCCTTCTTCACCACCAGCCCAAGAAAGAAGCACCAGTGA GGACAAGGGATAAACCTAAGGAAGGGAGCACAGTTCCTCACTGTGGGCCCCACCTTTGACCATCACTTCT GAACCCCAGCTTCATGGTTGATGATGCAAATGCCATCAATGGGATGACAGGGCAATCCCTCTCTCTGGAG AAACAGTGCACAGCCCCCTTTACTGGGCCAGACTGCAGACTTAAGTTCTCAGAGCAGGAGCCAAGGAAAG CAGAAGGAAAGGGCAACCGCAGGGGGAAGAAGGGGGGCAGGGTGCGATTCTGCCAGAAAGAGGGGGGCAA CAGGGGAATCACAGAATGGGACATGAAGGGGAATTTCAGGCAGAGAAAGTGAAGCTCTGGCCATAAATAG GAGTCAGCTGCAGGGCTCACATTCCCAGCCTCACATCACTCACACCTTGCATTTCACCCCTGCATCCCAG TCGCCCTGCAGCCTCACACAGATCCTGCACACACCCAGACAGCTGGCGCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CCL19_1 ↗ | 9:34,691,276 | 負股 | 34,691,266–34,691,325 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 34688609–34688622 · motif
· motif · 34688678–34688693 · motif
· motif · 34689130–34689143 · motif
· motif · 34689146–34689156 · motif
· motif · 34689808–34689821 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:98 aa
CCL19 蛋白質長 98 個胺基酸,屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。序列註解標示第 1 至 21 位胺基酸為訊號肽。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CCL19 被註記為分泌型蛋白質;來源未提供更細的細胞內定位或定位變化條件。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- MEOX2Q6FHY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNFAIP6P98066 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
CCL19 與 TNFAIP6 有交互作用,註記指出此作用涉及 TNFAIP6 的 Link domain。來源未將這項關係描述為複合體,也未提供進一步的功能結果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CCL19 可能參與發炎與免疫反應,也可能協助正常淋巴球循環及歸巢;它可能參與胸腺內 T 細胞運輸,以及 T 細胞和 B 細胞移往次級淋巴器官。CCL19 結合 CCR7;重組 CCL19 對 T 細胞與 B 細胞有強效趨化活性,但對粒細胞和單核細胞沒有。它也結合 ACKR4,並促使 beta-arrestin(ARRB1/2)募集至 ACKR4。 | 含實驗來源 | 證據與來源May play a role not only in inflammatory and immunological responses but also in normal lymphocyte recirculation and homing. May play an important role in trafficking of T-cells in thymus, and T-cell and B-cell migration to secondary lymphoid organs. Binds to chemokine receptor CCR7. Recombinant CCL19 shows potent chemotactic activity for T-cells and B-cells but not for granulocytes and monocytes. Binds to atypical chemokine receptor ACKR4 and mediates the recruitment of beta-arrestin (ARRB1/2) to ACKR4 PMID 9498785 ↗ |
| 交互作用 | CCL19 與 TNFAIP6 有交互作用;此作用涉及 TNFAIP6 的 Link domain。來源未提供其他互作條件或功能結果。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ATTCCCAGCCTCACATCACTCACACCTTGCATTTCACCCC40TGCATCCCAGTCGCCCTGCAGCCTCACACAGATCCTGCAC80ACACCCAGACAGCTGGCGCTCACACATTCACCGTTGGCCT120GCCTCTGTTCACCCTCCATGGCCCTGCTACTGGCCCTCAG160CCTGCTGGTTCTCTGGACTTCCCCAGCCCCAACTCTGAGT200GGCACCAATGATGCTGAAGACTGCTGCCTGTCTGTGACCC240AGAAACCCATCCCTGGGTACATCGTGAGGAACTTCCACTA280CCTTCTCATCAAGGATGGCTGCAGGGTGCCTGCTGTAGTG320TTCACCACACTGAGGGGCCGCCAGCTCTGTGCACCCCCAG360ACCAGCCCTGGGTAGAACGCATCATCCAGAGACTGCAGAG400GACCTCAGCCAAGATGAAGCGCCGCAGCAGTTAACCTATG440ACCGTGCAGAGGGAGCCCGGAGTCCGAGTCAAGCATTGTG480AATTATTACCTAACCTGGGGAACCGAGGACCAGAAGGAAG520GACCAGGCTTCCAGCTCCTCTGCACCAGACCTGACCAGCC560AGGACAGGGCCTGGGGTGTGTGTGAGTGTGAGTGTGAGCG600AGAGGGTGAGTGTGGTCAGAGTAAAGCTGCTCCACCCCCA640GATTGCAATGCTACCAATAAAGCCGCCTGGTGTTTACAAC680TAA683cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。