基因總覽
CCL14(C-C motif chemokine ligand 14)是蛋白質編碼基因,產物屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其蛋白質具有訊號胜肽,成熟與加工形式不同時,來源所述的生物活性也有所差異;其中 HCC-1(9-74) 是經加工的形式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000618404 ★ | 35,983,288–35,986,729 | 3 |
| ENST00000614009 | 35,983,288–35,987,004 | 2 |
| ENST00000905906 | 35,983,288–35,987,033 | 4 |
| ENST00001033501 | 35,983,288–35,986,772 | 3 |
| ENST00001093005 | 35,983,288–35,986,772 | 2 |
| ENST00001093007 | 35,983,288–35,986,772 | 3 |
| ENST00001143367 | 35,983,288–35,986,772 | 3 |
| ENST00001093004 | 35,983,656–35,986,772 | 3 |
| ENST00000622526 | 35,983,659–35,986,649 | 4 |
| ENST00000620991 | 35,983,687–35,986,772 | 3 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CCL14 對人類單核球具有較弱的活性,並透過也能辨識 MIP-1 alpha 的受體作用。在 100–1,000 nM 濃度下,它可引起細胞內 Ca(2+) 變化並促使酵素釋放,但不會誘導趨化;在 T 淋巴球、嗜中性球與嗜酸性球白血球中則未見活性。
CCL14 也能增強 CD34 髓系前驅細胞的增殖。加工形式 HCC-1(9-74) 的作用不同,具有趨化活性,可吸引單核球、嗜酸性球與 T 細胞;它是 CCR1、CCR3 與 CCR5 的配體。
Promoter 與基因調控
>CCL14 ENST00000618404 GRCh38 chr17:35986629-35987729 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGTCACAGCGTATCTTCCCAATGTGCCTGGATATGGCCTCAGAATCATTTCCAACACAGAGCTCCAGTCC ACCACTAATCAATGAAACCTACTAGCTATCCCTGAATTAGACATTTTCTAGGGTTCCCACCAAGCTTCTT TGCAGCAAAAGTCAGAGAAACCAGGAGAAGGTCCCAAAGAGATCCACTATCTGATTTCAGAAAGGACTAA GACTAAAGGCTTTATAGAAAACCCATAAGCTTTTACAGAGCTCCGTTGGGAGTCCCATGTTTCTTTATGG CATAATGGGTGAGAACACAGACTTGGAAGCCAAACCACCTGAATTTGAACCCCAGTTCCATTTACCAACT GTCAAAAGCTTAGGCTTTGATTCTGAGCCTGTTTCCTCAACTGCTGTTCTAAAGATTAAATAGGCTAATA TTCATAAGGCAACTGGGACAGTGGCTTGTGTGTATAGCAACCATTATATAAGTGAATTATCTACTGAGCA CCACAGCACTTCTTCACTCCATGGTGTGGTGACCAGAATGGAGATGAGACAGAGAACTGCAGGTTCTGCT TCGAGTTTAAGTTAGGATTTCCCTTGACCAATGAGACCTGACTTGGAGGAGTCCTGGCCTCATTCCATTA CCCCAAACACCCTCTAGTCTCTAGATGAACAGATCCTGAATGTCCAGGCCCCACGTGGCCTGTTCTAAGG CCTGAGATGGAATTGGATACAGGACACATCCAGCCTTGAGATCTTTTGCTAAGTGTGACACAGTGCCCCC AGCCCTGTGCTCATGTTCATGCCTAGGGAAAGGCTTCTATCAAAAGAGTTGAACTTCTTCCCACTGGGGA TGGAAGACCATTTCCTCCCTTAAACCTTGGCTCTCCCTGCTTCCTTCAGGCCACCAACAACACATGTGCA GGATATGAAATTGCTGAGGCATCACTGCTTTCCTACTTCCCTTCCAAGTCTCAGCTCCCTTATTTTAAAA AATATTTGGCCTCAATGATCATTTCTCAACAATTCCTCACCGCAGGAGCCTCTGAAGCTCCCACCAGGCC AGCTCTCCTCCCACAACAGCTTCCCACAGCATGAAGATCTCCGTGGCTGCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CCL14_2 ↗ | 17:35,984,716 | 負股 | 35,984,706–35,984,765 |
| CCL14_1 ↗ | 17:35,986,729 | 負股 | 35,986,719–35,986,778 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_833K83 · enhancer · 35982132–35982328 · regulatory
ENSR17_5BGHT2 · CTCF_binding_site · 35982570–35982591 · regulatory
· motif · 35982128–35982143 · motif
· motif · 35982128–35982143 · motif
· motif · 35982135–35982150 · motif
· motif · 35982136–35982150 · motif
· motif · 35982572–35982588 · motif
· motif · 35991219–35991234 · motif
· motif · 35991253–35991267 · motif
· motif · 35991284–35991295 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:93 aa
CCL14 蛋白質長 93 個胺基酸,屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其第 1 至 19 個胺基酸為訊號區域;來源亦指出,加工形式 HCC-1(9-74) 具有不同於所述未加工形式的趨化活性。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CCL14 被註記為分泌型蛋白質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CCL14 對人類單核球的作用較弱,經也辨識 MIP-1 alpha 的受體傳遞訊號;在 100–1,000 nM 下可引起細胞內 Ca(2+) 變化與酵素釋放,但不誘導趨化。它對 T 淋巴球、嗜中性球及嗜酸性球白血球無活性,並能促進 CD34 髓系前驅細胞增殖。加工形式 HCC-1(9-74) 則可趨化單核球、嗜酸性球與 T 細胞,並結合 CCR1、CCR3 和 CCR5。 | 含實驗來源 | 證據與來源Has weak activities on human monocytes and acts via receptors that also recognize MIP-1 alpha. It induces intracellular Ca(2+) changes and enzyme release, but no chemotaxis, at concentrations of 100-1,000 nM, and is inactive on T-lymphocytes, neutrophils, and eosinophil leukocytes. Enhances the proliferation of CD34 myeloid progenitor cells. The processed form HCC-1(9-74) is a chemotactic factor that attracts monocytes, eosinophils, and T-cells and is a ligand for CCR1, CCR3 and CCR5 PMID 11085751 ↗ |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ATTTCTCAACAATTCCTCACCGCAGGAGCCTCTGAAGCTC40CCACCAGGCCAGCTCTCCTCCCACAACAGCTTCCCACAGC80ATGAAGATCTCCGTGGCTGCCATTCCCTTCTTCCTCCTCA120TCACCATCGCCCTAGGGACCAAGACTGAATCCTCCTCACG160GGGACCTTACCACCCCTCAGAGTGCTGCTTCACCTACACT200ACCTACAAGATCCCGCGTCAGCGGATTATGGATTACTATG240AGACCAACAGCCAGTGCTCCAAGCCCGGAATTGTCTTCAT280CACCAAAAGGGGCCATTCCGTCTGTACCAACCCCAGTGAC320AAGTGGGTCCAGGACTATATCAAGGACATGAAGGAGAACT360GAGTGACCCAGAAGGGGTGGCGAAGGCACAGCTCAGAGAC400ATAAAGAGAAGATGCCAAGGCCCCCTCCTCCACCCACCGC440TAACTCTCAGCCCCAGTCACCCTCTTGGAGCTTCCCTGCT480TTGAATTAAAGACCACTCATGCTCTTCCCTGGCCTCATTC520CTTTCTACGGGATTTACTCATTGGCCATGCACTGAGGACA560CCAGGGTGTGGCACCCTCGGCATCAAGCCTCGCTCTGCAG600AAGTTTTGCTGGAGCCTGGTACAAAAAATAGGTCAGGCCT640GCAATGCAGGTAGTGAGAAGCAGAAAGTGAGAAAGAAAAG680CAGTGTAAAGACCGTCTCCTCCTCAGCAACAACAGTAGCA720GACCCCGTTTTCTTAATGCTTTCTATACTCCAAGCACTCT760GCTAGGCAGTCTGTATGCATTATCTTATTTAAGCTTCATG800ACAAGTGTAAAAGCTACAAATCATCATTTGATTTTTTAGG840TAACACTTCATAAAGGGCTCTCTATAGCAGTCAAA875cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。