演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

CCL1I-309

C-C motif chemokine ligand 1

CCL1 是一種分泌型 CC 趨化因子,屬於 intercrine beta 家族,可吸引單核球,並與受體 CCR8 結合。

Homo sapiens17q12UniProt P22362
OFFICIAL SYMBOL
CCL1
CHROMOSOME
17
UNIPROT
P22362
PDB / ALPHAFOLD
1EL0
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

CCL1(C-C motif chemokine ligand 1)是由蛋白質編碼基因產生的細胞激素,屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其蛋白質前段具有訊號序列,成熟產物可分泌至細胞外。CCL1 的基本特性是作為趨化因子,並能與 CCR8 結合;來源指出其對單核球具有趨化作用,但對嗜中性球沒有此作用。

Official symbol
CCL1
Gene name
C-C motif chemokine ligand 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10609
UniProt
P22362
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
I-309TCA3P500SISeSCYA1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1717q12
chr17 · 83,257,441 bp · GRCh38chr17p13.3 · 1–3400000 · gnegchr17p13.2 · 3400001–6500000 · gpos50chr17p13.1 · 6500001–10800000 · gnegchr17p12 · 10800001–16100000 · gpos75chr17p11.2 · 16100001–22700000 · gnegchr17p11.1 · 22700001–25100000 · acenchr17q11.1 · 25100001–27400000 · acenchr17q11.2 · 27400001–33500000 · gnegchr17q12 · 33500001–39800000 · gpos50chr17q21.1 · 39800001–40200000 · gnegchr17q21.2 · 40200001–42800000 · gpos25chr17q21.31 · 42800001–46800000 · gnegchr17q21.32 · 46800001–49300000 · gpos25chr17q21.33 · 49300001–52100000 · gnegchr17q22 · 52100001–59500000 · gpos75chr17q23.1 · 59500001–60200000 · gnegchr17q23.2 · 60200001–63100000 · gpos75chr17q23.3 · 63100001–64600000 · gnegchr17q24.1 · 64600001–66200000 · gpos50chr17q24.2 · 66200001–69100000 · gnegchr17q24.3 · 69100001–72900000 · gpos75chr17q25.1 · 72900001–76800000 · gnegchr17q25.2 · 76800001–77200000 · gpos25chr17q25.3 · 77200001–83257441 · gnegCCL1pq1 bp83,257,441 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr17:34,360,328–34,363,233
Gene span
2,906 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000225842 ★34,360,328–34,363,2333

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

CCL1 是具有趨化活性的細胞激素,來源明確指出它可促使單核球移動,但不會對嗜中性球產生相同的趨化作用。這項細胞類型上的差異,說明 CCL1 的作用並非對所有白血球一概相同;現有資料未提供其對其他細胞類型的效果,因此不宜據此延伸推論。

CCL1 可結合 CCR8。這項受體結合資訊與其趨化功能相連,但來源沒有進一步交代受體活化後的訊號傳遞、下游分子或細胞反應,因此其機制細節應維持在已知的結合與單核球趨化層次。資料也未說明此結合是否為單核球趨化作用的唯一途徑。

在生物學意義上,CCL1 可作為細胞間的訊號分子,透過選擇性吸引單核球,參與免疫細胞的移動與分布調節。這項功能描述提供了其細胞選擇性趨化作用的依據,但來源未指出特定組織、疾病或生理情境,也未提供實驗條件以界定作用範圍。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 34363233 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>CCL1 ENST00000225842 GRCh38 chr17:34363133-34364233 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTGAGTTTGCACCATGGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAATGAGACCCTAGA
AAAAAAAAAACAAAAAGGAAAAATTCCCTGGCTGAGGCTGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGC
TGCAGTGAGTGTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCTAGAAAAAAAAAAACAAAA
AGGGAAAATTCCCCTGGCAGGACTCTCAGATGCTGCTGAGTAGCTCTCAGTCCTCTCTGTAACCCAAACA
TAACACATCTATCTCTGTGCTTACACTGGGTGGCTTTCACTTGTTTATCTGTGAATTGAAGAGAAGTTGC
TTGAGGTCAGGCAGTGCTCCTCATTGGTAACTGCCTTCTCTGGGGCTAACCAAGGACCTAGAACAGAATA
AGCTATTGAAAATTGTTGAGGATTAAAAAAATAGAAAAAATAGAAATGGCAAATATCTAGGCCAGTCACT
GGACATAGAGAATGTTATTTAATTCTTATCGCACGTCCTTGAGACATGTATTGCTATTTGCATTTTGTGT
GAATATGAATTTGGGTAAGTTTATGTAATCCCTCCTCTGCAGAACTGGGATTCAAATGCAGGTGTATCTC
TGTTCAGGTCCAGACTCTTCTGCCCTGAAGCAGTAGTACTTGGATGGAATGACGTAGGGTTGGACAAGCC
ACACAGAGGCCACTTCCTCTCACTTACTTTTCTTTGCTTCCCACTCAACCAGGACAGTTCCCACGCACTT
TTTCAAGATTCTTATCTGCTCCCACACTTAGGGAAGTTCCCAATGCAACCTATCAATCCATCACCACCAC
GAATACCAGCCAGGAGAGGTGGGGAAAGGAGTTTACCACATGGTCGCTGGGTGTGAGCAACTGTTCCCTG
TCCCTATGGCTTCCCACTTGTGGCTCCCACCATGGCCTGGAGTTTTGGGTGGAGTTTTTCAAATAAAAGC
CCTCAGCATTGCAGGACGGCACAGTGGTGAGCTCTTAGCTTCACCAGGCTCATCAAAGCTGCTCCAGGAA
GGCCCAAGCCAGACCAGAAGACATGCAGATCATCACCACAGCCCTGGTGTG
CCL1 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
CCL1_1 ↗17:34,363,233負股34,363,223–34,363,282

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

來源指出,phorbol myristate acetate(PMA)與 CCL1 的調控有關;但未說明受到調控的是哪一層級、變化方向或具體條件,因此無法進一步判定其對 CCL1 表現的影響。

序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:96 aa

1 aa96 aa訊號胜肽
依 P22362 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

CCL1 屬於 intercrine beta(chemokine CC)家族。其蛋白質長度為 96 個胺基酸,前 23 個胺基酸被註記為訊號序列,與分泌型蛋白質的特徵相符。

訊號胜肽1–23 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1EL0…

PDB · 1EL0

NMR · - · A=23-96

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted

CCL1 被註記為分泌型蛋白質,定位資訊未提供其他細胞內位置或會改變定位的條件。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
I-309CCL1
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

CCL1 的亞基狀態註記為單體;此資訊描述其組成狀態,並未指出它與其他蛋白質形成複合體。來源另記載 CCL1 可結合 CCR8,屬於受體結合關係。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能CCL1 是一種細胞激素,具有細胞類型選擇性的趨化作用:可吸引單核球,但不吸引嗜中性球;此外,CCL1 可與 CCR8 結合。含實驗來源
證據與來源

Cytokine that is chemotactic for monocytes but not for neutrophils. Binds to CCR8

PMID 1557400 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Monomer資料庫紀錄
證據與來源

Monomer

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Secreted資料庫紀錄
證據與來源

Secreted

開啟資料庫紀錄 ↗

調控CCL1 的調控與 phorbol myristate acetate(PMA)有關;此敘述未交代調控方向、層級或條件。資料庫紀錄
證據與來源

By phorbol myristate acetate (PMA)

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000225842 · 594 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACAGTGGTGAGCTCTTAGCTTCACCAGGCTCATCAAAGCT40
41GCTCCAGGAAGGCCCAAGCCAGACCAGAAGACATGCAGAT80
81CATCACCACAGCCCTGGTGTGCTTGCTGCTAGCTGGGATG120
121TGGCCGGAAGATGTGGACAGCAAGAGCATGCAGGTACCCT160
161TCTCCAGATGTTGCTTCTCATTTGCGGAGCAAGAGATTCC200
201CCTGAGGGCAATCCTGTGTTACAGAAATACCAGCTCCATC240
241TGCTCCAATGAGGGCTTAATATTCAAGCTGAAGAGAGGCA280
281AAGAGGCCTGCGCCTTGGACACAGTTGGATGGGTTCAGAG320
321GCACAGAAAAATGCTGAGGCACTGCCCGTCAAAAAGAAAA360
361TGAGCAGATTTCTTTCCATTGTGGGCTCTGGAAACCACAT400
401GGCTTCACCTGTCCCCGAAACTACCAGCCCTACACCATTC440
441CTTCTGCCCTGCTTTTGCTAGGTCACAGAGGATCTGCTTG480
481GTCTTGATAAGCTATGTTGTTGCACTTTAAACATTTAAAT520
521TATACAATCATCAACCCCCAACCCTCTGGGTCTCTTGGAT560
561TTCAGAGTGAAAACTTGATTGGCATTGAGAGGTG594

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。