基因總覽
CARF 的正式名稱為 calcium responsive transcription factor，屬於蛋白質編碼基因，產物為 725 個胺基酸的蛋白質。現有資料指出，它具有轉錄活化因子的角色，並能辨識特定的鈣離子反應序列。序列註解另標示一段位於胺基酸 572 至 592 的無序區域；資料未提供可據以描述其家族歸屬或其他結構域的資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000438828 ★ | 202,912,275–202,988,263 | 17 |
| ENST00000402905 | 202,912,214–202,988,263 | 16 |
| ENST00000320443 | 202,912,214–202,988,263 | 16 |
| ENST00000444724 | 202,912,214–202,963,168 | 8 |
| ENST00000428585 | 202,912,214–202,988,263 | 15 |
| ENST00000919375 | 202,912,214–202,988,263 | 17 |
| ENST00000943229 | 202,912,214–202,988,263 | 16 |
| ENST00001120673 | 202,912,214–202,988,263 | 15 |
| ENST00001123415 | 202,912,214–202,963,333 | 9 |
| ENST00000414490 | 202,912,245–202,942,824 | 5 |
| ENST00000431787 | 202,912,247–202,952,620 | 5 |
| ENST00000414857 | 202,912,273–202,952,647 | 6 |
顯示 12/23 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CARF 是轉錄活化因子，參與 BDNF exon III 的轉錄誘導。其作用具有鈣離子反應與神經元選擇性：來源描述此因子介導鈣離子及神經元選擇性的 BDNF exon III 轉錄誘導，但未進一步說明這種選擇性如何形成。
在分子辨識方面，CARF 可結合 consensus calcium-response element CaRE1，其序列為 5'-CTATTTCGAG-3'。這項結合特性將 CARF 與鈣離子反應相關的轉錄調控連結起來；現有資料未提供更多下游分子步驟或其他調控標的，因此不宜將其功能延伸至未列明的基因或機制。
Promoter 與基因調控
>CARF ENST00000438828 GRCh38 chr2:202911275-202912375 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTCAAATTATATAGAACCTACGAAGCTGGTTAGAAAGCAGGTAATCTCAGAAAAAAGGGTGGGGGTGACA GCAGAAACAACCAGGGATCCACAAGGTCATACCAAAGGGGTGGTCGGAAAGGAACCTGGGGAAGGGAGAG AAGGCTGGAACGCTTACTTACTTCTTGTTATCAGTGTAGAAGCGTGTTTGGAGCTGAGCCATGGCGAGGA GTACACACGACTTGCCCACGGAAACGTACGGGTTAGCAGACCCACAACACGAAGCTCCTGCCTTTTAAGA CTACAAAGAGGCAGCTCAAAATTAGACTGCACAGGTAAGCGAGGAACTGCAGTCTAAGCCTGGACTCTGC CTTCTGCCCTCCGGTCTCCTCTGCAGAAAGCACGAGGTTGCCCTTCTACAGACGCCCAGACCACAAACAT CGACTACCTACTCCTAGATTTAGGAGTCATCGATTAGAAAAGGATAGTCGTAAAGGTAGCATGTCCCTTT AATCATTGTTAGAATTCTTCCCATACGTGTGGGCCCGTAATCGATTAGGAAAAAGATCCCACTCAAATCC GCTTTATTAATAAAAAATTTTTTTTCAAGAGGCTGTCCTGAGCCTGGATAGTTCAAACACAGCTCCTAGT TACTACAAGTCTCAGAAAGCATCGCTTCTCAAACGCTGTGACCACCGGGAATTGTAGTCTTTTTTTGCCA CGCTGCCCTCAGAGTATCTTATTTGCATTAAATCCTCTAGACTCCAGCCAGATATCAAATTTCCTCTGCC TTCAGCTTTGCTTGACTAACGCCTTGCCAGTTTTTTTTTCTCATACATATTCCCAACCAGAGGCTCACTC GGCAGAGGTTTTTCCTAAATCTCGCCTCTAACTGCGGCTTTTAGAGAGAGGCGAGAGGCGGAAATACAAA GAAAAGAACGGATGAGAGAGGAAACGGTCGACGGTGGCCGATAGTGGTCCTACTGTCGTGGGACTGCTCT GCGCGCTCCCGGTGGGGCGCGCCTGCGCATTATGCTGGTCTCCATGGCGGGGCCTCGGAGCCAAGACGAG GTTGAGTAGACTCGTTTTGAATTTTCTCCCCTCTGCTCCGGCGGACTTCCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CARF_1 ↗ | 2:202,912,275 | 正股 | 202,912,226–202,912,285 |
| CARF_2 ↗ | 2:202,912,538 | 正股 | 202,912,489–202,912,548 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_B3H99D · enhancer · 202911133–202911662 · regulatory
ENSR2_B3H99G · promoter · 202911663–202912299 · regulatory
ENSR2_CQ5MB · enhancer · 202912300–202913327 · regulatory
· motif · 202909591–202909600 · motif
· motif · 202909591–202909600 · motif
· motif · 202910890–202910904 · motif
· motif · 202910890–202910904 · motif
· motif · 202911496–202911507 · motif
· motif · 202911682–202911690 · motif
· motif · 202911682–202911697 · motif
· motif · 202911992–202912005 · motif
· motif · 202912169–202912180 · motif
· motif · 202912169–202912180 · motif
· motif · 202912272–202912283 · motif
· motif · 202912272–202912283 · motif
· motif · 202912504–202912519 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：725 aa
CARF 蛋白質長 725 個胺基酸。序列註解標示胺基酸 572 至 592 為無序區域；資料未提供其他結構域或功能區域的註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CARF 的定位註解為細胞核。 來源未提供定位隨條件改變或不同異構型間存在差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- CEP55Q53EZ4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CISHQ9NSE2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DDX21Q9NR30 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF4Q9BUZ4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZBTB38Q8NAP3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CARF 作為轉錄活化因子，介導鈣離子與神經元選擇性的 BDNF exon III 轉錄誘導，並可結合 consensus calcium-response element CaRE1，其序列為 5'-CTATTTCGAG-3'。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acts as a transcriptional activator that mediates the calcium- and neuron-selective induction of BDNF exon III transcription. Binds to the consensus calcium-response element CaRE1 5'-CTATTTCGAG-3' sequence PMID 11832226 ↗ · PMID 22174809 ↗ |
| 細胞定位 | CARF 的細胞內定位註解為細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCCTGCGCATTATGCTGGTCTCCATGGCGGGGCCTCGGAG40CCAAGACGAGGTTGAGTAGACTCGTTTTGAATTTTCTCCC80CTCTGCTCCGGCGGACTTCCCATGTCGCCTTGTGGGGCTA120TCGGCGGCGGCAGGACTGGGGGAGTCAGAGGTCTGGCAGC160GCTGTCTGCGCAGACCTACCGGACGCTACCTCCCAACCCC200CCGTCTTCCTCCTGCCTCCTCCTCCTCCCGTCACCTCCTG240ACCCGCCGGAGCTCCGAGCAACTGCCGGCCTCCGCCCCCA280GCCGCAGCCGGTCACTGGCGGCGCCTTCCGCGCCAAGCTT320GGGGGCCTTTTCGGGGTCCCACATGGCACGGCTTCCGACC360CCCGGCCCGGGACGGGGCTCGCAGGCCCCAGAGGGGCAGG400CTGGAGAAGGAGGAGGTTAGGTGTCTTCAGGAGGGTTGCT440GAGCCCAAGGACGCGCCATCGCCGCGGAGAAGGAGCCGGA480CCCCTTGGGCGGAGCGCCCAATGTGTGGTCCCTCACGCCG520TCCCGCACCTTGCTTTTTAGGGTTCTTTTTCCGCTTTCTG560AGCCCTTTTATACCTTACGTTTAGAAGGGGAAAATCATCC600TCCCACACCTTCTCCCCGACTTTTTGCCTTTTTTGTCTTG640AAGTTACCCAAAGGCCTGTGTATTGTTCTCAATGGTCCCA680AGAATTACTCTAATATAGTTGTTTTTCTGAGGGAGGATGG720ATGGAGATAACTATCCTGATCCCAATGTCACTTTTTAAGG760CATTCGCTTCAAGAGACAAGCAGTTTAGAATCAGGCAGAA800CTGGATTGCAAAATTTATGGGCAGACCGAGAAAATGCTGC840TGTGAAGACCCAATTAAAGCTTTCACATAAATGAAGCTAC880AGCTATCATGATTTAGTGCCCCCAAAAGGAAGAACTTCAG920TGGACAAGAAAGGACATTTCTGGGGGTAGTAGAATGCTTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。