基因總覽
CALCB(calcitonin related polypeptide beta)是人類的蛋白質編碼基因,產物為胜肽荷爾蒙。此基因產物亦稱 CALCB/CGRP2,屬於 calcitonin family。這些資訊界定了它的基本性質與家族歸屬;其生理作用及相關條件另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000324229 ★ | 15,073,593–15,078,637 | 5 |
| ENST00000523376 | 14,904,997–15,078,639 | 10 |
| ENST00000887807 | 14,905,006–15,078,639 | 8 |
| ENST00000918240 | 15,073,514–15,078,639 | 5 |
| ENST00000533448 | 15,073,562–15,083,701 | 5 |
| ENST00000918239 | 15,073,593–15,083,701 | 5 |
| ENST00001142153 | 15,073,593–15,078,639 | 5 |
| ENST00000918241 | 15,073,596–15,078,637 | 5 |
| ENST00000918242 | 15,073,939–15,078,639 | 5 |
| ENST00000887808 | 15,074,315–15,078,639 | 4 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CALCB/CGRP2 的產物是一種胜肽荷爾蒙,可透過 CALCRL-RAMP1 受體複合體誘導血管舒張。此作用涉及多種血管,包括冠狀血管、腦血管及全身血管;來源指出的效應是血管舒張,未進一步限定其在不同血管中的作用條件或程度。
此外,CALCB/CGRP2 在中樞神經系統(CNS)中含量豐富。這項分布特徵提示它可能也具有神經傳遞物或神經調節物的角色;此處描述的是可能的功能方向,並非對其在 CNS 中作用機制的進一步界定。
Promoter 與基因調控
>CALCB ENST00000324229 GRCh38 chr11:15072593-15073693 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCTGACTCTCGCGCTGCAGCACCTGCTCCCCTCCGTGGGTGGCAGCTGGACCCCAGCGCGCTCAGCTCTC AGGCGCTTCAGCGAAGTGGGGTAGGGGTGTGGAACGAGAGAGATAGAGACCCGGGCATAGACCATCTCCG CCAGGCAGCTTGGCAAACAGGTGGCAGAGTTGCAGGGCAGCTGTGTAAGCCAACTTCGGCGCAGCAGTGG AGGGTCCTGGCTTGGCGTGGGGGATGCTGGACCCGCGGTCGAGGATTTGGGGATATAGGGGAAGAGGGAG GAGGTGGATGCTGAGCCTTGTATGCAGGCTATGTCAGTTTAGCCCTCTCCCCAACCTCTCTTCGGCTCCT GCCCGTCCCAGAGGAGTGAGGTGGAGAAGGGCTGGCTGCCAGACTGGCACCAAAACAGCCTTCTTTGGGT GCCCAGGTTGCCAGGGCTCGAGGGGTCGGAGGATATCCAGGGAAGCACCCCAGGTGGTCCAAAAAGATCA AATTTTGAGGACCCCTCCCTCCCCTTTTCCCTCCCCCCCCCTCCTTCCCTGCCGTGGGCTCTTTCAGCTG TGGTCCCTTTAGAACCCAGGACTACTACTGCTCAACCTCGCTGGGGGTTCGGGTGGCTGGATTCGGGTCC CTCACTGGCGTGACAGGAGGGAGTGCGAGGCAGGAATTTAGGAGCCAAGGAGGTGAGAGCAGCTCTGGCC CCTCACTGTAGGTGACGCCAAACTCTCCTCGACTTGCCCCGACTCTTAGTTGAAAAATCTCTGTCCTCTC CCAGGCTCTCCAGCTTCCCAAGCAATGACCTCAATGAAAAAAATGACAGCGGGGCGGACTGCCCCCGCTC CAGAGTACCAGTGCCGGCAGTGCGAGCTATGACGCAATCGGAGCTCGGTCGGTCCTTTGATTGGCTAGTC CTGGCCACTTTGGATTGGCCGCGCGGGCTGGTGGGGACCCCCCCCCTCCAGCTATCTCTGTAATAAGAGC GGGGTCTCCGCGGGGAAGGCGCCCACAGCAGGTGTGGTGTTCATCCCGGGTCGACCGGCCGCTCGCGCTG CCCTGAAACTCTAGTCGCCAGGTGAGGAACTTCCCATTCCCCATTCCGCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CALCB_1 ↗ | 11:15,073,593 | 正股 | 15,073,544–15,073,603 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_97ZJJ · promoter · 15073277–15073603 · regulatory
ENSR11_63QTBX · CTCF_binding_site · 15073730–15073774 · regulatory
ENSR11_55JPSN · CTCF_binding_site · 15074780–15074801 · regulatory
ENSR11_55JPT8 · CTCF_binding_site · 15074900–15074921 · regulatory
ENSR11_55JPW7 · CTCF_binding_site · 15075109–15075130 · regulatory
ENSR11_55JQ5Z · CTCF_binding_site · 15076568–15076589 · regulatory
· motif · 15073461–15073470 · motif
· motif · 15073732–15073748 · motif
· motif · 15073755–15073771 · motif
· motif · 15074724–15074735 · motif
· motif · 15074724–15074735 · motif
· motif · 15074726–15074735 · motif
· motif · 15074782–15074798 · motif
· motif · 15074902–15074918 · motif
· motif · 15074933–15074946 · motif
· motif · 15074933–15074946 · motif
· motif · 15074958–15074971 · motif
· motif · 15074958–15074971 · motif
· motif · 15074959–15074972 · motif
· motif · 15074959–15074972 · motif
· motif · 15075111–15075127 · motif
· motif · 15076570–15076586 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:127 aa
CALCB 蛋白質長 127 個胺基酸,屬於 calcitonin family。其 N 端第 1 至 25 個胺基酸被註記為訊號序列。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CALCB 蛋白質的定位註記為分泌型。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- CIB1Q99828 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CALCB/CGRP2 是一種胜肽荷爾蒙,可經由 CALCRL-RAMP1 受體複合體誘導血管舒張,作用涉及冠狀血管、腦血管與全身血管。它在中樞神經系統中含量豐富,因而提示可能具有神經傳遞物或神經調節物的角色。 | 含實驗來源 | 證據與來源CALCB/CGRP2 is a peptide hormone that induces vasodilation mediated by the CALCRL-RAMP1 receptor complex. Dilates a variety of vessels including the coronary, cerebral and systemic vasculature. Its abundance in the CNS also points toward a neurotransmitter or neuromodulator role PMID 1318039 ↗ · PMID 3492492 ↗ · PMID 9620797 ↗ |
| 細胞定位 | Secreted | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCCCACAGCAGGTGTGGTGTTCATCCCGGGTCGACCGGCC40GCTCGCGCTGCCCTGAAACTCTAGTCGCCAGAGAGGCGGC80ATGGGTTTCCGGAAGTTCTCCCCCTTCCTGGCTCTCAGTA120TCTTGGTCCTGTACCAGGCGGGCAGCCTCCAGGCGGCGCC160ATTCAGGTCTGCCCTGGAGAGCAGCCCAGACCCGGCCACA200CTCAGTAAAGAGGACGCGCGCCTCCTGCTGGCTGCACTGG240TGCAGGACTATGTGCAGATGAAGGCCAGTGAGCTGAAGCA280GGAGCAGGAGACACAGGGCTCCAGCTCCGCTGCCCAGAAG320AGAGCCTGCAACACTGCCACCTGTGTGACTCATCGGCTGG360CAGGCTTGCTGAGCAGATCAGGGGGCATGGTGAAGAGCAA400CTTCGTGCCCACCAATGTGGGTTCCAAAGCCTTTGGCAGG440CGCCGCAGGGACCTTCAAGCCTGAGCAGATGAATGACTCC480AGGAAGAAGGTTATCATGAAACTGAACTCACCATTTCTAT520TAATTTCTGTTGGTAAGAACTTGGTGAGAATGCCCCGTGG560AAGATACACATGTTTGCATCCTAAGATACTGAAAAAAGGG600CACCTTTGTCACTTGAAAGGAATGAAACTGAATGCAAAAT640AAGCTAATTCCATATTTGCTGTGCATCATTTTTATATTTA680ATTCTATGTCCAGTAAAAGTGATGGCATCTCTCATTGACT720TATCTGGTAGCAAACTGGTTCTTTCGGAGCCATCCTGTTG760ATCATGCAGCTCCACCAAACCTTAGGGGGACGTGAAATCA800CTGCCTGTTGTGGTCTCCGAGGACACATGGTAATGGTGAT840GCTGTGCCTTGTTATCTAAGAACATGATTGTATAATTTGT880TTAAGAAAATGTCAATATTGTGCCATTTGTGAACTTCATC920AAGATTAAAAGCATATTTTGGGTACATTTGTTTCAAAACC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。