基因總覽
calcitonin related polypeptide alpha 是蛋白質編碼基因,所產生的胜肽屬於 calcitonin family。來源描述其中的 katacalcin 為具降血鈣作用的血漿胜肽;此胜肽由 calcitonin precursor 的 C 端切割而來,並與 calcitonin 一同由甲狀腺旁濾泡細胞分泌,兩者分泌量約相等。這些資訊指出 CALCA 產物具有可分泌的胜肽性質,並與 calcitonin precursor 的加工相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000331587 ★ | 14,968,501–14,972,351 | 4 |
| ENST00000706042 | 14,966,622–14,972,357 | 5 |
| ENST00000486207 | 14,966,622–14,972,357 | 5 |
| ENST00000706043 | 14,967,682–14,972,357 | 4 |
| ENST00001140680 | 14,968,501–14,972,357 | 4 |
| ENST00000396372 | 14,968,706–14,972,357 | 4 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CALCA 產物中的 calcitonin 是一種胜肽荷爾蒙,可與 calcitonin receptor(CALCR)結合並以高親和力活化受體。受體訊號主要透過 Gs/adenylate cyclase 傳遞,啟動 cAMP 依賴性路徑;此外也能促使細胞內鈣動員,並活化 ERK 訊號。這些作用與 calcitonin 對骨吸收及血鈣的調節有關。
calcitonin 可在短時間內降低血鈣,主要方式是抑制破骨細胞介導的骨吸收。受體活化後,破骨細胞會迅速失去皺褶緣、細胞質回縮,細胞移動能力與骨吸收活性也受到抑制。這些細胞反應使骨骼釋出鈣的過程減少,構成其降低血鈣的主要作用途徑。
calcitonin 也有助於限制骨骼重塑與骨轉換;在哺乳等鈣需求增加的時期,可能保護母體骨骼,並限制誘發性高血鈣。不過,來源指出它在基礎血鈣恆定中的作用僅占較小部分。另有資料指出,由 calcitonin precursor C 端切割而來的 katacalcin 是具降血鈣作用的胜肽;CALCA 相關胜肽的作用不應因此與 calcitonin 的受體訊號機制混為一談。
此外,該 C 端胜肽可能透過依賴 cAMP/PKA 蛋白的路徑,促進 CD14(+) 周邊血液單核球移動。此作用以可能性描述,來源並未提供更多條件或機制細節。
Promoter 與基因調控
>CALCA ENST00000331587 GRCh38 chr11:14972251-14973351 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTACGGGGCCGGAATAGAATGTCTCTGGGACATCTTGGCAAACAGCAGCCGGAAGCAAAGGGGCAGCTGT GCAAACGGCTCAGGCAGGTGATGGATGGCAGGGTAGGAAGGGGGAGGTCCAGAGGTCTGGATGGAGGCTT CCGCATCTGTACCTTGCAACTCACCCCTCAGGCCCAGCAGGTCATCGGCCCCCTCCTCACACATGTAATG GATCTGAAGAGTACCCCGGGACAGTCCGGGGAGATGGAGATTCGGAAAGTATCCATGGAGATCTTACAGA ATCCCCTGTGCGGACCAGGAAACTCTTGTAGATCCCTGCCTATCTGAGGCCCAGGCGCTGGGCTGTTTCT CACAATATTCCTTCAAGATGAGATTGTGGTCCCCATTTCAAAGATGAGTACACTGAGCCTCTGTGAAGTT ACTTGCCCATGATCACACAACCAGGAATTGGGCCAACTGTAATTGAACTCCTGTCTAACAAAGTTCTTGC TCCCAGCTCCGTCTCTTGTTTCCCACGAGCCCTGGCCCTCTGTGGGTAATACCAGCTACTGGAGTCAGAT TTCTTGGGCCCAGAACCCACCCTTAGGGGCATTAACCTTTAAAATCTCACTTGGGCAGGGGTCTGGGATC AGAGTTGGAAGAGTCCCTACAATCCTGGACCCTTTCCGCCAAATCGTGAAACCAGGGGTGGAGTGGGGCG AGGGTTCAAAACCAGGCCGGACTGAGAGGTGAAATTCACCATGACGTCAAACTGCCCTCAAATTCCCGCT CACTTTAAGGGCGTTACTTGTTGGTGCCCCCACCATCCCCCACCATTTCCATCAATGACCTCAATGCAAA TACAAGTGGGACGGTCCTGCTGGATCCTCCAGGTTCTGGAAGCATGAGGGTGACGCAACCCAGGGGCAAA GGACCCCTCCGCCCATTGGTTGCTGTGCACTGGCGGAACTTTCCCGACCCACAGCGGCGGGAATAAGAGC AGTCGCTGGCGCTGGGAGGCATCAGAGACACTGCCCAGCCCAAGTGTCGCCGCCGCTTCCACAGGGCTCT GGCTGGACGCCGCCGCCGCCGCTGCCACCGCCTCTGATCCAAGCCACCTCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CALCA_1 ↗ | 11:14,972,351 | 負股 | 14,972,341–14,972,400 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_55J3TL · CTCF_binding_site · 14970004–14970025 · regulatory
ENSR11_8FTWC · enhancer · 14971897–14972095 · regulatory
ENSR11_8FTWK · promoter · 14972263–14972444 · regulatory
ENSR11_DQ3L · enhancer · 14973376–14975521 · regulatory
ENSR11_55J4JB · CTCF_binding_site · 14973825–14973846 · regulatory
· motif · 14970006–14970022 · motif
· motif · 14972453–14972462 · motif
· motif · 14973827–14973843 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:141 aa
蛋白質長度為 141 個胺基酸,屬於 calcitonin family。其 N 端第 1 至 25 位胺基酸註記為訊號序列;第 64 至 85 位及第 111 至 141 位則各有一段被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
此蛋白質的定位註記為分泌。 來源未提供其他細胞內位置、定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- ANKRD11X5D778 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATP2B2Q01814 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ATP2B4P23634 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | calcitonin 是由甲狀腺旁濾泡細胞分泌的胜肽荷爾蒙,能高親和力活化 calcitonin receptor/CALCR,主要透過 Gs/adenylate cyclase 啟動 cAMP 依賴性訊號,也可動員細胞內鈣並活化 ERK。其可藉抑制破骨細胞骨吸收迅速降低血鈣,且參與限制骨轉換、鈣壓力時保護母體骨骼及限制誘發性高血鈣;對基礎血鈣恆定的作用較小。 | 含實驗來源 | 證據與來源Peptide hormone secreted by thyroid parafollicular (C) cells that acts as a high-affinity agonist of the calcitonin receptor/CALCR that primarily couples to Gs/adenylate cyclase signaling, resulting in activation of cAMP-dependent pathways, and can additionally mobilize intracellular calcium and activate ERK signaling. Acutely lowers blood calcium levels predominantly by inhibiting osteoclast-mediated bone resorption. In osteoclasts, receptor activation rapidly induces loss of the ruffled border, cytoplasmic retraction, and suppression of cell motility and resorptive activity. Functions to restrain bone remodeling and turnover, protect the maternal skeleton during periods of calcium stress such as lactation, and limit induced hypercalcemia, while playing only a minor role in basal calcium homeostasis (By similarity) PMID 17535751 ↗ · PMID 35324283 ↗ |
| 功能 | 一種胜肽由 calcitonin precursor 的 C 端切割而來,並與 calcitonin 由甲狀腺旁濾泡細胞共同分泌,兩者分泌量約相等。該胜肽可能透過依賴 cAMP/PKA 蛋白的路徑,促進 CD14(+) 周邊血液單核球移動;此作用仍以可能性描述。 | 含實驗來源 | 證據與來源Peptide cleaved from the C-terminal region of the calcitonin precursor and co-secreted with calcitonin from thyroid parafollicular (C) cells in approximately equimolar amounts. May stimulates the migration of CD14(+) peripheral blood monocytes through a cAMP/PKA protein-dependent pathway PMID 12369791 ↗ · PMID 3350911 ↗ |
| 功能 | Katacalcin 是一種效力強的降血鈣胜肽,可降低血漿中的鈣含量;來源未提供其作用機制或發生條件。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ATCAGAGACACTGCCCAGCCCAAGTGTCGCCGCCGCTTCC40ACAGGGCTCTGGCTGGACGCCGCCGCCGCCGCTGCCACCG80CCTCTGATCCAAGCCACCTCCCGCCAGAGAGGTGTCATGG120GCTTCCAAAAGTTCTCCCCCTTCCTGGCTCTCAGCATCTT160GGTCCTGTTGCAGGCAGGCAGCCTCCATGCAGCACCATTC200AGGTCTGCCCTGGAGAGCAGCCCAGCAGACCCGGCCACGC240TCAGTGAGGACGAAGCGCGCCTCCTGCTGGCTGCACTGGT280GCAGGACTATGTGCAGATGAAGGCCAGTGAGCTGGAGCAG320GAGCAAGAGAGAGAGGGCTCCAGCCTGGACAGCCCCAGAT360CTAAGCGGTGCGGTAATCTGAGTACTTGCATGCTGGGCAC400ATACACGCAGGACTTCAACAAGTTTCACACGTTCCCCCAA440ACTGCAATTGGGGTTGGAGCACCTGGAAAGAAAAGGGATA480TGTCCAGCGACTTGGAGAGAGACCATCGCCCTCATGTTAG520CATGCCCCAGAATGCCAACTAAACTCCTCCCTTTCCTTCC560TAATTTCCCTTCTTGCATCCTTCCTATAACTTGATGCATG600TGGTTTGGTTCCTCTCTGGTGGCTCTTTGGGCTGGTATTG640GTGGCTTTCCTTGTGGCAGAGGATGTCTCAAACTTCAGAT680GGGAGGAAAGAGAGCAGGACTCACAGGTTGGAAGAGAATC720ACCTGGGAAAATACCAGAAAATGAGGGCCGCTTTGAGTCC760CCCAGAGATGTCATCAGAGCTCCTCTGTCCTGCTTCTGAA800TGTGCTGATCATTTGAGGAATAAAATTATTTTTCCCCAAA840cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。