演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

CALB2CAL2

calbindin 2

CALB2 編碼 calbindin 2,屬於 calbindin 家族的鈣結合蛋白,與細胞內鈣離子平衡及訊號傳遞有關。

Homo sapiens16q22.2UniProt P22676
OFFICIAL SYMBOL
CALB2
CHROMOSOME
16
UNIPROT
P22676
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

CALB2 是蛋白質編碼基因,產物 calbindin 2 屬於 calbindin 家族,為鈣結合蛋白。此蛋白質長 271 個胺基酸,序列包含六個 EF-hand 結構域。這些結構特徵與其鈣結合蛋白的性質相符;其主要角色涉及細胞內鈣離子平衡與訊號傳遞。來源亦指出,calbindin 2 主要在特定神經元族群中表現,並與神經元活動及發育相關,但相關功能的證據性質並不相同。

Official symbol
CALB2
Gene name
calbindin 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:1435
UniProt
P22676
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
CAL2

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1616q22.2
chr16 · 90,338,345 bp · GRCh38chr16p13.3 · 1–7800000 · gnegchr16p13.2 · 7800001–10400000 · gpos50chr16p13.13 · 10400001–12500000 · gnegchr16p13.12 · 12500001–14700000 · gpos50chr16p13.11 · 14700001–16700000 · gnegchr16p12.3 · 16700001–21200000 · gpos50chr16p12.2 · 21200001–24200000 · gnegchr16p12.1 · 24200001–28500000 · gpos50chr16p11.2 · 28500001–35300000 · gnegchr16p11.1 · 35300001–36800000 · acenchr16q11.1 · 36800001–38400000 · acenchr16q11.2 · 38400001–47000000 · gvarchr16q12.1 · 47000001–52600000 · gnegchr16q12.2 · 52600001–56000000 · gpos50chr16q13 · 56000001–57300000 · gnegchr16q21 · 57300001–66600000 · gpos100chr16q22.1 · 66600001–70800000 · gnegchr16q22.2 · 70800001–72800000 · gpos50chr16q22.3 · 72800001–74100000 · gnegchr16q23.1 · 74100001–79200000 · gpos75chr16q23.2 · 79200001–81600000 · gnegchr16q23.3 · 81600001–84100000 · gpos50chr16q24.1 · 84100001–87000000 · gnegchr16q24.2 · 87000001–88700000 · gpos25chr16q24.3 · 88700001–90338345 · gnegCALB2pq1 bp90,338,345 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr16:71,358,713–71,391,058
Gene span
32,346 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000302628 ★71,358,723–71,390,43311
ENST0000034955371,358,713–71,390,4369
ENST0000087034971,358,713–71,391,05812
ENST0000093443971,358,713–71,391,05810
ENST0000095911571,358,713–71,391,05811
ENST0000111377971,358,713–71,391,0589
ENST0000112540871,358,713–71,391,0588
ENST0000112540971,358,713–71,391,05812
ENST0000112726871,358,713–71,378,3994
ENST0000113440371,358,713–71,391,05811
ENST0000056230571,358,794–71,389,82610
ENST0000049052071,372,178–71,385,6368

顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

calbindin 2 參與鈣離子恆定與訊號傳遞。來源指出,它可緩衝細胞內鈣離子濃度,並調節依賴鈣離子的訊號路徑;這項功能有 PubMed 文獻支持。藉由影響細胞內鈣離子的變化,calbindin 2 與鈣依賴性訊號活動的調控相連,但來源未進一步說明特定路徑或作用機制。

在特定神經元族群中,calbindin 2 主要表現,並與突觸可塑性及神經元興奮性有關。來源以序列相似性推論為依據,指出這些影響可能進一步關聯學習與記憶;因此,這些神經功能及其與認知的關聯應保留其推論性質,不宜視為已在此資料中逐一確立的作用。

胚胎發育期間,calbindin 2 被認為可能促進神經元分化與成熟;此項敘述同樣依據序列相似性。合併來看,來源將 calbindin 2 描述為連結細胞內鈣離子調控與神經元功能的蛋白質,並提出其可能參與神經發育及學習、記憶相關過程;不同主張的證據層級仍需分別看待。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 71358723 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>CALB2 ENST00000302628 GRCh38 chr16:71357723-71358823 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GGAGAGAATGGGGAGAGGGCCCAGCTCCCTGCTGGGGAGTCCTGTCTGCTGCCCTCAGGATGTGCGCTCA
GTAGCTGCGTCTATTTTCTCTGAGACCAGCTCAGAACATCCCCAAGACAGAGTTGGACGTTGTTCTCTGT
CCACTGGAGCAGGCACATTCCCACGATGTCCCTAGGTGGGCGTGGTTAAGACCTGGTACGGGTTGATCTA
GTTCTGCCACCCCCTGGCCAAATGTCTAAAAGCCCCCCAGAGCATGGCCAGCGTGAGGCAGGTACCAGGG
GTGGAGGGAGGCTCCGAGGGGACGGATATACGAAGACCCAAACAGACAGTGGAAGCCCCCCACCCCCACC
CCACACCACTTCCATCGGAATCCTCCCGGGGCACTGCTGATTCCAGCTGCTCCCCACTAAAGCCTTGAGA
ACTCTTGGCTGCTCTGCAAGACTGAGCCCCATGAAGGAGCCACGTGCGGCGTGGAAAGAGTGCTGAGTTC
AAATTGTAGCCCTGCCACTAATTTGCTGGGCCAGTCACTTAATCATCTGAAGTCACAAGTACCTCATCAG
AAAAGTGGTCCCAGCTCTTCCTGCTGTGGAAGGATCAGAAGAGAGGAGGCACGACAGAGACCTAGTGAAC
TCCGAAGCCCGAGTGCTAAATATTTGTCAAGTTTGTGTTAGTATTACTATTAGTGTTGTTACTGCTGTTA
TTATTATTGCTACTGCCAGCAATAATAAGTGGTGGATGTACTCAAGACGGTCGGGAGGGAAGGCAAGGGC
AGCCTCTCCCTCATTTTCACCGAAAATCCTCCGGGTGTCCCTGGCCCCGCGCCGAGGGGTCTCAGCGCAG
AGGTAAGGGCCCTCTAGGAGTCCGGGCCGAGCCTCTCGCGCCGCCGCCCCCGCCGCGCCGCGCCCCGGTC
GGATTCCCTGAGCGCGCGCGCCCCCTTCTGGCGGCCGGGCGCAGGCGCAGGCTCCAGAGCGTATATAAGG
GCAGCGTGGCGCACAACCCCAGCGCGAGTGCCAGAGCCCAGCCGGCGCGGAGCGGGAGCGGTGCAGGCTG
AGGTCTCCGAGCGGCTCGCCATGGCTGGCCCGCAGCAGCAGCCCCCTTACC
CALB2 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
CALB2_1 ↗16:71,358,723正股71,358,674–71,358,733

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR16_844MG2 · enhancer · 71357715–71357873 · regulatory

ENSR16_BJ6CS · promoter · 71357874–71358733 · regulatory

ENSR16_5LR6P6 · CTCF_binding_site · 71358647–71358668 · regulatory

ENSR16_BJ6D6 · enhancer · 71360332–71360873 · regulatory

· motif · 71358198–71358209 · motif

· motif · 71358605–71358618 · motif

· motif · 71358623–71358639 · motif

· motif · 71358649–71358665 · motif

· motif · 71360613–71360627 · motif

· motif · 71360613–71360627 · motif

· motif · 71362860–71362874 · motif

· motif · 71362867–71362878 · motif

· motif · 71363080–71363094 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:271 aa

1 aa271 aa結構域
依 P22676 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

calbindin 2 長 271 個胺基酸,屬於 calbindin 家族。其序列包含六個 EF-hand 結構域:第 1 至第 5 個分別位於胺基酸 16–51、63–98、107–142、151–186 與 195–230;第 6 個位於 235–270。

結構域EF-hand 116–51 aa
結構域EF-hand 263–98 aa
結構域EF-hand 3107–142 aa
結構域EF-hand 4151–186 aa
結構域EF-hand 5195–230 aa
結構域EF-hand 6235–270 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P22676…

AlphaFold · P22676

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Synapse;Cell projection, dendrite

calbindin 2 位於突觸及樹突細胞突起,也見於 dendrioles。 dendrioles 是小型樹突,構成單極刷狀細胞樹突末端的刷狀特化結構。

未繪示構造:Synapse;Cell projection, dendrite。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
CAL2CALB2
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能calbindin 2 是參與鈣離子恆定與訊號傳遞的鈣結合蛋白,可緩衝細胞內鈣離子濃度並調節鈣依賴性訊號路徑。它主要在特定神經元族群中表現,與突觸可塑性、神經元興奮性及學習和記憶相關;後述關聯依據序列相似性推論。胚胎發育期間,它也被認為可能促進神經元分化與成熟,這項發育功能同樣屬於序列相似性推論。含實驗來源
證據與來源

Calcium-binding protein involved in calcium homeostasis and signal transduction. It plays a critical role in buffering intracellular calcium levels and modulating calcium-dependent signaling pathways. Predominantly expressed in specific neuronal populations, influences synaptic plasticity and neuronal excitability, contributing to learning and memory (By similarity). During embryonic development, it facilitates neuronal differentiation and maturation (By similarity)

PMID 2001709 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位calbindin 2 位於突觸與樹突細胞突起,也見於 dendrioles。dendrioles 是小型樹突,構成單極刷狀細胞樹突末端的刷狀特化結構。推論支持
證據與來源

Synapse; Cell projection, dendrite; Located in dendrioles, small dendrites that makes up a brush structure found as the terminal specialization of a dendrite of a unipolar brush cell

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000302628 · 1,454 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1AGCGCGAGTGCCAGAGCCCAGCCGGCGCGGAGCGGGAGCG40
41GTGCAGGCTGAGGTCTCCGAGCGGCTCGCCATGGCTGGCC80
81CGCAGCAGCAGCCCCCTTACCTGCACCTGGCCGAGCTGAC120
121GGCGTCCCAGTTCCTGGAAATATGGAAGCACTTTGACGCA160
161GACGGAAATGGGTATATTGAAGGTAAAGAGCTAGAAAACT200
201TTTTCCAAGAGCTGGAGAAGGCAAGGAAAGGCTCTGGCAT240
241GATGTCAAAGAGTGACAACTTTGGAGAAAAGATGAAGGAG280
281TTCATGCAGAAGTATGATAAAAACTCAGATGGGAAAATCG320
321AGATGGCAGAGCTGGCGCAGATCCTGCCAACCGAAGAGAA360
361CTTCCTTCTGTGCTTCAGGCAGCACGTGGGCTCCAGCGCC400
401GAGTTTATGGAGGCTTGGCGGAAGTACGACACAGACAGGA440
441GTGGCTACATCGAAGCCAATGAGCTCAAGGGATTCCTGTC480
481AGACCTGCTGAAGAAGGCGAACCGGCCGTACGATGAGCCC520
521AAGCTCCAGGAATACACCCAAACCATACTACGGATGTTTG560
561ACTTGAACGGGGATGGCAAATTGGGCCTCTCAGAGATGTC600
601CCGACTCCTGCCTGTCCAGGAAAACTTCCTGCTTAAATTT640
641CAGGGCATGAAGCTGACCTCAGAGGAGTTTAACGCGATCT680
681TCACATTTTACGACAAGGATAGAAGCGGCTACATTGACGA720
721GCATGAGCTGGATGCCCTTTTGAAGGATCTGTACGAGAAA760
761AACAAAAAGGAAATGAATATTCAACAGCTCACCAACTACA800
801GAAAGAGCGTCATGTCCTTGGCAGAGGCAGGGAAGCTCTA840
841CCGCAAGGACCTGGAGATTGTGCTCTGCAGCGAGCCCCCC880
881ATGTAAAGTGGGGACGGGGGCTGCTTCTCCACCTCCCCCA920
921AACCCTGCTTCTGCTGCCCTGATGCGTCTACCCAGACTCA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。