基因總覽
CADPS 是位於人類第 3 號染色體的蛋白質編碼基因,正式名稱為 calcium dependent secretion activator。其產物為鈣離子結合蛋白,與神經細胞分泌囊泡的胞吐有關,可能參與成熟分泌囊泡的形成或維持。現有資料指出,它與神經傳遞物質及神經胜肽囊泡的分泌相關;具體作用方式及其在不同囊泡類型中的角色仍有不確定性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000383710 ★ | 62,398,348–62,875,416 | 30 |
| ENST00000612439 | 62,398,346–62,875,563 | 28 |
| ENST00000357948 | 62,398,346–62,875,563 | 27 |
| ENST00000283269 | 62,398,346–62,875,563 | 28 |
| ENST00000935174 | 62,398,346–62,875,563 | 27 |
| ENST00000951692 | 62,398,346–62,875,563 | 29 |
| ENST00000951693 | 62,398,346–62,875,563 | 28 |
| ENST00000951694 | 62,398,346–62,875,563 | 28 |
| ENST00000951695 | 62,398,346–62,875,563 | 29 |
| ENST00000951696 | 62,398,346–62,875,563 | 29 |
| ENST00001139283 | 62,398,346–62,875,563 | 30 |
| ENST00000473635 | 62,398,348–62,481,855 | 10 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CADPS 產物是鈣離子結合蛋白,參與裝載神經傳遞物質與神經胜肽的囊泡胞吐。它可能在囊泡與細胞膜融合之前作用,參與成熟分泌囊泡的形成或維持;資料亦指出其可調節致密核心囊泡(DCVs)的兒茶酚胺裝載。
一種可能的作用模式是,CADPS 作為 PtdIns(4,5)P2 結合蛋白,在 ATP 依賴的囊泡預備步驟之後、融合之前發揮作用,並參與 DCVs 與細胞膜的融合。依此推測,它可能特別參與大型致密核心囊泡及其他致密核心囊泡的鈣離子依賴性胞吐;不過,來源將這些作用描述為可能性,並非確定結論。
CADPS 也可能參與小型透明突觸囊泡(SVs)的胞吐,但目前不清楚這項作用是否與鈣離子觸發有關。因而,資料支持它與多類分泌囊泡胞吐相關,同時也保留了不同囊泡途徑及鈣離子作用關係尚未釐清的限制。
Promoter 與基因調控
>CADPS ENST00000383710 GRCh38 chr3:62875316-62876416 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CATAAATATAGGCGATGAAGTGGAGAGGTCTCTAGATAGCCTAAGTTCTGAAGGTGGCTGGCTGGTGGTT TGTTTTCATCCATCTGCGTGCGGGTCGCAGGTTACATTCAGCACGTTGGCCAGCTCCCTCGTTTACCAGG TTTACTGGCCTAAGTGAAAGGAGCACGGGGAAGGCAGGCACCATCTGCTGCTTTGTATTAATAGTTTACC CGAGAGGCAGGGGTGAACAGAGTGCGACAGTCGACGCATTAGATGTTGACGCCGCTGAGTTCTTAGGGTG TCTTTGTCTGATCGCGGGGTCCCCAAGCCTCCACCGAGCCAGAATGGAGGGAGGGTTAAGCAACCAGAAA CCCTTCTATTTTTCTGGTAGGCTCACCTCAGCAGAAAGCATTCCCAGGTCTTGGGAACTGAAGAAGATTC ATCATAGATTTTGGGGGTGGGGGTAGGCAAGGTCGGGGGCGCTACATAAATGGTTGAGTTGCCTGGTCGA AACACCAATCCATTCAAAATTTGATTCACTTTTATTTTAATTAGACTGGGCGCATGCGGAATAAGTTGCT GGAATCAGAGTTTACACAGGTGGGACAAACACGCTGCCCAGCCCCCACGCCCCCCACGCCCCAGGTGTAA AGAAGCCTGGGGAAAGGAGATGGACCCTTTCTTTCCCGTATAAGATCTCACGGACTTCCTCCTCCTAAGT AAGACCTCTCGATTTAGCGTCTCCAAACAGCCCGCTCGGCTGGTTTCTGGATTTCTCCCTCCCCCAAGAA CTTTTTGTCCGCGGGAGGGGAAAAGGGGTTGAGGCAATGAGAGCCAGATATCAACAAAAAAATTATCCAC GAAGCCGGCAGGGGAGGAGGGTGGCAAGGTATTGGGGTCAGAAGTACTGAGGCTCTGAGGACGCTCCGCG CTCTCCCCCCTCCAGCCCTCTGCAGCAGCCCTTTACGCCGCGGACACGGGAGAGTTAAGCCAATAAACAC GTAAGCGCCGCTCCCTCCCCAATCGGCAAGATGCCTCTTCGGCTCTTGGCTGCATCGACAGCTTGCAACA CTCGGCATCTTTTCTGGAGGCGCCTCCTTCAGCAGCCGCAGATGGCATCCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CADPS_2 ↗ | 3:62,875,360 | 負股 | 62,875,350–62,875,409 |
| CADPS_1 ↗ | 3:62,875,515 | 負股 | 62,875,505–62,875,564 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_9WXQN · enhancer · 62870383–62870649 · regulatory
ENSR3_5JR9SB · CTCF_binding_site · 62873771–62873792 · regulatory
ENSR3_BGGWJ · promoter · 62875019–62875691 · regulatory
ENSR3_5JRB3C · CTCF_binding_site · 62875075–62875096 · regulatory
ENSR3_9WXSC · enhancer · 62876002–62876433 · regulatory
· motif · 62873773–62873789 · motif
· motif · 62875077–62875093 · motif
· motif · 62875720–62875734 · motif
· motif · 62878099–62878113 · motif
· motif · 62878240–62878254 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1353 aa
CADPS 蛋白長 1,353 個胺基酸,含有 C2、PH 與 MHD1 結構域。資料註記第 1–109 位及第 1,329–1,353 位為無序區。第 790–1,129 位區域與 DRD2 互作;第 1,177–1,353 位區域則被註記為介導其靶向致密核心囊泡及與之結合。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CADPS 與囊泡相關,並在突觸分餾中高度富集;其偏好結合致密核心囊泡,而非突觸囊泡。 它對磷脂醯肌醇類具有結合能力,且對 PtdIns(4,5)P2 的選擇性高於 PtdIns(3,4,5)P3。 資料推測 CADPS 與 CADPS2 可能定位於不同囊泡。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Synapse。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- FAM9BQ8IZU0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SDCBPO00560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF572Q7Z3I7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
CADPS 被註記可形成同源二聚體,並與 RASL10B 互作;前兩項關係均標示為依相似性推定。此外,資料指出 CADPS 與多巴胺受體 DRD2 互作。來源未提供這些關係是否構成同一複合體的資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CADPS 產物是鈣離子結合蛋白,參與神經傳遞物質與神經胜肽囊泡胞吐,可能在成熟分泌囊泡形成或維持及囊泡融合前發揮作用,並調節 DCVs 的兒茶酚胺裝載。它可能透過結合 PtdIns(4,5)P2 參與預備後的融合步驟;亦可能參與小型透明 SVs 胞吐,但其是否涉及鈣離子觸發尚不清楚。 | 推論支持 | 證據與來源Calcium-binding protein involved in exocytosis of vesicles filled with neurotransmitters and neuropeptides. Probably acts upstream of fusion in the biogenesis or maintenance of mature secretory vesicles. Regulates catecholamine loading of DCVs. May specifically mediate the Ca(2+)-dependent exocytosis of large dense-core vesicles (DCVs) and other dense-core vesicles by acting as a PtdIns(4,5)P2-binding protein that acts at prefusion step following ATP-dependent priming and participates in DCVs-membrane fusion. However, it may also participate in small clear synaptic vesicles (SVs) exocytosis and it is unclear whether its function is related to Ca(2+) triggering (By similarity) |
| 交互作用 | CADPS 被描述為可形成同源二聚體,並與 RASL10B 互作;這兩項關係均標示為依相似性推定。資料另指出 CADPS 與多巴胺受體 DRD2 互作,但未說明這些分子是否共同形成複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer (By similarity). Interacts with RASL10B (By similarity). Interacts with the dopamine receptor DRD2 PMID 15857609 ↗ |
| 細胞定位 | CADPS 與囊泡膜相關,在突觸分餾中高度富集,且偏好結合致密核心囊泡而非突觸囊泡。它能結合磷脂醯肌醇類,對 PtdIns(4,5)P2 的選擇性高於 PtdIns(3,4,5)P3;另推測其囊泡定位可能不同於 CADPS2。 | 推論支持 | 證據與來源Synapse; Cytoplasmic vesicle, secretory vesicle, neuronal dense core vesicle membrane / Peripheral membrane protein; Membrane-associated to vesicles. Strongly enriched in synaptic fractions. Preferentially binds to dense core vesicles but not to synaptic vesicles. Binds phosphoinosides, with a strong selectivity for PtdIns(4,5)P2 over PtdIns(3,4,5)P3. Probably localizes to different vesicles compared to CADPS2 |
核酸與蛋白質序列
AATCGGCAAGATGCCTCTTCGGCTCTTGGCTGCATCGACA40GCTTGCAACACTCGGCATCTTTTCTGGAGGCGCCTCCTTC80AGCAGCCGCAGATGGCATCCGGCTGCGGGCTCGGGGCTCG120CAATTGATTCTCCCCCTTGCCCACCTCGAGTCCACGGACG160CACCTCTCCCTTCCCCTCCTCCCTTCGCGCTTCTGGGTCT200GAGCCCAGCTCGCGACCGCCGGGCAGAGGATCAGTCGCGG240CGGCCGAGGCTGAGCAGCAGCGCTCTCGCTCCCTGACCTG280GGGAGAAGCGCCCACCCGGGAGAGCTGATCCCCGGCTGCC320TCCAGCGCCCCCCACCTTTTGCACTCCAAGCCGGGGGCTC360CAGAGACCCCGCTCCCCAGGCGCCACTATGCTGGACCCTT400CGTCCAGCGAAGAAGAATCGGATGAGATCGTGGAGGAGGA440GAGCGGCAAGGAGGTGCTCGGCTCGGCCCCGTCCGGCGCG480CGCCTGTCTCCCAGCCGTACCAGCGAGGGCTCGGCCGGCA520GCGCCGGGCTGGGGGGCGGCGGCGCCGGCGCCGGAGCCGG560GGTGGGTGCAGGCGGCGGCGGGGGCAGCGGCGCGAGCAGC600GGCGGCGGGGCCGGGGGGCTGCAACCCAGCAGCCGCGCTG640GCGGCGGCCGGCCCTCCAGCCCCAGCCCGTCGGTGGTGAG680CGAGAAGGAGAAGGAAGAGTTGGAGCGGCTGCAGAAAGAG720GAGGAGGAGAGGAAGAAGAGGCTGCAGCTGTATGTGTTCG760TGATGCGCTGCATCGCCTACCCCTTTAATGCCAAGCAGCC800CACCGACATGGCTCGCCGGCAGCAGAAGATCAGCAAACAG840CAGCTGCAGACAGTCAAGGACCGGTTTCAGGCTTTCCTCA880ATGGGGAAACCCAGATCATGGCTGACGAAGCCTTCATGAA920CGCTGTGCAGAGTTACTATGAGGTGTTCCTGAAGAGCGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。