演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

CABP5CaBP3

calcium binding protein 5

CABP5(calcium binding protein 5)是蛋白質編碼基因;其產物與 L 型鈣離子通道調控及光訊號傳遞有關,部分功能為相似性推定。

Homo sapiens19q13.33UniProt Q9NP86
OFFICIAL SYMBOL
CABP5
CHROMOSOME
19
UNIPROT
Q9NP86
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

CABP5 的正式名稱為 calcium binding protein 5,屬於蛋白質編碼基因。現有資料將其產物描述為參與鈣離子相關調控的蛋白質,並列出與光訊號傳遞、神經傳導物質囊泡運輸及神經突延伸相關的可能功能。這些功能資訊均標示為依相似性推定;因此,對其生物學角色的描述應保留推論性質。

Official symbol
CABP5
Gene name
calcium binding protein 5
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13714
UniProt
Q9NP86
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
CaBP3CABP3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919q13.33
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25CABP5pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr19:48,029,383–48,044,079
Gene span
14,697 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000293255 ★48,029,383–48,044,0796

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

CABP5 的功能註解指出,它可抑制 L 型鈣離子通道的鈣依賴性失活,並使通道活化的電壓依賴性移向較去極化的膜電位。這表示 CABP5 與通道對鈣離子及膜電位變化的反應調節有關;來源未提供更詳細的作用步驟,且此功能是依相似性推定。

CABP5 也被註記為參與光訊號傳遞,同樣屬於相似性推定。資料未進一步說明它在訊號傳遞中的位置或具體分子機制,因此不能據此推演其與其他光訊號因子的關係。

此外,CABP5 可能以依賴鹽條件的方式正向調節神經傳導物質囊泡的內吞與胞吐。這項註記指出調節方向及其條件,但沒有列出鹽的種類、實驗系統或囊泡運輸的具體變化;其可能性亦為依相似性推定。

資料另指出 CABP5 可能參與神經突的延伸及網絡組織。此描述涉及神經突形態與網絡形成,但未提供相關細胞情境或作用機制,且仍屬相似性推定。整體而言,現有功能註解涵蓋離子通道調節、光訊號傳遞、囊泡運輸及神經突組織等面向,來源所列功能均不應視為已在此處直接確立。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 48044079 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>CABP5 ENST00000293255 GRCh38 chr19:48043979-48045079 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCCCACCATCTCCAGCCCCAACACCCTGGGTCATGCTGCCCCTCTATGTGGACTTCTCCTCACCCCACTA
CCCCACTGGAATGCTGGCTCTCCACGCCAGATGGCCCCCAGCCCCCTCCTCCCCTAACCCTACCTAGTGT
GGAGTCGCAAAACCCCTTTGGGCTTTGACACCACCATAACTTCACACCCTCCCTGACACCCCCACCTTGC
TTTTTCCCTCTAAATCATTCAGGAAAGACAGAAGGAAAGAGATGAACAGAGGAAGAGCAAATGCCATGCT
CTTAGTCACCGTGTACGCCCACTTCCTGAAGTCCATGCTTGCATCCTGCTCACTCTCACACATTCCCGAC
TCACCCAGGAAAACTCCCTGAGGCCAGGGGTGCTGAGCTCTCCATCTCACTGCCCAGAGGCCAGTGTTGG
AGTGACCCTTCACATGCTTGTTGGAACATTGAATAAATGATGCCGTCTGCTCTAATCCTCCATTTTCTTT
TCTTTTTTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTCGAGACAGGGTCTCACTATGTCAGCCAGGCTGGAGTACAATG
GTGCAATCGTAGTTCACTGCAGCCTGGAGTGCAATGGTACAATCATAGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCT
GGGCTCAAGCAATCCTCCCATCTCTGCCTTTGGAGCAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCACGG
CTAATTTTTTTATTTTTTGTAAAGACAGCCTCTCCGTATGTTGCTCAGCTGGTCTCAAACTCCTGGGCTC
AAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAAGCGCTGGGACTACAGACATGAGCACCACATCCAGCCTCTAA
TCCCCATTTATAAAATGCACTTTCCAATTCCACTCTGGGGATAAAGGCGTCACAGAACCTGACTCTGCAT
TTCCCCACCCATATCATTCAAGCCAGATGGGGAGGCAGGGACAGCTCTGGTCCCTCCCCAACCCGGGTAG
AGATTTCCAGCCCAGCTGTCACAGCTCTAAGACACCGGGACCGAAGGAGAAGCCAAGAGAGGCAGGAAGA
GGTGGCAAAGGAGTGCTGGAGAAGATAAGGAGGCTGAGCTCCGACAGGGAG
CABP5 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
CABP5_1 ↗19:48,044,069負股48,044,059–48,044,118

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:173 aa

1 aa173 aa結構域
依 Q9NP86 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

calcium binding protein 5 的蛋白質長度為 173 個胺基酸,序列註解列有四個 EF-hand 結構域:EF-hand 1 位於第 28–63 個胺基酸,EF-hand 2 位於第 82–99 個胺基酸,EF-hand 3 位於第 105–140 個胺基酸,EF-hand 4 位於第 142–173 個胺基酸。

結構域EF-hand 128–63 aa
結構域EF-hand 282–99 aa
結構域EF-hand 3105–140 aa
結構域EF-hand 4142–173 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9NP86…

AlphaFold · Q9NP86

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm

資料將 CABP5 的細胞內定位標示為細胞質;來源未提供定位隨條件改變或不同異構型之間差異的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 36 個夥伴 · 最多顯示 50 個
CaBP3CABP5ACOT11ANKRD55CADPSCEP76CT55DDIT4LIKZF3INCA1LNX1LZTS2MEI4NME4PAX4PSMA1RELSDCBPSQORTCF4TLE5TNNI1VPS52ZBTB42ZC2HC1CZKSCAN4ZNF169ZNF223ZNF229ZNF280AZNF398ZNF474ZNF559ZNF620ZNF664ZNF669ZNF835ZNF844
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 36 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

CABP5 與 CACNA1C 的互作為鈣依賴性,並透過 CACNA1C 的 C 端 CDB motif 發生。資料也列出 CABP5 與 STXBP1 及 MYO6 互作,但未說明這兩項互作的條件或機制。來源僅描述互作,未指出這些蛋白形成共同複合體。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能CABP5 被描述為可抑制 L 型鈣離子通道的鈣依賴性失活,並使通道活化的電壓依賴性移向較去極化的膜電位;資料亦指出它參與光訊號傳遞。CABP5 可能依鹽條件正向調節神經傳導物質囊泡的內吞與胞吐,並可能參與神經突延伸及網絡組織。上述功能均為依相似性推定。推論支持
證據與來源

Inhibits calcium-dependent inactivation of L-type calcium channel and shifts voltage dependence of activation to more depolarized membrane potentials (By similarity). Involved in the transmission of light signals (By similarity). May positively regulate neurotransmitter vesicle endocytosis and exocytosis in a salt-dependent manner (By similarity). May play a role in the extension and network organization of neurites (By similarity)

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用CABP5 與 CACNA1C 的互作具有鈣依賴性,並透過 CACNA1C 的 C 端 CDB motif 發生。資料另列出 CABP5 與 STXBP1 及 MYO6 的互作;這些互作資訊為依相似性推定。推論支持
證據與來源

Interacts with CACNA1C (via C-terminal CDB motif) in a calcium-dependent manner (By similarity). Interacts with STXBP1 (By similarity). Interacts with MYO6 (By similarity)

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位CABP5 的細胞內定位註記為細胞質。含實驗來源
證據與來源

Cytoplasm

PMID 19338761 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000293255 · 1,853 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACAGCTCTAAGACACCGGGACCGAAGGAGAAGCCAAGAGA40
41GGCAGGAAGAGGTGGCAAAGGAGTGCTGGAGAAGATAAGG80
81AGGCTGAGCTCCGACAGGGAGCAGGGAGGAGGGGCCATCT120
121TGAGACTGGTGCCCTGCGAGCTCCACCCCACCCCTCCATG160
161CAGTTCCCCATGGGCCCCGCCTGCATCTTCTTGAGGAAAG200
201GCATTGCTGAGAAACAGCGGGAAAGACCACTGGGACAAGA240
241TGAGATTGAAGAGCTGCGGGAAGCATTTCTTGAGTTCGAT280
281AAGGACCGAGATGGGTTCATCTCTTGTAAGGATCTGGGGA320
321ATCTCATGAGGACGATGGGTTACATGCCCACGGAGATGGA360
361ACTGATTGAGCTCGGCCAGCAAATCCGCATGAACCTGGGT400
401GGCCGTGTAGACTTTGATGACTTTGTGGAGCTGATGACCC440
441CCAAATTGCTTGCAGAAACAGCTGGGATGATCGGTGTCCA480
481GGAGATGCGGGATGCCTTCAAGGAGTTTGACACGAATGGA520
521GATGGGGAGATCACCCTGGTGGAGCTACAGCAGGCCATGC560
561AGAGACTCCTGGGGGAGCGGCTCACCCCCCGGGAGATCTC600
601TGAGGTTGTCCGGGAGGCTGATGTTAATGGAGACGGCACA640
641GTTGACTTTGAAGAGTTTGTGAAGATGATGTCTCGCTGAG680
681GAGGTCCTGGAAGCTCCAGACCCTCTCCACCTGGTCAACA720
721TGGAGCAAGCGCTTGTGGAGAACCAAAGCCCAAAAGCCCC760
761AGATCCCCTTAAAGCAGAGAGGGAGGGCAGGCGGGAGGGA800
801GGGCATTGGCATGCGGCGCTGTGCATGGGGTGAGACCCAG840
841AGCGGTATCTTTGCCAGGATGGGGGCGTCTGCAGAACTAG880
881ATTAAGAAGGAAGAGTCTGTGGATGGAAATAGGAAGCGTG920
921GGAGGGTCCAGTTGCCACCCCCAAAAATTCCAATGATTCT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。