基因總覽
CA5AP1 是人類假基因（pseudogene），正式名稱為 carbonic anhydrase 5A pseudogene 1。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 16p11.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000568175 ★ | 29,618,785–29,636,328 | 5 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
Promoter 與基因調控
>CA5AP1 ENST00000568175 GRCh38 chr16:29636228-29637328 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCCCACGTGTCAGGAGAAGGAAGCTCCTGGGAGGCTGCACCTGGCACTGTGCCATGGAGAGGGGCACCCC AAGGCCTGCAGGTGGAGAGCGCTGACTCCAAGGTGAGTGTTTAGGGTGACTTAGGACGGAAGGAGTGTTC CAATAAAAGCTGGCCCTGTGGTGGGCCTAGATTAAGCAGGGACTGCCAGAGATCAGGACTGATGCTATAG CTCAGGGTCTGCTTATTTAAAAACCTTGCTCACCCAGGAGCGGTGGCTCACACCTGTCATCCCAGCACTT TGGGAGGCAGAGGCGAGTGGATCACCTGAGATCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACC CCGTCTCTACTTAAAATACAAAAATTGGCTTGGCCTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGA GGCTGGGGCAGGAGAATCACTAGAACCCAGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCATTGTACT CCAGCCTGGGCAATAGAGTAAGATTCTGTCTTAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACTT TGCTCATTGTGTTATTTTATAATGTTATTTGGTGATAGGATTTAAGCTGCTTTTAAAAAATATTTGGAAG ACATCTTTTTTTTTTAAATTAAAGTCTGGAAATCTTATAGGACAGGCAGGCATCTCAGAAACTTTCTTTA CCGATTTCTGCCTGCAGGGAGATGAGGCCCTCACCACCACCCAGTGGCAGCACTGGGACCCTGCCTTCAT TCCACATTTACTGTGAACCTCTGGGCAGGCGCTGGGCTGGCGGGGGGCAGAGTGAATGGGACAGACAGAG CCCACCTTTCACGGAGCCCACCTTTGGCTTGTCACTTCAACCATACAGCAACCCCTTGCGAGTGAACTCA TATAACCCTAATGTAGACAATGCCTCAGGTAACACCACAGCTCAACAAACAGACAAAATGACACACACGT CTCGCTGCCTTTATTTCCAGGAATTAGTGGCGGGCCCTTGGAAAACCACTACAGACTGAAGCAATTTCAC TTCCACTGGGGAGCAGTGAACGAGGGGGGCTCAGAGCACACAGTGGACGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_9FQL8 · enhancer · 29635814–29636198 · regulatory
ENSR16_8TJ7R · enhancer · 29636461–29636666 · regulatory
ENSR16_58Z7PF · CTCF_binding_site · 29636578–29636599 · regulatory
ENSR16_9FQMH · enhancer · 29640196–29640495 · regulatory
· motif · 29635243–29635255 · motif
· motif · 29636580–29636596 · motif
基因座與轉錄註解
CA5AP1 依 HGNC／Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000568175 ★ | transcribed_unprocessed_pseudogene | 576 nt | 5 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
GAATTAGTGGCGGGCCCTTGGAAAACCACTACAGACTGAA40GCAATTTCACTTCCACTGGGGAGCAGTGAACGAGGGGGGC80TCAGAGCACACAGTGGACGGCCACGTGTACCCCGCAGAGC120TGCATTTAGTTCACTGGAATTCTGTGAAATACCAAAATTA160CAAGGAAGCTGTCGTGGGAGAGAATGGTTTCTGTGATAGG200CGTGTTTTTAAAGCTCGGGGCCCATCATCAGATGCTGCAG240AGGCTGGTGGACGTCTTGCTGGAAGTAAAACATAAGGACG280CGCGGGCGGCCATGCGCCCCTTCGACCCCTCCGCTCTGCT320GCCCACCTGCTGGGATTACTGGACCTATGTGGGCTCGCTC360ACCACCCCGCCGCTGACCGAGTCGGTCACCTGGATCATCC400AGAAGGAGCCCGTTGAAGTGGCCCCAAGCCAACTCTCTGC440ATTTCGTACTCTCCTGTTTTCTGCACTTGGTGAAGAGAAG480AAGATGACGGTGAACAACTATCGTCCACTTCAACCCCTGA520TGAACTGGAAGGTCTGGGCGTCCTTCCAGGCCACTAATGA560GGGCACAAGATCCTAG576cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。