基因總覽
CA11 的正式名稱為 carbonic anhydrase 11 (inactive),是一個蛋白質編碼基因,其產物屬於 alpha-carbonic anhydrase 家族。這個家族歸屬反映其蛋白質具有相關家族的結構特徵;不過,CA11 的產物不具催化活性,因此不能僅憑家族名稱推定它具有活性的碳酸酐酶功能。其序列包含 alpha-carbonic anhydrase 結構域,並帶有 N 端訊號序列。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000084798 ★ | 48,637,946–48,646,187 | 9 |
| ENST00000901033 | 48,637,946–48,646,386 | 9 |
| ENST00000901034 | 48,637,946–48,646,386 | 9 |
| ENST00000901035 | 48,637,946–48,646,386 | 9 |
| ENST00000901036 | 48,637,946–48,646,386 | 9 |
| ENST00000901037 | 48,637,946–48,646,386 | 9 |
| ENST00000994960 | 48,637,946–48,646,386 | 9 |
| ENST00001143204 | 48,637,946–48,646,386 | 9 |
| ENST00000596080 | 48,638,022–48,639,459 | 4 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CA11 的蛋白質產物不具有催化活性。這是目前來源所支持的主要功能資訊;資料未進一步說明其是否參與其他生物學過程,或是否具有非催化性的作用,因此不宜由其家族歸屬推論額外功能。
Promoter 與基因調控
>CA11 ENST00000084798 GRCh38 chr19:48646087-48647187 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACCCCATCTCTTCTCCCCAAATACAAAAATGTGGTGTCTCTCTCTGTCTTTGGATCGCTCTTTCTCTCTT TTTGTCTCTCCCCACCCCATCTGCTGCTTGGTCTCTGAGTTTCTGTCTATCTCTAAGTGTGTGTCTCTAT GTCTCCATGTCTGTCTCGCTGCGTCTCTGTATCTCCTTTTCTGCCTCTATCTGTATCTCTCTCATTCATT CCTTCCTCTCTCCCTCCCCCTCCTCCTCTCCCTCCTCCCCCTCCTCTCCCTCCCCCTCCTCTCCCTCCTC CCCCTCCTCCTTCACCTCCTCCCCCTCCTCCTCACTCCTGCCTGGCGGTTTGTTCTTGCCTCTCTAACCT TCTGTCCCTCCGCCCTTCCTCTCCGTATCCATCTCAGGCTCCCTTCCCCTCCCCAGCCTACGCAGATGTG GGTCCTCACCTCCCGCTCTCCGCCTCTGCCCTCCCGGCTCCTCCTCCCCGCCCCTCTCTCCCTCGCCAGG TCTCTGCCTCCCCCTCCAGGCGAGCAGCCCTCACTGCACTTCAGGCTCCTAGGGGATCCCCCGGCCCCGT TAAGGCAGCCCCAGGCAGAGACCCAGTGGAGCCCTGGGGCGGGGAAGGGGGGCTGCGGGCGCTGGGGCGG CTCCAACCTGGGTCCCAGCGAGCAGGGGGACCCTGCATCCGCCAAGGCCGGCGGCCCCCAGCATGGAGAC TTCCGAAGCCACTCCCAGCTCCACCTTAAGCGCCCCCCCTTCCCCTTGCTGCGGAGGATGGAAACAGCCT GCTCCCGGCCCCAGGTGTCCCGGCCACCCCCGCCCGCGTGGCCCCAGCGCGGCTGGGAGCCGAGGACCAG CCCCCTACCTCCTTCCGAATCCTGCCCTTTCGCACATCCCACCCCAAGCCAACCCGAGGAGTGTTTGCCG CTATGAGATCACCTGCTCCCCCAGCCCAACAACAAAATTAAATAACACCACGGGAGAGGAGAGAGGGAGG GGGAGGAGGGAGGAAGGGACAAGAGAGAAGAGAGACTGAAACAGGGAGAAGAGGCAGGAGAGGAGGAGGT GGGGAGAGCACGAAGCTGGAGGCCGACACTGAGGGAGGGCGGGAGGAGGTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CA11_1 ↗ | 19:48,646,070 | 負股 | 48,646,060–48,646,119 |
| CA11_2 ↗ | 19:48,646,396 | 負股 | 48,646,386–48,646,445 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9PBBX · promoter · 48646177–48646677 · regulatory
ENSR19_BCMNF · enhancer · 48649247–48649883 · regulatory
· motif · 48645145–48645156 · motif
· motif · 48645170–48645180 · motif
· motif · 48645666–48645676 · motif
· motif · 48645954–48645964 · motif
· motif · 48646343–48646353 · motif
· motif · 48646382–48646395 · motif
· motif · 48646713–48646723 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:328 aa
CA11 蛋白質長 328 個胺基酸,具有位於第 1–23 個胺基酸的訊號序列,以及位於第 33–303 個胺基酸的 Alpha-carbonic anhydrase 結構域。第 299–328 個胺基酸區段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CA11 被註記為分泌型蛋白質;來源未提供其定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AAGAGAGAAGAGAGACTGAAACAGGGAGAAGAGGCAGGAG40AGGAGGAGGTGGGGAGAGCACGAAGCTGGAGGCCGACACT80GAGGGAGGGCGGGAGGAGGTGAAGAAGGAGAGAGGGGAGA120AGAGGCAGGAGCTGGAAAGGAGAGAGGGAGGAGGAGGAGG160AGATGCGGGATGGAGACCTGGAGTTAGGTGGCTTGGGAGA200GCTTAATGAAAAGAGAACGGAGAGGAGGTGTGGGTTAGGA240ACCAAGAGGTAGCCCTGGGGGCAGCAGAAGGCTGAGAGGA280GTAGGAAGATCAGGAGCTAGAGGGAGACTGGAGGGTTCCG320GGAAAAGAGCAGAGGAAAGAGGAAAGACACAGAGAGACGG360GAGAGAGAAGAAGAGTGGGTTTGAAGGGCGGATCTCAGTC400CCTGGCTGCTTTGGCATTTGGGGAACTGGGACTCCCTGTG440GGGAGGAGAGGAAAGCTGGAAGTCCTGGAGGGACAGGGTC480CCAGAAGGAGGGGACAGAGGAGCTGAGAGAGGGGGGCAGG520GCGTTGGGCAGGGGTCCCTCGGAGGCCTCCTGGGGATGGG560GGCTGCAGCTCGTCTGAGCGCCCCTCGAGCGCTGGTACTC600TGGGCTGCACTGGGGGCAGCAGCTCACATCGGACCAGCAC640CTGACCCCGAGGACTGGTGGAGCTACAAGGATAATCTCCA680GGGAAACTTCGTGCCAGGGCCTCCTTTCTGGGGCCTGGTG720AATGCAGCGTGGAGTCTGTGTGCTGTGGGGAAGCGGCAGA760GCCCCGTGGATGTGGAGCTGAAGAGGGTTCTTTATGACCC800CTTTCTGCCCCCATTAAGGCTCAGCACTGGAGGAGAGAAG840CTCCGGGGAACCTTGTACAACACCGGCCGACATGTCTCCT880TCCTGCCTGCACCCCGACCTGTGGTCAATGTGTCTGGAGG920TCCCCTCCTTTACAGCCACCGACTCAGTGAACTGCGGCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。