基因總覽
C6orf15 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 chromosome 6 open reading frame 15。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 6p21.33。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000259870 ★ | 31,111,223–31,112,575 | 2 |
| ENST00001140139 | 31,111,223–31,112,582 | 2 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>C6orf15 ENST00000259870 GRCh38 chr6:31112475-31113575 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAAGATGTCCACATCCTAATCCCTGGAACGTAGGAATTAGGTTACATGGCAAAGGGAAATTAAGGTTCCA GATGGGATTAAGGTTGCTATTCGGCTGACTTCACAGAGATTATCATGGATTATTCAGGTGGGTCCAGTGT AGTCACCAGGTCCCTTAATGTGGACATGGGAGGCAGAAGAGGAAGTCTGAGTGATACAGTGTAAGAAATG GCTGATTTTGGCTTTGGAGATGGAGGAAGGGGACCATGAGCCAAAGAACACAGGATGCCTCTAGAAGGTG AAAAAGCAGGGAAAGGGATTTTCCCCTGAGGCCCCCAGAAAGAATCACAGCCCTGCTGACACCTTTATTT TAATCCACTGAGACCTGTTTTAGACTTCTGATCTCCAAAACTGTAAAGTAATAAATCCATGTTGTTGTAA GCCATTCGGTTCATGGTAATTTGTCACTGCAGCAGCAGGAATTAGTCAGTATCTCATAAGGATGGCATCC AGGTCCATTTCCCTAGCTAGATCCAGGGTCTCATGTAGGAGCAGCTCCTCAGATGGGGCCACTTCTGCAC CCCAGAACCTCCTGCAGGTTGGGGCCAAGGTGAAGGAGATATGAGGATGCATGAGAAAGGGGTGCTGGGA GGAAACAATCCAGCTCCCAAAAAGAAACAAGTGTTTCTGTTGCTGAGAGAGGCAATTAAGAGAGTGGGAC CCCAGGGTGGAGGTCCTTGTGTATAGAGAAGCAGGGCTGGGGAGGCTGGCAACCAGGGATGAGCTGTGAG CCAGGACACCTGGGCCAAGAAGGGGCAGGGAGGTCAAGGAAAGGAGCCAGGGCGGGAGACACCCAGCTTC CTCTGGGACATTCATTCAAGTGACACCTGTTGCCACAGACCACATTAGGAATGAGGGTGGAATGTGGAGG TTTATTGTCTTCACAACCACTAGCCCAGCCTGTTTCTGCTGTCCCCCACCCCACTACCAGGATAAAGGGC TGGCTGTCTTGGGGCTGAGGGAGATCGGGTGCTGAGCAGGATGCAGGGCCGCGTGGCAGGGAGCTGCGCT CCTCTGGGCCTGCTCCTGGTCTGTCTTCATCTCCCAGGTATGGAGGCCGTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| C6orf15_1 ↗ | 6:31,112,574 | 負股 | 31,112,564–31,112,623 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:325 aa
C6orf15 蛋白質長 325 個胺基酸,序列註解標示第 1–26 位為訊號序列;第 41–110 位與第 147–189 位則各有一段無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
C6orf15 被註記為分泌至細胞外空間,並位於細胞外基質。 來源未提供定位變化的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- KRTAP6-2Q3LI66 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PROP1O75360 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBQLN2Q9UHD9 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- VENTXO95231 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YTHDF1Q9BYJ9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
C6orf15 與多種細胞外基質蛋白質結合。來源未列出具體的結合對象,也未說明結合條件或其功能後果。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GAGATCGGGTGCTGAGCAGGATGCAGGGCCGCGTGGCAGG40GAGCTGCGCTCCTCTGGGCCTGCTCCTGGTCTGTCTTCAT80CTCCCAGGCCTCTTTGCCCGGAGCATCGGTGTTGTGGAGG120AGAAAGTTTCCCAAAACTTGGGGACCAACTTGCCTCAGCT160CGGACAACCTTCCTCCACTGGCCCCTCTAACTCTGAACAT200CCGCAGCCCGCTCTGGACCCTAGGTCTAATGACTTGGCAA240GGGTTCCTCTGAAGCTCAGCGTGCCTGCATCAGATGGCTT280CCCACCTGCAGGAGGTTCTGCAGTGCAGAGGTGGCCTCCA320TCGTGGGGGCTGCCTGCCATGGATTCCTGGCCCCCTGAGG360ATCCTTGGCAGATGATGGCTGCTGCGGCTGAGGACCGCCT400GGGGGAAGCGCTGCCTGAAGAACTCTCTTACCTCTCCAGT440GCTGCGGCCCTCGCTCCGGGCAGTGGCCCTTTGCCTGGGG480AGTCTTCTCCCGATGCCACAGGCCTCTCACCCAAGGCTTC520ACTCCTCCACCAGGACTCGGAGTCCAGACGACTGCCCCGT560TCTAATTCACTGGGAGCCGGGGGAAAAATCCTTTCCCAAC600GCCCTCCCTGGTCTCTCATCCACAGGGTTCTGCCTGATCA640CCCCTGGGGTACCCTGAATCCCAGTGTGTCCTGGGGAGGT680GGAGGCCCTGGGACTGGTTGGGGAACGAGGCCCATGCCAC720ACCCTGAGGGAATCTGGGGTATCAATAATCAACCCCCAGG760TACCAGCTGGGGAAATATTAATCGGTATCCAGGAGGCAGC800TGGGGAAATATTAATCGGTATCCAGGAGGCAGCTGGGGGA840ATATTAATCGGTATCCAGGAGGCAGCTGGGGGAATATTCA880TCTATACCCAGGTATCAATAACCCATTTCCTCCTGGAGTC920CTCCGCCCTCCTGGCTCTTCTTGGAACATCCCAGCTGGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。