演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

C2CD2TMEM24L

C2 calcium dependent domain containing 2

C2CD2 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens21q22.3UniProt Q9Y426
OFFICIAL SYMBOL
C2CD2
CHROMOSOME
21
UNIPROT
Q9Y426
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

C2CD2 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 C2 calcium dependent domain containing 2。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 21q22.3。

Official symbol
C2CD2
Gene name
C2 calcium dependent domain containing 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:1266
UniProt
Q9Y426
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
TMEM24LDKFZP586F0422C21orf258C21orf25

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2121q22.3
chr21 · 46,709,983 bp · GRCh38chr21p13 · 1–3100000 · gvarchr21p12 · 3100001–7000000 · stalkchr21p11.2 · 7000001–10900000 · gvarchr21p11.1 · 10900001–12000000 · acenchr21q11.1 · 12000001–13000000 · acenchr21q11.2 · 13000001–15000000 · gnegchr21q21.1 · 15000001–22600000 · gpos100chr21q21.2 · 22600001–25500000 · gnegchr21q21.3 · 25500001–30200000 · gpos75chr21q22.11 · 30200001–34400000 · gnegchr21q22.12 · 34400001–36400000 · gpos50chr21q22.13 · 36400001–38300000 · gnegchr21q22.2 · 38300001–41200000 · gpos50chr21q22.3 · 41200001–46709983 · gnegC2CD2pq1 bp46,709,983 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr21:41,885,111–41,954,022
Gene span
68,912 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000380486 ★41,885,112–41,954,01814
ENST0000032962341,885,111–41,926,69013
ENST0000089079141,885,111–41,954,01813
ENST0000103152141,885,111–41,954,01814
ENST0000113141141,885,111–41,954,01814
ENST0000044916541,885,112–41,901,6523
ENST0000111574741,901,475–41,954,01812
ENST0000111108341,908,685–41,954,0188
ENST0000111574841,911,389–41,954,0186
ENST0000111108541,911,696–41,954,0187
ENST0000111574941,915,808–41,954,0185

顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 41954018 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>C2CD2 ENST00000380486 GRCh38 chr21:41953918-41955018 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CACACGTACACACACCCATGCACCACACCGACACCACACACGCACCACACCACATGCACCACGCTTACAC
ATCACACACACACACCACACACACACACCACACACACTGCACTTATACATCACACATACACACCCATGCA
CCACCATACACACTCGCACCATCCTGTGCACCACACACCACACACATACACCACATGCTGTGCACTTACA
CATCACACGTACACACACCCATGCACCACACCGACACACCACACACGCACCACACCACATGCACCACGCT
TACACATCACACACACCACATGCACCACACTGGCACGCAACACACATACCACACCACATGCACCACGCTT
ACACACACACCACACCCATGCACCACACATACACACTCACACCATCCTGTGCACCACACACCACACCCAC
AACACATCACACCACATGCGCCACACACATCACACCACATGCACCCCCGCCCCACCCGCACACTGAATGA
ATGACACAGCCACACAGAAGGCAGGGCCTGGGCCTGGTGCTGAGCCCCTCCTTGCCTCTGAGAAGCACGC
CCCCTAAGGCAGGCCCAGCCCCTGGCTCCAGGGGCAGCCACGGATTTCCAGGGACTTTCCGAGGACTGAG
CCTGGATCCTGTCTCGCTGGCGAGCAAATGGCAGTCCTCGAAATCACCCTGACTGCGCGCTGTGCACACG
CACACTCACACATGTGCACACACACGCACTTGTGCAAGCGCGCACACGAGCCAAGCCAAGCAGCCGCACA
GCAGCCGCCGGGGTTGGGCTGATGAATCCGGAGGCCCGGGTCACCTCGCGGCCCGCGGGCAGGCGCCGGA
GGGGCGGGCGACGCGCGCACGTGGCGGGGCCGGGAAGGCCGGGCCTTTAGGGGGGCGGGGGCACGCCGCG
TTGGGAGCAGGGGGGAGGACTGCGGCCCCCGCAGGCCCGGCCGCGCCCCCTCCCTCGGGCACCGCCCCCG
CCCCGCCCCGCCCCGCGGCCAGAGCCTCCTCCGGCCACCGCTGGGCCGCGGGCGGGACGCCCGGGGCGGC
GCGCGCAGGAGGAAGCGCGGCCCGCAGCGGCCCAGGAACTTCCCAGACGCC
C2CD2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
C2CD2_2 ↗21:41,926,691負股41,926,681–41,926,740
C2CD2_1 ↗21:41,953,952負股41,953,942–41,954,001

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR21_9LMKM · enhancer · 41950985–41951341 · regulatory

ENSR21_5CTFM7 · CTCF_binding_site · 41953285–41953306 · regulatory

ENSR21_9LMLJ · promoter · 41954008–41954508 · regulatory

ENSR21_9LMM5 · enhancer · 41956094–41956538 · regulatory

ENSR21_C66F5 · enhancer · 41956978–41958745 · regulatory

ENSR21_5CTGGJ · CTCF_binding_site · 41958102–41958123 · regulatory

ENSR21_5CTGHB · CTCF_binding_site · 41958270–41958291 · regulatory

· motif · 41951894–41951906 · motif

· motif · 41952013–41952025 · motif

· motif · 41952015–41952022 · motif

· motif · 41953287–41953303 · motif

· motif · 41953750–41953763 · motif

· motif · 41953784–41953797 · motif

· motif · 41953865–41953874 · motif

· motif · 41954035–41954048 · motif

· motif · 41954054–41954067 · motif

· motif · 41954074–41954087 · motif

· motif · 41954120–41954133 · motif

· motif · 41954145–41954158 · motif

· motif · 41954154–41954163 · motif

· motif · 41954154–41954163 · motif

· motif · 41954188–41954203 · motif

· motif · 41954289–41954302 · motif

· motif · 41954550–41954567 · motif

· motif · 41954573–41954590 · motif

· motif · 41954603–41954618 · motif

· motif · 41954671–41954688 · motif

· motif · 41954709–41954726 · motif

· motif · 41954740–41954757 · motif

· motif · 41954807–41954822 · motif

· motif · 41954836–41954851 · motif

· motif · 41954907–41954924 · motif

· motif · 41954955–41954972 · motif

· motif · 41955020–41955035 · motif

· motif · 41955049–41955066 · motif

· motif · 41955058–41955075 · motif

· motif · 41955225–41955233 · motif

· motif · 41955308–41955325 · motif

· motif · 41955346–41955363 · motif

· motif · 41958104–41958120 · motif

· motif · 41958230–41958245 · motif

· motif · 41958272–41958288 · motif

· motif · 41958287–41958296 · motif

· motif · 41958325–41958332 · motif

· motif · 41958355–41958367 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:696 aa

1 aa696 aa結構域功能區域跨膜區
依 Q9Y426 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

C2CD2 蛋白長 696 個胺基酸,含有位於第 51–242 位的 SMP-LBD domain,以及第 245–362 位的 C2 domain。蛋白質 N 端第 13–33 位為螺旋型跨膜區;第 539–580 位則註解為無序區域。

跨膜區Helical13–33 aa
結構域SMP-LBD51–242 aa
結構域C2245–362 aa
功能區域Disordered539–580 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9Y426…

AlphaFold · Q9Y426

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Membrane

C2CD2 被註解為膜蛋白,具有單次跨膜特徵;來源未提供定位變化或不同異構型的資訊。

未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
細胞定位C2CD2 被註解為膜蛋白,並具有單次跨膜的特徵。此項描述提供其膜相關定位類別,但未說明具體膜區室、定位變化條件或不同異構型之間是否存在差異。推論支持
證據與來源

Membrane / Single-pass membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000380486 · 6,473 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1AGAGCCTCCTCCGGCCACCGCTGGGCCGCGGGCGGGACGC40
41CCGGGGCGGCGCGCGCAGGAGGAAGCGCGGCCCGCAGCGG80
81CCCAGGAACTTCCCAGACGCCGAGTCGGGAGCGCGGGCCG120
121CGGGGTCCGCTCGCGCCCCTGTTCCGCAGGTGTGCGGGGC160
161TTGCGCCCAGCCCGGGCCGCGGCCGCCGCGCGTTTCCTCC200
201CCGCTTGCCCGCCCAGAGGCCCCCGGCCACGCTCCTCGCC240
241GGGCTCCGACCCCGCCGCGCCCCCTCCACGCCCCCAGCGC280
281GCTGTGGCCGCAGCCAGCGCGTGTCCTGAGTCCGCCGTTC320
321CGGCCCGGGGCTGCCGGGGAAGTTGGGGCGAGGCGGGCCG360
361GGGATGCGCCATGGCCATGGCCCGGCTGGGCTCGTGGCTC400
401GGGGAGGCGCAGTGGCTCGCGCTGGTGTCGCTCTTCGTCG440
441CGGCCCTGGCCACGGTAGGCCTGTACCTGGCGCAGTGGGC480
481GCTGGCCAGGGCGCGACCCCAGCCCCAGCGGCGGGCGGTG520
521GAGCCTGGAGAGGGGCCGCGCCCGGGGTCCGACGCGCTGC560
561TCTCCTGGATCCTGACGCTGGGCAGCTGGAGGAGCCAGTG600
601GCAGGCGGCCTGGGTGACCGCCCTGAACGAGGAGGCCGAG640
641AGGAAAGGGGGCCCACCTTTCCTGTCCTTTGAGGAGGACC680
681CGCGGCAGCAGGCACTGGAGCTGGTGGTGCAGGAGGTCTC720
721CAGCGTGCTCAGGTCGGCGGAGGAGAAGGTGGTGGTCTGT760
761CACGTGGTGGGCCAGGCTATTCAGTTCTTGGTCAGCGAGA800
801CGCCTGCCTTGGGTGCTGGATGCCGGCTGTACGACATGCG840
841GCTCTCCCCTTTCCATTTACAGCTGGAGTTCCACATGAAG880
881GAGAAGAGAGAGGACCTCCAGATTAGCTGGTCTTTCATCA920
921GTGTGCCGGAAATGGCCGTTAATATCCAGCCCAAAGCACT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。