基因總覽
C1QTNF7 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 C1q and TNF related 7。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 4p15.32。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000444304 ★ | 15,428,033–15,446,167 | 3 |
| ENST00000397700 | 15,339,818–15,442,362 | 4 |
| ENST00000295297 | 15,339,936–15,446,167 | 3 |
| ENST00000382383 | 15,374,549–15,442,266 | 3 |
| ENST00000429690 | 15,374,551–15,446,167 | 3 |
| ENST00001116596 | 15,427,995–15,446,167 | 3 |
| ENST00000881532 | 15,428,004–15,446,167 | 4 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>C1QTNF7 ENST00000444304 GRCh38 chr4:15427033-15428133 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGGCATTAAGATTTTGGAAAGCCAACAAATTCAAAGGACCATTTCCTCCAGTGTGGAGAGTGGATCCCAA AGGCAAAATTAAGCTGGTCAGAACGGGGAGCCCAGCAATCTCGTTGGTCAAGTGTGTGGTCAACATCCAC TTCACTAACTCTGGAAACATTCCTTTCAATTAGAGTTCTCATTGCTTGAGAAGAATGAGAGGAAAAGAAA GATAAAAACAAGATTTTTTTCAGTCGTCTAATTTCCATAAATGACATCATAAATTATATATTGCTGTTGC CAAGGAAATATAAGAAATACATAGCAGAAGGAAACAAAGAAATTGATTGCACCATAGACGACTAGTCATA TGCTTTGGAGAATCATTCTGCCTTTTGAGATGTTATGATCAGTTCTTTACAGGCACAAAGACATATTAGT TTTCTAAAAATACCCAATCATTTATCCATTCAGCAAAGAACAAAGAAAACAAAATCAGTGCAATTCTCAT AACCCTCTTTCTTTGCACAGCACATAGAATGAGGGGCTATTTTCCTGCCATATTTACCAAGAATAGGGAC AGTGTTCATTATTCCACAAGACACCATCCTAGGTCCAGAATCTAAAGGCTCTACCTCCAAAACTCTCAAA TATAAAATGGCTTTTTTCTCTAAGTTAACAACTAATTTCCAGTCAGTGAGTAATTTTTTTCCTGAAACAT TCACTCAGTGGAAAACAAATGAAGAGGGAAAAAATTAAGTAAACAAATCTGAAAAAGAGGCCACAACACA CAGAGATGGAGAAGCTCTAAACTTACCACTGAAGGAAAGCAGGCACTTAAAGTTTATCCCAAACAAAACT GTAATTTTAACTGGTCCCCGAGTTGAGCCTCACTCGATGAATGACTTCCAGGGCCTTTGGCTCTTTGGGA CTAAACGAGAAAATTATTTTTAGCACAACTATTTGGAAATCTTTGAGAATTTGGATCTGTTATTCTGTCT GGTACCAAAGCAAGTTTTTCACTGAGCTCTCATGAAAGATCCTCAGTCTCTTGTGGATTTAGAATCCTGC AGCAGCCCACCATCTAAGAGCAAGGTATGGTGTTTACTCTTTTTTTTAGAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR4_8G8MT · enhancer · 15427232–15427472 · regulatory
ENSR4_8G8N7 · promoter · 15427874–15428043 · regulatory
ENSR4_8G8NB · enhancer · 15428044–15428207 · regulatory
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:289 aa
Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 7 長 289 個胺基酸。其 N 端第 1–16 位為訊號序列;第 38–139 位標註為 Collagen-like 區域,第 143–279 位為 C1q 結構域。第 36–134 位另有無序區域註解,該註解來自序列預測資料。
蛋白質三維結構
細胞內定位
C1QTNF7 的定位註記為分泌至細胞外。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACTGAGCTCTCATGAAAGATCCTCAGTCTCTTGTGGATTT40AGAATCCTGCAGCAGCCCACCATCTAAGAGCAAGAGCCAA80AGATGTTTGTCTTGCTCTATGTTACAAGTTTTGCCATTTG120TGCCAGTGGACAACCCCGGGGTAATCAGTTGAAAGGAGAG160AACTACTCCCCCAGGTATATCTGCAGCATTCCTGGCTTGC200CTGGACCTCCAGGGCCCCCTGGAGCAAATGGTTCCCCTGG240GCCCCATGGTCGCATCGGCCTTCCAGGAAGAGATGGTAGA280GACGGCAGGAAAGGAGAGAAAGGTGAAAAGGGAACTGCAG320GTTTGAGAGGTAAGACTGGACCGCTAGGTCTTGCCGGTGA360GAAAGGGGACCAAGGAGAGACTGGGAAGAAAGGACCCATA400GGACCAGAGGGAGAGAAAGGAGAAGTAGGTCCAATTGGTC440CTCCTGGACCAAAGGGAGACAGAGGAGAACAAGGGGACCC480GGGGCTGCCTGGAGTTTGCAGATGTGGAAGCATCGTGCTC520AAATCCGCCTTTTCTGTTGGCATCACAACCAGCTACCCAG560AAGAAAGACTACCTATTATATTTAACAAGGTCCTCTTCAA600CGAGGGAGAGCACTACAACCCTGCCACAGGGAAGTTCATC640TGTGCTTTCCCAGGGATCTATTACTTTTCTTATGATATCA680CATTGGCTAATAAGCATCTGGCAATCGGACTGGTACACAA720TGGGCAATACCGGATAAAGACCTTCGACGCCAACACAGGA760AACCATGATGTGGCTTCGGGGTCCACAGTCATCTATCTGC800AGCCAGAAGATGAAGTCTGGCTGGAGATTTTCTTCACAGA840CCAGAATGGCCTCTTCTCAGACCCAGGTTGGGCAGACAGC880TTATTCTCCGGGTTTCTCTTATACGTTGACACAGATTACC920TAGATTCCATATCAGAAGATGATGAATTGTGATCAGGACC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。