基因總覽
C11orf24 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 chromosome 11 open reading frame 24。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 11q13.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000304271 ★ | 68,261,338–68,271,973 | 4 |
| ENST00000853014 | 68,261,335–68,272,001 | 4 |
| ENST00000853015 | 68,261,335–68,271,984 | 5 |
| ENST00000853016 | 68,261,335–68,271,984 | 5 |
| ENST00000853017 | 68,261,335–68,271,984 | 4 |
| ENST00000853019 | 68,261,335–68,268,394 | 3 |
| ENST00000853021 | 68,261,335–68,264,189 | 2 |
| ENST00000919032 | 68,261,335–68,272,001 | 4 |
| ENST00000945965 | 68,261,335–68,271,984 | 5 |
| ENST00001135854 | 68,261,335–68,271,984 | 4 |
| ENST00000533310 | 68,261,609–68,272,001 | 5 |
| ENST00000527280 | 68,263,692–68,271,989 | 3 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>C11orf24 ENST00000304271 GRCh38 chr11:68271873-68272973 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TATTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGC ACGATCTCTGCTCACTTCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAG CTGGGACTACAGGCGCACGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTAGTAGACACAGGGTTTCACCA TGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGAGCTCAGATAATCCGCCCGTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGG ATTACAGGCAAGAGCCACCGCGCCTGGCCTGCAAAGCCTATTTCTAACCAAAGTCAAGTCCCACACACTT GCCTCTAAATTGCGTTTTGCTCCTTTGTTATCCCAGGTTTTACAATTACAGAGCACTTGATGAGCCTGTT TCCACGTCTGTAAAATGAGGCGAAGTTCTTCACTGTGCTATTGCAGAATTAAGCCACTGGCTCTATAGGC AAAGTGCTTAGCACGGGCGTGGCACGCTGCGGGTGCACAGAAACGCTCGCTGCCACCCCACCCTTAACTA CCGGGCACCCCAGCGCCCCGCCAGGGGCTGAAGAAACGTGGGAGGAAGCGGAGGAACGCGAAGGGCGTGT GCCCGCGAAAGGTCTCACGAGGCGTTTCGAGGTCGCCTCTTCAGGCTCGGCTGCCGACAAGGTGCCTCTG AGCTCACCCAGCCCAACCCGCGCACCCCGGGACCCCAAGACGGCAGCGGGCACAGCTGGGCAGCAGAGAC CCGGGAACACCCACTTCCGCCACAGACCTGCTCAAAATAGCTCCTTCTGGCAGCGCGCAAGAAGTGGCCC GAGCCGGCCCCGGGGAGGCGGGGCCTGAGAGCAGACAACCCCCCCACTTCCGGCTCGCCTCCGTTCGCCA CAGGCCCCGCCGCAGCCGCTCTTCGCCCCGGCCAGCAGGCCCGCCCCGCCCTCCGTGACGTCATTTCCGG CGTTTGGGCGGGGCCCGGGCAGGGCGCGCTGCCCGGAGCTGCCTGGGTTGCGCTGCCGGCCACGTCCCCG CGCCGGGCCTCAGGCTCCTTCCTACTGTCCGAGGGCCACCAGGCCGCCGGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| C11orf24_1 ↗ | 11:68,271,973 | 負股 | 68,271,963–68,272,022 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:449 aa
Uncharacterized protein C11orf24 長 449 個胺基酸,具有第 1–20 位的訊號序列。其第 21–400 位為胞外區,第 401–421 位為螺旋型跨膜區,第 422–449 位為細胞質區。序列註解另標示第 72–101、154–187 與 215–381 位為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
C11orf24 是單次穿膜的 I 型膜蛋白,位於細胞膜及 Golgi apparatus 的 trans-Golgi network 膜。 它會以 pH 敏感的方式經由胞內體循環至細胞膜,並與 Rab6 陽性囊泡相關。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- CREB3L1Q96BA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM209AQ5JX71 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FFAR2O15552 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MGST3O14880 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC10A6Q3KNW5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SSMEM1Q8WWF3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM80Q96HE8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | C11orf24 是單次穿膜的 I 型膜蛋白,定位於細胞膜與 Golgi apparatus 的 trans-Golgi network 膜。它能以對 pH 敏感的方式經由胞內體循環至細胞膜,並與 Rab6 陽性囊泡相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type I membrane protein; Golgi apparatus, trans-Golgi network membrane / Single-pass type I membrane protein; Cycles to the plasma membrane via endosomes in a pH sensitive manner. Associated with Rab6-positive vesicles PMID 24312644 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGGGCGCGCTGCCCGGAGCTGCCTGGGTTGCGCTGCCGGC40CACGTCCCCGCGCCGGGCCTCAGGCTCCTTCCTACTGTCC80GAGGGCCACCAGGCCGCCGGGGGCCTGCTGCGCCCGGATG120CGTCTGTTACTAGAGTGGAGAGTCTACCTTCGTCTCACAT160GTGCCACAAAGGATGGCATGGCCCGGGAGTGCCCCACCAC200GTGGCTTTCACCCCCTGCAAAGCCAGACTTCGCCCAGCGA240CACAGTGTCAAGCCCACAGCTCTCCAAGGAGGAAGATGGT280CCAGGCTGGGAGCATCCCCTTAGCAGCAGCCTCTGATCCC320TTGGCCAAGCAGGAGGGAACCATTAGCAGCCTGAGGAGCT360GGCTGGCTGGGAGCCTCGGGGACCGCCCAGCCTTGCTCCC400AGCTCACCCACAAGATGTGGACAGCTCTTGTGCTCATTTG440GATTTTCTCCTTGTCCTTATCTGAAAGCCATGCGGCATCC480AACGATCCACGCAACTTTGTCCCTAACAAAATGTGGAAGG520GATTAGTCAAGAGGAATGCATCTGTGGAAACAGTTGATAA560TAAAACGTCTGAGGATGTAACCATGGCAGCAGCTTCTCCT600GTCACATTGACCAAAGGGACTTCGGCAGCCCACCTCAACT640CTATGGAAGTCACAACAGAGGACACAAGCAGGACAGATGT680GAGTGAACCAGCAACTTCAGGAGGTGCAGCTGATGGTGTG720ACCTCCATTGCTCCCACGGCTGTGGCCTCCAGTACGACTG760CGGCCTCCATTACGACTGCGGCCTCCAGTATGACTGTGGC800CTCCAGTGCTCCCACGACTGCAGCCTCCAGTACAACTGTG840GCCTCCATTGCTCCCACGACTGCAGCCTCCAGTATGACTG880CGGCCTCCAGCACTCCCATGACACTTGCACTCCCCGCGCC920CACGTCCACTTCCACAGGGCGGACCCCGTCCACTACCGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。