基因總覽
BTF3P12 的正式名稱為 basic transcription factor 3 pseudogene 12,基因類型為假基因。NCBI 將此位點描述為可能屬於 BTF3 轉錄因子家族;但目前尚無此位點發生轉錄的紀錄,因此資料來源認為它可能是該家族的假基因位點。現有資訊未提供其 RNA 產物、蛋白質產物或結構特徵,故不能據此推定它會產生功能性轉錄因子。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000519620 ★ | 70,273,369–70,273,837 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
目前沒有資料記錄 BTF3P12 位點發生轉錄。由於缺乏轉錄紀錄,資料來源認為此位點可能是 BTF3 轉錄因子家族的假基因,而不是已確認會產生轉錄因子的功能性基因。此描述屬於對位點性質的推測,並未提供其產物或生物學作用的證據;因此,現有資訊不足以說明 BTF3P12 具體參與哪些分子機制或生物學過程。
Promoter 與基因調控
>BTF3P12 ENST00000519620 GRCh38 chr8:70272369-70273469 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAAAACCTTCTCAGCAGTAACTATCTAACTTATCTACGTGTCTCCTCTACTCTTCCCTTAATTCTTCTGT GTCATGTTTCTGGTTATACTATCATGTGCTTCCAACTTTTTTTCCTTTGATAAGAGTAATTTTAAGAGGC TAATTTTTTTTTCTTACCCCACAGCAGTCTCTTAACTGATTGGTCTGAAATTCCTTTGCTCCACCTCCTA ACATCTGTCACAAAAGTCAGATTATAAGTCAACCCAAAGGGGAGCAAGGGGTGTGCACGTAAGAGGGAAC ACCAGAAAAATGAAACACTAGTGGTTAGGGCATCACTAGAAACCATAATATAGTTTCTATTCTTTATTTG ATACAATTGTACAAAAGGACACCATGTTAGATATAACATTAGGCTGAATGTTAATTTCCTAAATAAAAAT TCTCTTTAAAGATGTAAAATAATAATCCCTTTATTATTCAATATGTAGAGATTTATTAAACACTTATAAA GTAATAATTTAATATTTACAGTGAAGAAAACTAACTTTCATCTTCATTTTTAAAGTAATCTCTAATACTA TCAGAAATATTAACAGTGAAATACATTAATTACAAGCCAAATTATACATTGTATGTAGCTACTTAGGTAT TTTACTAAGAAAATAACTTTATCTTTGATATTTCCTATTTTAAAAACTTATCTGTGAATTGATTTAATGA TTGTGTATATAAATCTGCCAAAATTATTTCAATGGATGAAACAATGAATCAGTACCTATTTATATGCTGC CAAGGCACACCTATAATTTTTTAAATGATGATAAGAGTAGCCTAAAGCAGTGAGCAGACATCTCAGAAAT TTCAGTGTAAGTGGTTTTAACTTGCAACATGATGCCAAAAAACTTAGAACAGGGAGCTGCCATCTTGCAT CCCCGTGTGTGTGCACCTAATCTCAGCTGGTTCCCCCGAGACCCCCTGAGCACCAACCCTAGTCCCCCGC GCAGCCCCTTATCCGCTGCGACAAGATGAAAGAAACAATCATGAACCAGGAAAAACTCGCCAAACTGCAG GCAAAAGTGCCCATTGGTGGAACTGCTCACAGAAAGAAGGTGGTTCACAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_932W48 · enhancer · 70271519–70271926 · regulatory
ENSR8_932W4S · enhancer · 70273457–70273946 · regulatory
基因座與轉錄註解
BTF3P12 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000519620 ★ | processed_pseudogene | 469 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BTF3P12 位點被認為可能是 BTF3 轉錄因子家族的一員;目前尚無轉錄紀錄,因此資料來源推測它可能是該家族的假基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源This locus represents a putative member of the BTF3 family of transcription factors. With no transcription yet documented, it is thought that this locus represents a pseudogene. |
DNA 與 RNA 序列
ACAAGATGAAAGAAACAATCATGAACCAGGAAAAACTCGC40CAAACTGCAGGCAAAAGTGCCCATTGGTGGAACTGCTCAC80AGAAAGAAGGTGGTTCACAGAACAGCCACAGCAAATGATA120AAAAACGTCAGTTCTCCTTAAAGAAGTTAGAAATCTCTGG160CATTGAAGAGGTGAATATGTTTACAAACCAAGCAACAGTG200ATCCACTTTAACAACCCTAAAGCCCAGACATCTCTGGCAG240TGAACACTTTCACCATTACAGGCTATACTGAGACAAAGCA280GCTGACAGAAATGCTACCCAGAATCTTAAACCAGCTTGGT320GCAGGCAGTCTGACTAGTTTAAGGACTGGCTGAAGCACTG360TCCAAACAATCTGTGGGTGGAAAAGCACCACTTACTACTG400GAGAGAATGATGATGATGAAGTTCCAGATCTTGTGGAGAA440TTTGGATGAGGCTTCCAAGAATGAGGCAA469cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。