演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

BTF3P11HUMBTFB

basic transcription factor 3 pseudogene 11

BTF3P11 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens13q22.3
OFFICIAL SYMBOL
BTF3P11
CHROMOSOME
13
LOCUS TYPE
processed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

BTF3P11 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 basic transcription factor 3 pseudogene 11。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 13q22.3。

Official symbol
BTF3P11
Gene name
basic transcription factor 3 pseudogene 11
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:1126
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HUMBTFBTNFRSF11BOPGOCIFBTF3L1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1313q22.3
chr13 · 114,364,328 bp · GRCh38chr13p13 · 1–4600000 · gvarchr13p12 · 4600001–10100000 · stalkchr13p11.2 · 10100001–16500000 · gvarchr13p11.1 · 16500001–17700000 · acenchr13q11 · 17700001–18900000 · acenchr13q12.11 · 18900001–22600000 · gnegchr13q12.12 · 22600001–24900000 · gpos25chr13q12.13 · 24900001–27200000 · gnegchr13q12.2 · 27200001–28300000 · gpos25chr13q12.3 · 28300001–31600000 · gnegchr13q13.1 · 31600001–33400000 · gpos50chr13q13.2 · 33400001–34900000 · gnegchr13q13.3 · 34900001–39500000 · gpos75chr13q14.11 · 39500001–44600000 · gnegchr13q14.12 · 44600001–45200000 · gpos25chr13q14.13 · 45200001–46700000 · gnegchr13q14.2 · 46700001–50300000 · gpos50chr13q14.3 · 50300001–54700000 · gnegchr13q21.1 · 54700001–59000000 · gpos100chr13q21.2 · 59000001–61800000 · gnegchr13q21.31 · 61800001–65200000 · gpos75chr13q21.32 · 65200001–68100000 · gnegchr13q21.33 · 68100001–72800000 · gpos100chr13q22.1 · 72800001–74900000 · gnegchr13q22.2 · 74900001–76700000 · gpos50chr13q22.3 · 76700001–78500000 · gnegchr13q31.1 · 78500001–87100000 · gpos100chr13q31.2 · 87100001–89400000 · gnegchr13q31.3 · 89400001–94400000 · gpos100chr13q32.1 · 94400001–97500000 · gnegchr13q32.2 · 97500001–98700000 · gpos25chr13q32.3 · 98700001–101100000 · gnegchr13q33.1 · 101100001–104200000 · gpos100chr13q33.2 · 104200001–106400000 · gnegchr13q33.3 · 106400001–109600000 · gpos100chr13q34 · 109600001–114364328 · gnegBTF3P11pq1 bp114,364,328 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr13:76,928,066–76,928,836
Gene span
771 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000426582 ★76,928,066–76,928,8362

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 76928066 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>BTF3P11 ENST00000426582 GRCh38 chr13:76927066-76928166 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ATGTAGCATTCATTAATCCATTAAGAATAAAAAGGAATGAGATCATGTCCTTTGCAGGGACATGGATGAA
GCTGGAAGCCATCATCCTTGGCAAACTAACACAGGAACAGAAAACCAAACACCGCATGTTCTCACTCATA
AGTGGGAGTTGAACAAAGAGAACACATGGACACAGAGAGGGGAATAACACACACTGGGACCTGTTGTGGC
CGGGGCAGGGAGGGGGCGCGATGGGAGGGAGAGCATCATGACAAATAGTTAATGCATGCGGGGCTTAAAA
CCTAGGTGACAGGTTGATAGGTGCAGCAAACCACCATGGCACACGTATACCTATGTAACAAACCTGCACA
TTCTCAACATGTAACCTGGAACTAAAAGTAAAATAAAATAAATAAATAGGTCCTTATGACCTAGAAAAAA
AAAAGAATAGACCTTAAGGCACTTTGAAGCTTTTAGTTCCCTTTAATCATAAAAGCCACTTATTAACTAA
AACTAGAGATAGCTCAAGCTATCTGATTTTAAAGGCTTAGTCTCAATGTGTCCCTTCCCTGAAATCCCAG
TAGAGTAGCCAATTGTCCTGAAACCCGCTTGGATTTAGCAATGAAACACCTCAGTCCTGGCCAAACCAAG
ACAGTGGGTCTCAGGAAACATTCTTCATCCTAATAAAAGGCAAATTAAGTACAGTTGACCCTTGAACAAC
ATGGGGGTTATGGGTGCTGACTTCCCATGCAGTAAAAAATCTGGGTATAACTTTCGATTCCACAAAAACT
TTGCTAATAGCCTTAACTGTTAACTGGAAGCCTTACCAATAACACATACAGTTGATTAACACATATATTG
TATGTATTATATTACAATAAATTAAGCTAGAGAAAAGAAAATGTATTCCTTTAGCTGCCATCCTGCCTCC
CTGTGTGCTTCTAATCTCAGCTGGTCTCACCCGGGACTCCCCAAGTGCCAACCCTAGTCCCCCACGCAGC
CCCTTTTCCACTCAGATAAGATGAAAGAAACAATCATGAACCAAAAACTCACCAAACGGCAAGCAGAAGT
GCACACTGGTCGGAAAGGAACTGCTCACAGGAAAAAGGTGGTTCACAGCAT
BTF3P11 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR13_8493SX · enhancer · 76928665–76928795 · regulatory

· motif · 76930123–76930135 · motif

· motif · 76930125–76930140 · motif

· motif · 76930125–76930140 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

BTF3P11 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000426582 ★processed_pseudogene477 nt2

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000426582 · 477 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGAAAGAAACAATCATGAACCAAAAACTCACCAAACGGC40
41AAGCAGAAGTGCACACTGGTCGGAAAGGAACTGCTCACAG80
81GAAAAAGGTGGTTCACAACCTAGCGACAGCAGAGGATAAA120
121AAATTTCAGTTCTCCTTAAAGAAATTAGGGGTAAACAATA160
161TCCCTGGTATTGAAGAGGTGAATATGTTTACACACCAAGG200
201AACAGTGATTCACTTTAACAACCCTGAAGTTCAGGCATCG240
241CTGGCAGCAAACACTTTCACCATGACAGGCCATGCTGAGA280
281CAAAGCAGCTGACAGAAATGCTACTCAGCATCGATCATAA320
321ACCAGTGCTGCAGATGGTCTGACTAGTTCAAAGAGACTGG360
361CTAACACTGCCCAAACAATCTGTGGGTGGAAAAGCACCAC400
401TTGCTACTGGAGAGGATGATGAAGTTCTAGATCTTGTGGA440
441GAATTCTGATGAGGCTTCCAACAATGAGGCAAACTGA477

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。