基因總覽
BRPF1（bromodomain and PHD finger containing 1）是人類的蛋白質編碼基因，產物為 Bromodomain and PHD finger-containing protein 1。此蛋白具有多種鋅指結構域，並含有 bromodomain 與 PWWP domain；這些特色構成其辨識染色質訊息及參與蛋白質複合體的分子基礎。BRPF1 的主要角色是作為組蛋白乙醯轉移酶複合體的支架亞基，與 MOZ/MORF 及 HBO1 複合體相關。其作用也連結到 RUNX1 與 RUNX2 的轉錄調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000383829 ★ | 9,731,735–9,748,015 | 14 |
| ENST00000433861 | 9,731,726–9,748,015 | 13 |
| ENST00000684333 | 9,731,726–9,748,015 | 14 |
| ENST00000683743 | 9,731,726–9,748,015 | 14 |
| ENST00000683639 | 9,731,726–9,748,015 | 13 |
| ENST00000684206 | 9,731,726–9,748,015 | 13 |
| ENST00000424362 | 9,731,726–9,748,015 | 14 |
| ENST00000684199 | 9,731,726–9,748,015 | 14 |
| ENST00000879788 | 9,731,726–9,748,015 | 13 |
| ENST00000919137 | 9,731,726–9,748,015 | 12 |
| ENST00000919138 | 9,731,726–9,748,015 | 12 |
| ENST00000919139 | 9,731,726–9,748,015 | 12 |
顯示 12/27 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BRPF1 是多種組蛋白乙醯轉移酶（HAT）複合體的支架亞基，包括 MOZ/MORF 與 HBO1 複合體。這些複合體具有組蛋白 H3 乙醯轉移酶活性；BRPF1 因而參與複合體的組成與功能安排，而非單獨執行乙醯化反應。
在 HBO1 複合體中，BRPF1 對 KAT7/HBO1 的底物位點選擇具有關鍵作用，可使其偏向乙醯化組蛋白 H3 的 Lys-14，形成 H3K14ac。另有部分 HAT 複合體較偏好催化組蛋白 H3 Lys-23 的乙醯化（H3K23ac），顯示不同複合體所參與的組蛋白修飾位點並不相同。這類位點選擇性有助於區分不同複合體的乙醯化功能。
除參與組蛋白修飾相關複合體外，BRPF1 也正向調控 RUNX1 與 RUNX2 的轉錄。蛋白質特徵註解指出，BRPF1 的一段區域與 RUNX1、RUNX2 的轉錄活化有關；這與其對兩者轉錄的正向調節相呼應，但來源未進一步說明其作用步驟或是否透過特定複合體完成。整體而言，現有資料支持 BRPF1 透過參與 HAT 複合體及調控特定轉錄因子的表現，連結組蛋白乙醯化與基因轉錄調控。
Promoter 與基因調控
>BRPF1 ENST00000383829 GRCh38 chr3:9730735-9731835 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAACTTAAAGAACTGAACTTGCCCACGTTCACATTGCTAGGAGGTGACCCACTCACATTAAATCAGCTGT TTTGGCACCATGTTCCAATCAGCAACCCGCAGCACATCCCTGCCAACCCACAGATTTCCCACCGCTTTAC CAGACAAGCCCTTTCACACCCACCGGCCCCAAACCAGCCCCTTCTCTCAGACCCATACCTTTTCTCTAGC ACCTCTCCTTTACTTTTCCCAAGTTTCTTCCCTTTCCTTCAGTCACGCCCCGTTATCCCTAATCGGTCCT GCCCTTTCCCCACAGCTCCGCCCCTGCCTTACCAAGCCCCGCCTGCTCCCTTCAGCGTCGCATCGCTTTT TCCAACTTTGTTCTTTATTTCTAGTCCAGCTCCACTTTCCAGGCTCATCCAAAGCTCCGCCCTTTCTCTC GCGAGTACTCTTCTTCTGTTTAGCCCCACTTTTTACCCCGCTATTCTAACAGGCCCCCGCTGTGCGGTAG CCCCGCCCCCTCCCACAAGCCCCGCCCCACAGACCGGTCTAGTCTCCAGCCCCGCCCCGGTCCTACCCAT AACTACCGGTCCCTTAGGCTCCAGCCCGCATCCCTCTTGCTCCCGGCCCTGCCCCCAGCCCCGCCCCGTG ACTCTGGCCCCGCCTCACCGCCTTCCTCCGAGACCAAGGCCAGGTCCCTCCCGCAGCCGCGGCGCCAGCA GGAGGCAGGGAGCGGATAGGGAGGAGGCAGAGGGGGAGGGGAGAAGGGCGGGCTCCTCACGCCCAGCCCC GCGCTCACCGTCCGTGGTTGCAGATTCGCCACAAACCGCCCGACGACCCCAGATCCCGAGTACGGTGACT TCAGTCTCCAGAAACTCCACTCTAAGATGGGAGAGCTAGAGAAGCCCTGTGGGGTGTCCAGGGTCCTTTC TGAATCCCGGAGCACGGTCTTTCGAGCCTCAGCGGGCGGGCGGGGATCCGTGGCGAAAGTGCAGCTCAGT AGCGCCGCGGCGCCACGTTTACCCTGCGCAGACGCCGTCGCCGCCGCTGCTGCCGCCGCCGCTGCCACAG CCTTTGCCGCCACGGTCTCCGCCGCCGCTGTCCTCGCGCTGCCTCTGGGAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BRPF1_1 ↗ | 3:9,731,744 | 正股 | 9,731,695–9,731,754 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_CZ3N · enhancer · 9726921–9728111 · regulatory
ENSR3_549QW5 · CTCF_binding_site · 9727145–9727166 · regulatory
ENSR3_549QXB · CTCF_binding_site · 9727401–9727422 · regulatory
ENSR3_B3X5X · promoter · 9731239–9732234 · regulatory
ENSR3_549RLX · CTCF_binding_site · 9731425–9731446 · regulatory
ENSR3_B3X64 · enhancer · 9732235–9733139 · regulatory
ENSR3_549RTZ · CTCF_binding_site · 9732942–9732963 · regulatory
· motif · 9727147–9727163 · motif
· motif · 9727403–9727419 · motif
· motif · 9730884–9730896 · motif
· motif · 9730887–9730897 · motif
· motif · 9730906–9730916 · motif
· motif · 9730986–9730996 · motif
· motif · 9731029–9731039 · motif
· motif · 9731202–9731212 · motif
· motif · 9731224–9731234 · motif
· motif · 9731230–9731240 · motif
· motif · 9731243–9731253 · motif
· motif · 9731273–9731283 · motif
· motif · 9731340–9731350 · motif
· motif · 9731352–9731362 · motif
· motif · 9731370–9731386 · motif
· motif · 9731427–9731443 · motif
· motif · 9731466–9731476 · motif
· motif · 9731530–9731545 · motif
· motif · 9731683–9731699 · motif
· motif · 9731950–9731957 · motif
· motif · 9732007–9732022 · motif
· motif · 9732944–9732960 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1214 aa
Bromodomain and PHD finger-containing protein 1 長 1,214 個胺基酸，含有 N 端 C2H2-type zinc finger、兩個 PHD-type zinc finger、C2HC pre-PHD-type zinc finger、bromodomain 與 PWWP domain。序列註解亦標示與 KAT6A、KAT6B、MEAF6 及 ING5 的互作區域，以及與 RUNX1、RUNX2 轉錄活化相關的區域；多處區段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BRPF1 可位於細胞核、染色體及細胞質，並定位於轉錄起始位點。 其進入細胞核的定位依賴 KAT6A、ING5 與 MEAF6，顯示核內定位與相關複合體成員有關。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 10 個夥伴
- H2AC17P0C0S8 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- H4C9P62805 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- CDCA7LQ96GN5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP63Q96MT8-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP70Q8NHQ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ING5Q8WYH8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIAA0753Q2KHM9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NECAB1Q8N987 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- USHBP1Q8N6Y0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- USP20Q9Y2K6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
BRPF1 是部分 HBO1 複合體的組成成員，該複合體包含 KAT7/HBO1、MEAF6 與 ING5；它也可作為 MOZ/MORF 複合體的成員，該複合體至少包含 ING5、KAT6A、KAT6B、MEAF6，以及 BRPF1、BRD1/BRPF2、BRPF3 三者之一。BRPF1 另與 KAT7 及 ING5 互作，並透過 PHD-type zinc finger domains 與未甲基化 H3K4（H3K4me0）結合，也與 H3K36me3 互作。ING5 與 BRPF1 的互作會使 BRPF1 定位至活躍基因 5' 端富含 H4K4me3 的染色質。
疾病與遺傳關聯
BRPF1 相關變異可造成常染色體顯性神經發育疾病 intellectual developmental disorder with dysmorphic facies and ptosis（IDDDFP）。其特徵包括精神動作發展遲緩、智能障礙、語言發展遲緩及面部異常，尤以眼瞼下垂為突出表現；另可能出現生長不良、肌張力低下與癲癇。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BRPF1 是 MOZ/MORF 與 HBO1 等組蛋白乙醯轉移酶複合體的支架亞基，這些複合體具有組蛋白 H3 乙醯轉移酶活性。在 HBO1 複合體中，BRPF1 使 KAT7/HBO1 偏向乙醯化 H3 Lys-14；部分 HAT 複合體則偏好 H3 Lys-23。此外，BRPF1 正向調控 RUNX1 與 RUNX2 的轉錄。 | 含實驗來源 | 證據與來源Scaffold subunit of various histone acetyltransferase (HAT) complexes, such as the MOZ/MORF and HBO1 complexes, which have a histone H3 acetyltransferase activity. Plays a key role in HBO1 complex by directing KAT7/HBO1 specificity towards histone H3 'Lys-14' acetylation (H3K14ac). Some HAT complexes preferentially mediate histone H3 'Lys-23' (H3K23ac) acetylation. Positively regulates the transcription of RUNX1 and RUNX2 PMID 16387653 ↗ · PMID 18794358 ↗ · PMID 24065767 ↗ · PMID 27939640 ↗ |
| 交互作用 | BRPF1 是部分 HBO1 複合體的成員，與 KAT7/HBO1、MEAF6、ING5 組成複合體；也可加入 MOZ/MORF 複合體，該複合體至少含 ING5、KAT6A、KAT6B、MEAF6 及 BRPF1、BRD1/BRPF2、BRPF3 其中之一。BRPF1 透過 PHD-type zinc finger domains 與 H3K4me0 互作，也與 H3K36me3、ING5 和 KAT7 互作；ING5 的互作會引導 BRPF1 至活躍基因 5' 端富含 H4K4me3 的染色質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of some HBO1 complex composed of KAT7/HBO1, MEAF6, ING5, and BRPF1. Component of the MOZ/MORF complex composed at least of ING5, KAT6A, KAT6B, MEAF6 and one of BRPF1, BRD1/BRPF2 and BRPF3. Interacts (via PHD-type zinc finger domains) with unmethylated histone H3 at 'Lys-4' (H3K4me0). Interacts with trimethylated 'Lys-36' of histone H3 (H3K36me3). Interacts with ING5; interaction directs BRPF1 to H4K4me3-enriched chromatin at the 5' of active genes. Interacts with KAT7 PMID 16387653 ↗ · PMID 18794358 ↗ · PMID 20400950 ↗ · PMID 21720545 ↗ · PMID 24065767 ↗ · PMID 27939640 ↗ |
| 細胞定位 | BRPF1 可位於細胞核、染色體及細胞質，並定位於轉錄起始位點。其細胞核定位依賴 KAT6A、ING5 與 MEAF6。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Chromosome; Cytoplasm; Localization to the nucleus depends on KAT6A, ING5 and MEAF6. Localizes to transcription start sites PMID 18794358 ↗ · PMID 24065767 ↗ · PMID 25593309 ↗ · PMID 27939640 ↗ |
| 疾病關聯 | BRPF1 相關變異可造成常染色體顯性神經發育疾病 intellectual developmental disorder with dysmorphic facies and ptosis（IDDDFP）。疾病表現包括精神動作發展遲緩、智能障礙、語言發展遲緩及面部異常，最明顯者為眼瞼下垂；其他可能表現包括生長不良、肌張力低下與癲癇。 | 含實驗來源 | 證據與來源Intellectual developmental disorder with dysmorphic facies and ptosis IDDDFP An autosomal dominant neurodevelopmental disorder characterized by delayed psychomotor development, intellectual disability, delayed language, and facial dysmorphisms, most notably ptosis. Additional features may include poor growth, hypotonia, and seizures. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 617333 PMID 27939639 ↗ · PMID 27939640 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACCCTGCGCAGACGCCGTCGCCGCCGCTGCTGCCGCCGCC40GCTGCCACAGCCTTTGCCGCCACGGTCTCCGCCGCCGCTG80TCCTCGCGCTGCCTCTGGGAGCCTCCATTGTTCCAGCAGC120GCCCGGTCCCGAGACCGGGCATCTTGGGGGCTCGCGAAAC160GGGCGGCGGCCGACGGAGTTGAGACCCCAGGGCGCCGGCG200GGACCAGGAGCGGCAGGGGTCAGCTCAGGAATCCCGGGGA240GCCGGGACCAAAGCGTGGGGCGGCAGGGGGCCGGGGTGGC280GAGGTCTACGGTCTCCGGAGTTGGGGCTCCCCCTTCCCGG320CCCGACTTTCCCCGCCGACCTCCCCAAGTGGGGTCGGAGC360CCCGGCGGGCGCCCCCGGCGATGAGCCCGGACTCGAGGTG400GCCGATGTGACAGCATGGGGGTGGACTTTGATGTGAAGAC440TTTCTGCCACAACTTGCGGGCGACTAAGCCACCATACGAG480TGCCCGGTGGAGACCTGCCGAAAGGTCTACAAGAGTTACA520GTGGTATTGAGTACCACCTGTACCACTATGACCACGACAA560CCCACCACCCCCACAACAAACTCCACTCCGCAAGCACAAG600AAAAAGGGGCGCCAGTCACGCCCAGCCAACAAGCAGTCAC640CCAGCCCCTCAGAGGTCTCACAGTCACCAGGCCGTGAGGT680GATGAGCTATGCACAGGCCCAGCGCATGGTGGAGGTGGAC720TTGCATGGCCGCGTCCACCGCATCAGCATCTTTGACAACC760TGGATGTGGTGTCAGAGGATGAGGAAGCCCCCGAGGAGGC800CCCTGAGAATGGCAGCAACAAGGAGAACACTGAGACACCA840GCTGCTACTCCCAAGTCAGGCAAACATAAGAACAAGGAGA880AGCGCAAGGACTCCAACCATCACCACCACCACAATGTTTC920TGCGAGCACCACTCCCAAGCTGCCAGAGGTGGTCTATCGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。