基因總覽
BRD7（bromodomain containing 7）是蛋白質編碼基因，位於人類第 16 號染色體。其產物 Bromodomain-containing protein 7 長 651 個胺基酸，具有一個 bromodomain；序列中另有兩段被註記為無序區，以及一段核定位訊號。這些特徵勾勒出 BRD7 蛋白的基本性質：它是帶有 bromodomain 的核內蛋白，並具有參與轉錄調控及染色質重塑的角色。BRD7 可依情境作為轉錄共活化因子或共抑制因子，具體調控作用則見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000394688 ★ | 50,315,957–50,368,988 | 17 |
| ENST00000562383 | 50,313,487–50,319,929 | 3 |
| ENST00000710356 | 50,313,488–50,369,059 | 17 |
| ENST00000710357 | 50,313,488–50,369,059 | 17 |
| ENST00000394689 | 50,313,488–50,369,059 | 17 |
| ENST00001135345 | 50,313,488–50,369,059 | 17 |
| ENST00000569774 | 50,315,947–50,320,377 | 4 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BRD7 可依不同情境擔任轉錄共活化因子或共抑制因子，也可能參與染色質重塑。作為共抑制因子時，它會降低目標基因的表現；BRD7 可結合目標啟動子，並伴隨組蛋白 H3 Lys-9 乙醯化增加。它也會結合 ESR1 啟動子，並招募 BRCA1 與 POU2F1 至該處。
在 Wnt 訊息傳遞中，BRD7 以依賴 DVL1 的方式促進訊息路徑活性，途徑包括負向調節 GSK3B 的磷酸轉移酶活性，並促使 GSK3B 的 Tyr-216 去磷酸化。另一方面，BRD7 會降低 TRIM24 介導的 AR 轉錄活化；此項作用標示為依相似性推定。
BRD7 也是 TP53 介導特定目標基因轉錄活化的共活化因子。它促進 TP53 在 Lys-382 的乙醯化，進而有助於 TP53 有效地募集至目標啟動子。當致癌基因活化時，BRD7 是 TP53 介導細胞週期停滯所必需的；此外，它會抑制細胞週期由 G1 期進入 S 期。這些作用指出 BRD7 能連結轉錄調控與細胞週期控制，但來源未詳述各作用之間的完整因果關係。
Promoter 與基因調控
>BRD7 ENST00000394688 GRCh38 chr16:50368888-50369988 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGACCGATATACAGAGAGACAAGAGAGAGAGCGAGCTGGCATGCCAGTCAACAGCATTACATCCTTGGTT CCTGTCTTCCCTCTGGCAAGCTTTATTCTTGCCCTTTCTAGACATGTAAACCAATAAATCCCTTTTTATT TACTTGAAATAATTCAAATTGGTTTCTATTAGTTGCCAACAATAGGGTCCTAAAATATAAGCCTATAATT TCACCACTGAAGTTCAAGGTAAAGCTACAAATCTTCCTGGGAGAGGTGATTCATGGGTCTAAATTGTTAC TAAAGTATAAATGACTGATAACAGATCCTTTCTTAAGAGGAGACTATAATTACGAGCTTATCTGAAAACA GACAAAGCACCATACAGCTAGAAGTAAAGACAGTCAAAACGTCTGGTAACCTTCACCTATCAGCACATAA GTTTTTTTTAAGATTAGAATCTTCAGTCACCAATGTGCTGAGTTTGCTGGGTCTGGCACCCAGTATGGGG TTCAGTCAATATCGTAAAAGGGAAGAAACAGAAGCAAGGGAAAGTGGAAAGAAAGGAAGAGTGGGGGAAG GAGGAAGGGGAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAGAGGGAAGGAGACGGGAAGAGGAGAAGGAAGGGTGATGAG GGAGGAAGAAAAGAGAGAAGGAAGGCTTGAAGGGAGGCAGTAAGGAGGGAAGAAAGAAAGGAAGGAAGGA GGAAGGAAGGGAAGAAGGGAAAGAGAAAGAAAGAGAGGGAGGGAGTAAAAAGAAGGGAGGGAAGTGGAGA CGGAGGGAGAGACACACAGAGACAGAGACAAGACAGACAAATTGAGGGGAAAGGGAGGAAGGAAGAAAGA CGAGAGTCTGAGCGGTGGATCCCGCCCCGGCCCCGCCCTCGGCCCCGCCCCCGGCCCGCGAGCTGCAGCA CCACCTCCGGTCGCCAGGGGCCGCCACCCGCAGCCGCCGGCACCCTGTGCGCGCGGCGGGCCTTCTTTCC CGCCTCTGCGCCGGCCGCGCGCCCCCCCCGCCGCCGCTCTCGGGCTCCGGCCGGGTCTCGCGCGCCGTCT TCTCGAGAGGGGCATCGCGCCGCCCGGCGCGCGCCGCCCCCCTGCCTCGCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BRD7_2 ↗ | 16:50,368,805 | 負股 | 50,368,795–50,368,854 |
| BRD7_1 ↗ | 16:50,368,973 | 負股 | 50,368,963–50,369,022 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_9PZR6 · promoter · 50368090–50368590 · regulatory
ENSR16_BCZW7 · promoter · 50368769–50369478 · regulatory
ENSR16_5FSTN4 · CTCF_binding_site · 50369052–50369073 · regulatory
ENSR16_83GZMM · enhancer · 50372228–50372474 · regulatory
ENSR16_5FSW87 · CTCF_binding_site · 50372313–50372334 · regulatory
ENSR16_9PZSK · enhancer · 50372982–50373470 · regulatory
· motif · 50366313–50366326 · motif
· motif · 50366313–50366326 · motif
· motif · 50368829–50368838 · motif
· motif · 50368856–50368869 · motif
· motif · 50368969–50368982 · motif
· motif · 50369054–50369070 · motif
· motif · 50369068–50369077 · motif
· motif · 50369092–50369105 · motif
· motif · 50369167–50369178 · motif
· motif · 50369646–50369652 · motif
· motif · 50372315–50372331 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：651 aa
Bromodomain-containing protein 7 長 651 個胺基酸。其第 131–235 位胺基酸為 Bromo 結構域；第 35–132 位與第 253–301 位各有一段註記為無序區。第 65–96 位胺基酸則標示為核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BRD7 的定位資料包括細胞核與染色體。 另有異構型特定紀錄指出，Isoform 2 位於細胞核；來源未提供不同條件下的定位變化資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- EP300Q09472 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HNRNPUL1Q9BUJ2 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- PLEKHF2Q9H8W4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TP53P04637 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
BRD7 與 TRIM24、PTPN13、DVL1、IRF2、HNRPUL1、TP53、EP300 及 BRCA1 有交互作用；其中與 TP53 的作用涉及 N 端，與 EP300 的作用涉及 C 端。BRD7 也被鑑定為 SWI/SNF-B（PBAF）染色質重塑複合體的一員；此複合體還包含 SMARCA4/BRG1、SMARCC1/BAF155、SMARCE1/BAF57、DPF2/BAF45D 與 ARID2，該複合體關係依相似性推定。
BRD7 的 bromodomain 可與乙醯化組蛋白結合：對同時在 H3K9 與 H3K14 乙醯化的 histone H3 親和力最高，對僅 H3K9 乙醯化者較低，對未乙醯化 histone H3 則很低；它也可結合 H3K14 乙醯化的 histone H3。另有體外資料顯示，BRD7 可透過 bromodomain 與 H4 Lys-8 乙醯化的 histone H4 作用。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BRD7 可作為轉錄共活化因子或共抑制因子，並可能參與染色質重塑。它依賴 DVL1 負向調節 GSK3B 活性及促進其 Tyr-216 去磷酸化，以活化 Wnt 訊息傳遞；也抑制目標基因表現、調節 ESR1 啟動子，並促進 TP53 的轉錄作用與細胞週期停滯。對 TRIM24 介導 AR 活化的抑制為依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acts both as coactivator and as corepressor. May play a role in chromatin remodeling. Activator of the Wnt signaling pathway in a DVL1-dependent manner by negatively regulating the GSK3B phosphotransferase activity. Induces dephosphorylation of GSK3B at 'Tyr-216'. Down-regulates TRIM24-mediated activation of transcriptional activation by AR (By similarity). Transcriptional corepressor that down-regulates the expression of target genes. Binds to target promoters, leading to increased histone H3 acetylation at 'Lys-9' (H3K9ac). Binds to the ESR1 promoter. Recruits BRCA1 and POU2F1 to the ESR1 promoter. Coactivator for TP53-mediated activation of transcription of a set of target genes. Required for TP53-mediated cell-cycle arrest in response to oncogene activation. Promotes acetylation of TP53 at 'Lys-382', and thereby promotes efficient recruitment of TP53 to target promoters. Inhibits cell cycle progression from G1 to S phase PMID 16265664 ↗ · PMID 16475162 ↗ · PMID 20215511 ↗ · PMID 20228809 ↗ · PMID 20660729 ↗ |
| 交互作用 | BRD7 與多種蛋白質交互作用，並被鑑定為含 SMARCA4/BRG1、SMARCC1/BAF155、SMARCE1/BAF57、DPF2/BAF45D 與 ARID2 的 SWI/SNF-B（PBAF）複合體成員；此複合體關係依相似性推定。其 bromodomain 對同時乙醯化 H3K9 與 H3K14 的 histone H3 親和力最高，對未乙醯化者很低，並可在體外與 H4 Lys-8 乙醯化的 histone H4 作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with TRIM24, PTPN13 and DVL1. Identified in a complex with SMARCA4/BRG1, SMARCC1/BAF155, SMARCE1/BAF57, DPF2/BAF45D and ARID2, subunits of the SWI/SNF-B (PBAF) chromatin remodeling complex (By similarity). Interacts with IRF2 and HNRPUL1. Interacts (via N-terminus) with TP53. Interacts (via C-terminus) with EP300. Interacts with BRCA1. Interacts (via bromo domain) with histone H3 (via N-terminus) acetylated at 'Lys-14' (H3K14ac). Has low affinity for histone H3 acetylated at 'Lys-9' (H3K9ac). Has the highest affinity for histone H3 that is acetylated both at 'Lys-9' (H3K9ac) and at 'Lys-14' (H3K14ac). Has very low affinity for non-acetylated histone H3. Interacts (via bromo domain) with histone H4 (via N-terminus) acetylated at 'Lys-8' (H3K8ac) (in vitro) PMID 11025449 ↗ · PMID 12489984 ↗ · PMID 16265664 ↗ · PMID 17498659 ↗ · PMID 20215511 ↗ · PMID 20228809 ↗ · PMID 20660729 ↗ |
| 細胞定位 | BRD7 的定位資料列出細胞核與染色體，表示來源記錄涵蓋這兩處；此筆資料沒有說明定位是否隨細胞狀態或其他條件改變。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | 異構型 Isoform 2 的定位資料為細胞核；這筆紀錄只指明該異構型與核內定位，未提供其他異構型的定位或不同條件下的變化資訊。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCCCCCCCCGCCGCCGCTCTCGGGCTCCGGCCGGGTCTCG40CGCGCCGTCTTCTCGAGAGGGGCATCGCGCCGCCCGGCGC80GCGCCGCCCCCCTGCCTCGCGGCGCGGGGTCTCGCGGGCC120CCGCTCCCGCCCTCCGCTCGCCTGGCCCGGACCGGAAGCG160GCGCCGCACGGCCTGGGCCTGGCGCGGGGGGCGGGCACCG200GGGCCCGGTCGGACATGGGCAAGAAGCACAAGAAGCACAA240GTCGGACAAACACCTCTACGAGGAGTATGTAGAGAAGCCC280TTGAAGCTGGTCCTCAAAGTAGGAGGGAACGAAGTCACCG320AACTCTCCACGGGCAGCTCGGGGCACGACTCCAGCCTCTT360CGAAGACAAAAACGATCATGACAAACACAAGGACAGAAAG400CGGAAAAAGAGAAAGAAAGGAGAGAAGCAGATTCCAGGGG440AAGAAAAGGGGAGAAAACGGAGAAGAGTTAAGGAGGATAA480AAAGAAGCGAGATCGAGACCGGGTGGAGAATGAGGCAGAA520AAAGATCTCCAGTGTCACGCCCCTGTGAGATTAGACTTGC560CTCCTGAGAAGCCTCTCACAAGCTCTTTAGCCAAACAAGA600AGAAGTAGAACAGACACCCCTTCAAGAAGCTTTGAATCAA640CTGATGAGACAATTGCAGAGAAAAGATCCAAGTGCTTTCT680TTTCATTTCCTGTGACTGATTTTATTGCTCCTGGCTACTC720CATGATCATTAAACACCCAATGGATTTTAGTACCATGAAA760GAAAAGATCAAGAACAATGACTATCAGTCCATAGAAGAAC800TAAAGGATAACTTCAAACTAATGTGTACTAATGCCATGAT840TTACAATAAACCAGAGACCATTTATTATAAAGCTGCAAAG880AAGCTGTTGCACTCAGGAATGAAAATTCTTAGCCAGGAAA920GAATTCAGAGCCTGAAGCAGAGCATAGACTTCATGGCTGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。