基因總覽
BRD3（bromodomain containing 3）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 BET 家族。蛋白質含有兩個 bromodomain 與一個 NET domain，並帶有多段註解為無序的區域。這些結構特徵構成 BRD3 的基本分子架構；其主要角色是讀取乙醯化組蛋白標記，並參與染色質與基因表現調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000303407 ★ | 134,030,305–134,068,026 | 12 |
| ENST00000883997 | 134,030,305–134,068,123 | 12 |
| ENST00000883998 | 134,030,305–134,068,560 | 12 |
| ENST00000883999 | 134,030,305–134,068,560 | 12 |
| ENST00000884000 | 134,030,305–134,068,560 | 12 |
| ENST00000884001 | 134,030,305–134,068,123 | 13 |
| ENST00000884002 | 134,030,305–134,068,123 | 12 |
| ENST00000933194 | 134,030,305–134,068,543 | 12 |
| ENST00000933195 | 134,030,305–134,068,123 | 12 |
| ENST00000933196 | 134,030,305–134,068,123 | 11 |
| ENST00000933197 | 134,030,305–134,068,123 | 11 |
| ENST00001061546 | 134,030,305–134,068,123 | 12 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BRD3 是染色質讀取蛋白，能辨識並結合乙醯化組蛋白，因而參與基因表現調控及染色質結構重塑。在體外實驗中，BRD3 可結合組蛋白 H2A、H2B、H3 與 H4 N 端的乙醯化 lysine 殘基，顯示其辨識範圍涵蓋多種組蛋白；此結果限定於體外觀察。
BRD3 也能協助轉錄調控因子與共活化因子到達目標基因位置，並活化 RNA polymerase II 相關機制，促進轉錄延伸。由此可見，它不只辨識染色質上的乙醯化標記，也參與將這類標記與轉錄機器的作用連結起來。
在胚層分化方面，BRD3 與長鏈非編碼 RNA DIGIT 的關聯參與內胚層分化。BRD3 結合 DIGIT 後可發生液液相分離，並促進其與 H3K18ac 的結合，進而誘導內胚層基因表現。這說明特定 RNA 伴侶與組蛋白乙醯化狀態可共同參與 BRD3 在此生物學情境中的作用。
BRD3 的結合對象也包括非組蛋白乙醯化蛋白，例如 GATA1 和 GATA2。依相似性推定的資料，BRD3 可促進轉錄因子 GATA1 與其目標位點結合，從而調節轉錄；此項描述屬於相似性推定，不應視為已在此處列明的直接實驗證據。
Promoter 與基因調控
>BRD3 ENST00000303407 GRCh38 chr9:134067926-134069026 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGGGTGACAAGAGCGAAACTAACGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAACCAAAAAAACAACAAAAC CCCCCCCCCCACAACTTGATTTATGTGTAAACCCGAGTCGTCATCACCCAAAACAAGATGCAAAACGTGT CCACGGGCTGAACCTTTCAAGATACAGAAAAAGGGCCAGGGGTGGCCCTCTCCCGGAATCTCAGGCTGGG AACCTGGTATCTAGTTCCCGCCCCTCACTGGGCAGATGGGGAAACCGGGGCTTGGGGCGAGAAGGTCCCC AGGCAGAGCTGGGAGCACCCCTAACTCTTCGCCAGCTCTGGGGACTTGGCGCCCTCTCCAGCAACAGCGA ACTTGGGCGCCCGCGCCCCAGCAAGTCGGGTGGGGGAGATGGTGACACGGAGGGCGCGGCAGAGCGCGGC TCCTCCCCGGGCGGGGCCGACCTGCCCGCGCGCACCGACGCCCCGCCCCCCGCCCCGCGCGCGCGCTCCC GCCAGGCTAATTAGGCGCGCGGTTTGTTTACAAACACGGGCTCCCGGCAGGTGCGCGCCGCCCCGCCCGT GCGCGGCCGGGGTTCGAGGGTGGCTCCCGCGGGCCTCGGGGTGCCCGGACGGGGGCTGCGGTGCTGGCTG CGTGCCCGCTTCTTCCATGCCGTCCTGGGGCACCGGAAAATCCGCCGCCAGGCGCTGTCCCCGACACGGG GTGAGGAGAGCCGTGCGGGCCCGGGCGGGGAACGGCCCACGGGGTCCCAGCGTTGTTGCCCTGCCGGGCG GGCGCCGAGCCCCGCCCCCGCGCGCCCCCCGGGCCAGGCCCGCTCTCGGCCGGGTCGGCGGGGCGGGCGG GGGCCCCCGGGGCGGGGCGCGGCGCCGGCGGGGCCGGGACATGTAGTCCGCGCGCCCGCGGCCTCCCCTG GGCGGCCCCGGCGCGGGCCCGGCCGCGGACTACGACTCCCGCCAGGCGCCGCGGCGCAGCGCATGAGCCC TGCTCGGCTCCGGCGCGTCTATTATGCTGCCGGGGCCGGCGAGCCAAAGAGGAGCCGGCCGCGCGGGCCG GGAGGGGACGGCCGCCGGAGCCGCGAGGCCAAGTACGCCTTTCTCTTGCTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BRD3_1 ↗ | 9:134,067,999 | 負股 | 134,067,989–134,068,048 |
| BRD3_2 ↗ | 9:134,068,544 | 負股 | 134,068,534–134,068,593 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR9_D8ML3 · enhancer · 134065551–134068015 · regulatory
ENSR9_536JDZ4 · CTCF_binding_site · 134065809–134065830 · regulatory
ENSR9_536JF92 · CTCF_binding_site · 134067522–134067543 · regulatory
ENSR9_536JFB2 · CTCF_binding_site · 134067734–134067755 · regulatory
ENSR9_536JFC3 · CTCF_binding_site · 134067963–134067984 · regulatory
ENSR9_93Z7QW · promoter · 134068016–134068516 · regulatory
ENSR9_93Z7R3 · promoter · 134068525–134069025 · regulatory
ENSR9_536JFGD · CTCF_binding_site · 134068681–134068702 · regulatory
· motif · 134065774–134065783 · motif
· motif · 134065774–134065785 · motif
· motif · 134065811–134065827 · motif
· motif · 134065926–134065940 · motif
· motif · 134066129–134066138 · motif
· motif · 134066222–134066233 · motif
· motif · 134066286–134066292 · motif
· motif · 134066726–134066737 · motif
· motif · 134067129–134067151 · motif
· motif · 134067129–134067151 · motif
· motif · 134067223–134067236 · motif
· motif · 134067524–134067540 · motif
· motif · 134067531–134067541 · motif
· motif · 134067736–134067752 · motif
· motif · 134067965–134067981 · motif
· motif · 134068233–134068246 · motif
· motif · 134068482–134068491 · motif
· motif · 134068683–134068699 · motif
· motif · 134069212–134069234 · motif
· motif · 134069212–134069234 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：726 aa
BRD3 長 726 個胺基酸，屬於 BET 家族。其結構包含兩個 bromodomain（Bromo 1 與 Bromo 2）及一個 NET domain；另有多段區域被註解為無序。第 78–80 位胺基酸區段標註為乙醯化組蛋白 H3 結合區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BRD3 位於細胞核，並可在染色體上檢出，具體而言可偵測於染色質上。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- MYCP01106 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KPNA3O00505 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
BRD3 的 bromo domain 1 與乙醯化 GATA1、GATA2 有互作；其中 GATA1 的 Lys-312 與 Lys-315 乙醯化描述，以及 GATA2 lysine 殘基乙醯化的互作，均標示為依相似性推定。BRD3 的 NET domain 則透過 KIKL motif 與 CHD4、SMARCA4 及 NSD3 互作。此外，在微生物感染情境中，BRD3 也與 Moloney murine leukemia virus（MLV）的 Integrase 蛋白互作。
疾病與遺傳關聯
涉及 BRD3 的染色體異常見於一種罕見、侵襲性高且致命的癌症，該癌症發生於年輕人的身體中線器官。相關異常為 t(15;9)(q14;q34) 與 NUTM1 的染色體易位，並產生 BRD3-NUTM1 融合蛋白；資料描述的是疾病中的染色體異常與融合產物，未提供 BRD3 單獨造成疾病的證據。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BRD3 可辨識並結合乙醯化組蛋白，參與基因表現調控及染色質結構重塑；體外觀察顯示它能結合 H2A、H2B、H3、H4 N 端的乙醯化 lysine。BRD3 也協助轉錄因子與共活化因子募集至目標基因，並活化 RNA polymerase II 以促進轉錄延伸。與 DIGIT 結合時可發生液液相分離，促進 H3K18ac 結合並誘導內胚層基因表現；另依相似性推定，BRD3 可結合 GATA1、GATA2 等乙醯化非組蛋白，並促進 GATA1 結合其目標。 | 含實驗來源 | 證據與來源Chromatin reader that recognizes and binds acetylated histones, thereby controlling gene expression and remodeling chromatin structures. Recruits transcription factors and coactivators to target gene sites, and activates RNA polymerase II machinery for transcriptional elongation. In vitro, binds acetylated lysine residues on the N-terminus of histone H2A, H2B, H3 and H4. Involved in endoderm differentiation via its association with long non-coding RNA (lncRNA) DIGIT: BRD3 undergoes liquid-liquid phase separation upon binding to lncRNA DIGIT, promoting binding to histone H3 acetylated at 'Lys-18' (H3K18ac) to induce endoderm gene expression. Also binds non-histones acetylated proteins, such as GATA1 and GATA2: regulates transcription by promoting the binding of the transcription factor GATA1 to its targets (By similarity) PMID 18406326 ↗ · PMID 22464331 ↗ · PMID 27105114 ↗ · PMID 29567837 ↗ · PMID 32895492 ↗ |
| 交互作用 | BRD3 的 bromo domain 1 與乙醯化 GATA1、GATA2 互作；GATA1 的 Lys-312 與 Lys-315 乙醯化，以及 GATA2 lysine 殘基乙醯化的相關互作，均屬依相似性推定。BRD3 的 NET domain 透過 KIKL motif 與 CHD4、SMARCA4 及 NSD3 互作，其中 NSD3 的互作另有兩筆所列文獻支持。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts (via bromo domain 1) with GATA1 acetylated at 'Lys-312' and 'Lys-315' (By similarity). Interacts (via bromo domain 1) with GATA2 acetylated on lysine residues (By similarity). Interacts (via NET domain) with CHD4 (via KIKL motif). Interacts (via NET domain) with SMARCA4 (via KIKL motif). Interacts (via NET domain) with NSD3 (via KIKL motif) PMID 29567837 ↗ · PMID 33592170 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，BRD3 與 Moloney murine leukemia virus（MLV）的 Integrase 蛋白互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with the Integrase protein of Moloney murine leukemia virus (MLV) PMID 33592170 ↗ |
| 細胞定位 | BRD3 位於細胞核及染色體上，並可在染色質上檢出。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 涉及 BRD3 的染色體異常見於年輕人中線器官發生的一種罕見、侵襲性高且致命的癌症。相關異常是 t(15;9)(q14;q34) 與 NUTM1 的易位，並產生 BRD3-NUTM1 融合蛋白；此描述指出疾病中的異常與融合產物，沒有說明 BRD3 本身單獨造成癌症。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving BRD3 is found in a rare, aggressive, and lethal carcinoma arising in midline organs of young people. Translocation t(15;9)(q14;q34) with NUTM1 which produces a BRD3-NUTM1 fusion protein PMID 17934517 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATTATGCTGCCGGGGCCGGCGAGCCAAAGAGGAGCCGGCC40GCGCGGGCCGGGAGGGGACGGCCGCCGGAGCCGCGAGGCC80AACTGTCGCCTGGTTGGGCCCGGAAATGGGACGTCGCGCT120TTCTCAGGGAGCGTAGAAGCAGCCAGGGCCTCTCCAAGCC160GCTGCTGTGACAGAAAGTGAGTGAGCTGCCGGAGGATGTC200CACCGCCACGACAGTCGCCCCCGCGGGGATCCCGGCGACC240CCGGGCCCTGTGAACCCACCCCCCCCGGAGGTCTCCAACC280CCAGCAAGCCCGGCCGCAAGACCAACCAGCTGCAGTACAT320GCAGAATGTGGTGGTGAAGACGCTCTGGAAACACCAGTTC360GCCTGGCCCTTCTACCAGCCCGTGGACGCAATCAAATTGA400ACCTGCCGGATTATCATAAAATAATTAAAAACCCAATGGA440TATGGGGACTATTAAGAAGAGACTAGAAAATAATTATTAT480TGGAGTGCAAGCGAATGTATGCAGGACTTCAACACCATGT520TTACAAATTGTTACATTTATAACAAGCCCACAGATGACAT560AGTGCTAATGGCCCAAGCTTTAGAGAAAATTTTTCTACAA600AAAGTGGCCCAGATGCCCCAAGAGGAAGTTGAATTATTAC640CCCCTGCTCCAAAGGGCAAAGGTCGGAAGCCGGCTGCGGG680AGCCCAGAGCGCAGGTACACAGCAAGTGGCGGCCGTGTCC720TCTGTCTCCCCAGCGACCCCCTTTCAGAGCGTGCCCCCCA760CCGTCTCCCAGACGCCCGTCATCGCTGCCACCCCTGTACC800AACCATCACTGCAAACGTCACGTCGGTCCCAGTCCCCCCA840GCTGCCGCCCCACCTCCTCCTGCCACACCCATCGTCCCCG880TGGTCCCTCCTACGCCGCCTGTCGTCAAGAAAAAGGGCGT920GAAGCGGAAAGCAGACACAACCACTCCCACGACGTCGGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。