基因總覽
BRAP（BRCA1 associated protein）是蛋白質編碼基因，產物為 BRCA1 associated protein。現有資料將其描述為參與細胞訊號調節的蛋白質，並指出它具有 E3 ubiquitin ligase 活性；其作用與 MAP kinase 路徑中 Raf/MEK 複合體形成的調控有關。蛋白質特徵資料標示其長度為 592 個胺基酸，並包含 RING-type zinc finger 與退化型 UBP-type zinc finger。這些結構註記提供了辨識其蛋白質組成的基本資訊；具體調控方式及其在 Ras 活化時的變化，見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000419234 ★ | 111,642,146–111,685,956 | 12 |
| ENST00000327551 | 111,642,146–111,685,720 | 12 |
| ENST00000871565 | 111,642,146–111,686,005 | 8 |
| ENST00000871566 | 111,642,146–111,686,005 | 11 |
| ENST00000871567 | 111,642,146–111,686,005 | 11 |
| ENST00000871568 | 111,642,146–111,686,005 | 10 |
| ENST00000871569 | 111,642,146–111,686,005 | 11 |
| ENST00000871570 | 111,642,146–111,685,973 | 11 |
| ENST00000871571 | 111,642,146–111,686,005 | 10 |
| ENST00000930027 | 111,642,146–111,686,005 | 6 |
| ENST00000930028 | 111,642,146–111,686,005 | 9 |
| ENST00001042555 | 111,642,146–111,686,005 | 11 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BRAP 可負向調節 MAP kinase 活化，方式之一是限制 Raf/MEK 複合體形成。資料指出，這可能是透過使支架蛋白 KSR1 失活而達成；「可能」表示此處描述的是推定的作用方式，而非確定機制。
BRAP 也具有 Ras responsive E3 ubiquitin ligase 的作用。在 Ras 活化時，BRAP 會發生自體多聚泛素化；此修飾會解除 BRAP 對 Raf/MEK 複合體形成的抑制。因此，BRAP 對該複合體形成的調控可隨 Ras 活化而改變：未解除抑制時限制複合體形成，發生自體多聚泛素化後則釋放這項抑制。
其酵素活性涉及泛素由 E2 ubiquitin-conjugating enzyme 轉移至受體蛋白的 lysine，形成受體蛋白的泛素化修飾。資料亦將 BRAP 的相關活動歸為蛋白質修飾與蛋白質泛素化。
此外，BRAP 可能具有細胞質滯留蛋白的作用，並參與調節核輸送；來源未進一步說明此作用的具體機制或條件。
Promoter 與基因調控
>BRAP ENST00000419234 GRCh38 chr12:111685856-111686956 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CATGCCAACTTTATGCAATGACTATACTAGTTCAAGACTGCACAACTGCTGATGTAGGTCAACCTCATAG TACGGACAGGAACTGTGTTTATCTTATACGCCAACGTATCTCAAGCATCCCAAGGGTGTCTAGACTCTCA GTAAACATTTGTGAAGTGACAGGGTGGGGAGGAGGACCCCGGTCTAACTGCAGCACTATGCTCGTAACCA GCAGATCACCATCTTTTCTCTCTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCGGGAGTGCAC TAGCACTATCTCGACTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAA GTAGCTTGGACTACAGACGCGCGCCACCAAGCCCGGCTAATTTTTTGTATGTTCAGTAGAGACGAGGTTT CACCATGTTGGCCAGGTTGGTCTCGAACTGCTGACCTGAGGTGATTCGCCCGCCTAAGCCTCTGGGCTGG GATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCAGATCGCTATCTGAACAGCGATCGACTCTCCACTCTCTAC GGCCCCTTAGAAGGAACTTCACCTCTCTGAGCCTCGTTGTACCTATCTGTAAAGTGGGACAGAAACAAAA CCATCCAGACTAGGGTTAGAGACAGGAGTCAAACACAACAAAAGGGGCAAAGTTCTGCATAGCAGATAGC TCGGACAATTCGGAGACCTCGCGGAGCCAGGGATCCCGCGCCGTCAGCCGAGGTGGATTAGGACGAGGCC TCTGGAGCAAGCAGAGGTTAACTCGCGACTGTGCGAAAACCTGCAGCTCAGCCTAAGTGTGGCACCCCAG CGCAAGCAATCTCCACGACGTCCTTCCGCTCCGACCTCCTCAAAATTGCGTCCGGAAGAGCAGTGGGTGA CCCCTGCCACGCCGCCCAATCGCTGTGCGCGGTCCTGCGCGCATGCGTAAACCGCAGGTCAGCGACGGCG GCCGGGAGGCGGAAGTGGAGGTTGTTGTGGCTCCGAGGGCTGTTCGAGGAGCTGCTGCTGCTGAGGCGGC GGCAACTGCATTGAGGTGGTGGCGGCGCTGCCGGCCCCGGGCCGCTCGGCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BRAP_1 ↗ | 12:111,685,935 | 負股 | 111,685,925–111,685,984 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_BS6G7 · enhancer · 111685150–111685709 · regulatory
ENSR12_93MBWJ · promoter · 111685710–111686086 · regulatory
ENSR12_CF487 · enhancer · 111686087–111687674 · regulatory
ENSR12_5Z99RF · CTCF_binding_site · 111687420–111687441 · regulatory
· motif · 111685944–111685961 · motif
· motif · 111685960–111685969 · motif
· motif · 111685960–111685971 · motif
· motif · 111685960–111685971 · motif
· motif · 111685990–111685998 · motif
· motif · 111685998–111686009 · motif
· motif · 111685998–111686009 · motif
· motif · 111686036–111686049 · motif
· motif · 111686041–111686053 · motif
· motif · 111686043–111686050 · motif
· motif · 111686271–111686284 · motif
· motif · 111686480–111686491 · motif
· motif · 111686499–111686514 · motif
· motif · 111687030–111687041 · motif
· motif · 111687422–111687438 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：592 aa
BRAP 蛋白長 592 個胺基酸。其序列註解包含 RING-type zinc finger（第 264–304 位）及退化型 UBP-type zinc finger（第 301–393 位）。另有兩段被標示為無序區，分別位於第 78–124 位與第 565–592 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BRAP 的定位資料標示於細胞質。 來源未提供不同條件下的定位變化或異構型差異；其可能參與核輸送調節的描述，不代表 BRAP 已被定位於細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- AKAP3O75969 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BRCA1P38398 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EFHC1Q5JVL4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HRASP01112 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YJU2Q9BW85 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
BRAP 與 BRCA1 的核定位訊號及 KSR1 的 N 端有交互作用。另有資料指出，BCRA1 的 C 端部分與 DDB1 交互作用；來源未將這項關係描述為 BRAP 與 DDB1 的直接結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BRAP 可透過限制 Raf/MEK 複合體形成而負向調節 MAP kinase 活化，此作用可能與使支架蛋白 KSR1 失活有關。它也具有 Ras responsive E3 ubiquitin ligase 活性；Ras 活化時，BRAP 發生自體多聚泛素化，進而解除對 Raf/MEK 複合體形成的抑制。此外，BRAP 可能作為細胞質滯留蛋白參與核輸送調節。 | 含實驗來源 | 證據與來源Negatively regulates MAP kinase activation by limiting the formation of Raf/MEK complexes probably by inactivation of the KSR1 scaffold protein. Also acts as a Ras responsive E3 ubiquitin ligase that, on activation of Ras, is modified by auto-polyubiquitination resulting in the release of inhibition of Raf/MEK complex formation. May also act as a cytoplasmic retention protein with a role in regulating nuclear transport PMID 14724641 ↗ · PMID 10777491 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 14724641 ↗ |
| 分子活性 | 此項功能註記將 BRAP 的相關活動歸為蛋白質修飾，並特別列出蛋白質泛素化；未提供更具體的受質、條件或作用結果。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | BRAP 與 BRCA1 的核定位訊號及 KSR1 的 N 端有交互作用。來源另指出，BCRA1 的 C 端部分與 DDB1 交互作用；該描述未將此關係列為 BRAP 與 DDB1 的直接互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with the nuclear localization signal of BRCA1 and with the N-terminal of KSR1. The C-terminal portion of BCRA1 interacts with DDB1 PMID 10777491 ↗ · PMID 14724641 ↗ · PMID 9497340 ↗ |
| 細胞定位 | 此定位註記將 BRAP 標示於細胞質，未提供其他細胞區室、定位改變條件或異構型差異的資訊。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GTTGTTGTGGCTCCGAGGGCTGTTCGAGGAGCTGCTGCTG40CTGAGGCGGCGGCAACTGCATTGAGGTGGTGGCGGCGCTG80CCGGCCCCGGGCCGCTCGGCCTCTCGGCTCGCCTTCCAGC120CTCGCCTGAGCCCGCCGGGGCCCGCGCCGGCCAGCGCCTG160CCCTATGAGTGTGTCACTGGTTGTTATCCGATTGGAGCTC200GCGGAACACTCGCCTGTCCCCGCCGGCTTCGGCTTCAGCG240CCGCGGCCGGGGAAATGTCTGATGAGGAGATAAAAAAGAC280GACACTAGCCTCAGCTGTAGCCTGTTTAGAAGGCAAGTCA320CCAGGAGAGAAAGTAGCGATTATCCATCAGCATCTCGGCC360GTCGAGAAATGACAGATGTGATCATTGAGACCATGAAGTC400CAACCCAGATGAACTAAAAACTACAGTGGAAGAAAGGAAG440TCTTCAGAAGCCTCCCCCACTGCGCAAAGAAGTAAAGATC480ACAGTAAGGAATGCATAAACGCTGCCCCAGATTCTCCGTC520CAAACAGCTTCCAGACCAGATTTCATTCTTCAGTGGAAAT560CCATCAGTTGAAATAGTTCATGGTATTATGCACCTATATA600AGACAAATAAGATGACCTCCTTAAAAGAAGATGTGCGGCG640CAGTGCCATGCTGTGTATTCTCACAGTCCCTGCTGCAATG680ACCAGTCATGACCTTATGAAGTTTGTTGCCCCATTTAACG720AAGTAATTGAACAAATGAAAATTATCAGAGACTCTACTCC760CAACCAATATATGGTGCTGATAAAGTTTCGTGCACAGGCT800GATGCGGATAGTTTTTATATGACATGCAATGGCCGCCAGT840TCAACTCAATAGAAGATGACGTTTGCCAGCTAGTGTATGT880GGAAAGAGCTGAAGTGCTCAAATCTGAAGATGGCGCCAGC920CTCCCAGTGATGGACCTGACTGAACTCCCCAAGTGCACGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。