基因總覽
BRAF（B-Raf proto-oncogene, serine/threonine kinase）是蛋白質編碼基因，產物屬於蛋白激酶超家族中的 TKL Ser/Thr protein kinase family，並歸於 RAF subfamily。其蛋白質具有 RBD 與 Protein kinase 結構域，也含有 Phorbol-ester/DAG-type zinc finger；序列中另有被註記為無序的區域。這些特徵構成 BRAF 的基本分子架構。BRAF 的主要角色與細胞膜至細胞核的促有絲分裂訊號傳遞有關；其具體磷酸化作用與相關生物學影響見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000646891 ★ | 140,730,665–140,924,929 | 18 |
| ENST00000496384 | 140,719,327–140,925,199 | 19 |
| ENST00000995709 | 140,719,327–140,925,199 | 18 |
| ENST00001139502 | 140,719,327–140,924,929 | 20 |
| ENST00000644969 | 140,719,337–140,924,929 | 20 |
| ENST00001139503 | 140,730,665–140,925,199 | 18 |
| ENST00000912601 | 140,733,847–140,925,199 | 18 |
| ENST00000912600 | 140,734,012–140,925,199 | 18 |
| ENST00000867090 | 140,734,016–140,925,199 | 5 |
| ENST00000944245 | 140,734,485–140,925,199 | 19 |
| ENST00000288602 | 140,734,486–140,925,199 | 19 |
| ENST00000867091 | 140,734,490–140,925,199 | 17 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BRAF 是蛋白激酶，可能參與將促有絲分裂訊號由細胞膜傳至細胞核。來源指出，它可磷酸化 MAP2K1，進而活化 MAP kinase 訊號傳遞路徑；此處所述的細胞訊號角色帶有 Probable 的註記，應視為可能的功能描述，而非不加區分地視為確定結論。
BRAF 的激酶反應可將 ATP 的磷酸基轉移至蛋白質受質的絲胺酸或蘇胺酸殘基，並產生 ADP 與氫離子。除 MAP2K1 外，BRAF 也可磷酸化 PFKFB2。這些資料顯示其作用包括對不同蛋白質進行磷酸化；來源未進一步說明 PFKFB2 磷酸化所造成的下游結果，因此不宜延伸推論。
此外，BRAF 可能參與海馬神經元的突觸後反應。這項描述以「可能」限定，來源未列出反應類型或作用機制，故其生物學意義應保留在此一範圍內。整體而言，現有資料支持 BRAF 具有蛋白激酶活性，並涉及 MAP2K1 相關訊號傳遞、PFKFB2 磷酸化，以及可能的海馬神經元突觸後反應。
Promoter 與基因調控
>BRAF ENST00000646891 GRCh38 chr7:140924829-140925929 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTCATGACTTCATGTTTAGGTTACTTTGGTGATTCACTCCAGGCCATTGGGAGCCCACAGTAATTGTTTC TCATTCCCGTTTCTCTCTTCCTTAAACTTTTCTTTTCCAATTATTTATTCTTTATTAGATCCATGTATTT TTAATAATGAATTGAATTTCATTCTGTAATTGGGCTTCTCAAAGATAATTGACCTCTTCTCTCCCAATTG TTTTCATGCGTATTTTGCAGAGAATGCTTGGAATATTCTGTTCATGAAAGGCACAAAGTACATAAAATAT TTTGAGTGATTTTCTTCAAAATAAAAATGATTAGTTTTGATGCTTCAGATGTCTAGAATGCTATGTGCCT TGTACAGGCCCTACGGCATGGAAAGTGCTCAACTGATATTTGTTAAATGAATGAATCTGGAAAACGAAAA ATACACGAAATATTTTATTCCTCAACAATGAAGAAAAAGCTTTCAGACTTCCATTTAGACTCGTTTTAAC TGGCTGAATTCTTCAATGAAAAGAAAACACGCGTCGCACTGCTAATTTAGCTGTTCCTAAATATATTTCC ATCAAATTCTGCTTGGCTGTTTCAACCTTGGGGTTGAAGTTCTTATTTTGATGACACAGAGACGTTCATT GCAGTGGAAATAGCAAGTAGTATTGGCTTCCCCGCCTTCCTCCCTCTAGGATTTCAACTTCTCCTCCTCG AACACCAGCCCTGCTCTTCTAGTAAATCCCACATTACAGAACAGGCTGAGGACGGAGGAGACAAGAGGAA AGTAGGAAACCGGAGCCATGGAAACGGCGGAGCGGAGGCAAAGTGTGAGAGCGCGGGTGGTTAGAAGGGA AAAAACCCTCCCCGGACGACGGCGCGAAGGCGCGCCTCAGATTACGTCACGCACCGGGGTGACGTCACGA CCGTGACACGCGGGTGACGCCGTTGCCGCGGCGACTTCTCGTCGTCTCCGCCCCCTTCCCCCGCTCCCCC CCGCACCCCCGCCTAGCGTCCTTCCCCCAATCCCCTCAGGCTCGGCTGCGCCCGGGGCCGCGGGCCGGTA CCTGAGGTGGCCCAGGCGCCCTCCGCCCGCGGCGCCGCCCGGGCCGCTCCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BRAF_1 ↗ | 7:140,924,708 | 負股 | 140,924,698–140,924,757 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_5385XZ9 · CTCF_binding_site · 140924282–140924303 · regulatory
ENSR7_943X8T · promoter · 140924722–140925059 · regulatory
ENSR7_B32Z5H · enhancer · 140925060–140925644 · regulatory
· motif · 140920240–140920262 · motif
· motif · 140920240–140920262 · motif
· motif · 140923581–140923593 · motif
· motif · 140923583–140923598 · motif
· motif · 140923583–140923598 · motif
· motif · 140924205–140924218 · motif
· motif · 140924211–140924224 · motif
· motif · 140924284–140924300 · motif
· motif · 140924412–140924425 · motif
· motif · 140924695–140924705 · motif
· motif · 140924776–140924789 · motif
· motif · 140924782–140924795 · motif
· motif · 140924788–140924801 · motif
· motif · 140924935–140924948 · motif
· motif · 140924943–140924956 · motif
· motif · 140925008–140925024 · motif
· motif · 140925019–140925034 · motif
· motif · 140925019–140925034 · motif
· motif · 140925020–140925033 · motif
· motif · 140925020–140925033 · motif
· motif · 140925038–140925051 · motif
· motif · 140925038–140925051 · motif
· motif · 140925108–140925120 · motif
· motif · 140925325–140925340 · motif
· motif · 140926614–140926627 · motif
· motif · 140926614–140926627 · motif
· motif · 140929101–140929115 · motif
· motif · 140929101–140929115 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：766 aa
BRAF 蛋白長 766 個胺基酸。其 RBD 位於第 155–227 位，Phorbol-ester/DAG-type zinc finger 位於第 234–280 位，Protein kinase 結構域位於第 457–717 位。第 1–38 位及第 308–454 位序列被註記為無序區域。此蛋白另屬 RAF subfamily。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BRAF 被記錄於細胞核、細胞質與細胞膜。 它與 RGS14 及 RAF1 在細胞質和膜區域共定位；這項共定位描述不代表所有定位均由互作夥伴所決定。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 68 個夥伴
- ACO1P21399 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- AKT1P31749 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ARAFP10398 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- ARRB1P49407 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- AURKAO14965 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- AZGP1P25311 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BAP1Q92560 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- BCL2L1Q07817 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- BCL2L2Q92843 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CD79BP40259 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDC73Q6P1J9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CDKN2BP42772 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CKS1BP61024 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CTNNA1P35221 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CUL3Q13618 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- E2F4Q16254 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- EIF5A2Q9GZV4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- EMSYQ7Z589 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ERCC2P18074 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERCC5P28715 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FOXO3O43524 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GATAD2BQ8WXI9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOT1P17174 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GSK3AP49840 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- HERC2O95714 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
BRAF 可形成同源二聚體，也能與 RAF1 異源二聚；後者的激酶活性高於各自的同源二聚體或單體。與 RAF1 的異源二聚受 mitogen 調控，並受 14-3-3 proteins 增強；MAPK1/ERK2 活化則可透過磷酸化 BRAF Thr-753 促使二聚體解離。BRAF 也會與 KSR1 或 KSR2 形成異源二聚，且此過程依賴 MAP2K1。另有資料指出 BRAF 與 MAP2K1、MAP2K2、RIT1、RGS14 等互作，並出現在含 HRAS、MAPK3 等成員的複合體中。
疾病與遺傳關聯
BRAF 缺陷與多種癌症相關。來源指出 BRAF 變異可能造成大腸直腸癌；BRAF 也涉及肺癌與家族性非何杰金氏淋巴瘤的疾病致病過程。特定 BRAF 變異則與心面皮膚症候群 1、Noonan syndrome 7 及 LEOPARD syndrome 3 有因果關聯。另有涉及 BRAF 的染色體異常見於毛細胞型星狀細胞瘤：7q34 的 2 Mb 串聯重複可產生 KIAA1549-BRAF 融合蛋白，其激酶活性為持續性，並可誘導細胞轉形。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 14 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BRAF 是可能參與將促有絲分裂訊號由細胞膜傳至細胞核的蛋白激酶。它可磷酸化 MAP2K1，並由此活化 MAP kinase 訊號傳遞路徑，也可磷酸化 PFKFB2；此外，可能參與海馬神經元的突觸後反應。 | 含實驗來源 | 證據與來源Protein kinase involved in the transduction of mitogenic signals from the cell membrane to the nucleus (Probable). Phosphorylates MAP2K1, and thereby activates the MAP kinase signal transduction pathway. Phosphorylates PFKFB2. May play a role in the postsynaptic responses of hippocampal neurons PMID 1508179 ↗ · PMID 21441910 ↗ · PMID 29433126 ↗ · PMID 36402789 ↗ |
| 分子活性 | L-seryl-[protein] + ATP = O-phospho-L-seryl-[protein] + ADP + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源L-seryl-[protein] + ATP = O-phospho-L-seryl-[protein] + ADP + H(+) PMID 21441910 ↗ · PMID 29433126 ↗ |
| 分子活性 | L-threonyl-[protein] + ATP = O-phospho-L-threonyl-[protein] + ADP + H(+) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | 每個 BRAF 次單元可結合 2 個 Zn(2+) 離子。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | BRAF 可呈單體、同源二聚體，也可與 RAF1 異源二聚；BRAF–RAF1 異源二聚體的激酶活性高於各自單體或同源二聚體，且形成受 mitogen 調控並受 14-3-3 proteins 增強。MAPK1/ERK2 可透過磷酸化 BRAF Thr-753 促使其解離。BRAF 亦依賴 MAP2K1 與 KSR1 或 KSR2 異源二聚，並與多種蛋白互作或共同形成複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer. Homodimer. Heterodimerizes with RAF1, and the heterodimer possesses a highly increased kinase activity compared to the respective homodimers or monomers. Heterodimerization is mitogen-regulated and enhanced by 14-3-3 proteins. MAPK1/ERK2 activation can induce a negative feedback that promotes the dissociation of the heterodimer by phosphorylating BRAF at Thr-753. Heterodimerizes (via N-terminus) with KSR1 (via N-terminus) or KSR2 (via N-terminus) in a MAP2K1-dependent manner. Interacts with MAP2K1 and MAP2K2. Found in a complex with at least BRAF, HRAS, MAP2K1, MAPK3 and RGS14. Interacts with RIT1. Interacts (via N-terminus) with RGS14 (via RBD domains); the interaction mediates the formation of a ternary complex with RAF1, a ternary complex inhibited by GNAI1 (By similarity). Interacts with DGKH. Interacts with PRMT5. Interacts with KSR2. Interacts with AKAP13, MAP2K1 and KSR1. Identified in a complex with AKAP13, MAP2K1 and KSR1. Interacts with FNIP1 and FNIP2 PMID 18287029 ↗ · PMID 19710016 ↗ · PMID 21102438 ↗ · PMID 21441910 ↗ · PMID 21917714 ↗ · PMID 27353360 ↗ · PMID 29433126 ↗ · PMID 36402789 ↗ |
| 細胞定位 | BRAF 位於細胞核、細胞質與細胞膜；它與 RGS14 及 RAF1 在細胞質和膜區域共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Cell membrane; Colocalizes with RGS14 and RAF1 in both the cytoplasm and membranes PMID 19710016 ↗ |
| 疾病關聯 | BRAF 的缺陷見於多種癌症；此描述指出廣泛的癌症關聯，未進一步指定癌症類型或特定因果機制。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 大腸直腸癌是發生於結腸與直腸內壁的惡性病變，基因改變常與腺瘤進展為浸潤性腺癌相關；風險因素包括結腸息肉、長期潰瘍性結腸炎及家族史。來源指出，影響 BRAF 的變異可能造成此病。 | 含實驗來源 | 證據與來源Colorectal cancer CRC A complex disease characterized by malignant lesions arising from the inner wall of the large intestine (the colon) and the rectum. Genetic alterations are often associated with progression from premalignant lesion (adenoma) to invasive adenocarcinoma. Risk factors for cancer of the colon and rectum include colon polyps, long-standing ulcerative colitis, and genetic family history. The disease may be caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 114500 PMID 12198537 ↗ · PMID 21917714 ↗ · PMID 23263490 ↗ · PMID 24455489 ↗ |
| 疾病關聯 | 肺癌是影響肺組織的常見惡性腫瘤，最常見類型為非小細胞肺癌，可分為鱗狀細胞癌、腺癌及大細胞肺癌。非小細胞肺癌常在晚期確診且預後不佳；來源指出 BRAF 涉及肺癌的疾病致病過程。 | 含實驗來源 | 證據與來源Lung cancer LNCR A common malignancy affecting tissues of the lung. The most common form of lung cancer is non-small cell lung cancer (NSCLC) that can be divided into 3 major histologic subtypes: squamous cell carcinoma, adenocarcinoma, and large cell lung cancer. NSCLC is often diagnosed at an advanced stage and has a poor prognosis. The gene represented in this entry is involved in disease pathogenesis MIM: 211980 PMID 12460919 ↗ |
| 疾病關聯 | 家族性非何杰金氏淋巴瘤源自淋巴系統細胞，可發生於任何年齡，常見表現包括淋巴結腫大、發燒與體重減輕。來源指出 BRAF 涉及此病的致病過程。 | 含實驗來源 | 證據與來源Familial non-Hodgkin lymphoma NHL Cancer that starts in cells of the lymph system, which is part of the body's immune system. NHLs can occur at any age and are often marked by enlarged lymph nodes, fever and weight loss. The gene represented in this entry is involved in disease pathogenesis MIM: 605027 PMID 14612909 ↗ |
| 疾病關聯 | 心面皮膚症候群 1 是多重先天異常疾病，可有特殊面容、心臟缺陷及智能障礙；部分患者有外胚層異常。來源指出，影響 BRAF 的變異會造成此症候群，並列出肺動脈狹窄、心房中隔缺損、肥厚型心肌病及多種面部與皮膚特徵。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cardiofaciocutaneous syndrome 1 CFC1 A multiple congenital anomaly disorder characterized by a distinctive facial appearance, heart defects and intellectual disability. Heart defects include pulmonic stenosis, atrial septal defects and hypertrophic cardiomyopathy. Some affected individuals present with ectodermal abnormalities such as sparse, friable hair, hyperkeratotic skin lesions and a generalized ichthyosis-like condition. Typical facial features are similar to Noonan syndrome. They include high forehead with bitemporal constriction, hypoplastic supraorbital ridges, downslanting palpebral fissures, a depressed nasal bridge, and posteriorly angulated ears with prominent helices. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 115150 PMID 16439621 ↗ · PMID 16474404 ↗ · PMID 18042262 ↗ · PMID 19206169 ↗ |
| 疾病關聯 | Noonan syndrome 7 是 Noonan syndrome 的一種，特徵可包括身材矮小、面部特徵異常及先天性心臟缺陷。其他可能表現涵蓋短頸、聽力障礙、動作發展遲緩、骨骼異常等；患者亦有幼年型骨髓單核球性白血病風險。來源指出此症由影響 BRAF 的變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Noonan syndrome 7 NS7 A form of Noonan syndrome, a disease characterized by short stature, facial dysmorphic features such as hypertelorism, a downward eyeslant and low-set posteriorly rotated ears, and a high incidence of congenital heart defects and hypertrophic cardiomyopathy. Other features can include a short neck with webbing or redundancy of skin, deafness, motor delay, variable intellectual deficits, multiple skeletal defects, cryptorchidism, and bleeding diathesis. Individuals with Noonan syndrome are at risk of juvenile myelomonocytic leukemia, a myeloproliferative disorder characterized by excessive production of myelomonocytic cells. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 613706 PMID 19206169 ↗ |
| 疾病關聯 | LEOPARD syndrome 3 可有雀斑、心電圖傳導異常、眼距過寬、肺動脈狹窄、生殖器異常、生長遲滯及感覺神經性聽力喪失。來源指出，影響 BRAF 的變異會造成此症候群。 | 含實驗來源 | 證據與來源LEOPARD syndrome 3 LPRD3 A disorder characterized by lentigines, electrocardiographic conduction abnormalities, ocular hypertelorism, pulmonic stenosis, abnormalities of genitalia, retardation of growth, and sensorineural deafness. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 613707 PMID 19206169 ↗ |
| 疾病關聯 | 涉及 BRAF 的染色體異常見於毛細胞型星狀細胞瘤。7q34 的 2 Mb 串聯重複會導致 KIAA1549-BRAF 融合蛋白表現；該融合蛋白具有持續性激酶活性，並可誘導細胞轉形。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving BRAF is found in pilocytic astrocytomas. A tandem duplication of 2 Mb at 7q34 leads to the expression of a KIAA1549-BRAF fusion protein with a constitutive kinase activity and inducing cell transformation PMID 18974108 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTTCCCCCAATCCCCTCAGGCTCGGCTGCGCCCGGGGCCG40CGGGCCGGTACCTGAGGTGGCCCAGGCGCCCTCCGCCCGC80GGCGCCGCCCGGGCCGCTCCTCCCCGCGCCCCCCGCGCCC120CCCGCTCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCCCCAG160CTCTCCGCCTCCCTTCCCCCTCCCCGCCCGACAGCGGCCG200CTCGGGCCCCGGCTCTCGGTTATAAGATGGCGGCGCTGAG240CGGTGGCGGTGGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTG280TTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCGGCGCCGGCGCCG320GCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGA360GGAGGTGTGGAATATCAAACAAATGATTAAGTTGACACAG400GAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGC440ATAATCCACCATCAATATATCTGGAGGCCTATGAAGAATA480CACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAG520TTATTGGAATCTCTGGGGAACGGAACTGATTTTTCTGTTT560CTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTC600TTCTAGCCTTTCAGTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTT640CAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTCAC680CACAAAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACA720GAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTACAGTCCGA760GACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCC800CAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATTCAGGATGGAGAGAA840GAAACCAATTGGTTGGGACACTGATATTTCCTGGCTTACT880GGAGAAGAATTGCATGTGGAAGTGTTGGAGAATGTTCCAC920TTACAACACACAACTTTGTACGAAAAACGTTTTTCACCTT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。