基因總覽
BNIP3 的正式名稱為 BCL2 interacting protein 3，屬於蛋白質編碼基因，產物歸於 NIP3 家族。此蛋白質具有 BH3 motif，並含有一段單次跨膜區域；這些是其序列與結構上的主要特色。來源資料將 BNIP3 描述為與細胞死亡及粒線體品質控制相關的蛋白質，並指出它可與 BCL2 關聯。這些基本特性提供了認識 BNIP3 的脈絡；其在不同生物過程中的具體作用，則涉及特定分子互作與條件。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000368636 ★ | 131,967,684–131,981,923 | 6 |
| ENST00001112899 | 131,959,618–131,981,984 | 6 |
| ENST00000924283 | 131,966,461–131,981,984 | 6 |
| ENST00001035637 | 131,967,677–131,981,984 | 6 |
| ENST00001035639 | 131,967,687–131,981,984 | 6 |
| ENST00001035642 | 131,967,687–131,981,984 | 6 |
| ENST00001035643 | 131,967,687–131,981,984 | 6 |
| ENST00000924284 | 131,967,688–131,981,984 | 7 |
| ENST00000984960 | 131,967,688–131,981,984 | 6 |
| ENST00000984961 | 131,968,076–131,981,984 | 6 |
| ENST00000540159 | 131,968,228–131,981,984 | 5 |
| ENST00001092804 | 131,968,360–131,981,984 | 6 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BNIP3 可促進細胞凋亡，並能克服 BCL2 的抑制作用，顯示它參與調節細胞死亡。來源也指出，BNIP3 與 BCL2 關聯時，可能參與兩個主要細胞內鈣儲存區之間的鈣重新分配；這項作用以「可能」描述，不能視為已確定的機制。
在粒線體品質控制方面，BNIP3 會與 SPATA18/MIEAP 互作。粒線體受損時，BNIP3 參與粒線體蛋白質分解代謝過程（亦稱 MALM），使受損蛋白質在粒線體內降解。這項描述將其作用連結到受損粒線體蛋白的清除，但未提供其他條件或調控細節。
在粒線體外膜，SPATA18/MIEAP、BNIP3 與 BNIP3L/NIX 的物理互作可調節粒線體雙層膜孔道的開啟，並介導溶酶體蛋白由細胞質移入粒線體基質。這是來源所述的蛋白質轉位途徑，與粒線體受損時的品質控制相關；其描述限定在上述三者於外膜的物理互作情境。
此外，BNIP3 在 calprotectin（S100A8/A9）誘導的細胞死亡路徑中具有重要作用。來源未進一步說明它在此路徑中的具體分子步驟，因此可確認的是其與該誘導性細胞死亡路徑相關，而非更細緻的作用機制。
Promoter 與基因調控
>BNIP3 ENST00000368636 GRCh38 chr10:131981823-131982923 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGAAGAAAGACTTTTGATCAAAAGCGGGAAATGAGAAAGCGACTTTCCTCTGAAAAGTGCCTCCCAGTCC CGAGGCTGCGAGGCCCCCACGCCAGGCTGGCTCCCACGGAAGCCGGGCACCCACCCGGCCCGACCAAGCG CCACTCCGCCCCGTGGACGGGGCGTCCCACCCCGGGGACGCCCGCCCCACACCGCGTTTGCACCCCGGAG GCCCCTTGCCGCAGAGGCGGACGGCGCGCCTCTCCCGGGCCCCTGGGGTCCGCGCCTCCCTCGGGCAGAC TCTTTCGACTCTGCTCGAGCCTCCGCTTCTTCCTGCGGGCGGACGCCCCGGACACAACGGGCCCCGCTGT TCACGCAGGGGCGCCCCGGCGGGGCGGGCAAAGACCCGGGGACGCGGTCCCGTCCCGAGACGCTCAGCTC CGGCCCACCGCTCGCAGCTCCCGCCCCGGGCGCAGGTCCCGACCCCACGGGCCGTCTCGGAGCCGCAGCG GCCGCTTCCCTGCACGTCCTCACGCCCCCCGCACGGACGCCGCCAGCCCCGCGCCTCAGTTTCCCCACTA GCAGGATGGAAAGACGGGCCCCGCCCCGAAGCGTAGCGGCGTCTCCGTGGTAGCCAGTGCCCAGAGAGTC CGCCGGTCCCACCGCCCCTTCAAAGGAGAACCCGGCCCACCGCCCGCCGCGGCGGCGACCGCGCAGCCCA CTCGTCACGCGGCCCGCGGCGTCCAGCCCGGGCCGGCTCACCTCAGGCGGTCGCTGCCGCCCTCGCGCCT GCGCGCCCCTCGCCCCGCCCCTCTCCCCGCCCGCGTCCCGCGCACCGCAGGCCTCTGCCCCTCGCCCACC GCAGGACCCGCCCCGCGCACGCGCCGCACGTGCCACACGCACCCCACGCCCCTGCGCACGCGCAGGCCCC AAGTCGCGGCCAATGGGCGACGCGGCCGCAGATCCGCCCGGCCCCGCCCTGCCCTGTGAGTTCCTCCGGC CGGGCTGCGGGGCTCCGCTCAGTCCGGGAGCGCAGCTGGGCCGCGGCGCTCCGACCTCCGCTTTCCCACC GCCCGCAGCTGAAGCACATCCCGCAGCCCGGCGCGGACTCCGATCGCCGCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BNIP3_1 ↗ | 10:131,981,923 | 負股 | 131,981,913–131,981,972 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR10_93XDDM · promoter · 131979750–131980250 · regulatory
ENSR10_CH4L9 · enhancer · 131980740–131981912 · regulatory
ENSR10_53636H4 · CTCF_binding_site · 131980976–131980997 · regulatory
ENSR10_53636K9 · CTCF_binding_site · 131981448–131981469 · regulatory
ENSR10_53636LW · CTCF_binding_site · 131981804–131981825 · regulatory
ENSR10_85TQSH · promoter · 131981913–131982153 · regulatory
ENSR10_BZ77P · enhancer · 131982154–131983134 · regulatory
ENSR10_BZ77W · enhancer · 131983709–131984247 · regulatory
· motif · 131979879–131979891 · motif
· motif · 131979881–131979888 · motif
· motif · 131980157–131980165 · motif
· motif · 131980749–131980763 · motif
· motif · 131980749–131980764 · motif
· motif · 131980837–131980851 · motif
· motif · 131980880–131980893 · motif
· motif · 131980938–131980953 · motif
· motif · 131980978–131980994 · motif
· motif · 131981384–131981399 · motif
· motif · 131981391–131981406 · motif
· motif · 131981407–131981422 · motif
· motif · 131981450–131981466 · motif
· motif · 131981547–131981562 · motif
· motif · 131981690–131981705 · motif
· motif · 131981806–131981822 · motif
· motif · 131981964–131981977 · motif
· motif · 131982014–131982025 · motif
· motif · 131982020–131982031 · motif
· motif · 131982020–131982031 · motif
· motif · 131982026–131982037 · motif
· motif · 131982026–131982037 · motif
· motif · 131982026–131982039 · motif
· motif · 131982050–131982059 · motif
· motif · 131982050–131982059 · motif
· motif · 131982052–131982068 · motif
· motif · 131982052–131982068 · motif
· motif · 131982059–131982070 · motif
· motif · 131982059–131982070 · motif
· motif · 131982071–131982088 · motif
· motif · 131982149–131982160 · motif
· motif · 131982149–131982160 · motif
· motif · 131982155–131982168 · motif
· motif · 131982221–131982238 · motif
· motif · 131983975–131983986 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：194 aa
BNIP3 全長為 194 個胺基酸。其第 1–102 位胺基酸區域註記為無序區，第 100–125 位含有 BH3 motif；第 164–184 位則為螺旋型跨膜區域。蛋白質家族註記將 BNIP3 歸於 NIP3 family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BNIP3 位於粒線體，並可作為粒線體外膜的單次跨膜蛋白。 與 ACAA2 共表現時，兩者在粒線體共定位；與 SPATA18 則在粒線體外膜共定位。 與 EIB 19-kDa protein 共表現會使 NIP3 的定位模式轉向核膜。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 55 個夥伴
- AMIGO1Q86WK6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARL13BQ3SXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BIKQ13323 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BNIP2Q12982 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BNIP3LO60238 · UniProt INTERACTION · 25 experiments
- CD3EP07766 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLDN9O95484 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLEC7AQ9BXN2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- CMTM5Q96DZ9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CREB3L1Q96BA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBAG9O00559 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBPQ15125 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ELOVL4Q9GZR5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERGIC3Q9Y282 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM209AQ5JX71 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM241BQ96D05-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM3CQ92520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FATE1Q969F0 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- FFAR2O15552 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPR152Q8TDT2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPR42O15529 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HPNP05981 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IFNGR2P38484 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JAGN1Q8N5M9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KTN1Q86UP2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
BNIP3 可形成同源二聚體，並與 BCL2、BNIP3L 及 ACAA2 結合。它透過 BH3 domain 與 SPATA18 的 coiled-coil domains 互作；也與 BOK 互作並促進 BOK 寡聚化。BNIP3 與 PPTC7 的互作則促進 BNIP3 降解。感染情境下，BNIP3 另與 adenovirus E1B 19 kDa protein 及 Epstein-Barr virus BHRF1 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BNIP3 可誘導細胞凋亡，並能克服 BCL2 的抑制作用；與 BCL2 關聯時，可能參與兩個主要細胞內鈣儲存區之間的鈣重新分配。粒線體受損時，BNIP3 透過與 SPATA18/MIEAP 互作，參與稱為 MALM 的粒線體蛋白質分解代謝，使受損蛋白質在粒線體內降解。BNIP3、BNIP3L/NIX 與 SPATA18/MIEAP 在粒線體外膜的物理互作可調節雙層膜孔道開啟，促使溶酶體蛋白由細胞質轉位至粒線體基質；BNIP3 也在 calprotectin（S100A8/A9）誘導的細胞死亡路徑中具有重要作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Apoptosis-inducing protein that can overcome BCL2 suppression. May play a role in repartitioning calcium between the two major intracellular calcium stores in association with BCL2. Involved in mitochondrial quality control via its interaction with SPATA18/MIEAP: in response to mitochondrial damage, participates in mitochondrial protein catabolic process (also named MALM) leading to the degradation of damaged proteins inside mitochondria. The physical interaction of SPATA18/MIEAP, BNIP3 and BNIP3L/NIX at the mitochondrial outer membrane regulates the opening of a pore in the mitochondrial double membrane in order to mediate the translocation of lysosomal proteins from the cytoplasm to the mitochondrial matrix. Plays an important role in the calprotectin (S100A8/A9)-induced cell death pathway PMID 19935772 ↗ · PMID 22292033 ↗ |
| 交互作用 | BNIP3 可形成同源二聚體，並與 BCL2、BNIP3L 和 ACAA2 結合。它以 BH3 domain 與 SPATA18 的 coiled-coil domains 互作，也與 BOK 互作並促進 BOK 寡聚化。BNIP3 與 PPTC7 的互作會促進 BNIP3 降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Binds to BCL2. Interacts with BNIP3L and ACAA2. Interacts (via BH3 domain) with SPATA18 (via coiled-coil domains). Interacts with BOK; promotes BOK oligomerization. Interacts with PPTC7; this interaction promotes BNIP3 degradation PMID 10381623 ↗ · PMID 15868100 ↗ · PMID 18371312 ↗ · PMID 22292033 ↗ · PMID 38992176 ↗ · PMID 7954800 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，BNIP3 與 adenovirus E1B 19 kDa protein 互作。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，BNIP3 與 Epstein-Barr virus BHRF1 互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | BNIP3 位於粒線體，並為粒線體外膜的單次跨膜蛋白。與 ACAA2 共表現時，BNIP3 在粒線體與其共定位；與 SPATA18 則在粒線體外膜共定位。與 EIB 19-kDa protein 共表現會使 NIP3 的定位模式轉向核膜。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Mitochondrion; Mitochondrion outer membrane / Single-pass membrane protein; Coexpression with the EIB 19-kDa protein results in a shift in NIP3 localization pattern to the nuclear envelope. Colocalizes with ACAA2 in the mitochondria. Colocalizes with SPATA18 at the mitochondrion outer membrane |
核酸與蛋白質序列
AGTCCGGGAGCGCAGCTGGGCCGCGGCGCTCCGACCTCCG40CTTTCCCACCGCCCGCAGCTGAAGCACATCCCGCAGCCCG80GCGCGGACTCCGATCGCCGCAGTTGCCCTCTGGCGCCATG120TCGCAGAACGGAGCGCCCGGGATGCAGGAGGAGAGCCTGC160AGGGCTCCTGGGTAGAACTGCACTTCAGCAATAATGGGAA200CGGGGGCAGCGTTCCAGCCTCGGTTTCTATTTATAATGGA240GACATGGAAAAAATACTGCTGGACGCACAGCATGAGTCTG280GACGGAGTAGCTCCAAGAGCTCTCACTGTGACAGCCCACC320TCGCTCGCAGACACCACAAGATACCAACAGAGCTTCTGAA360ACAGATACCCATAGCATTGGAGAGAAAAACAGCTCACAGT400CTGAGGAAGATGATATTGAAAGAAGGAAAGAAGTTGAAAG440CATCTTGAAGAAAAACTCAGATTGGATATGGGATTGGTCA480AGTCGGCCGGAAAATATTCCCCCCAAGGAGTTCCTCTTTA520AACACCCGAAGCGCACGGCCACCCTCAGCATGAGGAACAC560GAGCGTCATGAAGAAAGGGGGCATATTCTCTGCAGAATTT600CTGAAAGTTTTCCTTCCATCTCTGCTGCTCTCTCATTTGC640TGGCCATCGGATTGGGGATCTATATTGGAAGGCGTCTGAC680AACCTCCACCAGCACCTTTTGATGAAGAACTGGAGTCTGA720CTTGGTTCGTTAGTGGATTACTTCTGAGCTTGCAACATAG760CTCACTGAAGAGCTGTTAGATCCTGGGGTGGCCACGTCAC800TTGTGTTTATTTGTTCTGTAAATGCTGCGTTCCTAATTTA840GTAAAATAAAAGAATAGACACTAAAATCATGTTGATCTAT880AATTACACCTATGGGATCAATAAGCATGTCAGACTGATTA920ATGTCTACTGTGAAAATTTGGTAGTAAATTTTCATTTGAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。