基因總覽
BIRC6（baculoviral IAP repeat containing 6）是蛋白質編碼基因，產物屬於 BIRC6 家族，亦稱為 IAP。其蛋白質長 4,857 個胺基酸，具有多個不同類型的重複序列與結構區域，包括 BIR 重複、WD 重複、Ubiquitin-like 結構域及 UBC core。這些結構特色與其作為抗凋亡蛋白、參與泛素化調控的角色相呼應；此外，BIRC6 也與胞質分裂末期的細胞事件相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000421745 ★ | 32,357,023–32,618,878 | 74 |
| ENST00001108160 | 32,357,019–32,389,377 | 4 |
| ENST00001118315 | 32,357,019–32,397,081 | 7 |
| ENST00001128784 | 32,357,019–32,422,400 | 11 |
| ENST00001144905 | 32,357,019–32,619,582 | 74 |
| ENST00000700518 | 32,357,162–32,619,571 | 73 |
| ENST00000700519 | 32,357,162–32,619,571 | 74 |
| ENST00000648282 | 32,357,325–32,524,908 | 58 |
| ENST00000444173 | 32,433,648–32,441,435 | 4 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BIRC6 是抗凋亡蛋白，能藉由調控 caspase 活性影響細胞死亡。它的泛素化機制不同於多數 IAP：BIRC6 不含 RING 結構域，也不是 RING 型 E3 泛素連接酶，而是在同一條多胜肽中結合 E2 泛素結合酶與 E3 泛素連接酶功能。此泛素化作用由非典型 E1 泛素活化酶 UBA6 介導；反應可將泛素轉移至受體蛋白的 lysine，形成單泛素化產物。
BIRC6 可泛素化 CASP3、CASP7 與 CASP9，並抑制這些 caspase 的活性；它也會泛素化相應的 procaspase，但程度較弱。BIRC6 的泛素化標的還包括促凋亡因子 DIABLO/SMAC 與 HTRA2。DIABLO/SMAC 能與 caspase 競爭相同的結合位點，因而拮抗 BIRC6 對 caspase 的抑制；它也會抑制 BIRC6 對自噬蛋白 MAP1LC3B 的泛素化作用。
除細胞死亡調控外，BIRC6 也是胞質分裂最後階段的重要調節因子。它對囊泡正常導向 abscission site 至關重要，也關係到 midbody 與 midbody ring 的完整性，以及該處顯著的泛素修飾。這些功能將其泛素化活性與細胞分裂末期的結構維持及囊泡定位連結起來。
Promoter 與基因調控
>BIRC6 ENST00000421745 GRCh38 chr2:32356023-32357123 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACATATAGAACATACAACTCTGCATCTTGACTATGGTGCGTAGGTCTACATGTGATAAAATGACATTGAA CTATACACACATCATACAACTATCAAATCCCTCCTTTTGAGATTGTACTAGAATTATGTAATATGCAACC ATTGGGGGAAACTGGGTAAAGAGTAAATTGGATCTCTCTGTACTATCTTTGAGTAGTGTTTAGGTATTTT ATAAAAATAATGTCCTACAGTTTGGGTTTGTCAAATGGTTTTCTCATAGTTAGATAGGGGTTATGGCTTT TGGAGAGAAAGACCACAGAGGTCTGTAGTATATTTTCAACTGTAATCTATTTCAAAATAAAAAGTTTTAA AAAAATTCTCCAAGGGGGGATGATTAGTAAATTGATTAGTCCTTTCTAGACCTCCAACACACCCCACCAC ACACTCACACAGACCCACACTCCTATTAATTCCGGTAACTCGGGTTGTTTGGAATGTGGATAGAGAAACT AAGCTTAACTATGCGCTTCCAGCACCTCGTATCTGGTACTTCTGTTCAACAGAAAGCCTTGGGAATGGGG AGGGCAGGCGTGGTAAAAGGTACAGGTTTGGGAAGGTCGCTCGGTTCCTTCCAATCCAAACGAGAGGCTT CTGATTGTTTATTCTCACACCAGAGCCGTGACCGAGACCCAGAGGTCCGCTTCCGGCCACGGCCGAACAG CTGCACCGTGCGTACCGGGAACGGTCAAGGCGCAGCTGGAACCGCTGCAAAAGGCCTCCGGGCGTACCGG ACAGGTCGCAAGGGCGGGGGTCCCCACCTAGCGGAAATGCACGGAGGCCAACCCCTCCCCCTGCCCCCGC GAGGAGCGGGGCGGACTCGGCAGCCGCCACTCCCCAGGCTCACAGGAAGAAACTGGGACGCTGCGGACGC GGAACTGGCCAGACCCGCGGCGCGTGGCACGCGCGAGCCCTCCCGCGCATGCTCCACCCGCCGGCCTCCA GCCCGCGCCCCGGGCCCCGCCTCCCTCCCTGCTTCTCCCCCTCTCCCGTCAGCCTCCCTCCGAGTTTGGC CCCTCCGGCCGGGCGATCGACGTTCCGCGTGCGTGCGGGCGCCTGACTTCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BIRC6_1 ↗ | 2:32,357,123 | 正股 | 32,357,074–32,357,133 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_B8FD8 · promoter · 32356533–32357172 · regulatory
ENSR2_59LH6T · CTCF_binding_site · 32356980–32357001 · regulatory
ENSR2_59LH83 · CTCF_binding_site · 32357235–32357256 · regulatory
ENSR2_59LH9K · CTCF_binding_site · 32357564–32357585 · regulatory
ENSR2_8XNL7 · enhancer · 32360508–32360741 · regulatory
· motif · 32356163–32356174 · motif
· motif · 32356301–32356312 · motif
· motif · 32356658–32356673 · motif
· motif · 32356665–32356687 · motif
· motif · 32356665–32356687 · motif
· motif · 32356700–32356709 · motif
· motif · 32356794–32356809 · motif
· motif · 32356820–32356831 · motif
· motif · 32356822–32356831 · motif
· motif · 32356928–32356939 · motif
· motif · 32356928–32356939 · motif
· motif · 32356953–32356969 · motif
· motif · 32356953–32356969 · motif
· motif · 32356976–32356987 · motif
· motif · 32356976–32356987 · motif
· motif · 32356982–32356998 · motif
· motif · 32357096–32357107 · motif
· motif · 32357096–32357107 · motif
· motif · 32357122–32357131 · motif
· motif · 32357122–32357133 · motif
· motif · 32357122–32357133 · motif
· motif · 32357146–32357159 · motif
· motif · 32357221–32357232 · motif
· motif · 32357229–32357244 · motif
· motif · 32357237–32357253 · motif
· motif · 32357244–32357254 · motif
· motif · 32357253–32357270 · motif
· motif · 32357291–32357304 · motif
· motif · 32357297–32357310 · motif
· motif · 32357326–32357342 · motif
· motif · 32357475–32357490 · motif
· motif · 32357566–32357582 · motif
· motif · 32357623–32357632 · motif
· motif · 32357874–32357881 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：4857 aa
BIRC6 蛋白長 4,857 個胺基酸，含有一個 BIR 重複（胺基酸 268–377）、七個 WD 重複、Ubiquitin-like 結構域（3819–4068）及 UBC core（4573–4740）。另有多段被註記為無序區。位於 3189–3193 的 HRRAR loop 對 DIABLO/SMAC 與 HTRA2 結合很重要。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BIRC6 的定位隨細胞週期改變。 間期時可見於 trans-Golgi network 膜與胞內體，並集中在中心粒周圍區域；中期有部分移至紡錘體極。 至末期及胞質分裂期間，部分蛋白移至紡錘體中區，並定位於 midbody ring。 abscission 完成後，BIRC6 隨 midbody 殘餘結構進入其中一個子細胞，直到下一次細胞分裂形成新的 midbody ring 前仍與之結合。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Midbody, Midbody ring。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- AKAP9Q99996 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- C3orf20Q8ND61 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- EXOC4Q96A65 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIF23Q02241 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- MAP2K1Q02750 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- OSBPL2Q9H1P3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PLK1P53350 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TMEM135Q86UB9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
BIRC6 可形成反向平行同源二聚體，也與 RNF41 及多種蛋白質有互作。它與 DIABLO/SMAC 的互作會阻擋底物結合位點，並抑制 BIRC6 對 caspase 抑制活性；來源指出，BIRC6 可能對 SMAC 二聚體的親和力高於單體。其他互作對象包括 KIF23/MKLP1、USP8/UBPY、BIRC5/survivin、MAP2K1/MEK1、RAB8A/RAB8、RAB11A/RAB11、PLK1、EXOC3/SEC6 與 EXOC4/SEC8。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BIRC6 是抗凋亡 IAP，透過調控 caspase 與泛素化參與細胞死亡控制。它不含 RING 結構域，而在單一多胜肽中兼具 E2 與 E3 活性，泛素化由 UBA6 介導；標的包括 CASP3、CASP7、CASP9、其 procaspase、DIABLO/SMAC、HTRA2 與 MAP1LC3B。DIABLO/SMAC 可競爭 caspase 結合位點並抑制相關作用。BIRC6 也參與胞質分裂末期，維持囊泡導向 abscission site 及 midbody 結構。 | 含實驗來源 | 證據與來源Anti-apoptotic protein known as inhibitor of apoptosis (IAP) which can regulate cell death by controlling caspases and by acting as an E3 ubiquitin-protein ligase. Unlike most IAPs, does not contain a RING domain and it is not a RING-type E3 ligase. Instead acts as a dual E2/E3 enzyme that combines ubiquitin conjugating (E2) and ubiquitin ligase (E3) activities in a single polypeptide. Ubiquitination is mediated by a non-canonical E1 ubiquitin activating enzyme UBA6. Ubiquitinates CASP3, CASP7 and CASP9 and inhibits their caspase activity; also ubiquitinates their procaspases but to a weaker extent. Ubiquitinates pro-apoptotic factors DIABLO/SMAC and HTRA2. DIABLO/SMAC antagonizes the caspase inhibition activity of BIRC6 by competing for the same binding sites as the caspases. Ubiquitinates the autophagy protein MAP1LC3B; this activity is also inhibited by DIABLO/SMAC. Important regulator for the final stages of cytokinesis. Crucial for normal vesicle targeting to the site of abscission, but also for the integrity of the midbody and the midbody ring, and its striking ubiquitin modification PMID 14765125 ↗ · PMID 15200957 ↗ · PMID 18329369 ↗ · PMID 36758104 ↗ · PMID 36758105 ↗ · PMID 36758106 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + N(6)-monoubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + N(6)-monoubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 36758104 ↗ · PMID 36758105 ↗ · PMID 36758106 ↗ |
| 交互作用 | BIRC6 形成反向平行同源二聚體，並與 RNF41、DIABLO/SMAC 及多種其他蛋白互作。它可能較偏好結合 SMAC 二聚體而非單體；DIABLO/SMAC 互作會阻擋底物結合位點，並抑制 BIRC6 對 caspase 抑制活性。其他互作對象包括 KIF23/MKLP1、USP8/UBPY、BIRC5/survivin、MAP2K1/MEK1、RAB8A/RAB8、RAB11A/RAB11、PLK1、EXOC3/SEC6 與 EXOC4/SEC8。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer; antiparallel. Interacts with RNF41. Interacts with DIABLO/SMAC, likely with higher affinity to SMAC dimer than SMAC monomer; this interaction blocks the substrate-binding site and inhibits the caspase inhibition activity of BIRC6. Interacts with KIF23/MKLP1, USP8/UBPY, BIRC5/survivin, MAP2K1/MEK1, RAB8A/RAB8, RAB11A/RAB11, PLK1, EXOC3/SEC6 and EXOC4/SEC8 PMID 14765125 ↗ · PMID 15200957 ↗ · PMID 18329369 ↗ · PMID 36758104 ↗ · PMID 36758105 ↗ · PMID 36758106 ↗ |
| 細胞定位 | BIRC6 的細胞內定位隨細胞週期變動：間期位於 trans-Golgi network 膜與胞內體，並集中於中心粒周圍區域；中期部分移至紡錘體極，末期及胞質分裂期間則移至紡錘體中區與 midbody ring。abscission 完成後，BIRC6 隨 midbody 殘餘結構進入一個子細胞，並維持結合，直到下次細胞分裂形成新的 midbody ring。 | 含實驗來源 | 證據與來源Golgi apparatus, trans-Golgi network membrane; Endosome; Cytoplasm, cytoskeleton, spindle pole; Cytoplasm, cytoskeleton, microtubule organizing center, centrosome; Midbody, Midbody ring; Exhibits cell cycle-dependent localization. Concentrates in a pericentriolar compartment in interphase, moves partially to spindle poles in metaphase, and finally localizes to the spindle midzone and the midbody in telophase and during cytokinesis. On the midbody, localizes to the midbody ring, also called Flemming body. In interphase cells, localizes to the trans-Golgi network membrane and endosomes. During cytokinesis, a fraction moves to the midzone where it specifically arrives at the midbody ring. After abscission completion, travels with the midbody remnant into one daughter cell, and remains bound to it until a new midbody ring is formed during the next cell division PMID 18329369 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTCCCTCCCTGCTTCTCCCCCTCTCCCGTCAGCCTCCCTC40CGAGTTTGGCCCCTCCGGCCGGGCGATCGACGTTCCGCGT80GCGTGCGGGCGCCTGACTTCACTTCCGGCTAACGCGCTCG120GCTTGCCCCCTGGCCCCGGATGGTGACTGGTGGTGGTGCT160GCACCTCCCGGGACTGTCACTGAGCCGCTTCCCAGTGTGA200TTGTGCTGAGCGCAGGCCGGAAGATGGCGGCTGCGGCTGC240GGCGGCCTCGGGCCCCGGCTGCTCCTCGGCGGCGGGGGCG280GGGGCGGCCGGGGTCTCAGAGTGGCTGGTGCTGCGGGACG320GCTGCATGCACTGCGACGCCGACGGGCTGCACAGCCTGTC360CTACCACCCTGCGCTCAACGCCATCCTGGCCGTCACTAGC400CGCGGGACCATCAAAGTCATCGACGGCACCTCGGGGGCCA440CACTGCAGGCCTCCGCGCTCAGTGCTAAACCAGGTGGACA480GGTGAAATGTCAGTATATCTCTGCTGTGGATAAAGTTATA520TTTGTGGATGATTATGCAGTAGGGTGTAGGAAGGACCTTA560ATGGAATCTTGTTGTTAGACACTGCTCTGCAAACTCCAGT600TTCAAAGCAGGATGATGTGGTTCAGCTTGAATTACCCGTT640ACAGAGGCACAGCAGCTCTTATCAGCATGTTTAGAAAAGG680TAGATATTTCTAGTACAGAGGGTTATGATTTGTTCATCAC720ACAGCTCAAAGATGGTTTAAAAAATACATCTCATGAGACT760GCAGCAAACCACAAAGTTGCTAAGTGGGCCACAGTTACAT800TTCATCTTCCTCATCATGTGTTGAAGTCCATTGCCAGTGC840CATTGTAAATGAACTCAAGAAAATAAATCAAAATGTTGCT880GCCTTACCTGTGGCGTCCTCAGTGATGGACAGATTGTCTT920ACCTCTTACCTAGTGCACGTCCAGAACTCGGAGTGGGGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。