基因總覽
BID(BH3 interacting domain death agonist)是由蛋白質編碼基因 BID 產生的蛋白質,含有 BH3 motif。來源資料將它描述為參與細胞凋亡的因子,並指出其活性與切割及粒線體轉位有關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000622694 ★ | 17,734,138–17,774,469 | 6 |
| ENST00000317361 | 17,734,138–17,774,016 | 6 |
| ENST00000614949 | 17,734,138–17,774,495 | 5 |
| ENST00000399765 | 17,734,138–17,774,489 | 4 |
| ENST00000399767 | 17,734,138–17,774,495 | 5 |
| ENST00000551952 | 17,734,138–17,774,665 | 6 |
| ENST00000890844 | 17,734,138–17,774,539 | 6 |
| ENST00000890845 | 17,734,138–17,774,495 | 6 |
| ENST00000890846 | 17,734,138–17,774,491 | 6 |
| ENST00000890847 | 17,734,138–17,773,983 | 7 |
| ENST00000890848 | 17,734,138–17,773,983 | 6 |
| ENST00000890849 | 17,734,138–17,774,746 | 6 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BID 可促進 caspase 活化與細胞凋亡;相關資料亦以 ICE-like proteases 描述其促進的蛋白酶活性。另有一筆資料指出 BID 可抵消 BCL2 的保護作用,但此項註記標示為 By similarity,屬相似性推論,不應視為同等程度的直接證據。來源亦有「不誘導細胞凋亡」的記錄,因此其功能敘述並非所有條目都一致,不能據此概括為在所有情境下均會促進凋亡。
切割後,BID 會轉位至粒線體,並破壞粒線體外膜,促使 cytochrome c 釋出;這些事件與 caspase 活化及凋亡相連。現有資料未提供促成切割的條件或完整分子步驟,因此不宜進一步推定其上游調控機制。
Promoter 與基因調控
>BID ENST00000622694 GRCh38 chr22:17774369-17775469 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAAGGAACTTGGCTTTTATTCAGAGGATGTTAAAGCGTGAGTGACATCCTCTGACCTTTTATAAAAGAGG CAAGAGTCTAGGGAGCCCGGGTAGAAGTGAGGGCGTCTGGAGGAGCCACAGTGGGCTCAGGGAGTGAGCC CACGCGAGGGCGCAGAGCAACTGGACGCTCCAACAGGGCTGGTGGAAGTGCCGAACGGTGTGCATCACCT TGGAAAGCAGGCAGTTTTTAATACCATGAAGCTCGTCCAGCCCTATGATTCGCATTTCCACTCCTAGGTA TCACACTCAAGAGAAGTGAAGACGCCCACAAAGGGCTCTGCAGCAGCACTGCCGGTGAGAGCTGCATCCG GGGATGCATGGACTGGCCTGTCATTCCAGCACCTTGGGAGGCCGAGGTGGGAAGCATCGCTGGAGCCCAG GAGTTCGAGACCAGCCTGAGACCTCCAGAGGTGGAGACCCCCCCCCCACCACCTCCACTAAAAACTGAAA AAGAAATTAGTTGGGTGTGGTGTGCGCCTGTAGTCCCAGCATTATCTATATGTTAAACTGATGTTTTAAA TCAGAGTTGATATCCAAATAATTAAAGAATAAACAACAAGCACAGGGACTGGTGAGGGGCTGGGCCAGAT TCTCTGCAACCCACATGGCTTCACCCACTTTCCAAACCCCTGGTTCCGTGAGGACCTAGAATGACCACCC CAGACTGTTCCAGAAACAGCCTGGGGATTCTGAATGTTTCCCAGAGAATCATTAGGAATTATCCCAGCGG CGCTGGAGTAAGTGGCCAACTTAAAGTTGGACGACACTGTCTGAAACAGTCGCGTAAGGGGTAAGGGTGG AAAGCCTGGTTCTCACTGCGCTGCCGGCTCCCCGCCCCGCTCCACAGCCCCGCGCCGGCGCGGGCTCCCC GGGTCCCCGCAAGCCGCCGGGGGCGGGCCGGGGCGGGCCGGGGCGGGCCCGGGCGTGGGGGGCCGAAGGA GGAAGCGCGCGGGGCGCCATAAGGAGGAAGCGGGTAGTCGACCGTGTCCGCGCGCCTGGGAGACGCTGCC TCGGCCCGGACGCGCCCGCGCCCCCGCGGCTGGAGGGTGGTGAGTGCACCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BID_1 ↗ | 22:17,774,469 | 負股 | 17,774,459–17,774,518 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR22_DTRS · enhancer · 17771509–17774005 · regulatory
ENSR22_B5J8J · promoter · 17774006–17774920 · regulatory
ENSR22_993HC · enhancer · 17775293–17775599 · regulatory
ENSR22_B5J8X · promoter · 17777019–17777600 · regulatory
ENSR22_993J3 · enhancer · 17777601–17778102 · regulatory
ENSR22_B5J95 · enhancer · 17778343–17778863 · regulatory
ENSR22_B5J9B · enhancer · 17779467–17780012 · regulatory
· motif · 17770293–17770305 · motif
· motif · 17770414–17770425 · motif
· motif · 17770416–17770427 · motif
· motif · 17770671–17770684 · motif
· motif · 17771542–17771553 · motif
· motif · 17771542–17771553 · motif
· motif · 17771542–17771555 · motif
· motif · 17771577–17771597 · motif
· motif · 17771688–17771701 · motif
· motif · 17771724–17771737 · motif
· motif · 17771730–17771743 · motif
· motif · 17771840–17771849 · motif
· motif · 17771846–17771859 · motif
· motif · 17771960–17771972 · motif
· motif · 17772029–17772042 · motif
· motif · 17772029–17772042 · motif
· motif · 17773100–17773115 · motif
· motif · 17773101–17773112 · motif
· motif · 17773108–17773115 · motif
· motif · 17773319–17773332 · motif
· motif · 17773319–17773332 · motif
· motif · 17773418–17773426 · motif
· motif · 17773667–17773674 · motif
· motif · 17773766–17773779 · motif
· motif · 17773766–17773779 · motif
· motif · 17773774–17773781 · motif
· motif · 17773868–17773885 · motif
· motif · 17773947–17773960 · motif
· motif · 17774232–17774239 · motif
· motif · 17774324–17774336 · motif
· motif · 17774326–17774333 · motif
· motif · 17774390–17774403 · motif
· motif · 17774441–17774457 · motif
· motif · 17774458–17774471 · motif
· motif · 17774541–17774556 · motif
· motif · 17774581–17774597 · motif
· motif · 17774971–17774991 · motif
· motif · 17776871–17776882 · motif
· motif · 17776918–17776933 · motif
· motif · 17776923–17776935 · motif
· motif · 17776926–17776933 · motif
· motif · 17776979–17776994 · motif
· motif · 17777238–17777249 · motif
· motif · 17777238–17777249 · motif
· motif · 17777238–17777251 · motif
· motif · 17777270–17777279 · motif
· motif · 17777447–17777462 · motif
· motif · 17777455–17777462 · motif
· motif · 17777524–17777536 · motif
· motif · 17777579–17777592 · motif
· motif · 17777658–17777671 · motif
· motif · 17779365–17779372 · motif
· motif · 17779452–17779463 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:195 aa
BID 蛋白長 195 個胺基酸,序列註解標示一段 BH3 motif,位置為第 86 至 100 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
未切割的 BID 主要位於細胞質;切割後可轉位至粒線體膜。 不同異構型的定位有所差異:Isoform 1 與 Isoform 3 位於細胞質,而 Isoform 2 有相當比例位於粒線體,且可能持續遭切割。 p15 形式在切割後轉位至粒線體;p13 形式則與粒線體膜相關。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 12 個夥伴
- AHCYL1O43865 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- BAK1Q16611 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- BAXQ07812 · UniProt INTERACTION · 17 experiments
- BCL2P10415 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- BCL2L1Q07817 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- BCL2L2Q92843 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- CAV1Q03135 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DDIT4LQ96D03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCL1Q07820 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RELQ04864 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- Bcl2a1Q07440 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- OPG035P17361 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
BID 可與促凋亡蛋白 BAX 或抗凋亡蛋白 BCL2 形成異源二聚體,此項記錄為 By similarity。另有直接互作紀錄包括 PLEKHN1 與 ITCH;與 MTCH2 的互作同樣標示為 By similarity。BID 也會與 humanin 互作並形成纖維,使 BID 發生構形變化並被纖維滯留,從而阻止 BID 活化;humanin 與 BID 的互作亦被報告可抑制 BID 誘導的凋亡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 13 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BID 可誘導 caspase 活化並促進細胞凋亡;另有相似性推論指出,它能抵消 BCL2 的保護作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Induces caspases and apoptosis. Counters the protective effect of BCL2 (By similarity) PMID 14583606 ↗ |
| 功能 | BID 可促進 caspase 活化與細胞凋亡。切割後,BID 轉位至粒線體並破壞粒線體外膜,導致 cytochrome c 釋出。 | 含實驗來源 | 證據與來源Induces caspase activation and apoptosis. Translocates to mitochondria following cleavage and disrupts the outer mitochondrial membrane leading to the release of cytochrome c PMID 10480954 ↗ · PMID 15661737 ↗ · PMID 32029622 ↗ · PMID 9727491 ↗ |
| 功能 | BID 可誘導 ICE-like proteases,並促進細胞凋亡。 | 含實驗來源 | |
| 功能 | 此筆註記指出 BID 不會誘導細胞凋亡。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | BID 可與促凋亡蛋白 BAX 或抗凋亡蛋白 BCL2 形成異源二聚體;此項為相似性推論。另有 BID 與 PLEKHN1 互作的記錄。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms heterodimers either with the pro-apoptotic protein BAX or the anti-apoptotic protein BCL2 (By similarity). Interacts with PLEKHN1 PMID 29531808 ↗ |
| 交互作用 | BID 與 humanin 互作並形成纖維;此過程使 BID 發生構形變化並被滯留於纖維中,因而阻止 BID 活化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with humanin; forms fibers with humanin which results in BID conformational changes and sequestering of BID into the fibers, preventing BID activation PMID 15661737 ↗ · PMID 33106313 ↗ |
| 交互作用 | BID 與 ITCH 及 humanin 互作;humanin 的互作可阻止 BID 誘導的細胞凋亡。BID 與 MTCH2 的互作則為相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with ITCH. Interacts with humanin; the interaction prevents BID-induced apoptosis. Interacts with MTCH2 (By similarity) PMID 15661737 ↗ · PMID 20392206 ↗ |
| 細胞定位 | BID 可位於細胞質、粒線體膜及粒線體外膜;未切割時主要分布於細胞質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Mitochondrion membrane; Mitochondrion outer membrane; When uncleaved, it is predominantly cytoplasmic PMID 14583606 ↗ · PMID 29531808 ↗ |
| 細胞定位 | BH3-interacting domain death agonist p15 位於粒線體膜,並在切割後轉位至粒線體。 | 含實驗來源 | 證據與來源BH3-interacting domain death agonist p15; Mitochondrion membrane; Translocates to mitochondria following cleavage PMID 9727491 ↗ |
| 細胞定位 | BH3-interacting domain death agonist p13 與粒線體膜相關。 | 推論支持 | 證據與來源BH3-interacting domain death agonist p13; Mitochondrion membrane; Associated with the mitochondrial membrane |
| 細胞定位 | BID 的 Isoform 1 位於細胞質。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | BID 的 Isoform 3 位於細胞質。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | BID 的 Isoform 2 有相當比例定位於粒線體,且可能持續遭切割。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 2; Mitochondrion membrane; A significant proportion of isoform 2 localizes to mitochondria, it may be cleaved constitutively PMID 14583606 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AAGGAGGAAGCGGGTAGTCGACCGTGTCCGCGCGCCTGGG40AGACGCTGCCTCGGCCCGGACGCGCCCGCGCCCCCGCGGC80TGGAGGGTGGTCGCCACTGGGACACTGTGAACCAGGAGTG120AGTCGGAGCTGCCGCGCTGCCCAGGCCATGGACTGTGAGG160TCAACAACGGTTCCAGCCTCAGGGATGAGTGCATCACAAA200CCTACTGGTGTTTGGCTTCCTCCAAAGCTGTTCTGACAAC240AGCTTCCGCAGAGAGCTGGACGCACTGGGCCACGAGCTGC280CAGTGCTGGCTCCCCAGTGGGAGGGCTACGATGAGCTGCA320GACTGATGGCAACCGCAGCAGCCACTCCCGCTTGGGAAGA360ATAGAGGCAGATTCTGAAAGTCAAGAAGACATCATCCGGA400ATATTGCCAGGCACCTCGCCCAGGTCGGGGACAGCATGGA440CCGTAGCATCCCTCCGGGCCTGGTGAACGGCCTGGCCCTG480CAGCTCAGGAACACCAGCCGGTCGGAGGAGGACCGGAACA520GGGACCTGGCCACTGCCCTGGAGCAGCTGCTGCAGGCCTA560CCCTAGAGACATGGAGAAGGAGAAGACCATGCTGGTGCTG600GCCCTGCTGCTGGCCAAGAAGGTGGCCAGTCACACGCCGT640CCTTGCTCCGTGATGTCTTTCACACAACAGTGAATTTTAT680TAACCAGAACCTACGCACCTACGTGAGGAGCTTAGCCAGA720AATGGGATGGACTGAACGGACAGTTCCAGAAGTGTGACTG760GCTAAAGCTCGATGTGGTCACAGCTGTATAGCTGCTTCCA800GTGTAGACGGAGCCCTGGCATGTCAACAGCGTTCCTAGAG840AAGACAGGCTGGAAGATAGCTGTGACTTCTATTTTAAAGA880CAATGTTAAACTTATAACCCACTTTAAAATATCTACATTA920ATATACTTGAATGAAAATGTCCATTTACACGTATTTGAAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。