演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

BCRP3BCR3

BCR pseudogene 3

BCRP3 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens22q11.23
OFFICIAL SYMBOL
BCRP3
CHROMOSOME
22
LOCUS TYPE
transcribed_unprocessed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

BCRP3 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 BCR pseudogene 3。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 22q11.23。

Official symbol
BCRP3
Gene name
BCR pseudogene 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:1016
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
BCR3BCRL6BCRL3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2222q11.23
chr22 · 50,818,468 bp · GRCh38chr22p13 · 1–4300000 · gvarchr22p12 · 4300001–9400000 · stalkchr22p11.2 · 9400001–13700000 · gvarchr22p11.1 · 13700001–15000000 · acenchr22q11.1 · 15000001–17400000 · acenchr22q11.21 · 17400001–21700000 · gnegchr22q11.22 · 21700001–23100000 · gpos25chr22q11.23 · 23100001–25500000 · gnegchr22q12.1 · 25500001–29200000 · gpos50chr22q12.2 · 29200001–31800000 · gnegchr22q12.3 · 31800001–37200000 · gpos50chr22q13.1 · 37200001–40600000 · gnegchr22q13.2 · 40600001–43800000 · gpos50chr22q13.31 · 43800001–48100000 · gnegchr22q13.32 · 48100001–49100000 · gpos50chr22q13.33 · 49100001–50818468 · gnegBCRP3pq1 bp50,818,468 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr22:24,644,791–24,650,832
Gene span
6,042 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000382243 ★24,644,791–24,650,8327

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 24644791 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>BCRP3 ENST00000382243 GRCh38 chr22:24643791-24644891 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TTTAATACAGACAAGGTCTCACTATATTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTCATGGGCTCAAGTGATACTCCT
GCCTCGGCCTTTCAAAGTGCTGATATCACAGGCAGGGTTTCCATTTTTTAAAGCTCCCAGCAGTGGTATA
AACTCCTCCTTTCCAGAGAAAGCGCACTCTGTCCGCATCCCTCATGTTGTCCTCTCCTGCCTCTGCTTAG
GGTTCACTCCGGGGGAAAGTGCCACTTGAGAGTTTCCTTTTTGTGTGTGGTTCTGACTGACTGCTCCCTG
CTCACAGATGCTGATTCTCAGGGTGGGGTCCCTGAGGCCTGGAGTGTGGCCTCTGACGACCTTCAGGGCC
AGGTGTGGAATGAGAGCCTGTGGCCACATGGCCCCCGGTGGGAGACGTCCCGCCGCCCTTTGCTTCTCTG
TGCCACTCTGGCTGCACAGTTCAGAGCCTTGGGAAATGTTAACCAGTAGGACCTAGACGGGGAGGTGAGA
AGGGGTCACCCCCCAGGTGTGCCTGTGGTGAGCCTTCGTGCTGAGCAGGTGCAGGGAGGGAGGCCCAGGT
GCACACACCTGTGAAGTAGGGGCAGCTGGCTGGGCTCCTTGACCTGCTCCAGAGCTTCTTATTTTCTGGC
CACTTCACCTGCAGAAGGCCCAGGTGGCTGTGGCCTCTAGGGTCCCTTGCCTGTCCTCAGCTCCCAACTG
GGAGGGGCAGAGGGAGGAGGGGGTGGAGACCCCAGGCAGCAGGGCTCTGGGAGCAGTGGGGCCCTGGGTC
CCAGGGGTGTCTGGCAGGCCCCTCCTTACTCTACGTCTCGGCCTCTGGATGGAGGTGCTGGCTGCAGTCG
GGCTCTGCCTCTGACTAAGGGTTGGGGAAGTGGCGGGTGTGGGCTGCTGCCCCGTGGGGCCTCTGAACAG
ACCCCAGGGCCTCTGCCAATCATGACTCCTTCCTTTCAGCTGGACCCGCAGGCCCTGCAGGACAGAGACT
GGCAGCGCGCCGTCATCGCCATGAATGGGGTACGTGTCCGTGGGACTCTCCTGGCGCCCACTTCCCCCAG
AAGGATAGGGTGGCCTCTGTTCATTTCAAATCAGTCAGAGGTGGCTGAGCC
BCRP3 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR22_9CR5D · enhancer · 24645899–24646340 · regulatory

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

BCRP3 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000382243 ★transcribed_unprocessed_pseudogene753 nt7

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000382243 · 753 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGAATGGGATCGAAGTAAAGCTCTCGGTCAAGTTCAACA40
41GCAGGGAGTTCAGCTTGAAGAGGATGCCGTCCCGAAAACA80
81GACAGGGGTCTTCGGAGTCAAGATTGCTGTGGTCACCAAG120
121AGAGAGAGGTCCAAGGTGCCCTACATCATGCGCCAGTGCG160
161TGGAGGAGATCGAGCGCCGAGGCATGGAGGAGGTGGGCAT200
201CTACCGCGTGTCCGGTGTGGCCACGGACATCCAGGCACTG240
241AAGGCAGGCTTCAACGTCAATAACAAGGACGTGTCGGTGA280
281TGATGAGCGAGATGGACGTGAACGCCATCGCAGGCACGCT320
321GAAGCTGTACTTCCGTGAGCTGCCCGAGCCCCTCTTCACT360
361GACGAGTTCTACCCCAACTTCGCAGAGGGCATCGCTCTTT400
401CAGACCCAGTTGCAAGGAAGAGCTGCATGCTCAACCTGTT440
441GTTGTCCCTGCCGGAGGCCAACCTGCTCACCTTCCTTTTC480
481CTTCTAGACCACCTGGAAAGGGTGGCAGAGAAGGAGGCGG520
521TCAATAAGGTGTCCCTGCACAACCTCGCCACTGTCTTTGG560
561CCCCACGCTGCTCCGGCCCTCCGAGAAGGAGAGCAAGCTC600
601CCTGCCAACCCCAGCCAGCCTGTCACCATGACTGACAGCA640
641GGTCCTTGGAGGTCATGTCTCAGGACGAGGTGCTGCTGTA680
681CTTCTTGCGGCTGGAGGCCATCCCTGCCCTGAACAGCAAG720
721AGACAGAGCATCCTGTTCTCCACCGATGTCTAA753

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。