基因總覽
BCL6 基因是蛋白質編碼基因，其產物為 BCL6 transcription repressor，也稱 B-cell lymphoma 6 protein。這是一種轉錄抑制因子，來源指出其主要參與生發中心形成與抗體親和力成熟，並在不同細胞譜系及生物學功能中透過不同作用方式運作。蛋白質具有 BTB domain，並在靠近 C 端處含有六個 C2H2 型鋅指；此外，序列中也標註了不定型區域，以及一段與 NuRD complex 互作和轉錄抑制活性相關的區域。這些結構註記呈現其具備與其他蛋白質互作及執行轉錄調控功能的特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000406870 ★ | 187,721,381–187,745,468 | 10 |
| ENST00000621333 | 187,721,377–187,745,725 | 9 |
| ENST00000232014 | 187,721,377–187,736,569 | 10 |
| ENST00000450123 | 187,721,377–187,734,882 | 8 |
| ENST00001140688 | 187,721,377–187,745,725 | 10 |
| ENST00000430339 | 187,731,727–187,734,947 | 3 |
| ENST00000438077 | 187,731,780–187,737,944 | 4 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BCL6 transcription repressor 的主要作用之一，是支持生發中心（GC）的形成與抗體親和力成熟。它會與不同的共抑制因子及 histone deacetylases 形成複合體，抑制不同目標基因集合的轉錄。抑制可透過直接結合 DNA 上的 BCL6-binding site（5'-TTCCTAGAA-3'）進行，也可藉由降低轉錄因子的活性間接達成；作用方式會隨細胞譜系及生物學功能而異。
在 GC B 細胞中，BCL6 抑制參與分化、發炎、凋亡與細胞週期調控的基因，並調節自身的轉錄表現。它也可透過抑制特定 microRNA（例如 miR155）的表現，間接提高部分 GC 反應相關基因（例如 AICDA）的表現。這些調控有助於 GC B 細胞在 T 細胞依賴性抗原刺激下快速增殖，並使細胞能耐受免疫球蛋白類別轉換重組與體細胞高突變所需的生理性 DNA 斷裂，而不引發 p53/TP53 依賴的凋亡反應。受到基因毒性壓力時，BCL6 也以 p53/TP53 依賴及非依賴的方式調控 GC B 細胞的細胞週期停滯。
在濾泡輔助型 CD4(+) T 細胞（T(FH)）中，BCL6 促進 T(FH) 相關基因表現，同時抑制 T(H)1、T(H)2 與 T(H)17 細胞的分化。它也參與 T 細胞與 B 細胞免疫記憶的建立及維持。在巨噬細胞中，BCL6 可與 STAT5 競爭特定目標基因上的 STAT-binding motifs，抑制細胞增殖；來源列出的目標包括 CCL2 與 CCND2。
除免疫細胞相關作用外，BCL6 也參與神經生成。它會改變特定 NOTCH 目標（例如 HES5）上 NOTCH 依賴性轉錄複合體的組成，包括招募 deacetylase SIRT1；來源將此過程描述為造成表觀遺傳沉默，並導向神經元分化。
Promoter 與基因調控
>BCL6 ENST00000406870 GRCh38 chr3:187745368-187746468 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GACACACTTCAGCAAAAGTCCAAGGGGGAAAAAGAAAATTGCACCAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTG GGGGCTGGGATTGTTACATATGGCCAAAAATTTAAGCTTCTTTCAATAGTATTAGTATTGAAATAATACA TCTTTAAAACGCTTGAGGGATTAGATAGGGAAAGAAAAGGCACGTACAAAAAAATCCAACCGATGCCGAT CCTGTGATTTACGTAACACCACAAACTTGCAAAAGGCAAAAAATCAGAAGCAAAAATCCATAAACCATCA AAATACAGAAACCAAAAATCCCAAGCCACCACACCAGAAAGAAAAAAACCCAGAACAACAGCAAAAACCC CTGTCCTAAATAAAAATAAAGCAAATGAACCCACCGAAAACTGCTTGGCAAATATTTTTCTCGTGGTGCC TAATATTCTAGTTGGAAAGAGCTGTGATGTTTATTTTATTTTATTTTTCTCTTACTCGCCTCTCTAACCC TACTATATATATAACATACTTTTCCCAGTGGTTCAAACCTCTCGCTCCCTTTTGTGCATTTAGCTCGATC TGCTGAGTTTATGGGTAAGAAAGAAGGAATTAGCCCCAGACCCCGGGAAAGCAAAGCGCACTCCCCCTCT TATGTCACCGAATAGCAAATTAGTTCTCAGAATTCCAGAGGCCGAGCTTTGCTACAGCGAAGGCGCCGAC GTCACAGAGGAGGAGCCCACGTGATGGTGGCGGAGCAGGCCATACCATCGTCTTGGGCCCGGGGAGGGAG AGCCACCTTCAGGCCCCTCGAGCCTCGAACCGGAACCTCCAAATCCGAGACGCTCTGCTTATGAGGACCT CGAAATATGCCGGCCAGTGAAAAAATCTTGTGGCTTTGAGGGCTTTTGGTTGGCCAGGGGCAGTAAAAAT CTCGGAGAGCTGACACCAAGTCCTCCCCTGCCACGTAGCAGTGGTAAAGTCCGAAGCTCAAATTCCGAGA ATTGAGCTCTGTTGATTCTTAGAACTGGGGTTCTTAGAAGTGGTGATGCAAGAAGTTTCTAGGAAAGGCC GGACACCAGGTGATTATTGCTGTTGCTGCCGCCGCTGCTGCTGCTACTGCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BCL6_2 ↗ | 3:187,736,501 | 負股 | 187,736,491–187,736,550 |
| BCL6_1 ↗ | 3:187,745,468 | 負股 | 187,745,458–187,745,517 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_53M69JG · CTCF_binding_site · 187741028–187741049 · regulatory
ENSR3_53M69PS · CTCF_binding_site · 187742186–187742207 · regulatory
ENSR3_53M69S5 · CTCF_binding_site · 187742678–187742699 · regulatory
ENSR3_53M69TM · CTCF_binding_site · 187743010–187743031 · regulatory
ENSR3_B3D8ZX · promoter · 187743196–187743741 · regulatory
ENSR3_CNM23 · enhancer · 187743742–187744895 · regulatory
ENSR3_B3D928 · promoter · 187744896–187745902 · regulatory
ENSR3_87J34T · enhancer · 187748634–187748823 · regulatory
ENSR3_CNM2G · enhancer · 187749138–187751076 · regulatory
· motif · 187740809–187740817 · motif
· motif · 187741030–187741046 · motif
· motif · 187741225–187741233 · motif
· motif · 187742188–187742204 · motif
· motif · 187742680–187742696 · motif
· motif · 187742762–187742772 · motif
· motif · 187743012–187743028 · motif
· motif · 187745744–187745753 · motif
· motif · 187745744–187745753 · motif
· motif · 187745842–187745852 · motif
· motif · 187746169–187746183 · motif
· motif · 187746175–187746185 · motif
· motif · 187747747–187747758 · motif
· motif · 187748093–187748103 · motif
· motif · 187748158–187748171 · motif
· motif · 187748158–187748171 · motif
· motif · 187748166–187748176 · motif
· motif · 187748227–187748237 · motif
· motif · 187749963–187749976 · motif
· motif · 187749987–187749997 · motif
· motif · 187750152–187750166 · motif
在樹突細胞成熟過程中，特定刺激可使 BCL6 蛋白質表現下降；來源列出的刺激包括細菌脂多醣（LPS）、CD40LG 與 zymosan。基因毒性壓力也會使蛋白質量降低，且下降程度隨刺激劑量與時間而變化。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：706 aa
BCL6 transcription repressor 長 706 個胺基酸。其 N 端含 BTB domain（第 32–99 位），C 端區域則有六個 C2H2-type zinc finger（第 518–681 位）。另有兩段標註為不定型的區域，分別位於第 317–349 位及第 407–467 位。第 376–379 位的短區域被註記為 NuRD complex 互作及轉錄抑制活性所需。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BCL6 transcription repressor 定位於細胞核；來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型間存在差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 40 個夥伴
- ANKRD53Q8N9V6-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARRDC3Q96B67 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATP23Q9Y6H3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BCL6BA8KA13 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BLZF1Q9H2G9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CFAP161Q6P656 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFAP97D1B2RV13 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNOT2Q9NZN8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CUTCQ9NTM9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FBXO11Q86XK2 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- GOLGA2Q08379 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- HDAC4P56524 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HDAC9Q9UKV0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- KIFC3Q9BVG8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLHL12Q53G59 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLHL20Q9BS75 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP13-2Q52LG2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP19-1Q8IUB9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LIMS4P0CW20 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- PBX4Q9BYU1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PFDN5Q99471 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- POF1BQ8WVV4-1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPTC7Q8NI37 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSMB4P28070 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RELQ04864-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
BCL6 可形成同源二聚體，並透過 BTB domain 直接結合共抑制因子 BCOR、NCOR1 與 SMRT/NCOR2；在目標基因啟動子上，較常形成含 BCOR 與 SMRT/NCOR2 的三元複合體。它也與 HDAC2、HDAC5、HDAC9 及 NuRD complex 成分互作。另有多種功能關係：SCF(FBXO11) complex 促進其泛素化；磷酸化時與 PIN1 的互作與基因毒性壓力下的降解有關；與 CTBP1 的互作可自我抑制其轉錄表現。
疾病與遺傳關聯
涉及 BCL6 的染色體異常與 B 細胞非何杰金氏淋巴瘤相關，包括瀰漫性大型 B 細胞淋巴瘤及濾泡性淋巴瘤。來源指出，約 40% 的瀰漫性大型 B 細胞淋巴瘤及 5–10% 的濾泡性淋巴瘤伴有染色體易位，這些易位可將異源啟動子置於 BCL6 編碼區旁而失調其表現。涉及 BCL6 的染色體異常也可能與某種 B 細胞白血病或淋巴瘤相關；來源將這些關聯表述為可能原因，並未提供足以將其一概視為因果的證據。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
| 功能面向／證據 | 功能主張 | 細胞／組織情境 實驗系統 | 干預條件 | 量測與結果 | 證據來源 |
|---|---|---|---|---|---|
| 功能 含實驗來源 | 在 GC B 細胞中，BCL6 的作用有助快速增殖並耐受免疫球蛋白類別轉換重組與體細胞高突變所需的生理性 DNA 斷裂，而不引發 p53/TP53 依賴的凋亡反應。 | 在 T 細胞依賴性抗原刺激下 GC B-cells | — | — 快速增殖 | 證據與來源An important function is to allow GC B-cells to proliferate very rapidly in response to T-cell dependent antigens and tolerate the physiological DNA breaks required for immunoglobulin class switch recombination and somatic hypermutation without inducing a p53/TP53-dependent apoptotic response. PMID 10981963 ↗ · PMID 12402037 ↗ · PMID 12414651 ↗ · PMID 12504096 ↗ · PMID 15454082 ↗ · PMID 15577913 ↗ · PMID 16142238 ↗ · PMID 17828269 ↗ · PMID 18212045 ↗ · PMID 18280243 ↗ · PMID 22113614 ↗ · PMID 23166356 ↗ · PMID 23911289 ↗ · PMID 9649500 ↗ |
| 調控 含實驗來源 | 樹突細胞成熟時，LPS、CD40LG 與 zymosan 等特定刺激會使 BCL6 下調。 | 在樹突細胞成熟期間 樹突細胞 | 細菌脂多醣（LPS）、CD40LG 與 zymosan | — Down-regulated | 證據與來源Down-regulated during maturation of dendritic cells by selective stimuli such as bacterial lipopolysaccharides (LPS), CD40LG and zymosan. PMID 16455075 ↗ · PMID 17828269 ↗ |
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BCL6 透過直接結合特定 DNA 序列或抑制轉錄因子活性，抑制目標基因表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源Represses its target genes by binding directly to the DNA sequence 5'-TTCCTAGAA-3' (BCL6-binding site) or indirectly by repressing the transcriptional activity of transcription factors. PMID 10981963 ↗ · PMID 12402037 ↗ · PMID 12414651 ↗ · PMID 12504096 ↗ · PMID 15454082 ↗ · PMID 15577913 ↗ · PMID 16142238 ↗ · PMID 17828269 ↗ · PMID 18212045 ↗ · PMID 18280243 ↗ · PMID 22113614 ↗ · PMID 23166356 ↗ · PMID 23911289 ↗ · PMID 9649500 ↗ |
| 交互作用 | BCL6 可形成同源二聚體，並透過 BTB domain 直接與數種共抑制因子互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts (via BTB domain) with the corepressors BCOR, NCOR1 and SMRT/NCOR2; the interactions are direct. PMID 12402037 ↗ · PMID 12504096 ↗ · PMID 12590135 ↗ · PMID 14690607 ↗ · PMID 15454082 ↗ · PMID 16142238 ↗ · PMID 17828269 ↗ · PMID 18212045 ↗ · PMID 18280243 ↗ · PMID 20385364 ↗ · PMID 22113614 ↗ · PMID 23911289 ↗ |
| 細胞定位 | BCL6 的細胞定位為細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 約 40% 的瀰漫性大型 B 細胞淋巴瘤及 5–10% 的濾泡性淋巴瘤與染色體易位造成的 BCL6 表現失調相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Approximately 40% of diffuse large B-cell lymphomas and 5 to 10% of follicular lymphomas are associated with chromosomal translocations that deregulate expression of BCL6 by juxtaposing heterologous promoters to the BCL6 coding domain PMID 10469447 ↗ · PMID 10753856 ↗ · PMID 11821949 ↗ · PMID 12414651 ↗ |
| 疾病關聯 | 涉及 BCL6 的染色體異常可能是某種 B 細胞白血病的原因；來源列出與 POU2AF1/OBF1 相關的 t(3;11)(q27;q23) 易位。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源A chromosomal aberration involving BCL6 may be a cause of a form of B-cell leukemia. Translocation t(3;11)(q27;q23) with POU2AF1/OBF1 |
| 疾病關聯 | 涉及 BCL6 的染色體異常可能是淋巴瘤的原因；來源列出與 ARHH/TTF 相關的 t(3;4)(q27;p11) 易位。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源A chromosomal aberration involving BCL6 may be a cause of lymphoma. Translocation t(3;4)(q27;p11) with ARHH/TTF |
核酸與蛋白質序列
AGAACTGGGGTTCTTAGAAGTGGTGATGCAAGAAGTTTCT40AGGAAAGGCCGGACACCAGGTTTTGAGCAAAATTTTGGAC80TGTGAAGCAAGGCATTGGTGAAGACAAAATGGCCTCGCCG120GCTGACAGCTGTATCCAGTTCACCCGCCATGCCAGTGATG160TTCTTCTCAACCTTAATCGTCTCCGGAGTCGAGACATCTT200GACTGATGTTGTCATTGTTGTGAGCCGTGAGCAGTTTAGA240GCCCATAAAACGGTCCTCATGGCCTGCAGTGGCCTGTTCT280ATAGCATCTTTACAGACCAGTTGAAATGCAACCTTAGTGT320GATCAATCTAGATCCTGAGATCAACCCTGAGGGATTCTGC360ATCCTCCTGGACTTCATGTACACATCTCGGCTCAATTTGC400GGGAGGGCAACATCATGGCTGTGATGGCCACGGCTATGTA440CCTGCAGATGGAGCATGTTGTGGACACTTGCCGGAAGTTT480ATTAAGGCCAGTGAAGCAGAGATGGTTTCTGCCATCAAGC520CTCCTCGTGAAGAGTTCCTCAACAGCCGGATGCTGATGCC560CCAAGACATCATGGCCTATCGGGGTCGTGAGGTGGTGGAG600AACAACCTGCCACTGAGGAGCGCCCCTGGGTGTGAGAGCA640GAGCCTTTGCCCCCAGCCTGTACAGTGGCCTGTCCACACC680GCCAGCCTCTTATTCCATGTACAGCCACCTCCCTGTCAGC720AGCCTCCTCTTCTCCGATGAGGAGTTTCGGGATGTCCGGA760TGCCTGTGGCCAACCCCTTCCCCAAGGAGCGGGCACTCCC800ATGTGATAGTGCCAGGCCAGTCCCTGGTGAGTACAGCCGG840CCGACTTTGGAGGTGTCCCCCAATGTGTGCCACAGCAATA880TCTATTCACCCAAGGAAACAATCCCAGAAGAGGCACGAAG920TGATATGCACTACAGTGTGGCTGAGGGCCTCAAACCTGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。