基因總覽
BCL11A（BCL11 transcription factor A）是蛋白質編碼基因，其產物屬於轉錄因子。蛋白質長 835 個胺基酸，具有多個 C2H2-type zinc finger，以及一個 C2HC-type zinc finger；這些鋅指結構構成其重要的分子特徵。BCL11A 與 BAF SWI/SNF chromatin remodeling complex 有關聯，並參與轉錄調控。來源另指出它與血球生成、淋巴球生成及腦部發育相關，其中部分功能描述標示為相似性推定或可能作用，解讀時需保留此證據限制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000642384 ★ | 60,457,194–60,553,654 | 4 |
| ENST00000646249 | 60,450,520–60,554,467 | 5 |
| ENST00000356842 | 60,450,520–60,554,123 | 5 |
| ENST00000359629 | 60,450,520–60,554,123 | 5 |
| ENST00000489516 | 60,450,520–60,550,925 | 5 |
| ENST00000642439 | 60,450,520–60,554,123 | 4 |
| ENST00000358510 | 60,450,520–60,554,123 | 4 |
| ENST00001041140 | 60,450,520–60,554,123 | 4 |
| ENST00001041141 | 60,450,520–60,554,123 | 3 |
| ENST00000479026 | 60,452,158–60,460,456 | 2 |
| ENST00000643222 | 60,452,314–60,550,907 | 4 |
| ENST00001143822 | 60,457,194–60,554,123 | 4 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BCL11A 是轉錄因子，能辨識目標基因調控區中的 5'-TGACCA-3' 序列基序。其結合位點包括 HBG1（hemoglobin subunit gamma-1 gene）的遠端啟動子，顯示它可直接參與特定基因的轉錄調控。BCL11A 也與 BAF SWI/SNF chromatin remodeling complex 相關聯；來源未進一步說明此關聯如何影響特定目標基因，因此不宜將兩者的作用機制作更明確推定。
在血紅蛋白發育轉換方面，BCL11A 參與由 gamma-globin 轉向 beta-globin 的調控。來源指出，這項作用可能是透過直接抑制 HBG1，進而間接降低胎兒血紅蛋白（HbF）水平；「可能」表示這是來源提出的機制解釋，而非無條件確定的因果敘述。BCL11A 因而連結了特定調控序列、HBG1 表現與血紅蛋白類型轉換。
在發育及造血相關過程中，BCL11A 被描述為參與腦部發育；來源也指出它可能參與血球生成，並且是淋巴球生成所需的重要因子，對胎兒肝臟中的 B 細胞形成不可或缺。後兩項敘述依相似性證據提出，應保留其證據層級，不能視為在所有生理情境下均已確立的結論。此外，BCL11A 可能調節 NR2F2 的轉錄抑制活性；此作用同樣標示為相似性推定。
Promoter 與基因調控
>BCL11A ENST00000642384 GRCh38 chr2:60553554-60554654 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGCCTCTCTTGCCCAGGCCCCCGGCGCTCCCCTCCGGGGGCCAGACTCTGGCTCCTCGTTCTTTATTCCT CGGGCTCTCTTTCTGCGACCCTTAGGAGCCGGGGACTCGGCGCTTTCAGTTGCATTCAGACCCAGTCGCT TGGCGGGGCGCTCAGATTCCCGGTCCCTGGCTCGGCCTTGGGGGCGCCCTCGGGCCCCGGCCTGCGCCGC CTGCCTCTCCCCGGTCCCCTCTTTCCAGGCCGCGCGGGCTCCTGGAGACTTGGGCGCTGCCCTTCCGGAC CCGCAGCCCTCCAAACTTAGGCTGGATTCCGCGTTGCCGTGCGCTCCCTCCCACCTCCCCTCGCCCGCTG CGGAGCTGTAACTTGGAGGCTCAGCTCTCAACTTCGGGTGATTTTTCTTTGCTGTCCTCTCCTCGGGCAA AGTTTCCCGAGCGCAGCCGCGGGCTCGGGGCTTTTACTTCGGCCCCTGGCGTCCACACGCGGGGAGCGAG CGCGGCGGCGGCGGGGAGGGGAAGTGGGTGTGCGTACGGAGGAGGGTGTCCGGGAGCAACTCTACCTGGC TTCCCTCCGCCCGCGCTTCCCCAGCCCGGGGCTGCAGCCTCCCGGTGCACTCTCGCTCTATTTTTTTCTT TTTTGAATAATCTTTCATTTTAGAGTCCGCGTGTGTGGGGGGGAGCAGGGCGCACGTCTTGCTCCCCCCC ACCCTTTCCTCCCACCCCTGCCACCCCTTTCTTCTCTCCCGGCCACGCCACCGCCGCGGCGCTCGCTGCG GCCACTGGTGAGCCCGCGGCCCCAGCGCCCCCTCCCCTCGGCCCGCCCCTCCCCCGGGGGCCGCGTCTGG CGTCCGCGGAGCCCCCCGCCCCGCACCTCCCCCTCCCCGCACTGGCCATTGGCTTGTCCTGGTCTCTTTT TCATGTCCAGCCCCTGATGTGTGTCCATTGGTGTGAGCTTCCCCTTCCCTCCTCCCCTTCTCTCCTGCTC GCCCTGCCCATGTTTTGTGTGTCTCTGTCCATCCAGACTCCTGACGTTCAAGTTCGCAGGGACGTCACGT CCGCACTTGAACTTGCAGCTCAGGGGGGCTTTTGCCATTTTTTTCATCTCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BCL11A_1 ↗ | 2:60,553,481 | 負股 | 60,553,471–60,553,530 |
| BCL11A_2 ↗ | 2:60,553,654 | 負股 | 60,553,644–60,553,703 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_D5252 · enhancer · 60548838–60550914 · regulatory
ENSR2_5J8JGG · CTCF_binding_site · 60550509–60550530 · regulatory
ENSR2_9W2WK · promoter · 60550915–60551415 · regulatory
ENSR2_BG2GJ · enhancer · 60552416–60553398 · regulatory
ENSR2_5J8JRP · CTCF_binding_site · 60552505–60552526 · regulatory
ENSR2_BG2GN · promoter · 60553399–60554148 · regulatory
ENSR2_5J8K4G · CTCF_binding_site · 60554179–60554200 · regulatory
ENSR2_5J8K5M · CTCF_binding_site · 60554434–60554455 · regulatory
ENSR2_9W2XL · promoter · 60554457–60554957 · regulatory
ENSR2_9W2XX · promoter · 60555647–60556147 · regulatory
ENSR2_9W2Z4 · promoter · 60556150–60556650 · regulatory
ENSR2_C828K · enhancer · 60556651–60557887 · regulatory
· motif · 60549582–60549598 · motif
· motif · 60549582–60549598 · motif
· motif · 60549591–60549600 · motif
· motif · 60549591–60549600 · motif
· motif · 60549591–60549600 · motif
· motif · 60549591–60549600 · motif
· motif · 60549735–60549748 · motif
· motif · 60549792–60549809 · motif
· motif · 60549913–60549930 · motif
· motif · 60549922–60549930 · motif
· motif · 60550060–60550075 · motif
· motif · 60550265–60550278 · motif
· motif · 60550400–60550410 · motif
· motif · 60550402–60550412 · motif
· motif · 60550402–60550415 · motif
· motif · 60550406–60550416 · motif
· motif · 60550408–60550421 · motif
· motif · 60550455–60550465 · motif
· motif · 60550511–60550527 · motif
· motif · 60550561–60550574 · motif
· motif · 60550912–60550921 · motif
· motif · 60550938–60550951 · motif
· motif · 60550966–60550979 · motif
· motif · 60551509–60551518 · motif
· motif · 60551509–60551518 · motif
· motif · 60551978–60551991 · motif
· motif · 60552507–60552523 · motif
· motif · 60554181–60554197 · motif
· motif · 60554436–60554452 · motif
· motif · 60554866–60554879 · motif
· motif · 60554866–60554879 · motif
· motif · 60555543–60555554 · motif
· motif · 60555805–60555813 · motif
· motif · 60555805–60555820 · motif
· motif · 60555812–60555827 · motif
· motif · 60556031–60556041 · motif
· motif · 60556036–60556046 · motif
· motif · 60556727–60556740 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：835 aa
BCL11A 蛋白質長 835 個胺基酸，含一個 C2HC-type zinc finger，以及六個 C2H2-type zinc finger。其 N 端 1–210 殘基區域被註記為核內小體形成及 SUMO1 招募所需；737–835 殘基為 DNA-binding 區域。序列另有多段被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BCL11A 可見於細胞質、細胞核及染色體相關位置，並與核內小體相關。 不同異構型的分布有所差異：isoform 2 主要位於核內 paraspeckles；isoform 3 在未與 isoform 1 或 isoform 2 互作時主要位於細胞質，與其中任一者互作後可轉入核內 paraspeckles。 isoform 1 則與 BCL6 共定位於核內 paraspeckles。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- GMCL2Q8NEA9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO1P25800 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MORF4L2Q15014 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NCK2O43639 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- NFAM1Q8NET5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PIN1Q13526 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZBTB24O43167 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
BCL11A 可透過 C2HC-type zinc finger domain 自我結合，形成同源四聚體；isoform 1、isoform 2 與 isoform 3 也可形成同源二聚體及異源二聚體。它與 NuRD repressor complex 的組成成分 MTA2 有互作。BCL11A 的 C2H2-type zinc finger domains 4、5、6 與 gamma-globulin 的啟動子區域互作；isoform 2 另與 TBR1 互作。來源亦列出其與 NR2F1、PIAS3、NR2F2、NR2F6 的互作，但此項依相似性證據。
疾病與遺傳關聯
涉及 BCL11A 的染色體異常與 B 細胞惡性腫瘤相關。來源指出，t(2;14)(p13;q32.3) 易位會造成 BCL11A 調控異常及過度表現；這項關聯不等同於所有相關腫瘤均由該易位所致。另有一種常染色體顯性疾病，稱為 Intellectual developmental disorder with persistence of fetal hemoglobin，與影響 BCL11A 的變異有關。其特徵包括精神動作發展遲緩、智能障礙、程度不一的外觀特徵，以及無症狀的胎兒血紅蛋白持續存在。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 8 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BCL11A 是轉錄因子，與 BAF SWI/SNF chromatin remodeling complex 相關，並辨識目標基因調控區的 5'-TGACCA-3' 序列，包括 HBG1 遠端啟動子。它參與 gamma-globin 至 beta-globin 的發育轉換，可能藉直接抑制 HBG1 而間接降低 HbF。來源亦提及腦部發育、可能參與血球生成、胎兒肝臟 B 細胞形成所需的淋巴球生成，以及可能調節 NR2F2 轉錄抑制活性；部分敘述依相似性證據。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcription factor. Associated with the BAF SWI/SNF chromatin remodeling complex. Binds to the 5'-TGACCA-3' sequence motif in regulatory regions of target genes, including a distal promoter of the HBG1 hemoglobin subunit gamma-1 gene. Involved in regulation of the developmental switch from gamma- to beta-globin, probably via direct repression of HBG1; hence indirectly repressing fetal hemoglobin (HbF) level. Involved in brain development. May play a role in hematopoiesis (By similarity). Essential factor in lymphopoiesis required for B-cell formation in fetal liver (By similarity). May function as a modulator of the transcriptional repression activity of NR2F2 (By similarity) PMID 16704730 ↗ · PMID 23644491 ↗ · PMID 29606353 ↗ · PMID 39423807 ↗ · PMID 39607926 ↗ · PMID 26375765 ↗ · PMID 27453576 ↗ |
| 交互作用 | BCL11A 可透過 C2HC-type zinc finger domain 自我結合並形成同源四聚體；isoform 1、2、3 可形成同源或異源二聚體。它與 NuRD repressor complex 成分 MTA2 互作，且其 C2H2-type zinc finger domains 4、5、6 與 gamma-globulin 啟動子區域互作。isoform 2 與 TBR1 互作；與 NR2F1、PIAS3、NR2F2、NR2F6 的互作則標示為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homotetrameric; self-associates via C2HC-type zinc finger domain. Interacts with MTA2, a component of the nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) repressor complex. Interacts (via its C2H2-type zinc finger domains 4, 5 and 6) with promoter region of gamma-globulin. Interacts with NR2F1, PIAS3, NR2F2 and NR2F6 (By similarity). Isoform 1, isoform 2 and isoform 3 form homodimers and heterodimers. Isoform 2 interacts with TBR1 PMID 27453576 ↗ · PMID 30250039 ↗ · PMID 39423807 ↗ · PMID 39607926 ↗ |
| 細胞定位 | BCL11A 被記錄於細胞質、細胞核及染色體相關位置，並與核內小體相關。來源另指出，它與 SUMO1 及 SENP2 在核斑點共定位；此共定位描述標示為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Chromosome; Associates with the nuclear body. Colocalizes with SUMO1 and SENP2 in nuclear speckles (By similarity) PMID 11161790 ↗ · PMID 29606353 ↗ |
| 細胞定位 | BCL11A isoform 1 位於核基質，並與 BCL6 在核內 paraspeckles 共定位。此定位資訊特指 isoform 1，不應推及其他異構型。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | BCL11A isoform 2 可位於細胞質與細胞核，主要定位於核內 paraspeckles。來源描述的是主要分布位置，並未指出細胞質定位完全不存在。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 2; Cytoplasm; Nucleus; Predominantly localized in the nucleus in nuclear paraspeckles PMID 27453576 ↗ |
| 細胞定位 | BCL11A isoform 3 可位於細胞質與細胞核；未與 isoform 1 或 isoform 2 互作時，主要定位於細胞質。與 isoform 1 或 isoform 2 任一者互作時，isoform 3 會由細胞質轉移至核內 paraspeckles，顯示其定位會隨異構型互作而改變。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 3; Cytoplasm; Nucleus; Predominantly localized in the cytoplasm in the absence of interaction with isoform 1 and isoform 2. In presence of isoform 1 or isoform 2, translocates from the cytoplasm into nuclear paraspeckles PMID 27453576 ↗ |
| 疾病關聯 | 涉及 BCL11A 的染色體異常與 B 細胞惡性腫瘤相關。來源特別指出，t(2;14)(p13;q32.3) 易位會造成 BCL11A 調控異常及過度表現；此資料描述的是染色體異常與腫瘤的關聯及易位造成的基因調控改變。 | 含實驗來源 | 證據與來源Chromosomal aberrations involving BCL11A are associated with B-cell malignancies. Translocation t(2;14)(p13;q32.3) causes BCL11A deregulation and overexpression PMID 11719382 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 BCL11A 的變異會造成常染色體顯性疾病 Intellectual developmental disorder with persistence of fetal hemoglobin。其特徵包括精神動作發展遲緩、智能障礙、程度不一的外觀異常（如小頭、眼裂向下斜、斜視及外耳異常），並有無症狀的胎兒血紅蛋白持續存在。 | 含實驗來源 | 證據與來源Intellectual developmental disorder with persistence of fetal hemoglobin IDPFH An autosomal dominant disorder characterized by delayed psychomotor development, intellectual disability, variable dysmorphic features, including microcephaly, downslanting palpebral fissures, strabismus, and external ear abnormalities, and asymptomatic persistence of fetal hemoglobin. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 617101 PMID 27453576 ↗ · PMID 30250039 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTCTCTGTCCATCCAGACTCCTGACGTTCAAGTTCGCAGG40GACGTCACGTCCGCACTTGAACTTGCAGCTCAGGGGGGCT80TTTGCCATTTTTTTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTA120TCTCTCTTCTCTCTCTCTCCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTT160TTTTTTTTTTTTGCTTAAAAAAAAGCCATGACGGCTCTCC200CACAATTCATCTTCCCTGCGCCATCTTTGTATTATTTCTA240ATTTATTTTGGATGTCAAAAGGCACTGATGAAGATATTTT280CTCTGGAGTCTCCTTCTTTCTAACCCGGCTCTCCCGATGT320GAACCGAGCCGTCGTCCGCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG360CCGCCGCCCGCCCCGCAGCCCACCATGTCTCGCCGCAAGC400AAGGCAAACCCCAGCACTTAAGCAAACGGGAATTCTCGCC440CGAGCCTCTTGAAGCCATTCTTACAGATGATGAACCAGAC480CACGGCCCGTTGGGAGCTCCAGAAGGGGATCATGACCTCC520TCACCTGTGGGCAGTGCCAGATGAACTTCCCATTGGGGGA560CATTCTTATTTTTATCGAGCACAAACGGAAACAATGCAAT600GGCAGCCTCTGCTTAGAAAAAGCTGTGGATAAGCCACCTT640CCCCTTCACCAATCGAGATGAAAAAAGCATCCAATCCCGT680GGAGGTTGGCATCCAGGTCACGCCAGAGGATGACGATTGT720TTATCAACGTCATCTAGAGGAATTTGCCCCAAACAGGAAC760ACATAGCAGATAAACTTCTGCACTGGAGGGGCCTCTCCTC800CCCTCGTTCTGCACATGGAGCTCTAATCCCCACGCCTGGG840ATGAGTGCAGAATATGCCCCGCAGGGTATTTGTAAAGATG880AGCCCAGCAGCTACACATGTACAACTTGCAAACAGCCATT920CACCAGTGCATGGTTTCTCTTGCAACACGCACAGAACACT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。