基因總覽
BBX 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 BBX high mobility group box domain containing。其產物為含有 high mobility group box(HMG box)的蛋白質;現有資料將其歸類為轉錄因子。資料未提供更詳細的家族資訊或其他結構特色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000325805 ★ | 107,522,962–107,811,339 | 18 |
| ENST00000415149 | 107,522,936–107,811,339 | 17 |
| ENST00000402543 | 107,522,936–107,811,339 | 17 |
| ENST00000416476 | 107,522,936–107,811,339 | 17 |
| ENST00000896798 | 107,522,936–107,811,339 | 18 |
| ENST00000896801 | 107,522,936–107,811,339 | 19 |
| ENST00000896802 | 107,522,936–107,811,339 | 18 |
| ENST00000930766 | 107,522,936–107,811,339 | 19 |
| ENST00000971821 | 107,522,936–107,811,339 | 19 |
| ENST00000971822 | 107,522,936–107,811,339 | 18 |
| ENST00001029245 | 107,522,936–107,811,339 | 16 |
| ENST00001143131 | 107,522,936–107,811,339 | 18 |
顯示 12/39 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BBX 編碼的轉錄因子對細胞週期由 G1 期進入 S 期不可或缺。現有資料未進一步說明其調控的基因、分子作用方式或相關實驗條件,因此功能描述限於此項細胞週期進程中的必要角色。
Promoter 與基因調控
>BBX ENST00000325805 GRCh38 chr3:107521962-107523062 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCTCAGCTGGTTAAAGAGTTTAATCTACAATTTATTCCTTCTAATTTCCAGCTTTGACTTCTTTCCACCA ACCTGTTGACTTATGTGTATTGAACTGTCTCATATAATCTTCTGAAGTTGCATTGTTGAAAAACAATCAG AAAGACCAGTCCTGAGGTTCATCATCTCCAAAAGTCATGCAACATATGATGTTCACATGAGATGTGAAAT ATGTAAAGAGTCATATATTTTTATATATAATATGCAAAATATAAATCATGTATATATTGAATCAAAGGTC TGTTTTGAAGGCTAAGGGTCAATAGCCAATCTTCCATGACTTATTTTACCTAACAGCACAGTTTGCATGT CCACACAGGTGATGGCAGTCCACTGACCAGTTAAAAGTTGTTTGGCTATTTCAGCAAAATGTTTATCTTT GTGTGTTGTTATATTGATTTTTTTGAATCTACCTACGAATGAGGCACTAACAACCTCAATGCATTAGAGT CCTGATAAACTTATCTTGCACTATTTTGGCCTATGTGATAGCTAACCCATTGACAAAAGAAATCCAAGGT GATAAAAGCCTTTCTTGGCCACTTGTTAGCCGGGTCAGGCTGTAAAATCGTAACACAATGCAGGCCTCTT CCATGGGGCACCAAAAGGCAGCGATGAAAAACCCCCCTCACTTCCATATCCAGTGGAGTTGTAGTTTATT ACCATAACCCTCCCAAGTCAAAAGGACACCAGTTTCAAGCCTTGCAACTTGGTGCAGACAGGGGTTTTCC CCTTTACCCCACTCTGCTGGGCCTCTTTACCTGTCCTCTCCTACTGTCTACAGGTCCCGAACATTAGAAA ATAGAAAATGTGATGATCTTTGTGTGTCTCTGTAAAATGTGTGTATGTGTGCGTGTGTTTGGGTGTAACG GGCCTCTTGTTTGGCTGCGCGGCCTGTCCGTCACTGCGCGGGCCAATGGCAGGCTGCCTTATATAAAATG AGTGTTTTCAGTCTCTCCGGGTTGCATGTACTGTATGTGGAGCAGTGTACAGTGAAGCGGAGGCAGAGCG GCTCCGCGAGCTTCTCTCCACTTTCCCATAGAGAAACCCTGACTGGCCGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BBX_1 ↗ | 3:107,522,969 | 正股 | 107,522,920–107,522,979 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_BRC5X · promoter · 107522446–107523053 · regulatory
ENSR3_6GMFJJ · CTCF_binding_site · 107525020–107525057 · regulatory
· motif · 107521661–107521674 · motif
· motif · 107523077–107523087 · motif
· motif · 107523140–107523150 · motif
· motif · 107523151–107523171 · motif
· motif · 107523366–107523379 · motif
· motif · 107524526–107524538 · motif
· motif · 107524528–107524543 · motif
· motif · 107525021–107525031 · motif
· motif · 107525022–107525038 · motif
· motif · 107525038–107525054 · motif
· motif · 107525257–107525270 · motif
· motif · 107525257–107525270 · motif
· motif · 107526010–107526018 · motif
· motif · 107526010–107526027 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:941 aa
BBX 蛋白長 941 個胺基酸。其 HMG box 位於第 80 至 148 個胺基酸,並註記為 DNA 結合區域。序列另有多段預測為無序的區域,分布於第 1–21、39–80、157–200、221–242、438–482、499–600、635–677、714–771、803–888 及 912–941 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BBX 的定位資料標示於細胞核;來源未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- WFS1O76024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BBX 是轉錄因子,對細胞週期由 G1 期進展至 S 期不可或缺。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcription factor that is necessary for cell cycle progression from G1 to S phase PMID 11680820 ↗ |
| 細胞定位 | BBX 的細胞內定位為細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GTTGCATGTACTGTATGTGGAGCAGTGTACAGTGAAGCGG40AGGCAGAGCGGCTCCGCGAGCTTCTCTCCACTTTCCCATA80GAGAAACCCTGACTGGCCGCTGAGGGCTAGCTACACACAC120GCCCTCACGCCCGGCGAGCCCGCGAGGTCACTATCATATG160ACAAAGGCTTTGCCGCAGTTCATCTTCCTCCCTGTGTACT200TTCCATTTGCCTTCCTGGAATCCTGCTGCATCACAGAAGC240TGGAAGTTCTGATGTTCCACTGAAATCACAATGGAAAGTC280TTGACTTGACTGGTCACAGTAATGAAAGGCAGTAATAGAA320ATAAGGATCATTCAGCAGAAGGAGAAGGGGTTGGAAAACG360ACCAAAACGAAAGTGTCTTCAGTGGCATCCATTGCTAGCA400AAGAAACTTCTTGATTTTTCAGAAGAGGAAGAAGAGGAAG440ACGAAGAGGAGGATATTGATAAGGTTCAACTTCTTGGGGC480CGATGGCCTAGAGCAAGATGTTGGTGAAACTGAAGATGAT520GAATCACCAGAGCAGCGAGCCCGGAGACCAATGAATGCAT560TTCTTTTATTTTGCAAACGCCATCGCTCTCTTGTACGTCA600GGAACACCCCAGGCTTGATAACCGAGGTGCTACCAAGATA640CTAGCTGATTGGTGGGCTGTTCTTGATCCAAAGGAAAAGC680AGAAATACACAGACATGGCCAAGGAGTATAAGGATGCATT720TATGAAAGCAAATCCTGGCTACAAATGGTGTCCTACCACA760AACAAGCCTGTGAAATCCCCAACACCCACTGTCAATCCAC800GAAAGAAACTTTGGGCCTTCCCATCTGACTCTTCAAGAGA840CTTGCCAAGCCCCAAGAAAGCAAAGACTGAAGAAATGCCT880CAGCTTAACTTTGGAATGGCTGATCCTACTCAAATGGGAG920GCCTGAGTATGCTGCTGTTAGCTGGAGAACATGCTCTTGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。