基因總覽
BANP 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 BTG3 associated nuclear protein。其產物屬於 BANP/SMAR1 family，是一種參與基因表現調控的核蛋白，也與 RNA 剪接調節有關。已知功能包括影響 T 細胞受體相關調控、cyclin D1 轉錄，以及 CD44 前驅 mRNA 的可變剪接；其中部分作用為依相似性推定。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000682872 ★ | 87,951,434–88,077,316 | 14 |
| ENST00000854712 | 87,949,127–88,077,320 | 13 |
| ENST00000854713 | 87,949,127–88,077,320 | 12 |
| ENST00000854714 | 87,949,127–88,077,318 | 13 |
| ENST00000854715 | 87,949,127–88,077,320 | 13 |
| ENST00000854716 | 87,949,127–88,077,317 | 14 |
| ENST00000854717 | 87,949,127–88,077,317 | 12 |
| ENST00000854718 | 87,949,127–88,077,317 | 14 |
| ENST00000854719 | 87,949,127–88,077,316 | 14 |
| ENST00000854720 | 87,949,127–88,077,317 | 15 |
| ENST00000854721 | 87,949,127–88,077,021 | 13 |
| ENST00000854722 | 87,949,127–88,077,021 | 14 |
顯示 12/86 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BANP 參與多種轉錄與 RNA 剪接調控。T 細胞發育期間，它可抑制 T 細胞受體（TCR）β 增強子的功能，進而調控 V(D)J 重組；此功能是依相似性推定。BANP 也會結合位於 TCR β 增強子上游、富含 ATC 的 scaffold/matrix attachment region beta（S/MARbeta）DNA 序列，這項結合同樣屬於依相似性推定的作用。
在 cyclin D1 調控方面，BANP 會招募 HDAC1 至其啟動子，抑制 cyclin D1 轉錄，並降低 H3K9ac、H3S10ph 與 H4K8ac 的水平。另有依相似性推定的資料指出，BANP 可促進 TP53 活化，並造成細胞週期停滯。
BANP 也參與可變剪接調控。它會結合 CD44 前驅 mRNA，並抑制 CD44 近端可變外顯子 v2–v6 的納入；對遠端可變外顯子 v7–v10 則沒有影響。這顯示其剪接調控具有外顯子區段選擇性。
Promoter 與基因調控
>BANP ENST00000682872 GRCh38 chr16:87950434-87951534 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCATCACTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTC GGCTCACTGCAACCTCTGACTCGCGGGCTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGTTGGGATT ACAAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCATAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCCATGTTGGC CAGGCTGGTCGCGAACCCTTTACCTCAGGTGTTCCGCCCGCCTTGGCCTCCCACAGGGCTGAGATTACAG GCGTGATCCACCGTGCCCGGCCGCCATCACTTATTTATATTATGTGTTACCTATAGGACTTATCTAAGAC CATAATCACTGCCGCGTGTGCTAAGTCCCGCGCGCGTGCACTCAGGCCCCTCTGGATAGACACTGGGGAC CCCTGACCACTTATGTCAGGGAAAACGCCACCAAGCGCTCCGGAACCTCAGGGCAGGACCCGCCGCAGCA GCAGGTAGGACCCGCTGGGGGCGCACAGCCCACCTGAGACATCGTAACTACAAGTCCCAGCAACCCTTGG TGCGGGGACAGGACGGGCCACCGGAGTCCGGAGAGACTACAAGTCCCGGCAGGCATGGCCCAGACGCAGG GACTACGAGTCCCCGAATGCATGGCTCCCAGCTTGCGCAGGGCACCCTGGGAGGTGTAGTAGTTGAGGGA GCTAATGCGTATTCATTCCGTCTCAAAGAAGATGCAAATTCCTCAGACCGTCCACTGAGGTGATTGTTCT CACGCAGGCCATGGGCGTGGGCGAAAAACGGGGGGAAAAAAGCCCTGGGAAGCCGGTACCGTCGCGGAAG AAGGCCGCCTGCGCATGCTCACCAGGAGGCCGAGCGGGAAAAGCGCGCGCAGCTGGCCTCACTGCCACAG GGGTGCCCCGCCCCCGGGCCCGCGCGCCCAGTGAGCCTGCGCGGAGGGCGGGGGCCGAGCGTCGCGGGGA GGGGCTCGCGGCGCCTGCGCAGAGCGGCGGCTTCTCTCGCGAGGACGGACGCCATTATCGCATCTCCCCG ACAAACACCACGAGAATTCCGCAGCCCACACGGTAATTGCAGCTCCCGCAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BANP_1 ↗ | 16:87,951,434 | 正股 | 87,951,385–87,951,444 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_BMG8Z · enhancer · 87947953–87948570 · regulatory
ENSR16_939WJ9 · enhancer · 87949066–87949413 · regulatory
ENSR16_5QNJQ2 · CTCF_binding_site · 87950875–87950896 · regulatory
ENSR16_BMG9F · promoter · 87950940–87951497 · regulatory
ENSR16_CBPM9 · enhancer · 87951498–87952638 · regulatory
ENSR16_84KS6B · enhancer · 87953941–87954071 · regulatory
ENSR16_939WKQ · promoter · 87954072–87954572 · regulatory
ENSR16_CBPMK · enhancer · 87955470–87957417 · regulatory
· motif · 87948294–87948307 · motif
· motif · 87948365–87948377 · motif
· motif · 87948429–87948442 · motif
· motif · 87949074–87949088 · motif
· motif · 87949074–87949088 · motif
· motif · 87949138–87949151 · motif
· motif · 87949482–87949497 · motif
· motif · 87950433–87950444 · motif
· motif · 87950513–87950526 · motif
· motif · 87950629–87950639 · motif
· motif · 87950732–87950742 · motif
· motif · 87950877–87950893 · motif
· motif · 87951137–87951150 · motif
· motif · 87951137–87951150 · motif
· motif · 87951162–87951175 · motif
· motif · 87951277–87951288 · motif
· motif · 87951283–87951294 · motif
· motif · 87951283–87951294 · motif
· motif · 87951375–87951386 · motif
· motif · 87951375–87951386 · motif
· motif · 87951423–87951434 · motif
· motif · 87951423–87951434 · motif
· motif · 87951460–87951470 · motif
· motif · 87951728–87951739 · motif
· motif · 87951768–87951785 · motif
· motif · 87951810–87951823 · motif
· motif · 87952034–87952049 · motif
· motif · 87952169–87952180 · motif
· motif · 87955512–87955521 · motif
· motif · 87956262–87956273 · motif
· motif · 87956410–87956423 · motif
· motif · 87956410–87956423 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：519 aa
BANP 蛋白長 519 個胺基酸，屬於 BANP/SMAR1 family。其 BEN domain 位於第 226–322 位胺基酸；第 342–393 位為 DNA-binding 區域。第 152–342 位區域與 CUX1、HDAC1 的交互作用相關，另有兩段被註記為無序區，分別位於第 168–196 位及第 327–364 位胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BANP 主要位於細胞核，也見於核斑；在 MAPK1/MAPK3 磷酸化後，會轉移至細胞質。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 181 個夥伴
- ADAM15Q13444 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AFG1LQ8WV93 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ALAS2P22557 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- BAG5Q9UL15 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C1orf94Q6P1W5 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- C22orf39Q6P5X5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAMK2DQ13557 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CEP76Q8TAP6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 3 筆來源紀錄
- CFAP206Q8IYR0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- COL10A1Q03692 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- DCDC2BA2VCK2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DNAJA4Q8WW22-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EPHA10Q5JZY3-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM117BQ6P1L5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- FAM90A1Q86YD7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- FHL2Q14192 · UniProt INTERACTION · 7 experiments · 3 筆來源紀錄
- FOXR1Q6PIV2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- GARIN6Q8NEG0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GFM2Q969S9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ISCUQ9H1K1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- L3MBTL3Q96JM7 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- LENG1Q96BZ8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- LGALS14Q8TCE9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- LMO2P25791 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO3Q8TAP4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
BANP 是含有 HDAC1、SIN3A、SIN3B、RBL1 與 RBL2 的共抑制複合體成員，並與 HDAC1 及 CUX1/CDP 有交互作用；與 TP53 的交互作用則依相似性推定。BANP 也會在細胞核形成由 BANP、HDAC6 和 KHDRBS1/SAM68 組成的三聚體複合體。HDAC6 維持 KHDRBS1 去乙醯化，抑制 CD44 可變外顯子納入；MAPK1/MAPK3 磷酸化 BANP 會破壞此複合體並促使 BANP 移至細胞質，進而促進 KHDRBS1 乙醯化及 CD44 變異外顯子納入。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BANP 在 T 細胞發育期間，依相似性推定可藉抑制 TCR β 增強子功能調控 V(D)J 重組，並結合其上游富含 ATC 的 S/MARbeta DNA 序列。它會招募 HDAC1 抑制 cyclin D1 轉錄、降低特定組蛋白修飾；另依相似性推定可促進 TP53 活化與細胞週期停滯。BANP 也結合 CD44 前驅 mRNA，選擇性抑制 v2–v6 納入，對 v7–v10 無影響。 | 含實驗來源 | 證據與來源Controls V(D)J recombination during T-cell development by repressing T-cell receptor (TCR) beta enhancer function (By similarity). Binds to scaffold/matrix attachment region beta (S/MARbeta), an ATC-rich DNA sequence located upstream of the TCR beta enhancer (By similarity). Represses cyclin D1 transcription by recruiting HDAC1 to its promoter, thereby diminishing H3K9ac, H3S10ph and H4K8ac levels. Promotes TP53 activation, which causes cell cycle arrest (By similarity). Plays a role in the regulation of alternative splicing. Binds to CD44 pre-mRNA and negatively regulates the inclusion of CD44 proximal variable exons v2-v6 but has no effect on distal variable exons v7-v10 PMID 16166625 ↗ · PMID 26080397 ↗ |
| 交互作用 | BANP 是含 HDAC1、SIN3A、SIN3B、RBL1 與 RBL2 的共抑制複合體成員，並與 HDAC1、CUX1/CDP 及 TP53 交互作用；TP53 交互作用依相似性推定。BANP、HDAC6 與 KHDRBS1/SAM68 在細胞核形成三聚體，HDAC6 維持 KHDRBS1 去乙醯化並抑制 CD44 可變外顯子納入。MAPK1/MAPK3 磷酸化 BANP 會破壞複合體並促使 BANP 移至細胞質，伴隨 KHDRBS1 乙醯化及 CD44 變異外顯子納入增加。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of a corepressor complex containing BANP, HDAC1, SIN3A, SIN3B, RBL1 and RBL2. Forms a trimeric complex in the nucleus consisting of BANP, HDAC6 and KHDRBS1/SAM68; HDAC6 keeps KHDRBS1 in a deacetylated state which inhibits the inclusion of CD44 alternate exons. The complex is disrupted by MAPK1/MAPK3-mediated phosphorylation of BANP which results in BANP export to the cytoplasm. This facilitates acetylation of KHDRBS1 and CD44 variant exon inclusion. Interacts with TP53 (By similarity). Interacts with CUX1/CDP (By similarity). Interacts with HDAC1 PMID 16166625 ↗ · PMID 26080397 ↗ |
| 細胞定位 | BANP 主要位於細胞核，也見於核斑及細胞質；在 MAPK1/MAPK3 介導的磷酸化後，BANP 會由細胞核轉移至細胞質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Nucleus speckle; Cytoplasm; Primarily nuclear but translocates to the cytoplasm following MAPK1/MAPK3-mediated phosphorylation PMID 16166625 ↗ · PMID 26080397 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGAGCGGCGGCTTCTCTCGCGAGGACGGACGCCATTATCG40CATCTCCCCGACAAACACCACGAGAATTCCGCAGCCCACA80CGGTGACCAAAAGCCAGCCCCACTGTGAGTTGAACTCTTT120CGTGTTGACCGGCCACTCTCCGTGCTCTGGATGATGTCGG160AACACGACCTGGCCGATGTGGTTCAGATTGCAGTGGAAGA200CCTGAGCCCTGACCACCCAGTTGTTTTGGAGAATCATGTA240GTGACAGATGAAGACGAACCTGCTTTGAAACGCCAGCGAC280TAGAAATCAATTGCCAGGATCCATCTATAAAGTCATTCCT320GTATTCCATCAACCAGACAATCTGCTTGCGGTTGGATAGC360ATTGAAGCCAAATTGCAAGCCCTGGAGGCTACTTGTAAAT400CCTTAGAAGAAAAGCTGGATCTGGTCACGAACAAGCAGCA440CAGCCCCATCCAGGTCCCCATGGTGGCCGGCTCCCCTCTC480GGGGCAACCCAGACGTGCAACAAAGTGCGATGCGTCGTCC520CCCAGACTACAGTAATACTCAACAATGATCGGCAGAACGC560CATTGTAGCCAAGATGGAAGACCCCTTGAGCAACAGGGCA600CCGGATTCCCTGGAAAATGTCATTAGCAACGCTGTGCCTG640GGCGTCGGCAGAACACCATTGTGGTGAAGGTGCCGGGCCA680AGAAGACAGCCACCACGAGGACGGGGAGAGCGGCTCGGAG720GCCAGCGACTCTGTGTCCAGCTGTGGGCAGGCGGGCAGTC760AGAGCATCGGGAGCAACGTCACGCTCATCACCCTGAACTC800GGAAGAGGACTACCCCAATGGCACCTGGCTGGGCGACGAG840AACAACCCCGAGATGCGGGTACGCTGCGCCATCATCCCCT880CCGACATGCTGCACATCAGCACCAACTGCCGCACGGCCGA920GAAGATGGCGCTCACGCTGCTGGACTACCTCTTCCACCGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。