基因總覽
BABAM2 是蛋白質編碼基因，其產物為 BRISC and BRCA1 A complex member 2，屬於 BABAM2 family。此蛋白質長 383 個胺基酸，具有兩段 UEV-like 區域；來源將其描述為 BRCA1-A 與 BRISC 複合體的組成成員，並指出它在這兩種複合體中都協助連接 BABAM1/NBA1 與其餘成分，支持複合體完整性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000379624 ★ | 27,890,729–28,338,901 | 12 |
| ENST00000968061 | 27,888,667–28,338,903 | 12 |
| ENST00000436924 | 27,889,941–28,025,385 | 6 |
| ENST00000968062 | 27,890,107–28,338,903 | 12 |
| ENST00000968063 | 27,890,250–28,338,903 | 12 |
| ENST00000344773 | 27,890,534–28,338,901 | 13 |
| ENST00000342045 | 27,890,534–28,338,903 | 13 |
| ENST00000361704 | 27,890,534–28,338,901 | 13 |
| ENST00000379632 | 27,890,534–28,338,901 | 14 |
| ENST00000873731 | 27,890,534–28,338,903 | 13 |
| ENST00000873732 | 27,890,534–28,338,896 | 13 |
| ENST00000873733 | 27,890,534–28,338,903 | 11 |
顯示 12/42 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
BABAM2 是 BRCA1-A complex 的組成部分。此複合體可辨識 DNA 損傷處帶有 Lys-63 連結型泛素化標記的 histone H2A 與 H2AX，並促使 BRCA1-BARD1 heterodimer 定位至 DNA 雙股斷裂處。複合體也具有去泛素化酶活性，可移除 H2A 與 H2AX 上的 Lys-63 連結型泛素。BABAM2 在其中作為接合因子，連結 BABAM1/NBA1 與複合體其他成分；其功能因此與複合體完整性相關，並可調節 BRCA1-BARD1 heterodimer 的 E3 泛素連接酶活性。
BABAM2 也是 BRISC complex 的成員。該多蛋白複合體能切割不同受質上的 Lys-63 連結型泛素，BABAM2 同樣協助連接 BABAM1/NBA1 與其餘複合體成分，對維持複合體完整性有所需。BRISC complex 透過去泛素化 NUMA1，參與正常有絲分裂紡錘體組裝，以及微管連接至動粒的過程。
BRISC complex 也參與干擾素訊號。它去除干擾素受體 IFNAR1 上的泛素，增加 IFNAR1 的穩定性與細胞表面表現，進而提高受體活性；透過此一 IFNAR1 去泛素化作用，該複合體會下調細菌脂多醣（LPS）引發的反應。
另有資料指出，BABAM2 可能參與神經、上皮及生殖系來源細胞的恆定或分化，也可能作為死亡受體相關的抗凋亡蛋白，抑制粒線體凋亡途徑。它或可透過與 TNFRSF1A 的互作調節 TNF 訊號，但此作用可能是間接的。
Promoter 與基因調控
>BABAM2 ENST00000379624 GRCh38 chr2:27889729-27890829 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAATCAACATGGTGAAAGGTGACAGTCTTTTTGATTTCTGCTCAACTCATTATTTTATACAATAAGCTCA GACGAATAATACCCAATTTGGATAATGTTACGCTTGACAAAACACTTTACTTCATTTAGTCCTCACAACA ACCCTGTGAGGTAGGCACATTCTCGGAGGTAAAATGACGTGGGCAAAGTTCCCTGGCTCGTTTGGGGAAA GGCTCAGCAGCCGGGCCAAGAAAGGTCTTTGGGGGCGCAAGTCTTTGGAGGGCAGGTCTTTGGGGAGCGC TTTGAGTAATATTAGAGCTTTCACTAAACCCTGGCCTATTACGTCCCCTCCCCTGAGATTTACCTTTATA TACTCAAGTTCTTTCATGCCAGGAAGGTAGGCTGAAGGCTTCGAAAACCTGCAGCTCATACCCAAAGCTA GCACTGTCTATCCCTGGAGACCCAGCGCCCAAAAGCTCCACTGGGCGCATAGCGCACGGCACGCCTCCTC CCCCGAGCCGCAGACTGAGTAACTGGCCCCGGACTAACCTGACCAGGTCGGTCATGCAGGAGCCCACCAC TACCACCGCCGCCACCTCCTCTTGCCACTGCCTCTGGGGTTCCCCAGACGCCGCCATCGCTCAAAGGTGC TGCTGTCCAACCTGGACGGTGACCTCTGCCCTTTGCCCGACCCCGTAACCAGAGACGCCACTCCTGCCCT CCCTAACGACGCGGGCCTTTCAGACGCCTACGCGGGTCGCCCACCTGACTGCCCGAAATCACCCCGCCCA CCAAGTGTCCCCTCTTCTTCCTGGAATAGTCTCGGTGCACAGCCTCACGTAACAGGGCCCTCCTGATATG GCGAGACTCCGCGCTCCTCGTCACTCACGGGGCAGGCGCTGAGGAAGGAACTGTCAGGCACCGCGGGGAC GCCTTTCCGAGCGCCCGGCTCGGCGCGGCGCGGGGGCGCGCACGCCGCCCAGCTTCGGGGCCGCAGAGGG GGCGGGGCGGGACGTCCGGGGAGTGCGCACGCATCCTGCCCGCGGCGCGCGCGCAGGTCGGTGCGTCTGT CGGGGGCGCGCTCGGGTACCTGTACCCCACGTAGTCGCCGGTTACCGATCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 7 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| BRE_5 ↗ | 2:27,886,047 | 正股 | 27,885,998–27,886,057 |
| BRE_6 ↗ | 2:27,890,158 | 正股 | 27,890,109–27,890,168 |
| BRE_2 ↗ | 2:27,890,741 | 正股 | 27,890,692–27,890,751 |
| BRE_4 ↗ | 2:27,967,352 | 正股 | 27,967,303–27,967,362 |
| BRE_8 ↗ | 2:27,969,146 | 正股 | 27,969,097–27,969,156 |
| BRE_3 ↗ | 2:27,978,252 | 正股 | 27,978,203–27,978,262 |
| BRE_7 ↗ | 2:27,980,491 | 正股 | 27,980,442–27,980,501 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
在纖維母細胞中，DNA 損傷因子會使 BABAM2 下調；在 U-251MG 腦膠質瘤細胞與 HL-60 前骨髓細胞株中，視黃酸也有相同方向的影響。此外，周邊血單核細胞中的細菌脂多醣（LPS）亦與 BABAM2 下調相關。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：383 aa
BABAM2 蛋白質長 383 個胺基酸，屬於 BABAM2 family。序列註解標示兩段 UEV-like 區域：第一段位於第 30–147 個胺基酸，第二段位於第 275–364 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
BABAM2 位於細胞質與細胞核，並可定位至 DNA 雙股斷裂造成的損傷部位。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- BABAM1Q9NWV8 · UniProt INTERACTION · 16 experiments
- SMAD4Q13485 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
BABAM2 是 ARISC、BRCA1-A 與 BRISC 複合體的成員；在 BRCA1-A complex 中，來源指出它與 ABRAXAS1、BRCC3/BRCC36 及 BABAM1/NBA1 直接互作，並可結合多聚泛素。它也被辨識於含 SHMT2 與 BRISC 其他次單元的複合體中。此外，BABAM2 是 BRCA1/BRCA2-containing complex（BRCC）的成員；來源另指出它可能與 FAS 及 TNFRSF1A 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | BABAM2 是 BRCA1-A 與 BRISC 複合體的接合成員，協助連結 BABAM1/NBA1、維持複合體完整性；相關複合體參與組蛋白或其他受質的 Lys-63 泛素去除、DNA 損傷反應、紡錘體組裝及 IFNAR1 訊號調節。它也可能參與特定細胞的恆定或分化、抗凋亡及 TNF 訊號調節，後者可能是間接作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the BRCA1-A complex, a complex that specifically recognizes 'Lys-63'-linked ubiquitinated histones H2A and H2AX at DNA lesions sites, leading to target the BRCA1-BARD1 heterodimer to sites of DNA damage at double-strand breaks (DSBs). The BRCA1-A complex also possesses deubiquitinase activity that specifically removes 'Lys-63'-linked ubiquitin on histones H2A and H2AX. In the BRCA1-A complex, it acts as an adapter that bridges the interaction between BABAM1/NBA1 and the rest of the complex, thereby being required for the complex integrity and modulating the E3 ubiquitin ligase activity of the BRCA1-BARD1 heterodimer. Component of the BRISC complex, a multiprotein complex that specifically cleaves 'Lys-63'-linked ubiquitin in various substrates. Within the BRISC complex, acts as an adapter that bridges the interaction between BABAM1/NBA1 and the rest of the complex, thereby being required for the complex integrity. The BRISC complex is required for normal mitotic spindle assembly and microtubule attachment to kinetochores via its role in deubiquitinating NUMA1. The BRISC complex plays a role in interferon signaling via its role in the deubiquitination of the interferon receptor IFNAR1; deubiquitination increases IFNAR1 activity by enhancing its stability and cell surface expression. Down-regulates the response to bacterial lipopolysaccharide (LPS) via its role in IFNAR1 deubiquitination. May play a role in homeostasis or cellular differentiation in cells of neural, epithelial and germline origins. May also act as a death receptor-associated anti-apoptotic protein, which inhibits the mitochondrial apoptotic pathway. May regulate TNF signaling through its interactions with TNFRSF1A; however these effects may be indirect PMID 14636569 ↗ · PMID 19261748 ↗ · PMID 19261749 ↗ · PMID 24075985 ↗ · PMID 26195665 ↗ · PMID 15465831 ↗ |
| 交互作用 | BABAM2 是 ARISC、BRCA1-A、BRISC 與 BRCC 等複合體的組成成員；在 BRCA1-A complex 中與 ABRAXAS1、BRCC3/BRCC36、BABAM1/NBA1 直接互作，並結合多聚泛素。它也出現在含 SHMT2 的複合體中；與 FAS、TNFRSF1A 的互作則僅被描述為可能存在。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the ARISC complex, at least composed of UIMC1/RAP80, ABRAXAS1, BRCC3/BRCC36, BABAM2 and BABAM1/NBA1. Component of the BRCA1-A complex, at least composed of BRCA1, BARD1, UIMC1/RAP80, ABRAXAS1, BRCC3/BRCC36, BABAM2 and BABAM1/NBA1. In the BRCA1-A complex, interacts directly with ABRAXAS1, BRCC3/BRCC36 and BABAM1/NBA1. Binds polyubiquitin. Component of the BRISC complex, at least composed of ABRAXAS2, BRCC3/BRCC36, BABAM2 and BABAM1/NBA1. Identified in a complex with SHMT2 and the other subunits of the BRISC complex. Component of the BRCA1/BRCA2 containing complex (BRCC), which also contains BRCA1, BRCA2, BARD1, BRCC3/BRCC36 and RAD51. BRCC is a ubiquitin E3 ligase complex that enhances cellular survival following DNA damage. May interact with FAS and TNFRSF1A PMID 14636569 ↗ · PMID 17525341 ↗ · PMID 19214193 ↗ · PMID 19261746 ↗ · PMID 19261748 ↗ · PMID 19261749 ↗ · PMID 24075985 ↗ · PMID 25283148 ↗ · PMID 15465831 ↗ |
| 細胞定位 | BABAM2 位於細胞質與細胞核，也會定位至 DNA 雙股斷裂的 DNA 損傷部位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Localizes at sites of DNA damage at double-strand breaks (DSBs) PMID 15465831 ↗ · PMID 24075985 ↗ · PMID 19261748 ↗ |
| 調控 | BABAM2 在多種條件下呈下調：DNA 損傷因子作用於纖維母細胞、視黃酸作用於 U-251MG 腦膠質瘤與 HL-60 前骨髓細胞株，以及細菌脂多醣（LPS）作用於周邊血單核細胞時，均有此調控描述。 | 含實驗來源 | 證據與來源Down-regulated by DNA-damaging agents in fibroblasts, by retinoic acid in brain glioma U-251MG and promyelocytic HL-60 cell lines, and by bacterial lipopolysaccharides (LPS) in peripheral blood mononuclear cells (PBMC) PMID 11676476 ↗ · PMID 7826398 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGTGCGCACGCATCCTGCCCGCGGCGCGCGCGCAGGTCG40GTGCGTCTGTCGGGGGCGCGCTCGGGTACCTGTACCCCAC80GTAGTCGCCGGTTACCGATCGGACTAAGTTCCAGTGGTGA120TTTACAAGTCAAGTTAAAATGTCCCCAGAAGTGGCCTTGA160ACCGAATATCTCCAATGCTCTCCCCTTTCATATCTAGCGT200GGTCCGGAATGGAAAAGTGGGACTGGATGCTACAAACTGT240TTGAGGATAACTGACTTAAAATCTGGCTGCACATCATTGA280CTCCTGGGCCCAACTGTGACCGATTTAAACTGCACATACC320ATATGCTGGAGAGACATTAAAGTGGGATATCATTTTCAAT360GCCCAATACCCAGAACTGCCTCCCGATTTTATCTTTGGAG400AAGATGCTGAATTCCTGCCAGACCCCTCAGCTTTGCAGAA440TCTTGCCTCCTGGAATCCTTCAAATCCTGAATGTCTCTTA480CTTGTGGTGAAGGAACTTGTGCAACAATATCACCAATTCC520AATGTAGCCGCCTCCGGGAGAGCTCCCGCCTCATGTTTGA560ATACCAGACATTACTGGAGGAGCCACAGTATGGAGAGAAC600ATGGAAATTTATGCTGGGAAAAAAAACAACTGGACTGGTG640AATTTTCAGCTCGTTTCCTTTTGAAGCTGCCCGTAGATTT680CAGCAATATCCCCACATACCTTCTCAAGGATGTAAATGAA720GACCCTGGAGAAGATGTGGCCCTCCTCTCTGTTAGTTTTG760AGGACACTGAAGCCACCCAGGTGTACCCCAAGCTGTACTT800GTCACCTCGAATTGAGCATGCACTTGGAGGCTCCTCAGCT840CTTCATATCCCAGCTTTTCCAGGAGGAGGATGTCTCATTG880ATTACGTTCCTCAAGTATGCCACCTGCTCACCAACAAGGT920GCAGTACGTGATTCAAGGGTATCACAAAAGAAGAGAGTAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。