基因總覽
ATP9A（ATPase phospholipid transporting 9A）是人類的蛋白質編碼基因，產物屬於 P 型陽離子運輸 ATPase 家族的 Type IV 亞家族。蛋白質長 1,047 個胺基酸，具有多個跨膜螺旋，並在膜內外兩側形成長短不一的區段。這些特徵使 ATP9A 成為膜相關蛋白；其主要角色涉及細胞內膜系統的運輸與分選。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000338821 ★ | 51,596,514–51,768,390 | 28 |
| ENST00000311637 | 51,596,512–51,768,716 | 23 |
| ENST00000892203 | 51,596,512–51,768,716 | 27 |
| ENST00001134703 | 51,596,512–51,768,716 | 28 |
| ENST00001108817 | 51,616,941–51,768,716 | 22 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ATP9A 參與調節貨物蛋白的膜運輸，包含由內體回收至細胞膜的路徑；這項作用可能透過活化 RAB5 與 RAB11。它也參與由內體逆向運輸至 trans-Golgi network 的過程，顯示其功能涵蓋內體與其他膜區室之間的貨物移動。
ATP9A 與 MON2、DOP1B 形成複合體，調節 SNX3 retromer 介導的內體分選。此分選涉及 WLS；WLS 是發育組織中 Wnt 形態素的運輸蛋白。ATP9A 也參與形成內體運輸載體，使 WLS 返回 Golgi，避免其被送往溶酶體降解。這些作用共同支持 WLS 在細胞內的運輸與保存。
ATP9A 可能藉由負向調節外泌體釋放，參與細胞間通訊；但其對膜脂質的翻轉酶活性，以及在維持膜不對稱性方面的作用，仍有待證實，不能視為已確認的機制。依據相似性資料，ATP9A 亦與神經突形態維持及突觸傳遞有關。
Promoter 與基因調控
>ATP9A ENST00000338821 GRCh38 chr20:51768290-51769390 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCGGTGGAGATAGGTGTGTGTGTGAGACCGTGAATCACAGTGACAGGTAATGCAGGGTGACTGTCTGAGG CCTGAGAGTGGGGCCCATGTGCAAGCCCAAGAAAGTGGCTGGTGTGAGAATGAGGGTGTTCAGACTATTG AAGGGTGTTTGGATGAAAGAGGCAGGTGCGTGTGTGTCATGGTGAGTTCCCAGAATCCAGATAGAGAATG AGGGTGAGGATGGTGAAGGTCAGAGGGTGAAGGAGTCTGATAAGCTGAGGGTCCCTGTGTGACTGTGATT TCTGCAGGCACATGGGTGTGAGGCTTGAGAAACTGGGTGCATGGATGATGGTGACCAACAGGAGGGTGAG AGTGTTATGTGTGTGTGCAGGACTCACATGTGATTGTGAATGTTAGATGTTGCAGGCAGTGAGCAGTGGC AGGTGTGTGTGTAGGGCCTGGGCGTGAATATGCACGTTGGTGCAAGAGTGAGTGAGAATGACTGACTGAT GGGGTGAGCGTGGCCGGGTGCCCGTGTGATTGTGCATGTCAGATATTGGTGGGGATGAGTGTCACAGCGC GCGTGTATAGGGCTGGGATGTGATTGTGAATGTGGGATTTTGCGGGGGGTGCGGTGGCAGGGTGCGCGCA CGGCGGGCGTGGGCGGGGGGCGCGTGGCCGGGTGGGCGCGCGTGGGGGGCGCGGGCGCGGGCCGGGGGCG GGGACACTGCAGCGGTCGCGGCGGCGCGGACACGGCCCGGCCGCCCCCCGTGGCAGGCGCGGCGCGGCGC GGAGCGAGCGGGCGCAGCGCGGAGCTCGGGCCCATGGTGCGCCCGTGTCCGTCGGTCGGGCCGCGCGGGC GCTCCGCGCGTGGCCCGGCGCTCGCGAGCTCGCCCCCTCGCTGCGGGCCCGGCCCGCCCGCTGCCGCCGC CTCCTCCCCCGGGGCGGCGCGGCGCCGGCGGGCGGCGGCGCGGAGGCCGGACCGGGCGGCGGCCCAGGCG GCGCGGGGGGCGCGGCGGCCAAGGCGGGCGGCGCCGCCGACATGACGGACAACATCCCGCTGCAGCCGGT GCGCCAGAAGAAGCGGATGGACAGCAGGCCCCGCGCCGGGTGAGTGGGCCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ATP9A_1 ↗ | 20:51,768,390 | 負股 | 51,768,380–51,768,439 |
| ATP9A_2 ↗ | 20:51,768,641 | 負股 | 51,768,631–51,768,690 |
| ATP9A_3 ↗ | 20:51,768,996 | 負股 | 51,768,986–51,769,045 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR20_9QJQ5 · enhancer · 51764246–51764656 · regulatory
ENSR20_BD9DG · promoter · 51766764–51767415 · regulatory
ENSR20_5G6QDJ · CTCF_binding_site · 51767095–51767116 · regulatory
ENSR20_BD9DK · enhancer · 51767416–51768317 · regulatory
ENSR20_5G6QGT · CTCF_binding_site · 51767604–51767625 · regulatory
ENSR20_684D8L · CTCF_binding_site · 51767665–51767699 · regulatory
ENSR20_BD9DN · promoter · 51768318–51768880 · regulatory
ENSR20_83J4LL · enhancer · 51770097–51770336 · regulatory
· motif · 51765812–51765826 · motif
· motif · 51767097–51767113 · motif
· motif · 51767606–51767622 · motif
· motif · 51767667–51767683 · motif
· motif · 51767680–51767696 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1047 aa
ATP9A 屬於 P 型陽離子運輸 ATPase 的 Type IV 亞家族，蛋白質長 1,047 個胺基酸。序列註解預測其含有多段跨膜螺旋，並交錯分布於細胞質側與細胞外側的區段；此拓撲架構符合多次跨膜蛋白的特徵。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ATP9A 定位於早期、回收及晚期內體膜，也見於 Golgi 的 trans-Golgi network 膜與細胞膜。 短暫表現時可見於細胞膜。 ATP9A 離開內質網不需要 CDC50A 或 CDC50B。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
ATP9A 與 MON2、DOP1B 組成異源三聚體；此複合體參與調節 SNX3-retromer 介導的 WLS 內體分選。此外，ATP9A 與 RAB5A、RAB11A 有互作。
疾病與遺傳關聯
ATP9A 相關變異被列為常染色體隱性神經發育障礙的致病原因之一，該疾病伴有生長不良與行為異常。患者可有全面性發展遲緩、智能發展受損、缺乏語言，以及過動或注意力不足；也可能出現生長不良、小頭症、非特異性臉部特徵、肌張力低下或餵食困難。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ATP9A 參與調節貨物蛋白的膜運輸，包括內體回收到細胞膜，可能透過活化 RAB5 與 RAB11；也參與內體至 trans-Golgi network 的逆向運輸。ATP9A 與 MON2、DOP1B 協同調節 SNX3 retromer 對 WLS 的內體分選，並參與形成使 WLS 返回 Golgi、避開溶酶體降解的運輸載體。ATP9A 可能負向調節外泌體釋放；脂質翻轉酶活性與維持膜不對稱性的作用尚未證實。依據相似性資料，ATP9A 與神經突形態維持及突觸傳遞有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Plays a role in regulating membrane trafficking of cargo proteins, namely endosome to plasma membrane recycling, probably acting through RAB5 and RAB11 activation. Also involved in endosome to trans-Golgi network retrograde transport. In complex with MON2 and DOP1B, regulates SNX3 retromer-mediated endosomal sorting of WLS, a transporter of Wnt morphogens in developing tissues. Participates in the formation of endosomal carriers that direct WLS trafficking back to Golgi, away from lysosomal degradation. Appears to be implicated in intercellular communication by negatively regulating the release of exosomes. The flippase activity towards membrane lipids and its role in membrane asymmetry remains to be proved. Required for the maintenance of neurite morphology and synaptic transmission (By similarity) PMID 27733620 ↗ · PMID 30213940 ↗ · PMID 30947313 ↗ · PMID 36604604 ↗ |
| 分子活性 | ATP + H2O + phospholipidSide 1 = ADP + phosphate + phospholipidSide 2. | 推論支持 | |
| 交互作用 | ATP9A 與 MON2、DOP1B 組成異源三聚體，該複合體調節 SNX3-retromer 介導的 WLS 內體分選。此外，ATP9A 與 RAB5A 及 RAB11A 有互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterotrimer with MON2 and DOP1B; this complex regulates SNX3-retromer mediated endosomal sorting of WLS. Interacts with RAB5A and RAB11A PMID 30213940 ↗ · PMID 36604604 ↗ |
| 細胞定位 | ATP9A 是多次跨膜蛋白，位於早期內體膜、回收內體膜、晚期內體膜、Golgi 的 trans-Golgi network 膜及細胞膜；短暫表現時可見於細胞膜。ATP9A 有效率地離開內質網不需要 CDC50A 或 CDC50B。 | 含實驗來源 | 證據與來源Early endosome membrane / Multi-pass membrane protein; Recycling endosome membrane / Multi-pass membrane protein; Late endosome membrane; Golgi apparatus, trans-Golgi network membrane / Multi-pass membrane protein; Cell membrane / Multi-pass membrane protein; Efficient exit from the endoplasmic reticulum does not require CDC50A, nor CDC50B. Transiently expressed in the cell membrane PMID 21914794 ↗ · PMID 27733620 ↗ · PMID 30213940 ↗ · PMID 36604604 ↗ · PMID 30947313 ↗ |
| 疾病關聯 | ATP9A 變異可造成常染色體隱性神經發育障礙，伴隨生長不良及行為異常。特徵包括全面性發展遲緩、智能發展受損、缺乏語言、過動或注意力不足、生長不良，部分患者有小頭症；其他可能表現包括非特異性臉部特徵、肌張力低下及餵食困難。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neurodevelopmental disorder with poor growth and behavioral abnormalities NEDGBA An autosomal recessive disorder characterized by global developmental delay, impaired intellectual development, absent speech, and behavioral abnormalities, including hyperactivity and attention deficit disorder. Affected individuals show failure to thrive with poor overall growth, and some have microcephaly. Additional features may include non-specific facial dysmorphism, hypotonia, and feeding difficulties. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 620242 PMID 34379057 ↗ · PMID 34764295 ↗ · PMID 36604604 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AAGGCGGGCGGCGCCGCCGACATGACGGACAACATCCCGC40TGCAGCCGGTGCGCCAGAAGAAGCGGATGGACAGCAGGCC80CCGCGCCGGGTGCTGCGAGTGGCTGAGATGCTGCGGTGGA120GGGGAGGCCAGGCCCCGCACTGTCTGGCTGGGGCACCCCG160AGAAGAGAGACCAGAGGTATCCTCGGAATGTCATCAACAA200TCAGAAGTACAATTTCTTCACCTTTCTTCCTGGGGTGCTG240TTCAACCAGTTCAAATACTTTTTCAACCTCTATTTCTTAC280TTCTTGCCTGCTCTCAGTTTGTTCCCGAAATGAGACTTGG320TGCACTCTATACCTACTGGGTTCCCCTGGGCTTCGTGCTG360GCCGTCACTGTCATCCGTGAGGCGGTGGAGGAGATCCGAT400GCTACGTGCGGGACAAGGAAGTCAACTCCCAGGTCTACAG440CCGGCTCACAGCACGAGGCACAGTGAAGGTGAAGAGTTCT480AACATCCAAGTTGGAGACCTTATCATCGTTGAAAAGAACC520AGCGGGTCCCTGCCGACATGATCTTCCTGAGGACATCAGA560AAAAAACGGGTCATGCTTCTTGCGGACGGATCAGCTGGAT600GGGGAGACGGACTGGAAGCTGCGGCTTCCCGTGGCCTGCA640CGCAGAGGCTCCCCACGGCCGCCGACCTTCTTCAGATTCG680ATCGTATGTGTACGCAGAAGAGCCAAATATTGACATTCAC720AACTTCGTGGGAACTTTTACCCGAGAAGACAGCGACCCCC760CGATCAGCGAGAGCCTGAGCATAGAGAACACGCTGTGGGC800TGGCACTGTGGTCGCATCAGGTACTGTTGTGGGTGTTGTT840CTTTACACTGGCAGAGAACTCCGGAGTGTCATGAATACCT880CAAATCCCCGAAGTAAGATCGGCCTGTTCGACTTGGAAGT920GAACTGCCTCACCAAGATCCTCTTTGGTGCCCTGGTGGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。