基因總覽
ARID1A（AT-rich interaction domain 1A）是蛋白質編碼基因，產生的蛋白質為 SWI/SNF 染色質重塑複合體的組成成員。這類複合體參與改變染色質結構，ARID1A 本身可非專一性地結合 DNA。其蛋白質具有 ARID 結構域；此外，序列中也註記有多段無序區域及數個 LXXLL 基序。ARID1A 可見於多種 SWI/SNF 相關複合體，包括神經前驅細胞特異性的 npBAF 與神經元特異性的 nBAF。這些複合體的亞基組成會隨發育與細胞類型而異，ARID1A 因而是具有多種複合體背景的染色質調控因子。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000324856 ★ | 26,696,015–26,782,104 | 20 |
| ENST00000430799 | 26,693,236–26,782,104 | 20 |
| ENST00000457599 | 26,695,164–26,782,104 | 20 |
| ENST00000850904 | 26,695,164–26,782,104 | 20 |
| ENST00001144097 | 26,695,164–26,782,104 | 20 |
| ENST00000637465 | 26,696,032–26,731,568 | 3 |
| ENST00000524572 | 26,727,708–26,731,318 | 3 |
| ENST00000374152 | 26,728,912–26,780,756 | 19 |
| ENST00000636219 | 26,729,657–26,782,102 | 19 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ARID1A 參與特定基因的轉錄活化與抑制，功能與染色質重塑有關。作為 SWI/SNF 染色質重塑複合體的成員，它參與複合體改變核小體中 DNA 與組蛋白的接觸；這項重塑作用依賴 ATP，並可改變 DNA－核小體的拓樸關係。ARID1A 也能非專一性地結合 DNA。
在神經發育過程中，細胞由增殖中的神經幹／前驅細胞轉變為退出細胞週期、走向成熟狀態的神經元時，染色質重塑複合體的亞基組成會改變。神經前驅細胞中的 npBAF 含有 ACTL6A/BAF53A 與 PHF10/BAF45A；細胞分化成神經元時，這些亞基會由同源替代成員取代，包括 ACTL6B/BAF53B，以及 DPF1/BAF45B 或 DPF3/BAF45C，形成神經元特異性的 nBAF 複合體。
npBAF 對多能神經幹細胞的自我更新與增殖能力至關重要。神經元中的 nBAF 則與 CREST 一同參與調節對樹突生長至關重要的基因活性；此項功能描述為相似性推定。由此可見，神經發育期間複合體組成的轉換，與細胞由增殖狀態轉向神經元分化後的基因調控需求相連，而 ARID1A 是這些染色質重塑複合體的組成成員。
Promoter 與基因調控
>ARID1A ENST00000324856 GRCh38 chr1:26695015-26696115 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTTTTTTTAAAGGCAAGTAGACCGAAGGCAGCTTTGGTGACTCCACTTCTTTTTAAAGTCACCCTCCTC TGCCCTCTGACTTTAAGTGACAGGCAGTTCCCTCCCCTCTCTTTCAATTCTGTAAAATGGGGATAATCCG GACCTCATGCCCCCAGAGCCTTGTAAGGACCGGCTAATGAGGGCAGGCGAGTGGGAAACGAATCGTCTGA ACAATGATCAGTCATTCTTTCGGGCTTGCAAAGAGGGTAAAAAAGGTTGGGTCTTTAGCGGGGTCCGTAG AAGGCTTTGAAGACGAAAAGTGCTGTAGAGGTGCTAAGCAGCAGCCAACGGACCGGGCCCGCTGCCAGGG GGTCAGGGCTGGGCCGAGGCGGCCGCGGTCTCAGGCTCTGGCCAATTTTGCAGCCGCGGGTAAAGTTCAC GCTGCCCGCTCCCCTCGGTACGGCCGGGAGGGGACAGACCTGGATAGGGACGCCGGGAGGGAGGCGGCGC AGGCTCCAGAGATGCGCGGGCTCCGGGCCGGGTTTTCTCCGAAGCCTTCGGCGGCGGCGCTGCCTAGCGA AAGCGGCTGAGGGCCTGCCGCCGCCGCGGCTTGTTCTCTCCCCTCCTCCTTTGTGAAGGGAAGGGAGCGA GTCCGTTCCACGGCCTGCGCCCGCTCCGCTCTCCACTCCGGGTTTGCCAGGCGGCCGCGACGGCGCTGGG TAAAATGGCAGTGCTGAGCCTCGTGTCGGAGTGAGGGGGACTCGGAGGAGAGTGGGGCGCTCTAGCCGCT CAGTCCGGCCGACCGCTTGCTCGCCCGCCCGCTGCCGCGCAGCAGCCTCGACCCAAGCCGCAGCTGGCGA GGGGAGGCAGGGCGCCGGGCTCGGCCCGCGCTCTGACTCTGGCTCCCGGCGCCCCGGCTGCTGCCGCGCG CCCTCCAGCCCGCCCGTCCCGGGTCCCCCTCCCCCCGCTCCCTCCCTCCCTCCCCGCCCCCTCCCCCTCG CCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCTCCTTTCTCCGGCAGCAGAAAGCGGAGAGTCACAGCGGGGCCAGGCCCT GGGGAGCGGAGCCTCCACCGCCCCCCTCATTCCCAGGCAAGGGCTTGGGGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ARID1A_1 ↗ | 1:26,696,032 | 正股 | 26,695,983–26,696,042 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_B7B2H · enhancer · 26690233–26691163 · regulatory
ENSR1_9DL3G · promoter · 26692096–26692596 · regulatory
ENSR1_9DL3N · promoter · 26692746–26693246 · regulatory
ENSR1_9DL3R · enhancer · 26693247–26693673 · regulatory
ENSR1_9DL48 · promoter · 26694674–26695174 · regulatory
ENSR1_B7B37 · enhancer · 26695175–26695932 · regulatory
ENSR1_73KDD5 · promoter · 26695933–26696025 · regulatory
ENSR1_589JNP · CTCF_binding_site · 26697099–26697120 · regulatory
ENSR1_9DL5J · enhancer · 26699282–26699569 · regulatory
ENSR1_9DL5P · enhancer · 26699930–26700210 · regulatory
ENSR1_C4MJJ · enhancer · 26700711–26702380 · regulatory
· motif · 26691748–26691759 · motif
· motif · 26692035–26692046 · motif
· motif · 26692197–26692210 · motif
· motif · 26692197–26692210 · motif
· motif · 26692520–26692535 · motif
· motif · 26693034–26693044 · motif
· motif · 26693197–26693212 · motif
· motif · 26693197–26693212 · motif
· motif · 26693217–26693232 · motif
· motif · 26693324–26693337 · motif
· motif · 26693402–26693418 · motif
· motif · 26693402–26693418 · motif
· motif · 26693411–26693420 · motif
· motif · 26693411–26693420 · motif
· motif · 26693411–26693420 · motif
· motif · 26693428–26693438 · motif
· motif · 26693455–26693468 · motif
· motif · 26693455–26693468 · motif
· motif · 26693686–26693695 · motif
· motif · 26693688–26693704 · motif
· motif · 26693760–26693771 · motif
· motif · 26693806–26693821 · motif
· motif · 26694192–26694203 · motif
· motif · 26694754–26694767 · motif
· motif · 26695363–26695370 · motif
· motif · 26695420–26695433 · motif
· motif · 26695420–26695435 · motif
· motif · 26695591–26695604 · motif
· motif · 26695977–26695990 · motif
· motif · 26696058–26696071 · motif
· motif · 26696185–26696198 · motif
· motif · 26696206–26696219 · motif
· motif · 26696648–26696661 · motif
· motif · 26696651–26696664 · motif
· motif · 26696669–26696682 · motif
· motif · 26696887–26696900 · motif
· motif · 26696919–26696929 · motif
· motif · 26696957–26696970 · motif
· motif · 26696960–26696973 · motif
· motif · 26696966–26696979 · motif
· motif · 26697054–26697062 · motif
· motif · 26697101–26697117 · motif
· motif · 26697127–26697140 · motif
· motif · 26697169–26697182 · motif
· motif · 26697175–26697188 · motif
· motif · 26698944–26698956 · motif
· motif · 26700056–26700069 · motif
· motif · 26700056–26700069 · motif
· motif · 26700328–26700350 · motif
· motif · 26700328–26700350 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：2285 aa
ARID1A 蛋白質長 2,285 個胺基酸，含有位於第 1,017–1,108 位胺基酸的 ARID 結構域。序列註解指出多段無序區域，分布於第 1–820、978–1,005、1,113–1,483、1,539–1,603、1,747–1,774 與 1,859–1,907 位胺基酸；另有四個 LXXLL 基序，以及位於第 1,368–1,387 位胺基酸的核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- ASCL1P50553 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- HIC1Q14526 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SMARCA2P51531 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SMARCA4P51532 · UniProt INTERACTION · 28 experiments
- SMARCD2Q92925 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- TOP2AP11388 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
ARID1A 是多種 SWI/SNF 相關複合體的組成成員，包括 BAF、npBAF、nBAF 與 EBAFa；複合體亞基組成可依發育階段與組織而異，部分複合體中 ARID1A 與 ARID1B/BAF250B 互斥。另有直接互作資料指出，ARID1A 的 C 端與 SMARCA2/BRM/BAF190B、SMARCA4/BRG1/BAF190A 互作，也與 SMARCC1/BAF155 互作；並記載其與 FOS、FOSB 的兩種異構型、FOSL1 及 FOSL2 互作（相似性推定）。
疾病與遺傳關聯
ARID1A 相關變異被列為 Coffin-Siris syndrome 2（CSS2）的致病原因。CSS2 是先天性多重畸形症候群的一型，表現具有廣泛的表型與遺傳差異；主要特徵包括智能障礙、粗獷臉部特徵、多毛症，以及第五指指甲或指骨發育不全或缺失。也可能出現心臟、胃腸道、泌尿生殖系統或中樞神經系統畸形，並常見吸吮或餵食困難、生長不良、眼科異常、聽力受損及脊椎異常。已有常染色體顯性與常染色體隱性遺傳模式的報告。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ARID1A 參與染色質重塑，協助調控特定基因的轉錄活化或抑制；SWI/SNF 複合體以 ATP 依賴方式改變核小體內 DNA 與組蛋白的接觸，ARID1A 也可非專一性結合 DNA。神經發育時，npBAF 轉為 nBAF，亞基隨神經前驅細胞分化而替換；npBAF 支持神經幹細胞自我更新與增殖，nBAF 與 CREST 則參與調控樹突生長相關基因，此項描述為相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Involved in transcriptional activation and repression of select genes by chromatin remodeling (alteration of DNA-nucleosome topology). Component of SWI/SNF chromatin remodeling complexes that carry out key enzymatic activities, changing chromatin structure by altering DNA-histone contacts within a nucleosome in an ATP-dependent manner. Binds DNA non-specifically. Belongs to the neural progenitors-specific chromatin remodeling complex (npBAF complex) and the neuron-specific chromatin remodeling complex (nBAF complex). During neural development a switch from a stem/progenitor to a postmitotic chromatin remodeling mechanism occurs as neurons exit the cell cycle and become committed to their adult state. The transition from proliferating neural stem/progenitor cells to postmitotic neurons requires a switch in subunit composition of the npBAF and nBAF complexes. As neural progenitors exit mitosis and differentiate into neurons, npBAF complexes which contain ACTL6A/BAF53A and PHF10/BAF45A, are exchanged for homologous alternative ACTL6B/BAF53B and DPF1/BAF45B or DPF3/BAF45C subunits in neuron-specific complexes (nBAF). The npBAF complex is essential for the self-renewal/proliferative capacity of the multipotent neural stem cells. The nBAF complex along with CREST plays a role regulating the activity of genes essential for dendrite growth (By similarity) PMID 12672490 ↗ · PMID 22952240 ↗ · PMID 26601204 ↗ |
| 交互作用 | ARID1A 是多種 SWI/SNF 相關複合體的成員，部分情況下與 ARID1B/BAF250B 互斥；複合體組成可依發育與組織而變，包含 BAF、npBAF、nBAF 及 EBAFa。資料另記載其與 SMARCA2/BRM/BAF190B、SMARCA4/BRG1/BAF190A、SMARCC1/BAF155，以及 FOS、FOSB 兩種異構型、FOSL1 和 FOSL2 的互作；與部分夥伴的關係為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of SWI/SNF chromatin remodeling complexes, in some of which it can be mutually exclusive with ARID1B/BAF250B. The canonical complex contains a catalytic subunit (either SMARCA4/BRG1/BAF190A or SMARCA2/BRM/BAF190B) and at least SMARCE1, ACTL6A/BAF53, SMARCC1/BAF155, SMARCC2/BAF170, and SMARCB1/SNF5/BAF47. Other subunits specific to each of the complexes may also be present permitting several possible combinations developmentally and tissue specific. Component of the BAF (SWI/SNF-A) complex, which includes at least actin (ACTB), ARID1A/BAF250A, ARID1B/BAF250B, SMARCA2/BRM, SMARCA4/BRG1/BAF190A, ACTL6A/BAF53, ACTL6B/BAF53B, SMARCE1/BAF57, SMARCC1/BAF155, SMARCC2/BAF170, SMARCB1/SNF5/INI1, and one or more SMARCD1/BAF60A, SMARCD2/BAF60B, or SMARCD3/BAF60C. In muscle cells, the BAF complex also contains DPF3. Component of neural progenitors-specific chromatin remodeling complex (npBAF complex) composed of at least, ARID1A/BAF250A or ARID1B/BAF250B, SMARCD1/BAF60A, SMARCD3/BAF60C, SMARCA2/BRM/BAF190B, SMARCA4/BRG1/BAF190A, SMARCB1/BAF47, SMARCC1/BAF155, SMARCE1/BAF57, SMARCC2/BAF170, PHF10/BAF45A, ACTL6A/BAF53A and actin. Component of neuron-specific chromatin remodeling complex (nBAF complex) composed of at least, ARID1A/BAF250A or ARID1B/BAF250B, SMARCD1/BAF60A, SMARCD3/BAF60C, SMARCA2/BRM/BAF190B, SMARCA4/BRG1/BAF190A, SMARCB1/BAF47, SMARCC1/BAF155, SMARCE1/BAF57, SMARCC2/BAF170, DPF1/BAF45B, DPF3/BAF45C, ACTL6B/BAF53B and actin (By similarity). Component of a SWI/SNF-like EBAFa complex, at least composed of SMARCA4/BRG1/BAF190A, SMARCB1/BAF47/SNF5, ACTL6A/BAF53A, SMARCE1/BAF57, SMARCD1/BAF60A, SMARCC1/BAF155, SMARCC2/BAF170, BAF250A and MLLT1/ENL. Interacts through its C-terminus with SMARCA2/BRM/BAF190B and SMARCA4/BRG1/BAF190A. Interacts with SMARCC1/BAF155. Interacts with FOS, FOSB isoform 1 and 2, FOSL1 and FOSL2 (By similarity) PMID 11734557 ↗ · PMID 11780067 ↗ · PMID 11988099 ↗ · PMID 12200431 ↗ · PMID 12665591 ↗ · PMID 15170388 ↗ · PMID 18765789 ↗ · PMID 8804307 ↗ · PMID 12672490 ↗ · PMID 22952240 ↗ · PMID 26601204 ↗ |
| 細胞定位 | ARID1A 定位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 ARID1A 的變異被列為 Coffin-Siris syndrome 2（CSS2）的致病原因。此先天性多重畸形症候群具有廣泛的表型與遺傳差異，常見智能障礙、粗獷臉部特徵、多毛症及第五指指甲或指骨發育不全或缺失；也可能有多系統畸形、餵食困難、生長不良、眼科或聽力異常及脊椎異常。已有常染色體顯性與隱性遺傳模式報告。 | 含實驗來源 | 證據與來源Coffin-Siris syndrome 2 CSS2 A form of Coffin-Siris syndrome, a congenital multiple malformation syndrome with broad phenotypic and genetic variability. Cardinal features are intellectual disability, coarse facial features, hypertrichosis, and hypoplastic or absent fifth digit nails or phalanges. Additional features include malformations of the cardiac, gastrointestinal, genitourinary, and/or central nervous systems. Sucking/feeding difficulties, poor growth, ophthalmologic abnormalities, hearing impairment, and spinal anomalies are common findings. Both autosomal dominant and autosomal recessive inheritance patterns have been reported. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 614607 PMID 22426308 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTCCTTTCTCCGGCAGCAGAAAGCGGAGAGTCACAGCGGG40GCCAGGCCCTGGGGAGCGGAGCCTCCACCGCCCCCCTCAT80TCCCAGGCAAGGGCTTGGGGGGAATGAGCCGGGAGAGCCG120GGTCCCGAGCCTACAGAGCCGGGAGCAGCTGAGCCGCCGG160CGCCTCGGCCGCCGCCGCCGCCTCCTCCTCCTCCGCCGCC200GCCAGCCCGGAGCCTGAGCCGGCGGGGCGGGGGGGAGAGG240AGCGAGCGCAGCGCAGCAGCGGAGCCCCGCGAGGCCCGCC280CGGGCGGGTGGGGAGGGCAGCCCGGGGGACTGGGCCCCGG320GGCGGGGTGGGAGGGGGGGAGAAGACGAAGACAGGGCCGG360GTCTCTCCGCGGACGAGACAGCGGGGATCATGGCCGCGCA400GGTCGCCCCCGCCGCCGCCAGCAGCCTGGGCAACCCGCCG440CCGCCGCCGCCCTCGGAGCTGAAGAAAGCCGAGCAGCAGC480AGCGGGAGGAGGCGGGGGGCGAGGCGGCGGCGGCGGCAGC520GGCCGAGCGCGGGGAAATGAAGGCAGCCGCCGGGCAGGAA560AGCGAGGGCCCCGCCGTGGGGCCGCCGCAGCCGCTGGGAA600AGGAGCTGCAGGACGGGGCCGAGAGCAATGGGGGTGGCGG640CGGCGGCGGAGCCGGCAGCGGCGGCGGGCCCGGCGCGGAG680CCGGACCTGAAGAACTCGAACGGGAACGCGGGCCCTAGGC720CCGCCCTGAACAATAACCTCACGGAGCCGCCCGGCGGCGG760CGGTGGCGGCAGCAGCGATGGGGTGGGGGCGCCTCCTCAC800TCAGCCGCGGCCGCCTTGCCGCCCCCAGCCTACGGCTTCG840GGCAACCCTACGGCCGGAGCCCGTCTGCCGTCGCCGCCGC880CGCGGCCGCCGTCTTCCACCAACAACATGGCGGACAACAA920AGCCCTGGCCTGGCAGCGCTGCAGAGCGGCGGCGGCGGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。